| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | W3110S.gb | 70,244 | T→C | 15.5% | intergenic (‑196/‑143) | araB ← / → araC | L‑ribulokinase/DNA‑binding transcriptional dual regulator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | W3110S.gb | 70,244 | 0 | T | C | 15.5% | 404.1 / 60.3 | 162 | intergenic (‑196/‑143) | araB/araC | L‑ribulokinase/DNA‑binding transcriptional dual regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (92/44); new base C (15/10); total (108/54) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.93e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
Only 100 of 165 total aligned reads displayed.
AAATAATCAATGTGGACTTTTCTGCCGTGATTATAGACACTTTTGTTACGCGTTTTTGTCATGGCTTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTACCGGTTGGGTTAGCGAGAAGAGCCAGTAAAA > W3110S.gb/70174‑70313 | aaaTAATCAATGTGGACTTTTCTGCCGTGATTATAGACACTTTTGTTACGCGTTTTTGTCATGGCTTTGGt < 1:3646776/71‑1 (MQ=255) ataatCAATGTGGACTTTTCTGCCGTGATTATAGACACTTTTGTTACGCGTTTTTGTCATGGCTTTGGTcc < 1:1051925/71‑1 (MQ=255) aatCAATGTGGACTTTTCTGCCGTGATTATAGACACTTTTGTTACGCGTTTTTGTCATGGCTTTGGTccc > 1:568424/1‑70 (MQ=255) aaTGTGGACTTTTCTGCCGTGATTATAGACACTTTTGTTACGCGTTTTTGTCATGGCTTTGGTCCCGCttt > 1:1008883/1‑71 (MQ=255) aaTGTGGACTTTTCTGCCGTGATTATAGACACTTTTGTTACGCGTTTTTGTCATGGCTTTGGTCCCGCttt > 1:2888515/1‑71 (MQ=255) aaTGTGGACTTTTCTGCCGTGATTATAGACACTTTTGTTACGCGTTTTTGTCATGGCTTTGGTCCCGCttt > 1:677879/1‑71 (MQ=255) aaTGTGGACTTTTCTGCCGTGATTATAGACACTTTTGTTACGCGTTTTTGTCATGGCTTTGGTCCCGCttt > 1:2711784/1‑71 (MQ=255) aTGTGGACTTTTCTGCCGTGATTATAGACACTTTTGTTACGCGTTTTTGTCATGGCTTTGGTCCCGCTTTg > 1:2798695/1‑71 (MQ=255) tgtgGACTTTTCTGCCGTGATTATAGACACTTTTGTTACGCGTTTTTGTCATGGCTTTGGTCCCGCTTTGt < 1:645601/71‑1 (MQ=255) tgtgGACTTTTCTGCCGTGATTATAGACACTTTTGTTACGCGTTTTTGTCATGGCTTTGGCCCCGCTTTGt < 1:2106679/71‑1 (MQ=255) tgtgGACTTTTCTGCCGTGATTATAGACACTTTTGTTACGCGTTTTTGTCATGGCTTTGGCCCCGCTTTGt < 1:904069/71‑1 (MQ=255) gtgGACTTTTCTGCCGTGATTATAGACACTTTTGTTACGCGTTTTTGTCATGGCTTTGGTCCCGCTTTGt > 1:592736/1‑70 (MQ=255) gtgGACTTTTCTGCCGTGATTATAGACACTTTTGTTACGCGTTTTTGTCATGGCTTTGGTCCCGCTTTGt > 1:1278485/1‑70 (MQ=255) gtgGACTTTTCTGCCGTGATTATAGACACTTTTGTTACGCGTTTTTGTCATGGCTTTGGTCCCGCTTTGt > 1:793205/1‑70 (MQ=255) gtgGACTTTTCTGCCGTGATTATAGACACTTTTGTTACGCGTTTTTGTCATGGCTTTGGTCCCGCTTTGt > 1:3602013/1‑70 (MQ=255) tgGACTTTTCTGCCGTGATTATAGACACTTTTGTTACGCGTTTTTGTCATGGCTTTGGCCCCGCTTTGTTa < 1:59134/71‑1 (MQ=255) ttCTGCCGTGATTATAGACACTTTTGTTACGCGTTTTTGTCATGGCTTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAAt > 1:3559567/1‑70 (MQ=255) ttCTGCCGTGATTATAGACACTTTTGTTACGCGTTTTTGTCATGGCTTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATg > 1:2292936/1‑71 (MQ=255) ttCGGCCGTGATTATAGACACTTTTGTTACGCGTTTTTGTCATGGCTTTGGTCCCGCTTTGTTACAGaa > 1:1348735/1‑69 (MQ=255) tCTGCCGTGATTATAGACACTTTTGTTACGCGTTTTTGTCATGGCTTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGc > 1:2608599/1‑71 (MQ=255) tCTGCCGTGATTATAGACACTTTTGTTACGCGTTTTTGTCATGGCTTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGc > 1:1598346/1‑71 (MQ=255) cTGCCGTGATTATAGACACTTTTGTTACGCGTTTTTGTCATGGCTTTGGCCCCGCTTTGTTACAGAATGc < 1:2417282/70‑1 (MQ=255) gCCGTGATTATAGACACTTTTGTTACGCGTTTTTGTCATGGCTTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCttt > 1:3256839/1‑71 (MQ=255) ccGTGATTATAGACACTTTTGTTACGCGTTTTTGTCATGGCTTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCtttt < 1:3483218/71‑1 (MQ=255) ccGTGATTATAGACACTTTTGTTACGCGTTTTTGTCATGGCTTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCtttt < 1:2040937/71‑1 (MQ=255) gTGATTATAGACACTTTTGTTACGCGTTTTTGTCATGGCTTTGGCCCCGCTTTGTTACAGaa > 1:350949/1‑62 (MQ=255) gTGATTATAGACACTTTTGTTACGCGTTTTTGTCATGGCTTTGGCCCCGCTTTGTTACAGaa > 1:1959779/1‑62 (MQ=255) aTTATAGACACTTTTGTTACGCGTTTTTGTCATGGCTTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTtaat > 1:311852/1‑69 (MQ=255) ttATAGACACTTTTGTTACGCGTTTTTGTCATGGCTTTGGTCCCGCTTTGTTACAg < 1:3157922/56‑1 (MQ=255) ttATAGACACTTTTGTTACGCGTTTTTGTCATGGCTTTGGTCCCGCTTTGTTACAg < 1:3102061/56‑1 (MQ=255) ttATAGACACTTTTGTTACGCGTTTTTGTCATGGCTTTGGTCCCGCTTTGTTACAg < 1:2331900/56‑1 (MQ=255) ttATAGACACTTTTGTTACGCGTTTTTGTCATGGCTTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTtaa > 1:1387292/1‑67 (MQ=255) ttATAGACACTTTTGTTACGCGTTTTTGTCATGGCTTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTtaa > 1:582854/1‑67 (MQ=255) ttATAGACACTTTTGTTACGCGTTTTTCTCATGGCTTTGGTCCCGCTTTGtt > 1:2361944/1‑52 (MQ=255) ataGACACTTTTGTTACGCGTTTTTGTCATGGCTTTGGTCCCGCTTTGtt > 1:713106/1‑50 (MQ=255) ataGACACTTTTGTTACGCGTTTTTGTCATGGCTTTGGTCCCGCTTTGTTACAGaa > 1:3498270/1‑56 (MQ=255) ataGACACTTTTGTTACGCGTTTTTGTCATGGCTTTGGTCCCGCTTTGTTACAGaa > 1:67698/1‑56 (MQ=255) ataGACACTTTTGTTACGCGTTTTTGTCATGGCTTTGGTCCCGCTTTGTTACAGaa > 1:2417784/1‑56 (MQ=255) ataGACACTTTTGTTACGCGTTTTTGTCATGGCTTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTtaa > 1:2963364/1‑65 (MQ=255) ataGACACTTTTGTTACGCGTTTTTGTCATGGCTTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGc > 1:488550/1‑70 (MQ=255) ataGACACTTTTGTTACGCGTTTTTGTCATGGCTTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCg > 1:948049/1‑71 (MQ=255) ataGACACTTTTGTTACGCGTTTTTGTCATGGCTTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCg > 1:2449506/1‑71 (MQ=255) ataGACACTTTTGTTACGCGTTTTTGTCATGGCTTTGGTCCCGCTTTGGTACAGAATGCTTTTAATAAGCg > 1:2267778/1‑71 (MQ=255) ataGACACTTTTGTTACGCGTTTTTGTCATGGCTTTGGCCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCg > 1:1044107/1‑71 (MQ=255) ataGACACTTTTGTTACGCGTTTTTGTCATGGCTTTGGCCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCg > 1:1737810/1‑71 (MQ=255) taGACACTTTTGTTACGCGTTTTTGTCATGGCTTTGGTCCCGCtt < 1:1215051/45‑1 (MQ=255) taGACACTTTTGTTACGCGTTTTTGTCATGGCTTTGGCCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCgg < 1:1361334/71‑1 (MQ=255) gACACTTTTGTTACGCGTTTTTGTCATGGCTTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCgggg > 1:403221/1‑71 (MQ=255) gACACTTTTGTTACGCGTTTTTGTCATGGCTTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCggg < 1:2652807/70‑1 (MQ=255) gACACTTTTGTTACGCGTTTTTGTCATGGCTTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCggg < 1:3177555/70‑1 (MQ=255) cacTTTTGTTACGCGTTTTTGTCATGGCTTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTta < 1:3614880/59‑1 (MQ=255) tttGTTACGCGTTTTTGTCATGGCTTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGc > 1:3554351/1‑61 (MQ=255) tttGTTACGCGTTTTTGTCATGGCTTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGt > 1:2517246/1‑66 (MQ=255) tttGTTACGCGTTTTTGTCATGGCTTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTACCg > 1:1010059/1‑71 (MQ=255) tttGTTACGCGTTTTTGTCATGGCTTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTACCg > 1:2775741/1‑71 (MQ=255) tttGTTACGCGTTTTTGTCATGGCTTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTACCg > 1:3411739/1‑71 (MQ=255) tttGTTACGCGTTTTTGTCATGGCTTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTACCg > 1:3365053/1‑71 (MQ=255) tttGTTACGCGTTTTTGTCATGGCTTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTACCg > 1:750456/1‑71 (MQ=255) tttGTTACGCGTTTTTGTCATGGCTTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTACCg > 1:2266572/1‑71 (MQ=255) tttGTTACGCGTTTTTGTCATGGCTTTGGCCCCGCTTTGTTACAGaa > 1:3678123/1‑47 (MQ=255) tttGTTACGCGTTTTTGTCATGGCTTTGGCCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTACCg > 1:803114/1‑71 (MQ=255) tttGTTACGCGTTTTTGTCATGGCTTTGGCCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTACCg > 1:1176815/1‑71 (MQ=255) tttGTTACGCGTTTTTGTCATGGCTTTGGACCCGCTTAGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGt > 1:3221118/1‑66 (MQ=255) ttGTTACGCGTTTTTGTCATGGCTTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTAcc < 1:41625/69‑1 (MQ=255) ttGTTACGCGTTTTTGTCATGGCTTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTACCgg > 1:1106545/1‑71 (MQ=255) aCGCGTTTTTGTCATGGCTTTGGCCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTACCGGTTgg < 1:3188824/70‑1 (MQ=255) cgcgTTTTTGTCATGGCTTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTACCGGTTGGGt < 1:721520/71‑1 (MQ=255) cgcgTTTTTGTCATGGCTTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTACCGGTTGGGt < 1:2759740/71‑1 (MQ=255) cgcgTTTTTGTCATGGCTTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTACCGGTTGGGt < 1:1559298/71‑1 (MQ=255) cgcgTTTTTGTCATGGCTTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTACCGGTTGGGt < 1:3672580/71‑1 (MQ=255) tttttGTCATGGCTTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTtaata < 1:1201762/47‑1 (MQ=255) tttttGTCATGGCTTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTACCGGTTGGGTTAGc < 1:3319090/71‑1 (MQ=255) tgtttGTCATGGCTTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTtaat < 1:1454958/44‑1 (MQ=255) tttGTCATGGCTTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAg > 1:907419/1‑47 (MQ=255) tttGTCATGGCTTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTACCGGTTGGGTTAGc > 1:2137704/1‑69 (MQ=255) tttGTCATGGCTTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTACCGGTTGGGTTAGc > 1:1879450/1‑69 (MQ=255) tttATCATGGCTTTGGTCCAGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTACCGGTTGGGTTAGc > 1:1633941/1‑69 (MQ=255) tGTCATGGCTTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTAGCGGTTGGGTTAGCgag < 1:1800311/70‑1 (MQ=255) tGTCATGGCTTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTACCGGTTGGGTTAGCgag < 1:2336659/70‑1 (MQ=255) gTCATGGCTTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTACCGGTTGGGTTAGCgag > 1:3310289/1‑69 (MQ=255) aTGGCTTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAg > 1:3263865/1‑41 (MQ=255) aTGGCTTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAg > 1:15352/1‑41 (MQ=255) aTGGCTTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTACCGGTTGGGTTAGCGagaaga > 1:672942/1‑70 (MQ=255) aTGGCTTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTACCGGTTGGGTTAGCGagaaga > 1:1108246/1‑70 (MQ=255) aTGGCTTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTACCGGTTGGGTTAGCGAGAagag > 1:3463783/1‑71 (MQ=255) aTGGCTTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTACCGGTTGGGTTAGCGAGAagag > 1:3584314/1‑71 (MQ=255) aTGGCTTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTACCGGTTGGGTTAGCGAGAagag > 1:2188375/1‑71 (MQ=255) gCTTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTACCGGTTGGGTTAGCGagaa > 1:301151/1‑65 (MQ=255) gCTTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTACCGGTTGGGTTAGCGagaa > 1:1946006/1‑65 (MQ=255) gCTTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTACCGGTTGGGTTAGCGAGAAGAGc > 1:3329210/1‑69 (MQ=255) gCTTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTACCGGTTGGGTTAGCGAGAAGAGc > 1:1079124/1‑69 (MQ=255) gCTTTGCTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTACCGGTTGGGTTATCGagaa > 1:8663/1‑65 (MQ=255) tttGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTACCGGTTGGGTTAGCGAGAAGAGCCAg > 1:2524060/1‑70 (MQ=255) ttGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTACCGGTTGGGTTAGCGagaa > 1:1669068/1‑62 (MQ=255) ttGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTACCGGTTGGGTTAGCGAGAAGAGCCAg > 1:1992475/1‑69 (MQ=255) ttGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTACCGGTTGGGTTAGCGAGAAGAGCCAGt > 1:2817387/1‑70 (MQ=255) ttGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTACCGGTTGGGTTAGCGAGAAGAGCCAGt > 1:2698386/1‑70 (MQ=255) ggTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTACCGGTTGGGTTAGCGAGAAGAGCCAGTaa < 1:294014/70‑1 (MQ=255) ggTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTACCGGTTGGGTTAGCGAGAAGAGCCAGTaa < 1:1722750/70‑1 (MQ=255) ggTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTACCGGTTGGGTTAGCGAGAAGAGCCAGTaa < 1:399939/70‑1 (MQ=255) | AAATAATCAATGTGGACTTTTCTGCCGTGATTATAGACACTTTTGTTACGCGTTTTTGTCATGGCTTTGGTCCCGCTTTGTTACAGAATGCTTTTAATAAGCGGGGTTACCGGTTGGGTTAGCGAGAAGAGCCAGTAAAA > W3110S.gb/70174‑70313 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |