| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | W3110S.gb | 3,815,914 | T→C | 76.7% | N702D (AAT→GAT) | spoT ← | bifunctional (p)ppGpp synthetase II and guanosine‑3',5'‑bis pyrophosphate 3'‑pyrophosphohydrolase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | W3110S.gb | 3,815,914 | 0 | T | C | 76.7% | 146.2 / 40.2 | 73 | N702D (AAT→GAT) | spoT | bifunctional (p)ppGpp synthetase II and guanosine‑3',5'‑bis pyrophosphate 3'‑pyrophosphohydrolase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (9/8); new base C (26/30); total (35/38) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.83e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CTGCCGCCTGGCGAGCATTTCGCAGATGCGTGCATAACGTGTTGGGTTCATAAAACATTAATTTCGGTTTCGGGTGACTTTAATCACGTCTGGCATCACGCGGATTTTGCGCATGATATTCGCCAGATG > W3110S.gb/3815852‑3815980 | cTGCCGCCTGGCGAGCATTTCGCAGATGCGTGCATAACGTGTTGGGTTCATAAAACATTAAtctcggtttc < 1:1572512/71‑1 (MQ=255) tGCCGCCTGGCGAGCATTTCGCAGATGCGTGCATAACGTGTTGGGTTCATAAAACATTAAtctcggtttc < 1:1734950/70‑1 (MQ=255) ccgccTGGCGAGCATTTCGCAGATGCGTGCATAACGTGTTGGGTTCATAAAACATTAAtctcggtttcgg > 1:2767988/1‑70 (MQ=255) ccgccTGGCGAGCATTTCGCAGATGCGTGCATAACGTGTTGGGTTCATAAAACATTAAtctcggtttcgg > 1:2884700/1‑70 (MQ=255) ccgccTGGCGAGCATTTCGCAGATGCGTGCATAACGTGTTGGGTTCATAAAACATTAATCTCGGTTTCggg > 1:458459/1‑71 (MQ=255) gccTGGCGAGCATTTCGCAGATGCGTGCATAACGTGTTGGGTTCATAAAACATTAATCTCGGTTTCGGGTg < 1:2574415/71‑1 (MQ=255) gccTGGCGAGCATTTCGCAGATGCGTGCATAACGTGTTGGGTTCATAAAACATTAATCTCGGTTTCGGGTg < 1:1370031/71‑1 (MQ=255) tGGCGAGCATTTCGCAGATGCGTGCATAACGTGTTGGGTTCATAAAACATTAATCTCGGTTTCGGGTGACt > 1:3317009/1‑71 (MQ=255) 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cAGATGCGTGCATAACGTGTTGGGTTCATAAAACATTAATCTCGGTTTCGGGTGACTTTAATCACGTCTgg < 1:1284014/71‑1 (MQ=255) aTGCGTGCATAACGTGTTGGGTTCATAAAACATTAATCTCGGTTTCGGGTGACTTTAATCACGTCTGGCAt < 1:3350680/71‑1 (MQ=255) aTGCGTGCATAACGTGTTGGGTTCATAAAACATTAATCTCGGTTTCGGGTGACTTTAATCACGTCTGGCAt < 1:37185/71‑1 (MQ=255) tGCGTGCATAACGTGTTGGGTTCATAAAACATTAATTTCGGTTTCGGGTGACTTTAATCACGTCTGGCAt > 1:303687/1‑70 (MQ=255) tGCGTGCATAACGTGTTGGGTTCATAAAACATTAATTTCGGTTTCGGGTGACTTTAATCACGTCTGGCAt > 1:2724300/1‑70 (MQ=255) tGCGTGCATAACGTGTTGGGTTCATAAAACATTAATTTCGGTTTCGGGTGACTTTAATCACGTCTGGCAt > 1:220910/1‑70 (MQ=255) tGCGTGCATAACGTGTTGGGTTCATAAAACATTAATTTCGGTTTCGGGTGACTTTAATCACGTCTGGCAt > 1:3460702/1‑70 (MQ=255) tGCATAACGTGTTGGGTTCATAAAACATTAATCTCGGTTTCTGGTGACTTTa < 1:1181870/52‑1 (MQ=255) tGCATAACGTGTTGGGTTCATAAAACATTAATCTCGGTTTCGGGTGACTTTa < 1:1363704/52‑1 (MQ=255) tGCATAACGTGTTGGGTTCATAAAACATTAATCTCGGTTTCGGGTGACTTTa < 1:567273/52‑1 (MQ=255) gCATAACGTGTTGGGTTCATAAAACATTAATCTCGGTTTCGGGTGACTTTAATCACGTc > 1:3045131/1‑59 (MQ=255) 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> 1:3172576/1‑71 (MQ=255) gtgtTGGGTTCATAAAACATTAATCTCGGTTTCGGGTGACTTTAATCACGTCTGGCATCACGCGGATTTTg > 1:204509/1‑71 (MQ=255) ttGGGTTCATAAAACATTAATCTCGGTTTCGGGTGACTTTAATCACGTCTGGCATCACGCGGATTTTgcg > 1:669584/1‑70 (MQ=255) ttGGGTTCATAAAACATTAATCTCGGTTTCGGGTGACTTTAATCACGTCTGGCATCACGCGGATTTTgcg < 1:1425887/70‑1 (MQ=255) ggTTCATAAAACATTAATCTCGGTTTCGGGTGACTTTAATCACGTCTGGCATCACGCGGATTTTGCGCATg < 1:235959/71‑1 (MQ=255) ggTTCATAAAACATTAATCTCGGTTTCGGGTGACTTTAATCACGTCTGGCATCACGCGGATTTTGCGCATg < 1:1021555/71‑1 (MQ=255) ggTTCATAAAACATTAATCTCGGTTTCGGGTGACTTTAATCACGTCTGGCATCACGCGGATTTTGCGCATg < 1:3306625/71‑1 (MQ=255) ggTTCATAAAACATTAATCTCGGTTTCGGGTGACTTTAATCACGTCTGGCATCACGCGGATTTTGCGCATg < 1:2324595/71‑1 (MQ=255) gTTCATAAAACATTAATCTCGGTTTCGGGTGACTTTAATCACGTCTGGCATCACGCGGATTTTGCGCATg < 1:2039690/70‑1 (MQ=255) gTTCATAAAACATTAATCTCGGTTTCGGGTGACTTTAATCACGTCTGGCATCACGCGGATTTTGCGCATg < 1:2989605/70‑1 (MQ=255) gTTCATAAAACATTAATCTCGGTTTCGGGTGACTTTAATCACGTCTGGCATCACGCGGATTTTGCGCATGa < 1:1642073/71‑1 (MQ=255) 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tAAAACATTAATTTCGGTTTCGGGTGACTTTAATCACGTCTGGCATCACGCGGATTTTGCGCATGata < 1:1455925/68‑1 (MQ=255) tAAAACATTAATCTCGGTTTCGGGTGACTTTAATc < 1:3018853/35‑1 (MQ=255) tAAAACATTAATCTCGGTTTCGGGTGACTTTAATc < 1:3689060/35‑1 (MQ=255) tAAAACATTAATCTCGGTTTCGGGTGACTTTAATc < 1:2118174/35‑1 (MQ=255) aaaaCATTAATCTCGGTTTCGGGTGACTTTAATCACGTCTGGCATCACGCGGATTTTGCGCATGATATTCg > 1:2237456/1‑71 (MQ=255) aaaCATTAATTTCGGTTTCGGGTGACTTTAATCACGTCTGGCATCACGCGGATTTTGCGCATGATATTCGc > 1:314901/1‑71 (MQ=255) aaaCATTAATCTCGGTTTCGGGTGACTTTAATCAc > 1:3352393/1‑35 (MQ=255) aaaCATTAATCTCGGTTTCGGGTGACTTTAATCAc > 1:1309708/1‑35 (MQ=255) aaaCATTAATCTCGGTTTCGGGTGACTTTAATCAc > 1:2307731/1‑35 (MQ=255) aaaCATTAATCTCGGTTTCGGGTGACTTTAATCAc > 1:910156/1‑35 (MQ=255) aaaCATTAATCTCGGTTTCGGGTGACTTTAATCACGTCTGGCATCACGCGGATTTTGCGCATGATGTTCGc > 1:1303563/1‑71 (MQ=255) aCATTAATTTCGGTTTCGGGTGACTTTAATCACGTCTGGCATCACGCGGATTTTGCGCATGATATTCGCCa < 1:1797279/71‑1 (MQ=255) aCATTAATTTCGGTTTCGGGTGACTTTAATCACGTCTGGCATCACGCGGATTTTGCGCATGATATTCGCCa < 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |