| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | W3110S.gb | 236,107 | A→C | 73.2% | E14A (GAA→GCA) | dnaQ → | DNA polymerase III epsilon subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | W3110S.gb | 236,107 | 0 | A | C | 73.2% | 727.2 / 172.0 | 294 | E14A (GAA→GCA) | dnaQ | DNA polymerase III epsilon subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (47/32); new base C (134/81); total (181/113) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.86e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.14e-01 | |||||||||||
Only 100 of 316 total aligned reads displayed.
AACGACAAGTCTGACATAAATGACCGCTATGAGCACTGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGATACCGAAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGAAGGCCACAAGATCATTGAGATTGGTGCCG > W3110S.gb/236039‑236172 | caactCAAGTCTGACATAAATGACCGCTATGAGCACTGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGcaa > 1:941619‑M2/6‑71 (MQ=255)caactCAAGTCTGACATAAATGACCGCTATGAGCACTGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGcaa > 1:846831‑M2/6‑71 (MQ=255)caactCAAGTCTGACATAAATGACCGCTATGAGCACTGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGcaa > 1:1807082‑M2/6‑71 (MQ=255) actCAAGTCTGACATAAATGACCGCTATGAGCACTGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGcaa > 1:764150‑M2/4‑69 (MQ=255) ctCAAGTCTGACATAAATGACCGCTATGAGCACTGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAacca > 1:2397605‑M2/3‑71 (MQ=255) ctCAAGTCTGACATAAATGACCGCTATGAGCACTGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAacca > 1:1425245‑M2/3‑71 (MQ=255) aGTCTGACATAAATGACCGCTATGAGCACTGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCgg < 1:3288351/71‑1 (MQ=255) aGTCTGACATAAATGACCGCTATGAGCACTGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCgg < 1:398345/71‑1 (MQ=255) tCTGACATAAATGACCGCTATGAGCACTGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCgg < 1:1928921/69‑1 (MQ=255) tGACATAAATGACCGCTATGAGCACTGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTAt > 1:2435564/1‑70 (MQ=255) aCATAAATGACCGCTATGAGCACTGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATg < 1:1163781/69‑1 (MQ=255) cATAAATGACCGCTATGAGCACTGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAAc > 1:2163127/1‑71 (MQ=255) cATAAATGACCGCTATGAGCACTGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAAc > 1:35316/1‑71 (MQ=255) aaaTGACCGCTATGAGCACTGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAAc > 1:1875698/1‑68 (MQ=255) aaTGACCGCTATGAGCACTGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGATACCGAAac > 1:1795326/1‑54 (MQ=255) aaTGACCGCTATGAGCACTGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGATACCGAAACCACCGGTATGAAc > 1:2788374/1‑67 (MQ=255) aTGACCGCTATGAGCACTGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGAt < 1:3439263/71‑1 (MQ=255) aTGACCGCTATGAGCACTGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGAt < 1:2937351/71‑1 (MQ=255) aCCGCTATGAGCACTGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTgg > 1:264529/1‑71 (MQ=255) aCCGCTATAAGCACTGCAATTTCACGCCAGATCGTTCTCGATACCGAAACCACCGGTATGAACCAGATTgg < 1:2220966/71‑1 (MQ=255) ccGCTATGAGCACTGCAATTTCACGCCAGATCGTTCTCGATACCGAAACCACCGGTATGAACCAGATTgg < 1:146195/70‑1 (MQ=255) tATGAGCACTGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTa > 1:1584770/1‑53 (MQ=255) tATGAGCACTGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTa > 1:1599237/1‑53 (MQ=255) taaGCACTGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTgcg < 1:1239401/66‑1 (MQ=255) aGCACTGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCgg < 1:2893241/47‑1 (MQ=255) aGCACTGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTa > 1:323623/1‑71 (MQ=255) aGCACTGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTa > 1:3506562/1‑71 (MQ=255) aGCACTGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTa > 1:3005977/1‑71 (MQ=255) aGCACTGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTa > 1:1257481/1‑71 (MQ=255) aGCACTGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTa > 1:2104170/1‑71 (MQ=255) aGCACTGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTa > 1:2143100/1‑71 (MQ=255) aGCACTGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGATACCGAAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTa > 1:1101205/1‑71 (MQ=255) cACTGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTAt > 1:3193096/1‑70 (MQ=255) cACTGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTAt > 1:2913970/1‑70 (MQ=255) tGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATg < 1:161834/68‑1 (MQ=255) gCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGAAgg > 1:2970282/1‑71 (MQ=255) gCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGAAgg > 1:3713714/1‑71 (MQ=255) gCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGATACCGAAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGAAgg > 1:3463021/1‑71 (MQ=255) cAATTACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGaa > 1:3392198/1‑68 (MQ=255) cAATTACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGaa > 1:837833/1‑68 (MQ=255) cAATTACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGaa > 1:1003215/1‑68 (MQ=255) cAATTACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGAAGGc > 1:1048058/1‑71 (MQ=255) cAATTACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGAAGGc > 1:638408/1‑71 (MQ=255) cAATTACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGAAGGc > 1:1670356/1‑71 (MQ=255) ttACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTgcg < 1:1352108/56‑1 (MQ=255) ttACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTgcg < 1:3077868/56‑1 (MQ=255) ttACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGAAGGCcac < 1:3268994/71‑1 (MQ=255) ttACACGCCAGATCGTTCTCGATACCGAAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTAtt < 1:105857/63‑2 (MQ=255) ttACACGCCAGATCGTTCTCGATACCGAAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATg < 1:8129/63‑1 (MQ=255) ttACACGCCAGATCGTTCTCGATACCGAAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATg < 1:17509/63‑1 (MQ=255) tACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAAc > 1:332254/1‑43 (MQ=38) tACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAAc > 1:2821616/1‑43 (MQ=38) tACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGAAGGCcac > 1:2462330/1‑70 (MQ=255) acacGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCAGCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGAAGGCcac > 1:2997038/1‑69 (MQ=255) acacGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTgcgc > 1:3617658/1‑55 (MQ=255) acacGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCa > 1:916755/1‑56 (MQ=255) acacGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCa > 1:520077/1‑56 (MQ=255) acacGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATTAAGGCcac > 1:2254663/1‑69 (MQ=255) acacGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGAAGGCcac > 1:450043/1‑69 (MQ=255) acacGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGAAGGCcac > 1:3564461/1‑69 (MQ=255) acacGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGAAGGCcac > 1:1643404/1‑69 (MQ=255) acacGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGAAGGCcac > 1:2832416/1‑69 (MQ=255) acacGCCAGATCGTTCTCGATACCGAAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGAAGGCcac > 1:2507514/1‑69 (MQ=255) acacGCCAGATCGTTCACGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGAAGGCcac > 1:1474300/1‑69 (MQ=255) gCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGAAGGCCACAAGATc < 1:2712066/71‑1 (MQ=255) gCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGAAGGCCACAAGATc < 1:2181659/71‑1 (MQ=255) gCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGAAGGCCACAAGATc < 1:3155817/71‑1 (MQ=255) gATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGAAGGCCACAAGATCATTg < 1:592400/71‑1 (MQ=255) gATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGAAGGCCACAAGATCATTg < 1:3493752/71‑1 (MQ=255) aTCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCa < 1:2628541/35‑1 (MQ=37) aTCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCa < 1:131249/35‑1 (MQ=37) aTCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCTCACTATGAAGGcctc < 1:131663/60‑3 (MQ=255) aTCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGAAGGCcac < 1:3547009/60‑1 (MQ=255) aTCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGAAGGCCACAAGATCAtt > 1:737657/1‑69 (MQ=255) aTCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGAAGGCCACAAGATCAtt > 1:54640/1‑69 (MQ=255) aTCGTTCTCGATACCGAAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCAc < 1:1984382/48‑1 (MQ=255) aTCGTTCTCGATACCGAAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCAc < 1:1950678/48‑1 (MQ=255) tCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGAAGGCCACAAGAt > 1:500589/1‑64 (MQ=255) tCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGAAGGCCACAAGAt > 1:1523183/1‑64 (MQ=255) tCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGAAGGCCACAAGAt > 1:888270/1‑64 (MQ=255) tCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGAAGGCCACAAGAt > 1:1185168/1‑64 (MQ=255) tCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGAAGGCCACAAGATCAtt > 1:1386091/1‑68 (MQ=255) tCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGAAGGCCACAAGATCAtt > 1:3653647/1‑68 (MQ=255) tCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGAAGGCCACAAGATCAtt > 1:3369043/1‑68 (MQ=255) tCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGAAGGCCACAAGATCATTgag < 1:231638/71‑1 (MQ=255) tCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGAAGGCCACAAGATCATTgag < 1:2556511/71‑1 (MQ=255) tCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGAAGGCCACAAGATCATTgag < 1:1568609/71‑1 (MQ=255) tCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGAAGGCCACAAGATCATTgag < 1:259411/71‑1 (MQ=255) tCGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGAAGGCCACAAGATCATTgag < 1:1660041/71‑1 (MQ=255) tCGTTCTCGATACCGAAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGAAGGCCACAAGATCATTgag < 1:1294965/71‑1 (MQ=255) cGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGAAGGCCACAAGATCAtt > 1:710806/1‑67 (MQ=255) cGTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGAAGGCCACAAGATCATTgag < 1:2361939/70‑1 (MQ=255) cGTTCTCGATACCGAAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGAAGGCCACAAGATCAtt > 1:2345376/1‑67 (MQ=255) cGTTCTCGATACCGAAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGAAGGCCACAAGATCAtt > 1:2684028/1‑67 (MQ=255) cGTTCTCGATACCGAAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGAGCACTATGAAGGCCACAAGATCAtt > 1:686959/1‑67 (MQ=255) cGTTCTCGATACCGAAACCAACGGTATGAACCAGATTGGTGCGCa > 1:2812538/1‑45 (MQ=255) gTTCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGAAGGCCACAAGATCATTGAGAt < 1:3599296/71‑1 (MQ=255) ttCTCGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTa > 1:2024648/1‑46 (MQ=39) ttCTCGATACCGAAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGAAGGCCACAAGATCATTGAGAtt < 1:1092266/71‑1 (MQ=255) ctcGCTACCGCAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGAAGGCCACAAGATCATTGAGATTgg > 1:3290531/1‑71 (MQ=255) | AACGACAAGTCTGACATAAATGACCGCTATGAGCACTGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGATACCGAAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGAAGGCCACAAGATCATTGAGATTGGTGCCG > W3110S.gb/236039‑236172 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |