| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | W3110S.gb | 579,794 | A→G | 59.3% | intergenic (+485/‑263) | ybcW → / → nohB | hypothetical protein/DNA packaging protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | W3110S.gb | 579,794 | 0 | A | G | 59.3% | 54.7 / 101.6 | 86 | intergenic (+485/‑263) | ybcW/nohB | hypothetical protein/DNA packaging protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (25/10); new base G (24/27); total (49/37) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.88e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.18e-01 | |||||||||||
CAGATCAATTAATACGATACCTGCGTCATAATTGATTATTTGACGTGGTTTGATGGCGTAGATGCACGTTGTGACATGTAGATGATAATTATTATCATTTTGTGGGTCCTTTCCGGCGATCC > W3110S.gb/579735‑579856 | cAGATCAATTAATACGATACCTGCGTCATAATTGATTATTTGACGTGGTTTGATGGCGTAGATGCACGtt < 1:2077588/70‑1 (MQ=255)cAGATCAATTAATACGATACCTGCGTCATAATTGATTATTTGACGTGGTTTGATGGCGTAGATGCACGtt < 1:435968/70‑1 (MQ=255) cAATTAATACGATACCTGCGTCATAATTGATTATTTGACGTGGTTTGATGGCGTGGa > 1:1585693/1‑57 (MQ=16) cAATTAATACGATACCTGCGTCATAATTGATTATTTGACGTGGTTTGATGGCGTGGATGCACGTTGTGAc > 1:2351781/1‑70 (MQ=255) cAATTAATACGATACCTGCGTCATAATTGATTATTTGACGTGGTTTGATGGCGTGGATGCACGTTGTGACa > 1:3047865/1‑71 (MQ=255) cAATTAATACGATACCTGCGTCATAATTGATTATTTGACGTGGTTTGATGGCGTGGATGCACGTTGTGACa > 1:2331934/1‑71 (MQ=255) cAATTAATACGATACCTGCGTCATAATTGATTATTTGACGTGGTTTGATGGCGTGGATGCACGTTGTGACa > 1:1721527/1‑71 (MQ=255) cAATTAATACGATACCTGCGTCATAATTGATTATTTGACGTGGTTTGATGGCGTGGATGCACGTTGTGACa > 1:1709422/1‑71 (MQ=255) cAATTAATACGATACCTGCGTCATAATTGATTATTTGACGTGGTTTGATGGCGTGGATGCACGTTGTGACa > 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1:2240314/71‑1 (MQ=255) gATACCTGCGTCATAATTGATTATTTGACGTGGTTTGATGGCGTGGATGCACGTTGTGACATGTAgatgat < 1:1304114/71‑1 (MQ=255) gATACCTGCGTCATAATTGATTATTTGACGTGGTTTGATGGCGTGGATGCACGTTGTGACATGTAgatgat < 1:3552586/71‑1 (MQ=255) gATACCTGCGTCATAATTGATTATTTGACGTGGTTTGATGGCGTGGATGCACGTTGTGACATGTAgatgat < 1:83100/71‑1 (MQ=255) ccTGCGTCATAATTGATTATTTGACGTGGTTTGATGGCGTAGATGCACGTTGTGACATGTAGATGATAat > 1:3286190/1‑70 (MQ=255) ccTGCGTCATAATTGATTATTTGACGTGGTTTGATGGCGTAGATGCAAGTTGTGACATGTAGATGATAat > 1:1966636/1‑70 (MQ=255) cTGCGTCATAATTGATTATTTGACGTGGTTTGATGGCGTAGATGCACGTTGTGACATGTAgatgat < 1:2786955/66‑1 (MQ=255) tGCGTCATAATTGATTATTTGACGTGGTTTGATGGCGTGGATGCACGTTGTGACa > 1:2845344/1‑55 (MQ=255) gCGTCATAATTGATTATTTGACGTGGTTTGATGGCGTAGATGCACGTTGTGACATGTAGATGATaa > 1:3070644/1‑66 (MQ=255) tCATAATTGATTATTTGACGTGGTTTGATGGCGTGGATGCACGTTGTGACATGTa < 1:2650673/55‑1 (MQ=255) tCATAATTGATTATTTGACGTGGTTTGATGGCGTGGATGCACGTTGTGACATGTa < 1:2922438/55‑1 (MQ=255) tCATAATTGATTATTTGACGTGGTTT‑ATGGCGTGGATGCACGTTGTGACATGTa < 1:1586457/54‑1 (MQ=18) cATAATTGATTATTTGACGTGGTTTGATGGCGTGGATGCACGTTGTGACATGTAGATGATAATTATTATCa > 1:2375910/1‑71 (MQ=255) aaTTGATTATTTGACGTGGTTTGATGGCGTAGATGCACGTTGTGACATGTAGATGATAATTATTATc > 1:3060392/1‑67 (MQ=255) aTTGATTATTTGACGTGGTTTGATGGCGTAGATGCACGTTGTGACATGTAga > 1:606365/1‑52 (MQ=255) aTTGATTATTTGACGTGGTTTGATGGCGTAGATGCACGTTGTGACATGTAga > 1:92932/1‑52 (MQ=255) aTTGATTATTTGACGTGGTTTGATGGCGTAGATGCACGTTGTGACATGTAga > 1:2909994/1‑52 (MQ=255) aTTGATTATTTGACGTGGTTTGATGGCGTAGATGAACGTTGTGACATGTAga > 1:1037990/1‑52 (MQ=255) gATTATTTGACGTGGTTTGATGGCGTGGATGCACGTTGTGACATGTAGATGATAATTATTATCATTTtgt < 1:688590/70‑1 (MQ=255) gATTATTTGACGTGGTTTGATGGCGTGGATGCACGTTGTGACATGTAGATGATAATTATTATCATTTtgt < 1:1370272/70‑1 (MQ=255) gATTATTTGACGTGGTTTGATGGCGTGGATGCACGTTGTGACATGTAGATGATAATTATTATCATTTtgt < 1:938555/70‑1 (MQ=255) gATTATTTGACGTGGTTTGATGGCGTGGATGCACGTTGTGACATGTAGATGATAATTATTATCATTTtgt < 1:806146/70‑1 (MQ=255) ttattTGACGTGGTTTGATGGCGTGGATGCACGTTGTGACATGTAGATGATAATTATTATCATTTTGTggg < 1:3558415/71‑1 (MQ=255) ttattTGACGTGGTTTGATGGCGTGGATGCACGTTGTGACATGTAGATGATAATTATTATCATTTTGTggg < 1:30996/71‑1 (MQ=255) attTGACGTGGTTTGATGGCGTGGATGCACGTTGTGACATGTAGATGATAattat > 1:3461994/1‑55 (MQ=255) attTGACGTGGTTTGATGGCGTGGATGCACGTTGTGACATGTAGATGATAATTATTATCATTTTGTGGGTc > 1:3352680/1‑71 (MQ=255) attTGACGTGGTTTGATGGCGTAGATGCACGTTGTGACATGTAGATGATAATTATTATCATTTTGTGGGt < 1:2359876/70‑1 (MQ=255) attTGACGTGGTTTGATGGCGTAGATGCACGTTGTGACATGTAGATGATAATTATTATCATTTTGTGGGt < 1:3128326/70‑1 (MQ=255) attTGACGTGGTTTGATGGCGTAGATGCACGTTGTGACATGTAGATGATAATTATTATCATTATGTGGGt < 1:1664102/70‑1 (MQ=255) tttGACGTGGTTTGATGGCGTGGATGCACGTTGTGACATGTAGATGATAATTATTATCATTTTGTGGGTc < 1:993995/70‑1 (MQ=255) tttGACGTGGTTTGATGGCGTGGATGCACGTTGTGACATGTAGATGATAATTATTATCATTTTGTGGGTc < 1:3611783/70‑1 (MQ=255) tttGACGTGGTTTGATGGCGTGGATGCACGTTGTGACATGTAGATGATAATTATTATCATTTTGTGGGTc < 1:1754732/70‑1 (MQ=255) tttGACGTGGTTTGATGGCGTGGATGCACGTTGTGACATGTAGATGATAATTATTATCATTTTGTGGGTc < 1:232608/70‑1 (MQ=255) 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gTTTGATGGCGTAGATGCACGTTGTGACATGTAga > 1:1476861/1‑35 (MQ=255) gTTTGATGGCGTAGATGCACGTTGTGACATGTAga > 1:3192136/1‑35 (MQ=255) tttGATGGCGTGGATGCACGTTGTGACATGTAGATGATAATTATTATCATTTTGTGGGTCCTTTCCGGCGa < 1:3050409/71‑1 (MQ=255) ttGATGGCGTAGATGCACGTTGTGACATGTAGATGATAATTATTATCATTTTGTGGGTCCTTTCCGGCGAt > 1:642885/1‑71 (MQ=255) aTGGCGTGGATGCACGTTGTGACATGTAGATGATAATTATTATCATTTTGTGGGTCCTTTCCGGCTATcc < 1:2718834/70‑1 (MQ=255) aTGGCGTGGATGCACGTTGTGACATGTAGATGATAATTATTATCATTTTGTGGGTCCTTTCCGGCGATcc < 1:2954232/70‑1 (MQ=255) gCGTAGATGCACGTTGTGACATGTAGATGATAATTATTATCATTTtg > 1:2715620/1‑47 (MQ=255) gCGTAGATGCACGTTGTGACATGTAGATGATAATTATTATCATTTtg > 1:967556/1‑47 (MQ=255) gTAGATGCACGTTGTGACATGTAGATGATAATTATTATCATTTTGTGGGTCCTTTCCGGCGATc > 1:1190885/1‑64 (MQ=255) gTAGATGCACGTTGTGACATGTAGATGATAATTATTATCATTTTGTGGGTCCTTTCCGGCGATc > 1:1958161/1‑64 (MQ=255) gTAGATGCACGTTGTGACATGTAGATGATAATTATTATCATTTTGTGGGTCCTTTCCGGCGATc > 1:3015910/1‑64 (MQ=255) gTAGATGCACGTTGTGACATGTAGATGATAATTATTATCATTTTGTGGGTCCTTTCCGGCGATc > 1:2560719/1‑64 (MQ=255) tAGATGCACGTTGTGACATGTAGATGATAATTATTATCATTTTGTGGGTCCTTTCCGGCGATcc < 1:2244538/64‑1 (MQ=255) | CAGATCAATTAATACGATACCTGCGTCATAATTGATTATTTGACGTGGTTTGATGGCGTAGATGCACGTTGTGACATGTAGATGATAATTATTATCATTTTGTGGGTCCTTTCCGGCGATCC > W3110S.gb/579735‑579856 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |