| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | W3110S.gb | 4,491,067 | G→A | 68.1% | V56V (GTG→GTA) | yjgP → | conserved inner membrane protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | W3110S.gb | 4,491,067 | 0 | G | A | 68.1% | 83.2 / 61.7 | 69 | V56V (GTG→GTA) | yjgP | conserved inner membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (6/16); new base A (10/37); total (16/53) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.60e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.17e-01 | |||||||||||
CCTCGGCGCAGCGGTTGACGGCGATATTCCGGCGAATCTGGTGCTCTCCCTTCTCGGGTTGGGCGTGCCGGAAATGGCGCAGCTTATCCTGCCATTAAGCCTGTTCCTCGGGCTGCTGATGAC > W3110S.gb/4491001‑4491123 | ccTCGGCGCAGCGGTTGACGGCGATATTCCGGCGAATCTGGTGCTCTCCCTTCTCGGGTTGGGCGTACCg > 1:1261350/1‑70 (MQ=255)ccTCGGCGCAGCGGTTGACGGCGATATTCCGGCGAATCTGGTGCTCTCCCTTCTCGGGTTGGGCGTACCg > 1:3630360/1‑70 (MQ=255)ccTCGGCGCAGCGGTTGACGGCGATATTCCGGCGAATCTGGTGCTCTCCCTTCTCGGGTTGGGCGTACCg > 1:1621880/1‑70 (MQ=255) cTCGGCGCAGCGGTTGACGGCGATATTCCGGCGAATCTGGTGCTCTCCCTTCTCGGGTTGGGCGTACCGGa < 1:1245073/71‑1 (MQ=255) ggTTGACGGCGATATTCCGGCGAATCTGGTGCTCTCCCTTCTCGGGTTGGGCGTGCCGGAAATGGCGCa < 1:2069349/69‑1 (MQ=255) tGACGGCGATATTCCGGCGAATCTGGTGCTCTCCCTTCTCGGGTTGGGCGTGCCGGAAATGGCGCAGCTTa > 1:1309116/1‑71 (MQ=255) tGACGGCGATATTCCGGCGAATCTGGTGCTCTCCCTTCTCGGGTTGGGCGTGCCGGAAATGGCGCAGCTTa > 1:2863028/1‑71 (MQ=255) tGACGGCGATATTCCGGCGAATCTGGTGCTCTCCCTTCTCGGGTTGGGCGTGCCGGAAATGGCGCAGCTTa > 1:211707/1‑71 (MQ=255) tGACGGCGATATTCCGGCGAATCTGGTGCTCTCCCTTCTCGGGTTGGGCGTGCCGGAAATGGCGCAGCTTa > 1:1840221/1‑71 (MQ=255) gACGGCGATATTCCGGCGAATCTGGTGCTCTCCCTTCTCGGGTTGGGCGTGCCGGAAATGGCGCAGCTTa < 1:3545015/70‑1 (MQ=255) gACGGCGATATTCCGGCGAATCTGGTGCGCTCCCTTCTCGGGTGGGGCGTACCGGAAATGGCGCAGCTTa < 1:2730417/70‑1 (MQ=255) cGATATTCCGGCGAATCTGGTGCTCTCCCTTCTCGGGTTGGGCGTGCCGGAAATGGCGCAGCTTATCCTGc < 1:2995068/71‑1 (MQ=255) cGATATTCCGGCGAATCTGGTGCTCTCCCTTCTCGGGTTGGGCGTGCCGGAAATGGCGCAGCTTATCCTGc < 1:952582/71‑1 (MQ=255) cGATATTCCGGCGAATCTGGTGCTCTCCCTTCTCGGGTTGGGCGTGCCGGAAATGGCGCAGCTTATCCTGc < 1:622023/71‑1 (MQ=255) cGATATTCCGGCGAATCTGGTGCTCTCCCTTCTCGGGTTGGGCGTGCCGGAAATGGCGCAGCTTATCCTGc < 1:524691/71‑1 (MQ=255) cGATATTCCGGCGAATCTGGTGCTCTCCCTTCTCGGGTTGGGCGTGCCGGAAATGGCGCAGCTTATCCTGc < 1:1858292/71‑1 (MQ=255) cGATATTCCGGCGAATCTGGTGCTCTCCCTTCTCGGGTTGGGCGTGCCGGAAATGGCGCAGCTTATCCTGc < 1:1149164/71‑1 (MQ=255) gATATTCCGGCGAATCTGGTGCTCTCCCTTCTCGGGTTGGGCGTGCCGGAAATGGCGCAGCTTATCCTg > 1:780406/1‑69 (MQ=255) gATATTCCGGCGAATCTGGTGCTCTCCCTTCTCGGGTTGGGCGTGCCGGAAATGGCGCAGCTTATCCTGc > 1:841333/1‑70 (MQ=255) gATATTCCGGCGAATCTGGTGCTCTCCCTTCTCGGGTTGGGCGTACCGGAAATGGCGCAGCTTATCCTGc < 1:847568/70‑1 (MQ=255) atatTCCGGCGAATCTGGTGCTCTCCCTTCTCGGGTTGGGCGTGCCGGAAATGGCGCAGCTTATCCTGCCa < 1:38172/71‑1 (MQ=255) atatTCCGGCGAATCTGGTGCTCTCCCTTCTCGGGTTGGGCGTGCCGGAAATGGCGCAGCTTATCCTGCCa < 1:2477036/71‑1 (MQ=255) atatTCCGGCGAATCTGGTGCTCTCCCTTCTCGGGTTGGGCGTGCCGGAAATGGCGCAGCTTATCCTGCCa < 1:802336/71‑1 (MQ=255) ttCCGGCGAATCTGGTGCTCTCCCTTCTCGGGTTGGGCGTACCGGAAATGGCGCAGCTTa < 1:831870/60‑1 (MQ=255) ttCCGGCGAATCTGGTGCTCTCCCTTCTCGGGTTGGGCGTACCGGAAATGGCGCAGCTTa < 1:3201168/60‑1 (MQ=255) ttCCGGCGAATCTGGTGCTCTCCCTTCTCGGGTTGGGCGTACCGGAAATGGCGCAGCTTa < 1:410552/60‑1 (MQ=255) ccGGCGAATCTGGTGCTCTCCCTTCTCGGGTTGGGCGTACCGGAAATGGCGCAGCTTATc > 1:840405/1‑60 (MQ=255) aTCTGGTGCTCTCCCTTCTCGGGTTGGGCGTGCCGGAAATGGCGCAGCTTATCCTGCCATTAAGCCTGTTc < 1:494056/71‑1 (MQ=255) aTCTGGTGCTCTCCCTTCTCGGGTTGGGCGTGCCGGAAATGGCGCAGCTTATCCTGCCATTAAGCCTGTTc < 1:1983391/71‑1 (MQ=255) aTCTGGTGCTCTCCCTTCTCGGGTTGGGCGTACCGGAAATGGCGCAGCTTATCCTGCCATTAAGCCTGTTc < 1:459207/71‑1 (MQ=255) aTCTGGTGCTCTCCCTTCTCGGGTTGGGCGTACCGGAAATGGCGCAGCTTATCCTGCCATTAAGCCTGTTc < 1:2161631/71‑1 (MQ=255) aTCTGGTGCTCTCCCTTCTCGGGTTGGGCGTACCGGAAATGGCGCAGCTTATCCTGCCATTAAGCCTGTTc < 1:9232/71‑1 (MQ=255) tCTGGTGCTCTCCCTTCTCGGGTTGGGCGTACCGGAAATGGCGCAGCTTa < 1:1472049/50‑1 (MQ=255) tCTGGTGCTCTCCCTTCTCGGGTTGGGCGTACCGGAAATGGCGCAGCTTa < 1:638211/50‑1 (MQ=255) tCTGGTGCTCTCCCTTCTCGGGTTGGGCGTACCGGAAATGGCGCAGCTTa < 1:2496305/50‑1 (MQ=255) gTGCTCTCCCTTCTCGGGTTGGGCGTACCGGAAATGGCGCAGCTTATCCTGCGATTAAGCCTGTTCCTCgg < 1:3043776/71‑1 (MQ=255) gTGCTCTCCCTTCTCGGGTTGGGCGTACCGGAAATGGCGCAGCTTATCCTGCCATTAAGCCTGTTcc < 1:405091/67‑1 (MQ=255) gTGCTCTCCCTTCTCGGGTTGGGCGTACCGGAAATGGCGCAGCTTATCCTGCCATTAAGCCTGTTcc < 1:3481180/67‑1 (MQ=255) gTGCTCTCCCTTCTCGGGTTGGGCGTACCGGAAATGGCGCAGCTTATCCTGCCATTAAGCCTGTTCCTCgg < 1:2521163/71‑1 (MQ=255) gTGCTCTCCCTTCTCGGGTTGGGCGTACCGGAAATGGCGCAGCTTATCCTGCCATTAAGCCTGTTCCTCgg < 1:606249/71‑1 (MQ=255) ctctCCCTTCTCGGGTTGGGCGTGCCGGAAATGGCGCAGCTTa < 1:2071024/43‑1 (MQ=255) ctctCCCTTCTCGGGTTGGGCGTGCCGGAAATGGCGCAGCTTa < 1:2712842/43‑1 (MQ=255) ctctCCCTTCTCGGGTTGGGCGTGCCGGAAATGGCGCAGCTTa < 1:1057860/43‑1 (MQ=255) ctctCCCTTCTCGGGTTGGGCGTACCGGAAATGGCGCAGCTTa < 1:2198691/43‑1 (MQ=255) ctctCCCTTCTCGGGTTGGGCGTACCGGAAATGGCGCAGCTTa < 1:1427186/43‑1 (MQ=255) ctctCCCTTCTCGGGTTGGGCGTACCGGAAATGGCGCAGCTTa < 1:3694960/43‑1 (MQ=255) ctctCCCTTCTCGGGTTGGGCGTACCGGAAATGGCGCAGCTTa < 1:1721763/43‑1 (MQ=255) ctctCCCTTCTCGGGTTGGGCGTACCGGAAATGGCGCAGCTTATCCTGCCATTAAGCCTGTTCCTCGGgct > 1:2271884/1‑71 (MQ=255) ccTTCTCGGGTTGGGCGTACCGGAAATGGCGCAGCTTATCCTGCCATTAAGCCTGTTCCTCGGgctgct < 1:2915669/69‑1 (MQ=255) ccTTCTCGGGTTGGGCGTACCGGAAATGGCGCAGCTTATCCTGCCATTAAGCCTGTTCCTCGGgctgct < 1:952518/69‑1 (MQ=255) ttCTCGGGTTGGGCTTACCGGAAATGGCGCAGCTTATCCTGCCATTAAGcc < 1:2778142/51‑1 (MQ=255) ttCTCGGGTTGGGCGTACCGGAAATGGCGCAGCTTATCCTGCCATTAAGcc < 1:435687/51‑1 (MQ=255) ttCTCGGGTTGGGCGTACCGGAAATGGCGCAGCTTATCCTGCCATTAAGcc < 1:2134379/51‑1 (MQ=255) ttCTCGGGTTGGGCGTACCGGAAATGGCGCAGCTTATCCTGCCATTAAGcc < 1:500220/51‑1 (MQ=255) ttCTCGGGTTGGGCGTACCGGAAATGGCGCAGCTTATCCTGCCATTAAGcc < 1:152894/51‑1 (MQ=255) ttCTCGGGTTGGGCGTACCGGAAATGGCGCAGCTTATCCTGCCATTAAGcc < 1:3570888/51‑1 (MQ=255) ttCTCGGGTTGGGCGTACCGGAAATGGCGCAGCTTATCCTGCCATTAAGcc < 1:3566749/51‑1 (MQ=255) ttCTCGGGTTGGGCGTACCGGAAATGGCGCAGCTTATCCTGCCATTAAGcc < 1:3193130/51‑1 (MQ=255) ctcGGGTTGGGCGTACCGGAAATGGCGCAGCTTATCCTGCCAt > 1:1779181/1‑43 (MQ=255) ctcGGGTTGGGCGTACCGGAAATGGCGCAGCTTATCCTGCCATTAAGCCTg > 1:1322692/1‑51 (MQ=255) ctcGGGTTGGGCGTACCGGAAATGGCGCAGCTTATCCTGCCATTAAGCCTg > 1:3437774/1‑51 (MQ=255) ctcGGGTTGGGCGTACCGGAAATGGCGCAGCTTATCCTGCCATTAAGCCTg > 1:2315058/1‑51 (MQ=255) ctcGGGTTGGGCGTACCGGAAATGGCGCAGCTTATCCTGCCATTAAGCCTg > 1:3162872/1‑51 (MQ=255) gTTGGGCGTACCGGAAATGGCGCAGCTTATCCTGCCATTAAGCCTGTTCCTCGGGCTGCTGATGAc < 1:1181764/66‑1 (MQ=255) gTTGGGCGTACCGGAAATGGCGCAGCTTATCCTGCCATTAAGCCTGTTCCTCGGGCTGCTGATGAc < 1:629870/66‑1 (MQ=255) gTTGGGCGTACCGGAAATGGCGCAGCTTATCCTGCCATTAAGCCTGTTCCTCGGGCTGCTGATGAc < 1:2484067/66‑1 (MQ=255) gTTGGGCGTACCGGAAATGGCGCAGCTTATCCTGCCATTAAGCCTGTTCCTCGGGCTGCTGATGAc < 1:3111822/66‑1 (MQ=255) ggCGTACCGGAAATGGCGCAGCTTATCCTGCCATTAAGCCTGTTCCTCGGGCTGCTGATGAc < 1:3123394/62‑1 (MQ=255) ggCGTACCGGAAATGGCGCAGCTTATCCTGCCATTAAGCCTGTTCCGCGGgctgc < 1:2757982/55‑1 (MQ=255) | CCTCGGCGCAGCGGTTGACGGCGATATTCCGGCGAATCTGGTGCTCTCCCTTCTCGGGTTGGGCGTGCCGGAAATGGCGCAGCTTATCCTGCCATTAAGCCTGTTCCTCGGGCTGCTGATGAC > W3110S.gb/4491001‑4491123 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |