| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | W3110S.gb | 614,426 | C→T | 76.6% | L349L (CTC→CTT) | entF → | enterobactin synthase multienzyme complex component, ATP‑dependent |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | W3110S.gb | 614,426 | 0 | C | T | 76.6% | 119.6 / 38.0 | 64 | L349L (CTC→CTT) | entF | enterobactin synthase multienzyme complex component, ATP‑dependent |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (3/12); new base T (20/29); total (23/41) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.20e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.90e-01 | |||||||||||
TGCCGAACAAATTGTCCGTGACAGCGGGCGAGCGGCAGGTGATGAACCGCTGTTTGGTCCGGTACTCAATATCAAGGTATTTGATTACCAACTGGATATTCCTGATGTTCAGGCGCAAACCCATACCCTGGC > W3110S.gb/614360‑614491 | tGCCGAACAAATTGTCCGTGACAGCGGGCGAGCGGCAGGTGATGAACCGCTGTTTGGTCCGGTACTCAata < 1:1069306/71‑1 (MQ=255)tGCCGAACAAATTGTCCGTGACAGCGGGCGAGCGGCAGGTGATGAACCGCTGTTTGGTCCGGTACTCAata < 1:874106/71‑1 (MQ=255)tGCCGAACAAATTGTCCGTGACAGCGGGCGAGCGGCAGGTGATGAACCGCTGTTTGGTCCGGTACTCAata < 1:1197553/71‑1 (MQ=255)tGCCGAACAAATTGTCCGTGACAGCGGGCGAGCGGCAGGTGATGAACCGCTGTTTGGTCCGGTACTCAata < 1:341234/71‑1 (MQ=255) aCAAATTGTCCGTGACAGCGGGCGAGCGGCAGGTGATGAACCGCTGTTTGGTCCGGTACTTAATATCAAgg < 1:2088930/71‑1 (MQ=255) aCAAATTGTCCGTGACAGCGGGCGAGCGGCAGGTGATGAACCGCTGTTTGGTCCGGTACTTAATATCAAgg < 1:3555239/71‑1 (MQ=255) ttGTCCGTGACAGCGGGCGAGCGGCAGGTGATGAACCGCTGTTTGGTCCGGTACTCAATATCAAGGTAttt < 1:3429983/71‑1 (MQ=255) gTCCGTGACAGCGGGCGAGCGGCAGGTGATGAACCGCTGTTTGGTCCGGTACTTAATATCAAGGTATTTg < 1:2724528/70‑1 (MQ=255) gTCCGTGACAGCGGGCGAGCGGCAGGTGATGAACCGCTGTTTGGTCCGGTACTCAATATCAAGGTATTTg < 1:410437/70‑1 (MQ=255) tCCGTGACAGCGGGCGAGCGGCAGGTGATGAACCGCTGTTTGGTCCGGTACTTAATATCAAGGTATTTGAt < 1:2948656/71‑1 (MQ=255) tCCGTGACAGCGGGCGAGCGGCAGGTGATGAACCGCTGTTTGGTCCGGTACTTAATATCAAGGTATTTGAt < 1:338809/71‑1 (MQ=255) tCCGTGACAGCGGGCGAGCGGCAGGTGATGAACCGCTGTTTGGTCCGGTACTTAATATCAAGGTATTTGAt < 1:1105157/71‑1 (MQ=255) gggCGAGCGGCAGGTGATGAACCGCTGTTTGGTCCGGTACTCAATATCAAGGTATTTGATTACCAACTGGa < 1:1286945/71‑1 (MQ=255) gggCGAGCGGCAGGTGATGAACCGCTGTTTGGTCCGGTACTCAATATCAAGGTATTTGATTACCAACTGGa < 1:1685680/71‑1 (MQ=255) cGGCAGGTGATGAACCGCTGTTTGGTCCGGTACTCAATATCAAGGTATTTGATTACCAACTGGATATTCCt < 1:1973442/71‑1 (MQ=255) cGGCAGGTGATGAACCGCTGTTTGGTCCGGTACTCAATATCAAGGTATTTGATTACCAACTGGATATTCCt < 1:3085538/71‑1 (MQ=255) aGGTGATGAACCGCTGTTTGGTCCGGTACTTAATATCAAGGTATTTGATTACCAACTGGATATTCCTGATg < 1:2010121/71‑1 (MQ=255) aGGTGATGAACCGCTGTTTGGTCCGGTACTTAATATCAAGGTATTTGATTACCAACTGGATATTCCTGATg < 1:661844/71‑1 (MQ=255) aGGTGATGAACCGCTGTTTGGTCCGGTACTTAATATCAAGGTATTTGATTACCAACTGGATATTCCTGATg < 1:3376010/71‑1 (MQ=255) ggTGATGAACCGCTGTTTGGTCCGGTACTTAATATCAAGGTAttt < 1:1529587/45‑1 (MQ=255) ggTGATGAACCGCTGTTTGGTCCGGTACTTAATATCAAGGTAttt < 1:2954315/45‑1 (MQ=255) ggTGATGAACCGCTGTTTGGTCCGGTACTTAATATCAAGGTAttt < 1:1289540/45‑1 (MQ=255) ggTGATGAACCGCTGTTTGGTCCGGTACTTAATATCAAGGTAttt < 1:1266569/45‑1 (MQ=255) ggTGATGAACCGCTGTTTGGTCCGGTACTTAATATCAAGGTAttt < 1:666083/45‑1 (MQ=255) ggTGATGAACCGCTGTTTGGTCCGGTACTTAATATCAAGGTATTTGATTACCAACTGGATATTCCTGATg < 1:2432107/70‑1 (MQ=255) ggTGATGAACCGCTGTTTGGTCAGGTACTTAATATCAAGGTAttt < 1:2373488/45‑1 (MQ=38) tgatgaACCGCTGTTTGGTCCGGTACTTAATATCAAGGTATTTGATTa < 1:2387620/48‑1 (MQ=255) tgatgaACCGCTGTTTGGTCCGGTACTTAATATCAAGGTATTTGATTa < 1:2484075/48‑1 (MQ=255) tgatgaACCGCTGTTTGGTCCGGTACTTAATATCAAGGTATTTGATTa < 1:2379735/48‑1 (MQ=255) tgatgaACCGCTGTTTGGTCCGGTACTTAATATCAAGGTATTTGATTa < 1:1872939/48‑1 (MQ=255) tgatgaACCGCTGTTTGGTCCGGTACTTAATATCAAGGTATTTGATTa < 1:1873467/48‑1 (MQ=255) gatgaACCGCTGTTTGGTCCGGTACTTAATATCAAGGTATTTGATTACCAACTGGATATTCCTGATGtt > 1:1388089/1‑69 (MQ=255) atgaACCGCTGTTTGGTCCGGTACTTAATATCAAGGTATTTGATTACCAACTgg < 1:2906405/54‑1 (MQ=255) atgaACCGCTGTTTGGTCCGGTACTTAATATCAAGGTATTTGATTACCAACTgg < 1:1555167/54‑1 (MQ=255) atgaACCGCTGTTTGGTCCGGTACTTAATATCAAGGTATTTGATTACCAACTgg < 1:1848205/54‑1 (MQ=255) atgaACCGCTGTTTGGTCCGGTACTTAATATCAAGGTATTTGATTACCAACTGGATATTCCTGATg < 1:1738694/66‑1 (MQ=255) atgaACCGCTGTTTGGTCCGGTACTTAATATCAAGGTATTTGATTACCAACTGGATATTCCTGATGTTCAg > 1:619191/1‑71 (MQ=255) atgaACCGCTGTTTGGTCCGGTACTTAATATCAAGGTATTTGATTACCAACTGGATATTCCTGATGTTCAg > 1:879790/1‑71 (MQ=255) atgaACCGCTGATTGTTCCGGTACTTAATATCAAGGTAttt < 1:301558/41‑1 (MQ=37) gaACCGCTGTTTGGTCCGGTACTTAATATCAAGGTATTTGa > 1:387416/1‑41 (MQ=255) gaACCGCTGTTTGGTCCGGTACTTAATATCAAGGTATTTGa > 1:3539030/1‑41 (MQ=255) gaACCGATGTTTGGTCCGGTACTTAATATCAAGGTATTTGa > 1:2883/1‑41 (MQ=38) aaCCGCTGTTTGGTCCGGTACTTAATATCAAGGTATTTGATTACCAACTGGATATTCCTGATGTTCAGgcg > 1:2196669/1‑71 (MQ=255) gTTTGGTCCGGTACTTAATATCAAGGTATTTGATTACCAACTGGa > 1:1184894/1‑45 (MQ=255) gTTTGGTCCGGTACTTAATATCAAGGTATTTGATTACCAACTGGa > 1:122583/1‑45 (MQ=255) gTTTGGTCCGGTACTTAATATCAAGGTATTTGATTACCAACTGGa > 1:2990423/1‑45 (MQ=255) gTTTGGTCCGGTACTTAATATCAAGGTATTTGATTACCAACTGGa > 1:3573294/1‑45 (MQ=255) gTTTGGTCCGGTACTTAATATCAAGGTATTTGATTACCAACTGGa > 1:1518411/1‑45 (MQ=255) tttGGTCCGGTACTCAATATCAAGGTATTTGATTACCAACTGGATATTCCTGATGTTCAGGCGCaa < 1:1562132/66‑1 (MQ=255) tttGGTCCGGTACTCAATATCAAGGTATTTGATTACCAACTGGATATTCCTGATGTTCAGGCGCaa < 1:848393/66‑1 (MQ=255) tGGTCCGGTACTTAATATCAAGGTATTTGATTACCAACTGGATATTCCTGATGTTCAGGCGCAAACCCAt < 1:1788207/70‑1 (MQ=255) tGGTCCGGTACTTAATATCAAGGTATTTGATTACCAACTGGATATTCCTGATGTTCAGGCGCAAACCCATa > 1:1259655/1‑71 (MQ=255) tGGTCCGGTACTTAATATCAAGGTATTTGATTACCAACTGGATATTCCTGATGTTCAGGCGCAAACCCATa > 1:3161798/1‑71 (MQ=255) tGGTCCGGTACTTAATATCAAGGTATTTGATTACCAACTGGATATTCCTGATGTTCAGGCGCAAACCCATa > 1:388391/1‑71 (MQ=255) tGGTCCGGTACTTAATATCAAGGTATTTGATTACCAACTGGATATTCCTGATGTTCAGGCGCAAACCCATa > 1:917810/1‑71 (MQ=255) gTCCGGTACTTAATATCAAGGTATTTGATTACCAACTGGATATTCCTGATGTTCAGGCGCAAACCCATAcc < 1:1122906/71‑1 (MQ=255) ccGGTACTCAATATCAAGGTATTTGATTACCAACTGGATATTCCTGATGTTCAGGCGCAAACCCATACCCt > 1:2244524/1‑71 (MQ=255) ccGGTACTCAATATCAAGGTATTTGATTACCAACTGGATATTCCTGATGTTCAGGCGCAAACCCATACCCt > 1:2894470/1‑71 (MQ=255) ccGGTACTCAATATCAAGGTATTTGATTACCAACTGGATATTCCTGATGTTCAGGCGCAAACCCATACCCt > 1:2428568/1‑71 (MQ=255) gTACTTAATATCAAGGTATTTGATTACCAACTGGATATTCCTGATGTTCAGGCGCAAACCCATAcc > 1:1850253/1‑66 (MQ=255) gTACTTAATATCAAGGTATTTGATTACCAACTGGATATTCCTGATGTTCAGGCGCAAACCCATAcc > 1:1221006/1‑66 (MQ=255) gTACTTAATATCAAGGTATTTGATTACCAACTGGATATTCCTGATGTTCAGGCGCAAACCCATAcc > 1:1020537/1‑66 (MQ=255) gTACTTAATATCAAGGTATTTGATTACCAACTGGATATTCCTGATGTTCAGGCGCAAACCCATAcc > 1:2098635/1‑66 (MQ=255) gTACTTAATATCAAGGTATTTGATTACCAACTGGATATTCCTGATGTTCAGGCGCAAACCCATACCCTGGc < 1:3502521/71‑1 (MQ=255) | TGCCGAACAAATTGTCCGTGACAGCGGGCGAGCGGCAGGTGATGAACCGCTGTTTGGTCCGGTACTCAATATCAAGGTATTTGATTACCAACTGGATATTCCTGATGTTCAGGCGCAAACCCATACCCTGGC > W3110S.gb/614360‑614491 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |