| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | W3110S.gb | 4,295,565 | T→C | 100% | F154F (TTT→TTC) | nrfE → | heme lyase (NrfEFG) for insertion of heme into c552, subunit NrfE |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | W3110S.gb | 4,295,565 | 0 | T | C | 89.4% | 195.9 / 11.6 | 66 | F154F (TTT→TTC) | nrfE | heme lyase (NrfEFG) for insertion of heme into c552, subunit NrfE |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (6/1); new base C (28/31); total (34/32) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.06e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.96e-01 | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
CGGATATTTCCACCAGCAATCGAAGGCCGCGATCTCAATCCGATGCTGCAACATCCCGGTCTTATCTTTCATCCACCGCTGCTTTACCTTGGCTATGGCGGTTTGATGGTAGCGGCGAGCGTGGCGCTGGCGAG > W3110S.gb/4295497‑4295630 | cGGATATTTCCACCAGCAATCGAAGGCCGCGATCTCAATCCGATGCTGCAACATCCCGGTCTTATCTTCCa < 1:3454159/71‑1 (MQ=255)cGGATATTTCCACCAGCAATCGAAGGCCGCGATCTCAATCCGATGCTGCAACATCCCGGTCTTATCTTCCa < 1:152387/71‑1 (MQ=255)cGGATATTTCCACCAGCAATCGAAGGCCGCGATCTCAATCCGATGCTGCAACATCCCGGTCTTATCTTCCa < 1:2537396/71‑1 (MQ=255)cGGATATTTCCACCAGCAATCGAAGGCCGCGATCTCAATCCGATGCTGCAACATCCCGGTCTTATCTTCCa < 1:609123/71‑1 (MQ=255) atTTCCACCAGCAATCGAAGGCCGCGATCTCAATCCGATGCTGCAACATCCCGGTCTTATCTTCCATCCAc > 1:3491032/1‑71 (MQ=255) atTTCCACCAGCAATCGAAGGCCGCGATCTCAATCCGATGCTGCAACATCCCGGTCTTATCTTCCATCCAc > 1:1917023/1‑71 (MQ=255) caccaGCAATCGAAGGCCGCGATCTCAATCCGATGCTGCAACATCCCGGTCTTATCTTCCATCCACCgctg < 1:2242055/71‑1 (MQ=255) aGCAATCGAAGGCCGCGATCTCAATCCGATGCTGCAACATCCCGGTCTTATCTTCCATCCACCGCTGCttt < 1:2506466/71‑1 (MQ=255) aGCAATCGAAGGCCGCGATCTCAATCCGATGCTGCAACATCCCGGTCTTATCTTCCATCCACCGCTGCttt < 1:286168/71‑1 (MQ=255) cGAAGGCCGCGATCTCAATCCGATGCTGCAACATCCCGGTCTTATCTTCCATCCACCGCTGCTTTACCTTg > 1:2277482/1‑71 (MQ=255) cGAAGGCCGCGATCTCAATCCGATGCTGCAACATCCCGGTCTTATCTTCCATCCACCGCTGCTTTACCTTg > 1:1886064/1‑71 (MQ=255) cGAAGGCCGCGATCTCAATCCGATGCTGCAACATCCCGGTCTTATCTTCCATCCACCGCTGCTTTACCTTg > 1:1786806/1‑71 (MQ=255) aaGGCCGCGATCTCAATCCGATGCTGCAACATCCCGGTCTTATCTTCCATCCACCGCTGCTTTACCTTGGc < 1:2306750/71‑1 (MQ=255) aaGGCCGCGATCTCAATCCGATGCTGCAACATCCCGGTCTTATCTTCCATCCACCGCTGCTTTACCTTGGc < 1:3063953/71‑1 (MQ=255) aaGGCCGCGATCTCAATCCGATGCTGCAACATCCCGGTCTTATCTTCCATCCACCGCTGCTTTACCTTGGc < 1:2063670/71‑1 (MQ=255) aaGGCCGCGATCTCAATCCGATGCTGCAACATCCCGGTCTTATCTTCCATCCACCGCTGCTTTACCTTGGc < 1:1047626/71‑1 (MQ=255) aaGGCCGCGATCTCAATCCGATGCTGCAACATCCCGGTCTTATCTTCCATCCACCGCTGCTTTACCTTGGc < 1:2948639/71‑1 (MQ=255) aaGGCCGCGATCTCAATCCGATGCTGCAACATCCCGGTCTTATCTTCCATCCACCGCTGCTTTACCTTGGc < 1:1825210/71‑1 (MQ=255) aaGGCCGCGATCTCAATCCGATGCTGCAACATCCCGGTCTTATCTTCCATCCACCGCTGCTTTACCTTGGc < 1:2809856/71‑1 (MQ=255) aaGGCCGCGATCTCAATCCGATGCTGCAACATCCCGGTCTTATCTTCCATCCACCGCTGCTTTACCTTGGc < 1:2469288/71‑1 (MQ=255) aGGCCGCGATCTCAATCCGATGCTGCAACATCCCGGTCTTATCTTCCATCCACCGCTGCTTTACCTTGGc < 1:173467/70‑1 (MQ=255) aGGCCGCGATCTCAATCCGATGCTGCAACATCCCGGTCTTATCTTCCATCCACCGCTGCTTTACCTTGGCt < 1:2957734/71‑1 (MQ=255) gcgATCTCAATCCGATGCTGCAACATCCCGGTCTTATCTTCCa > 1:2390184/1‑43 (MQ=255) gcgATCTCAATCCGATGCTGCAACATCCCGGTCTTATCTTCCa > 1:1479234/1‑43 (MQ=255) gcgATCTCAATCCGATGCTGCAACATCCCGGTCTTATCTTCCa > 1:2839369/1‑43 (MQ=255) gATCTCAATCCGATGCTGCAACATCCCGGTCTTATCTTCCATCCACCGCTGCTTTACCTTGGCTATGGCgg > 1:1578852/1‑71 (MQ=255) tCCGATGCTGCAACATCCCGGTCTTATCTTCCATCCACCgctg > 1:2111759/1‑43 (MQ=255) tCCGATGCTGCAACATCCCGGTCTTATCTTCCATCCACCGCTGCTTTACCTTGGCTATGGCGGTTTGATgg > 1:3694471/1‑71 (MQ=255) tCCGATGCTGCAACATCCCGGTCTTATCTTCCATCCACCGCTGCTTTACCTTGGCTATGGCGGTTTGATgg > 1:40951/1‑71 (MQ=255) tCCGATGCTGCAACATCCCGGTCTTATCTTCCATCCACCGCTGCTTTACCTTGGCTATGGCGGTTTGATgg > 1:2352128/1‑71 (MQ=255) tCCGATGCTGCAACATCCCGGTCTTATCTTCCATCCACCGCTGCTTTACCTTGGCTATGGCGGTTTGATgg > 1:2917517/1‑71 (MQ=255) tCCGATGCTGCAACATCCCGGTCTTATCTTCCATCCACCGCTGCTTTACCTTGGCTATGGCGGTTTGATgg > 1:2588347/1‑71 (MQ=255) tCCGATGCTGCAACATCCCGGTCTTATCTTCCATCCACCGCTGCTTTACCTTGGCTATGGCGGTTTGATgg > 1:1623189/1‑71 (MQ=255) ccGATGCTGCAACATCCCGGTCTTATCTTCCATCCACCGCTGCTTTACCTTGGCTATGGCGGTTTGATgg > 1:2862047/1‑70 (MQ=255) cGATGCTGCAACATCCCGGTCTTATCTTCCATCCACCGCTGCTTTACCTTGGCTATGGCGGTTTGATGGt < 1:23803/70‑1 (MQ=255) tgctgcAACATCCCGGTCTTATCTTCCATCCACCGCTGCTTTACCTTGGCTATGGCGGTTTGATGGTAgcg > 1:2728575/1‑71 (MQ=255) gctgcAACATCCCGGTCTTATCTTCCATCCACCGCTGCTTTACCTTGGCTa > 1:1227378/1‑51 (MQ=255) gctgcAACATCCCGGTCTTATCTTCCATCCACCGCTGCTTTACCTTGGCTa > 1:1264162/1‑51 (MQ=255) gctgcAACATCCCGGTCTTATCTTCCATCCACCGCTGCTTTACCTTGGCTa > 1:550114/1‑51 (MQ=255) ctgcAACATCCCGGTCTTATCTTCCATCCACCGCTGCTTTACCTTGGCTATGGCGGTTTGATGGTAgcggc < 1:1443787/71‑1 (MQ=255) ctgcAACATCCCGGTCTTATCTTCCATCCACCGCTGCTTTACCTTGGCTATGGCGGTTTGATGGTAgcggc < 1:1257098/71‑1 (MQ=255) ctgcAACATCCCGGTCTTATCTTCCATCCACCGCTGCTTTACCTTGGCTATGGCGGTTTGATGGTAgcggc < 1:2400740/71‑1 (MQ=255) tgcAACATCCCGGTCTTATCTTCCATCCACCGCTGCTTTACCTTGGCTATGGCGGTTTGATGGTAgcggc < 1:2452944/70‑1 (MQ=255) tCCCGGTCTTATCTTTCATCCACCGCTGCTTTACCTTGGCTATGGCGGTTTGATGGTAGCGGCGAGCGTgg > 1:2457302/1‑71 (MQ=255) tCCCGGTCTTATCTTTCATCCACCGCTGCTTTACCTTGGCTATGGCGGTTTGATGGTAGCGGCGAGCGTgg < 1:1771106/71‑1 (MQ=255) cccGGTCTTATCTTCCATCCACCGCTGCTTTACCTTGGCt < 1:2734476/40‑1 (MQ=255) ccGGTCTTATCTTCCATCCACCGCTGCTTTACCTTGGCTATGGCGGTTTGATGGTAGCGGCGAGCg > 1:1068845/1‑66 (MQ=255) ccGGTCTTATCTTCCATCCACCGCTGCTTTACCTTGGCTATGGCGGTTTGATGGTAGCGGCGAGCg > 1:44249/1‑66 (MQ=255) ccGGTCTTATCTTCCATCCACCGCTGCTTTACCTTGGCTATGGCGGTTTGATGGTAGCGGCGAGCg > 1:2040979/1‑66 (MQ=255) ccGGTCTTATCTTCCATCCACCGCTGCTTTACCTTGGCTATGGCGGTTTGATGGTAGCGGCGAGCGTgg < 1:3023191/69‑1 (MQ=255) ccGGTCTTATCTTCCATCCACCGCTGCTTTACCTTGGCTATGGCGGTTTGATGGTAGCGGCGAGCGTGgcg > 1:122317/1‑71 (MQ=255) ccGGTCTTATCTTCCATCCACCGCTGCTTTACCTTGGCTATGGCGGTTTGATGGTAGCAGCGAGCGTgg < 1:1732862/69‑1 (MQ=255) cTTATCTTCCATCCACCGCTGCTTTACCTTGGCTATGGCGGTTTGATGGTAgcggc > 1:2642730/1‑56 (MQ=255) cTTATCTTCCATCCACCGCTGCTTTACCTTGGCTATGGCGGTTTGATGGTAGCGGCGAGCGTGGCGCTGGc > 1:3311882/1‑71 (MQ=255) cTTATCTTCCATCCACCGCTGCTTTACCTTGGCTATGGCGGTTTGATGGTAGCGGCGAGCGTGGCGCTGGc < 1:972376/71‑1 (MQ=255) cTTATCTTCCATCCACCGCTGCTTTACCTTGGCTATGGCGGTTTGATGGTAGCGGCGAGCGAGGCGCTGGc > 1:166641/1‑71 (MQ=255) aTCTTTCATCCACCGCTGCTTTACCTTGGCTATGGCGGTTTGATGGTAGCGGCGAGCGTGGCGCTGGCGAg > 1:2294164/1‑71 (MQ=255) aTCTTTCATCCACCGCTGCTTTACCTTGGCTATGGCGGTTTGATGGTAGCGGCGAGCGTGGCGCTGGCGAg > 1:1910059/1‑71 (MQ=255) aTCTTTCATCCACCGCTGCTTTACCTTGGCTATGGCGGTTTGATGGTAGCGGCGAGCGTGGCGCTGGCGAg > 1:1476568/1‑71 (MQ=255) aTCTTTCATCCACCGCTGCTTTACCTTGGCTATGGCGGTTTGATGGTAGCGGCGAGCGTGGCGCTGGCGAg > 1:735735/1‑71 (MQ=255) aTCTTTCATCCACCGCTGCTTTACCTTGGCTATGGCGGTTTGATGGTAGCGGCGAGCGTGGCGCTGGCGAg > 1:1204203/1‑71 (MQ=255) tCTTCCATCCACCGCTGCTTTACCTTGGCTATGGCGGTTTGATGGTAGCGGCGAGCGTGGCGCTGGCGAg < 1:2372083/70‑1 (MQ=255) tCTTCCATCCACCGCTGCTTTACCTTGGCTATGGCGGTTTGATGGTAGCGGCGAGCGTGGCGCTGGCGAg < 1:2094436/70‑1 (MQ=255) tCTTCCATCCACCGCTGCTTTACCTTGGCTATGGCGGTTTGATGGTAGCGGCGAGCGTGGCGCTGGCGAg < 1:1863258/70‑1 (MQ=255) tCTTCCATCCACCGCTGCTTTACCTTGGCTATGGCGGTTTGATGGTAGCGGCGAGCGTGGCGCTGGCGAg < 1:1390195/70‑1 (MQ=255) tCTTCCATCCACCGCTGCTTTACCTTGGCTATGGCGGTTTGATGGTAGCGGCGAGCGTGGCGCTGGCGAg < 1:888777/70‑1 (MQ=255) | CGGATATTTCCACCAGCAATCGAAGGCCGCGATCTCAATCCGATGCTGCAACATCCCGGTCTTATCTTTCATCCACCGCTGCTTTACCTTGGCTATGGCGGTTTGATGGTAGCGGCGAGCGTGGCGCTGGCGAG > W3110S.gb/4295497‑4295630 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |