| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | W3110S.gb | 3,679,440 | A→G | 80.6% | I194V (ATT→GTT) | ilvY → | DNA‑binding transcriptional dual regulator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | W3110S.gb | 3,679,440 | 0 | A | G | 80.6% | 80.0 / 12.8 | 36 | I194V (ATT→GTT) | ilvY | DNA‑binding transcriptional dual regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (4/3); new base G (13/16); total (17/19) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.84e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.87e-01 | |||||||||||
CGCTGCCCTGCCCGGTGCGTAATCAGGTGTCGGTAGAGAAGCCGGACTGGTCAACGGTGCCGTTTATTATGGCCGATCAGGGGCCGGTACGCCGCCGCATTGAACTGTGGTTTCGACGCAATAAAATCAGT > W3110S.gb/3679375‑3679505 | cgcTGCCCTGCCCGGTGCGTAATCAGGTGTCGGTAGAGAAGCCGGACTGGTCAACGGTGCCGTTTATTATg < 1:1295433/71‑1 (MQ=255)cgcTGACCTGCCCGGTGCGTAATCAGGTGTCGGTAGAGAAGCCGGACTGGTCAACGGTGCCGTTTATTATg < 1:651161/71‑1 (MQ=255) gccctgcccGGTGCGTAATCAGGTGTCGGTAGAGAAGCCGGACTGGTCAACGGTGCCGTTTGTTATGGcc > 1:996966/1‑70 (MQ=255) gccctgcccGGTGCGTAATCAGGTGTCGGTAGAGAAGCCGGACTGGTCAACGGTGCCGTTTGTTATGGcc > 1:3426180/1‑70 (MQ=255) cccGGTGCGTAATCAGGTGTCGGTAGAGAAGCCGGACTGGTCAACGGTGCCGTTTGTTATGGCCGATCa < 1:2622185/69‑1 (MQ=255) tGCGTAATCAGGTGTCGGTAGAGAAGCCGGACTGGTCAACGGTGCCGTTTGTTATGGCCGATc < 1:2719247/63‑1 (MQ=255) tGCGTAATCAGGTGTCGGTAGAGAAGCCGGACTGGTCAACGGTGCCGTTTGTTATGGCCGATc < 1:41297/63‑1 (MQ=255) tGCGTAATCAGGTGTCGGTAGAGAAGCCGGACTGGTCAACGGTGCCGTTTGTTATGGCCGATc < 1:3634685/63‑1 (MQ=255) tGCGTAATCAGGTGTCGGTAGAGAAGCCGGACTGGTCAACGGTGCCGTTTGTTATGGCCGATc < 1:3292922/63‑1 (MQ=255) cGTAATCAGGTGTCGGTAGAGAAGCCGGACTGGTCAACGGTGCCGTTTGTTATGGCCGATCAGGGGCCgg < 1:1033697/70‑1 (MQ=255) cGTAATCAGGTGTCGGTAGAGAAGCCGGACTGGTCAACGGTGCCGTTTGTTATGGCCGATCAGGGGCCgg < 1:1315776/70‑1 (MQ=255) cGTAATCAGGTGTCGGTAGAGAAGCCGGACTGGTCAACGGTGCCGTTTGTTATGGCCGATCAGGGGCCgg < 1:536512/70‑1 (MQ=255) aTCAGGTGTCGGTAGAGAAGCCGGACTGGTCAACGGTGCCGTTTGTTATGGCCGATCAGGGGCCGGTAcgc > 1:2087985/1‑71 (MQ=255) aTCAGGTGTCGGTAGAGAAGCCGGACTGGTCAACGGTGCCGTTTGTTATGGCCGATCAGGGGCCGGTAcgc > 1:2224670/1‑71 (MQ=255) aTCAGGTGTCGGTAGAGAAGCCGGACTGGTCAACGGTGCCGTTTATTATGGCCGATCAggg > 1:1056431/1‑61 (MQ=255) aTCAGGTGTCGGTAGAGAAGCCGGACTGGTCAACGGTGCCGTTTATTATGGCCGATCAggg > 1:2752616/1‑61 (MQ=255) aTCAGGTGTCGGTAGAGAAGCCGGACTGGTCAACGGTGCCGTTTATTATGGCCGATCAggg > 1:1846118/1‑61 (MQ=255) tCAGGTGTCGGTAGAGAAGCCGGACTGGTCAACGGTGCCGTTTGTTATGGCCGATCAGGGGCCGGTAcgcc < 1:1498814/71‑1 (MQ=255) tCGGTAGAGAAGCCGGACTGGTCAACGGTGCCGTTTGTTATGGCCGATc < 1:874958/49‑1 (MQ=255) gcGGTAGAGAAGCCGGACTGGTCAACGGTGCCGTTTGTTATGGCCGATCAGGGGCCgg < 1:1727350/57‑1 (MQ=255) tAGAGAAGCCGGACTGGTCAACGGTGCCGTTTATTATg < 1:923077/38‑1 (MQ=255) agaAGCCGGACTGGTCAACGGTGCCGTTTGTTATGGCCGATc < 1:3274208/42‑1 (MQ=255) gCCGGACTGGTCAACGGTGCCGTTTGTTATGGCCGAt < 1:108108/37‑1 (MQ=255) gCCGGACTGGTCAACGGTGCCGTTTGTTATGGCCGAt < 1:285119/37‑1 (MQ=255) gCCGGACTGGTCAACGGTGCCGTTTGTTATGGCCGAt < 1:391178/37‑1 (MQ=255) ccGGACTGGTCAACGGTGCCGTTTATTATGGCCGATCAGGGGCCGGTACGCCGCCGCATTGAACTGTGGtt > 1:3139326/1‑71 (MQ=255) ggACTGGTCAACGGTGCCGTTTGTTATGGCCGATCa > 1:1742851/1‑36 (MQ=255) ggACTGGTCAACGGTGCCGTTTGTTATGGCCGATCa > 1:1276593/1‑36 (MQ=255) ggACTGGTCAACGGTGCCGTTTGTTATGGCCGATCa > 1:3543818/1‑36 (MQ=255) ggACTGGTCAACGGTGCCGTTTGTTATGGCCGATCa > 1:1336080/1‑36 (MQ=255) ggACTGGTCAACGGTGCCGTTTGTTATGGCCGATCa > 1:1582249/1‑36 (MQ=255) ggACTGGTCAACGGTGCCGTTTGTTATGGCCGATCa > 1:2016355/1‑36 (MQ=255) aaCGGTGCCGTTTGTTATGGCCGATCAGGGGCCGGTACGCCGCCGCATTGAACTGTGGTTTCGACGCAAt > 1:325499/1‑70 (MQ=255) aaCGGTGCCGTTTGTTATGGCCGATCAGGGGCCGGTACGCCGCCGCATTGAACTGTGGTTTCGACGCAAt > 1:2363717/1‑70 (MQ=255) gTGCCGTTTGTTATGGCCGATCAGGGGCCGGTACGCCGCCGCATTGAACTGTGGTTTCGACGCAATAAAAt > 1:2363050/1‑71 (MQ=255) cGTTTGTTATGGCCGATCAGGGGCCGGTACGCCGCCGCATTGAACTGTGGTTTCGACGCAATAAAATCAGt < 1:3325012/71‑1 (MQ=255) | CGCTGCCCTGCCCGGTGCGTAATCAGGTGTCGGTAGAGAAGCCGGACTGGTCAACGGTGCCGTTTATTATGGCCGATCAGGGGCCGGTACGCCGCCGCATTGAACTGTGGTTTCGACGCAATAAAATCAGT > W3110S.gb/3679375‑3679505 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |