| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | W3110S.gb | 4,271,811 | A→G | 87.9% | Y369C (TAT→TGT) | tyrB → | tyrosine aminotransferase, tyrosine‑repressible, PLP‑dependent |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | W3110S.gb | 4,271,811 | 0 | A | G | 87.9% | 164.5 / 11.9 | 58 | Y369C (TAT→TGT) | tyrB | tyrosine aminotransferase, tyrosine‑repressible, PLP‑dependent |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (4/3); new base G (25/26); total (29/29) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.93e-01 | |||||||||||
TGTTCAGTTATACCGGTTTAAGTGCCGCTCAGGTTGACCGACTACGTGAAGAATTTGGTGTCTATCTCATCGCCAGCGGTCGCATGTGTGTCGCCGGGTTAAATACGGCAAATGTACAACGTGTGGCAA > W3110S.gb/4271748‑4271876 | tGTTCAGTTATACCGGTTTAAGTGCCGCTCAGGTTGACCGACTACGTGAAGAATTTGGtgtctgtc < 1:1135659/66‑1 (MQ=255)tGTTCAGTTATACCGGTTTAAGTGCCGCTCAGGTTGACCGACTACGTGAAGAATTTGGtgtctgtc < 1:1408720/66‑1 (MQ=255)tGTTCAGTTATACCGGTTTAAGTGCCGCTCAGGTTGACCGACTACGTGAAGAATTTGGtgtctgtc < 1:141800/66‑1 (MQ=255) ttCAGTTATACCGGTTTAAGTGCCGCTCAGGTTGACCGACTACGTGAAGAATTTGGTGTCTATCTCATCGc > 1:3416505/1‑71 (MQ=255) cAGTTATACCGGTTTAAGTGCCGCTCAGGTTGACCGACTACGTGAAGAATTTGGTGTCTGTCTCATCGc > 1:2214544/1‑69 (MQ=255) cAGTTATACCGGTTTAAGTGCCGCTCAGGTTGACCGACTACGTGAAGAATTTGGTGTCTGTCTCATCGc > 1:2210380/1‑69 (MQ=255) cAGTTATACCGGTTTAAGTGCCGCTCAGGTTGACCGACTACGTGAAGAATTTGGTGTCTGTCTCATCGc > 1:1483865/1‑69 (MQ=255) cAGTTATACCGGTTTAAGTGCCGCTCAGGTTGACCGACTACGTGAAGAATTTGGTGTCTGTCTCATCGc > 1:2077040/1‑69 (MQ=255) ttATACCGGTTTAAGTGCCGCTCAGGTTGACCGACTACGTGAAGAATTTGGTGTCTGTCTCATCGCCAGCg < 1:1954172/71‑1 (MQ=255) ttATACCGGTTTAAGTGCCGCTCAGGTTGACCGACTACGTGAAGAATTTGGTGTCTGTCTCATCGCCAGCg > 1:2708308/1‑71 (MQ=255) tataCCGGTTTAAGTGCCGCTCAGGTTGACCGACTACGTGAAGAATTTGGTGTCTGTCTCATCGCCAGCgg > 1:2953687/1‑71 (MQ=255) tataCCGGTTTAAGTGCCGCTCAGGTTGACCGACTACGTGAAGAATTTGGTGTCTATCTCATCGCCAGCgg > 1:3155376/1‑71 (MQ=255) ataCCGGTTTAAGTGCCGCTCAGGTTGACCGACTACGTGAAGAATTTGGTGTCTGTCTCATCGCCAGCGGt > 1:1453238/1‑71 (MQ=255) ataCCGGTTTAAGTGCCGCTCAGGTTGACCGACTACGTGAAGAATTTGGTGTCTGTCTCATCGCCAGCGGt > 1:1386866/1‑71 (MQ=255) ataCCGGTTTAAGTGCCGCTCAGGTTGACCGACTACGTGAAGAATTTGGTGTCTGTCTCATCGCCAGCGGt > 1:2255659/1‑71 (MQ=255) ataCCGGTTTAAGTGCCGCTCAGGTTGACAGACTACGTGAAGAATTTGGTGTCTGTCTCATCGCCAGCGGt > 1:3310354/1‑71 (MQ=255) ccGGTTTAAGTGCCGCTCAGGTTGACCGACTACGTGAAGAATTTGGTGTCTGTCTCATCGCCAGCGGTCg > 1:2385047/1‑70 (MQ=255) ccGGTTTAAGTGCCGCTCAGGTTGACCGACTACGTGAAGAATTTGGTGTCTGTCTCATCGCCAGCGGTCg > 1:3503849/1‑70 (MQ=255) ccGGTTTAAGTGCCGCTCAGGTTGACCGACTACGTGAAGAATTTGGTGTCTGTCTCATCGCCAGCGGTCg < 1:3066275/70‑1 (MQ=255) ccGGTTTAAGTGCCGCTCAGGTTGACCGACTACGTGAAGAATTTGGTGTCTATCTCATCGCCAGCGGTCGc < 1:3365582/71‑1 (MQ=255) ccGGTTTAAGTGCCGCTCAGGTTGACCGACTACGTGAAGAATTTGGTGTCTATCTCATCGCCAGCGGTCGc < 1:219155/71‑1 (MQ=255) ccGGTTTAAGTGCCGCTCAGGTTGACCGACTACGTGAAGAATTTGGTGTCTATCTCATCGCCAGCGGTCGc < 1:2739846/71‑1 (MQ=255) cGGTTTAAGTGCCGCTCAGGTTGACCGACTACGTGAAGAATTTGGTGTCTGTCTCATCGCCAGCGGTCGCa < 1:2333265/71‑1 (MQ=255) cGGTTTAAGTGCCGCTCAGGTTGACCGACTACGTGAAGAATTTGGTGTCTGTCTCATCGCCAGCGGTCGCa < 1:1072829/71‑1 (MQ=255) cGGTTTAAGTGCCGCTCAGGTTGACCGACTACGTGAAGAATTTGGTGTCTGTCTCATCGCCAGCGGTCGCa < 1:2517014/71‑1 (MQ=255) cGGTTTAAGTGCCGCTCAGGTTGACCGACTACGTGAAGAATTTGGTGTCTGTCTCATCGCCAGCGGTCGCa < 1:255170/71‑1 (MQ=255) cGGTTTAAGTGCCGCTCAGGTTGACCGACTACGTGAAGAATTTGGTGTCTGTCTCATCGCCAGCGGTCGCa < 1:2940618/71‑1 (MQ=255) cGGTTTAAGTGCCGCTCAGGTTGACCGACTACGTGAAGAATTTGGTGTCTGTCTCATCGCCAGCGGTCGCa < 1:264440/71‑1 (MQ=255) cGGTTTAAGTGCCGCTCAGGTTGACCGACTACGTGAAGAATTTGGTGTCTGTCTCATCGCCAGCGGTCGCa < 1:445932/71‑1 (MQ=255) cGGTTTAAGTGCCGCTCAGGTTGACCGACTACGTGAAGAATTTGGTGTCTGTCTCATCGCCAGCGGTCGCa < 1:526279/71‑1 (MQ=255) cGGTTTAAGTGCCGCTCAGGTTGACCGACTACGTGAAGAATTTGGTGTCTGTCTCATCGCCAGCGGTCGCa < 1:1621329/71‑1 (MQ=255) cGGTTTAAGTGCCGCTCAGGTTGACCGACTACGTGAAGAATTTGGTGTCTGTCTCATCGCCAGCGGTCGCa < 1:708329/71‑1 (MQ=255) tAAGTGCCGCTCAGGTTGACCGACTACGTGAAGAATTTGGTGTCTGTCTCATCGCCAGCGGTCGCAtgtgt > 1:531459/1‑71 (MQ=255) aaGTGCCGCTCAGGTTGACCGACTACGTGAAGAATTTGGTGTCTGTCTCATCGCCAGCGGTCGCAtgtgt < 1:1600179/70‑1 (MQ=255) gCTCAGGTTGACCGACTACGTGAAGAATTTGGTGTCTGTCTCATCGCCAGCGGTCGCa > 1:773953/1‑58 (MQ=255) cAGGTTGACCGACTACGTGAAGAATTTGGTGTCTGTCTCATCGCCAGCGGTCGCATGTGTGTCGCCGGGt > 1:1452611/1‑70 (MQ=255) gTTGACCGACTACGTGAAGAATTTGGTGTCTGTCTCATCGCCAGCGGTCGCAtg < 1:3682149/54‑1 (MQ=255) gTTGACCGACTACGTGAAGAATTTGGTGTCTGTCTCATCGCCAGCGGTCGCATGTGTGTCGCCGGGTTaaa < 1:3388080/71‑1 (MQ=255) gTTGACCGACTACGTGAAGAATTTGGTGTCTGTCTCATCGCCAGCGGTCGCATGTGTGTCGCCGGGTTaaa < 1:2924006/71‑1 (MQ=255) gTTGACCGACTACGTGAAGAATTTGGTGTCTGTCTCATCGCCAGCGGTCGCATGTGTGTCGCCGGGTTaaa < 1:906419/71‑1 (MQ=255) gTTGACCGACTACGTGAAGAATTTGGTGTCTGTCTCATCGCCAGCGGTCGCATGTGTGTCGCCGGGTTaaa < 1:1653913/71‑1 (MQ=255) gTTGACCGACTACGTGAAGAATTTGGTGTCTGTCTCATCGCCAGCGGTCGCATGTGTGTAGCCGGGTTaaa < 1:1977686/71‑1 (MQ=255) gTTGACCGACTACCTGAAGAATTTGGTGTCTGTCTCATCGCCAGCGGTCGCATGTGTGTCGCCGGGTTaaa < 1:1217172/71‑1 (MQ=255) ccGACTACGTGAAGAATTTGGTGTCTGTCTCATCGCCAGCGGTCGCATGTGTGTCGCCGGGTTAAATAc > 1:2379266/1‑69 (MQ=255) cGTGAAGAATTTGGTGTCTGTCTCATCGCCAGCGGTCGCAtg > 1:60190/1‑42 (MQ=255) cGTGAAGAATTTGGTGTCTGTCTCATCGCCAGCGGTCGCAtg > 1:1508399/1‑42 (MQ=255) cGTGAAGAATTTGGTGTCTGTCTCATCGCCAGCGGTCGCAtg > 1:492379/1‑42 (MQ=255) cGTGAAGAATTTGGTGTCTGTCTCATCGCCAGCGGTCGCAtg > 1:2158477/1‑42 (MQ=255) cGTGAAGAATTTGGTGTCTGTCTCATCGCCAGCGGTCGCAtg > 1:3114168/1‑42 (MQ=255) cGTGAAGAATTTGGTGTCTGTCTCATCGCCAGCGGTCGCAtg > 1:847000/1‑42 (MQ=255) cGTGAAGAATTTGGTGTCTGTCTCATCGCCAGCGGTCGCAtg > 1:1073343/1‑42 (MQ=255) gaagaaTTTGGTGTCTATCTCATCGCCAGCGGTCGCAtg > 1:831583/1‑39 (MQ=255) gaagaaTTTGGTGTCTATCTCATCGCCAGCGGTCGCAtg > 1:2737731/1‑39 (MQ=255) gaaTTTGGTGTCTGTCTCATCGCCAGCGGTCGCATGTGTGTCGCCGGGTTAAATACGGCAAATGTACAACg < 1:1765689/71‑1 (MQ=255) gaaTTTGGTGTCTGTCTCATCGCCAGCGGTCGCATGTGTGTCGCCGGGTTAAATACGGCAAATGTACAACg < 1:1672044/71‑1 (MQ=255) gaaTTTGGTGTCTGTCTCATCGCCAGCGGTCGCATGTGTGTCGCCGGGTTAAATACGGCAAATGTACAACg < 1:505046/71‑1 (MQ=255) aaTTTGGTGTCTGTCTCATCGCCAGCGGTCGCATGTGTGTCGCCGGGTTAAATACGGCAAATGTACAACgt < 1:2011645/71‑1 (MQ=255) aaTTTGGTGTCTGTCTCATCGCCAGCGGTCGCATGTGTGTCGCCGGGTTAAATACGGCAAATGTACAACgt < 1:2296824/71‑1 (MQ=255) aTTTGGTGTCTGTCTCATCGCCAGCGGTCGCATGTGTGTCGCCGGGTTAAATACGGCAAATGTACAACgt < 1:392908/70‑1 (MQ=255) gtgtCTGTCTCATCGCCAGCGGTCGCATGTGTGTCGCCGGGTTAAATACGGCaaa > 1:2048498/1‑55 (MQ=255) gtgtCTGTCTCATCGCCAGCGGTCGCATGTGTGTCGCCGGGTTAAATACGGCaaa > 1:3400183/1‑55 (MQ=255) tgtctgtcTCATCGCCAGCGGTCGCATGTGTGTCGCCGGGTTAAATACGGCa < 1:3672729/52‑1 (MQ=255) tgtctgtcTCATCGCCAGCGGTCGCATGTGTGTCGCCGGGTTAAATACGGCa < 1:3631273/52‑1 (MQ=255) tgtctgtcTCATCGCCAGCGGTCGCATGTGTGTCGCCGGGTTAAATACGGCa < 1:2463106/52‑1 (MQ=255) tgtctgtcTCATCGCCAGCGGTCGCATGTGTGTCGCCGGGTTAAATACGGCa < 1:2635808/52‑1 (MQ=255) tgtctgtcTCATCGCCAGCGGTCGCATGTGTGTCGCCGGGTTAAATACGGCAAATGTACAACGTGTGGCaa < 1:1450310/71‑1 (MQ=255) tgtctgtcTCATCGCCAGCGGTCGCATGTGTGTCGCCGGGTTAAATACGGCAAATGTACAACGTGTGGCaa < 1:2132438/71‑1 (MQ=255) | TGTTCAGTTATACCGGTTTAAGTGCCGCTCAGGTTGACCGACTACGTGAAGAATTTGGTGTCTATCTCATCGCCAGCGGTCGCATGTGTGTCGCCGGGTTAAATACGGCAAATGTACAACGTGTGGCAA > W3110S.gb/4271748‑4271876 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |