| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | W3110S.gb | 1,203,986 | G→A | 6.3% | F175F (TTC→TTT) | ymfK ← | repressor protein phage e14 |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | W3110S.gb | 1,203,986 | 0 | G | A | 6.3% | 209.0 / 2.2 | 63 | F175F (TTC→TTT) | ymfK | repressor protein phage e14 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (19/40); new base A (2/2); total (21/42) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.95e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TAAGGCTCAGGCCAGTTTGGGTTTAACGCTTTGAGATAACGCTGTGTCCCATCTTCTATCAACCTTTTGAAGGTGGTTTCACCTGTATCGTGCATCAATGCAATAACGTCGTCACCGTGGCAGGCAGGTACTTCAGG > W3110S.gb/1203918‑1204054 | tAAGGCTCAGGCCAGTTTGGGTTTAACGCTTTGAGATAACGCTGTGTCCCATCTTCTATCAACCTTTTg > 1:2393731/1‑69 (MQ=255)tAAGGCTCAGGCCAGTTTGGGTTTAACGCTTTGAGATAACGCTGTGTCCCATCTTCTATCAACCTTTTGaa < 1:2645658/71‑1 (MQ=255) aGGCTCAGGCCAGTTTGGGTTTAACGCTTTGAGATAACGCTGTGTCCCATCTTCTATCAACCTTTTGAAgg < 1:3116321/71‑1 (MQ=255) gTTTGGGTTTAACGCTTTGAGATAACGCTGTGTCCCATCTTCTATCAACCTTTTGAAGGTGGTTTCACCTg < 1:3174967/71‑1 (MQ=255) gTTTGGGTTTAACGCTTTGAGATAACGCTGTGTCCCATCTTCTATCAACCTTTTGAAGGTGGTTTCACCTg < 1:1481956/71‑1 (MQ=255) tttGGGTTTAACGCTTTGAGATAACGCTGTGTCCCATCTTCTATCAACCTTTTGAAGGTGGTTTCACCTGt < 1:2939629/71‑1 (MQ=255) tttGGGTTTAACGCTTTGAGATAACGCTGTGTCCCATCTTCTATCAACCTTTTGAAGGTGGTTTCACCTGt < 1:3697681/71‑1 (MQ=255) tGGGTTTAACGCTTTGAGATAACGCTGTGTCCCATCTTCTATCAACCTTTTGAAGGTGGTTTCACCTGTAt > 1:3502547/1‑71 (MQ=255) tGGGTTTAACGCTTTGAGATAACGCTGTGTCCCATCTTCTATCAACCTTTTGAAGGTGGTTTCACCTGTAt > 1:2390498/1‑71 (MQ=255) tGGGTTTAACGCTTTGAGATAACGCTGTGTCCCATCTTCTATCAACCTTTTGAAGGTGGTTTCACCTGTAt > 1:1139436/1‑71 (MQ=255) tGGGTTTAACGCTTTGAGATAACGCTGTGTCCCATCTTCTATCAACCTTTTGAAGGTGGTTTCACCTGTAt > 1:561663/1‑71 (MQ=255) tttAACGCTTTGAGATAACGCTGTGTCCCATCTTCTATCAACCTTTTGa < 1:1238575/49‑1 (MQ=255) gCTTTGAGATAACGCTGTGTCCCATCTTCTATCAACCTTTTGAAGGTGGTTTCACCTGTATCGTGCATCaa < 1:388144/71‑1 (MQ=255) gCTTTGAGATAACGCTGTGTCCCATCTTCTATCAACCTTTTGAAGGTGGTTTCACCTGTATCGTGCATCaa < 1:339410/71‑1 (MQ=255) gCTTTGAGATAACGCTGTGTCCCATCTTCTATCAACCTTTTGAAGGTGGTTTCACCTGTATCGTGCATCaa < 1:328074/71‑1 (MQ=255) gCTTTGAGATAACGCTGTGTCCCATCTTCTATCAACCTTTTGAAGGTGGTTTCACCTGTATCGTGCATCaa < 1:2029258/71‑1 (MQ=255) gCTTTGAGATAACGCTGTGTCCCATCTTCTATCAACCTTTTGAAGGTGGTTTCACCTGTATCGTGCATCaa < 1:2356707/71‑1 (MQ=255) gCTTTGAGATAACGCTGTGTCACATCTTCTATCAACCTTTTGAAGGTGGTTTCACCTGTATCGTGCATCaa < 1:3061735/71‑1 (MQ=255) agaTAACGCTGTGTCCCATCTTCTATCAACCTTTTGAAGGTGGTTTCACCTGTATCGTGCATCAATGCAAt < 1:1181089/71‑1 (MQ=255) agaTAACGCTGTGTCCCATCTTCTATCAACCTTTTGAAGGTGGTTTCACCTGTATCGTGCATCAATGCAAt < 1:2416987/71‑1 (MQ=255) agaTAACGCTGTGTCCCATCTTCTATCAACCTTTTGAAGGTGGTTTCACCTGTATCGTGCATCAATGCAAt < 1:1141942/71‑1 (MQ=255) agaTAACGCTGTGTCCCATCTTCTATCAACCTTTTGAAGGTGGTTTCACCTGTATCGTGCATCAATGCAAt < 1:3016844/71‑1 (MQ=255) agaTAACGCTGTGTCCCATCTTCTATCAACCTTTTGAAGGTGGTTTCACCTGTATCGTGCATCAATGCAAt < 1:1091998/71‑1 (MQ=255) tAACGCTGTGTCCCATCTTCTATCAACCTTTTGAAGGTGGTTTCACCTGTATCGTGCATc < 1:1608275/60‑1 (MQ=255) aaCGCTGTGTCCCATCTTCTATCAACCTTTTGAAGGTGGTTTCACCTGTATCGTGCATCAATGCAATaa > 1:3572204/1‑69 (MQ=255) aaCGCTGTGTCCCATCTTCTATCAACCTTTTGAAGGTGGTTTCACCTGTATCGTGCATCAATGCAATaa > 1:59974/1‑69 (MQ=255) aCGCTGTGTCCCATCTTCTATCAACCTTTTGAAGGTGGTTTc > 1:3268684/1‑42 (MQ=255) aCGCTGTGTCCCATCTTCTATCAACCTTTTGAAGGTGGTTTCACCTGTATCGTGCATCaa > 1:2961140/1‑60 (MQ=255) cTGTGTCCCATCTTCTATCAACCTTTTGAAGGTGGTTTCACCTGTATCGTGCATCAATGCAATAAcgtcgt > 1:1788410/1‑71 (MQ=255) tCCCATCTTCTATCAACCTTTTGAAGGTGGTTTCACCTGTATCGTGCATCAATGCAAt < 1:215329/58‑1 (MQ=255) tCCCATCTTCTATCAACCTTTTGAAGGTGGTTTCACCTGTATCGTGCATCAATGCAATAAcgtc < 1:831865/64‑1 (MQ=255) tCCCATCTTCTATCAACCTTTTGAAGGTGGTTTCACCTGTATCGTGCATCAATGCAATAAcgtc < 1:1050599/64‑1 (MQ=255) ccATCTTCTATCAACCTTTTGAAGGTGGTTTCACCTGTATCGTGCATCAATGCAATAACGTCGTCACCGTg > 1:643409/1‑71 (MQ=255) ccATCTTCTATCAACCTTTTGAAGGTGGTTTCACCTGTATCGTGCATCAATGCAATAACGTCGTCACCGTg > 1:934683/1‑71 (MQ=255) cATCTTCTATCAACCTTTTGAAGGTGGTTTCACCTg < 1:3648330/36‑1 (MQ=255) tcttctATCAACCTTTTGAAGGTGGTTTCACCTGTATCGTGCATc < 1:3096480/45‑1 (MQ=255) tcttctATCAACCTTTTGAAGGTGGTTTCACCTGTATCGTGCATCAATGCAATAAcgtcgt < 1:1033689/61‑1 (MQ=255) tcttctATCAACCTTTTGAAGGTGGTTTCACCTGTATCGTGCATCAATGCAATAAcgtcgt < 1:1381042/61‑1 (MQ=255) cttctATCAACCTTTTGAAGGTGGTTTCACCTGTa > 1:2513317/1‑35 (MQ=255) cttctATCAACCTTTTGAAGGTGGTTTCACCTGTATCGTGCATCAATGCAATAAcgtc < 1:3644494/58‑1 (MQ=255) cttctATCAACCTTTTGAAGGTGGTTTCACCTGTATCGTGCATCAATGCAATAAcgtc < 1:3689734/58‑1 (MQ=255) cttctATCAACCTTTTGAAGGTGGTTTCACCTGTATCGTGCATCAATGCAATAAcgtc < 1:3319694/58‑1 (MQ=255) cttctATCAACCTTTTGAAGGTGGTTTCACCTGTATCGTGCATCAATGCAATAAcgtc < 1:372478/58‑1 (MQ=255) cttctATCAACCTTTTGAAGGTGGTTTCACCTGTATCGTGCATCAATGCAATAAcgtc < 1:1207976/58‑1 (MQ=255) cttctATCAACCTTTTGAAGGTGGTTTCACCTGTATCGTGCATCAATGCAATAAcgtc < 1:697163/58‑1 (MQ=255) cttctATCAACCTTTTGAAGGTGGTTTCACCTGTATCGTGCATCAATGCAATAACGTCGTCACCGTggcag > 1:3296371/1‑71 (MQ=255) cttctATCAACCTTTTGAAGGTGGTTTCACCTGTATCGTGCATCAATGCAATAACGTCGTCACCGTggcag > 1:2289534/1‑71 (MQ=255) cttctATCAACCTTTTGAAGGTGGTTTCACCTGTATCGTGCATCAATGCAATAACGTCGTCACCGTggcag > 1:2474723/1‑71 (MQ=255) ttctATCAACCTTTTGAAGGTGGTTTCACCTGTATCGTGCATc < 1:2624240/43‑1 (MQ=255) ttctATCAACCTTTTGAAGGTGGTTTCACCTGTATCGTGCATc < 1:2361660/43‑1 (MQ=255) ttctATCAACCTTTTGAAGGTGGTTTCACCTGTATCCTGCATc < 1:6140/43‑1 (MQ=255) ttctATCAACCTTTTAAAGGTGGTTTCACCTGTATCGTGCATCAATGCAATAACGTCGTCACCGTggcagg > 1:2085686/1‑71 (MQ=255) ttctATCAACCTTTTAAAGGTGGTTTCACCTGTATCGTGCATCAATGCAATAACGTCGTCACCGTggcagg > 1:1121408/1‑71 (MQ=255) ctATCAACCTTTTGAAGGTGGTTTCACCTGTATCGTGCa > 1:1712344/1‑39 (MQ=255) ctATCAACCTTTTGAAGGTGGTTTCACCTGTATCGTGCa > 1:70851/1‑39 (MQ=255) ctATCAACCTTTTGAAGGTGGTTTCACCTGTATCGTGCATCaa > 1:3590758/1‑43 (MQ=255) ctATCAACCTTTTGAAGGTGGTTTCACCTGTATCGTGCATCaa > 1:1379880/1‑43 (MQ=255) ctATCAACCTTTTGAAGGTGGTTTCACCTGTATCGTGCATCAGTGCAATAACGTCGTCACCGTggcagg < 1:643797/69‑1 (MQ=255) ctATCAACCTTTTGAAGGTGGTTTCACCTGTATCGTGCATCAATGCAATAACGTCGTCACCGTggccgg < 1:1587289/69‑1 (MQ=255) ctATCAACCTTTTGAAGGTGGTTTCACCTGTATCGTGCATCAATGCAATAACGTCGTCACCGTggcagg < 1:309383/69‑1 (MQ=255) ctATCAACCTTTTAAAGGTGGTTTCACCTGTATCGTGCATCAATGCAATAACGTCGTCACCGTggcagtc < 1:2986568/70‑3 (MQ=255) aCCTTTTAAAGGTGGTTTCACCTGTATCGTGCATCAATGCAATAACGTCGTCACCGTggcatgc < 1:3227920/64‑1 (MQ=255) tttGAAGGTGGTTTCACCTGTATCGTGCATCAATGCAATAACGTCGTCACCGTggcagg < 1:1520685/59‑1 (MQ=255) tGAAGGTGGTTTCACCTGTATCGTGCATCAATGCAATAACGTCGTCACCGTGGCAGGCAGGTACTTCAgg < 1:980930/70‑1 (MQ=255) | TAAGGCTCAGGCCAGTTTGGGTTTAACGCTTTGAGATAACGCTGTGTCCCATCTTCTATCAACCTTTTGAAGGTGGTTTCACCTGTATCGTGCATCAATGCAATAACGTCGTCACCGTGGCAGGCAGGTACTTCAGG > W3110S.gb/1203918‑1204054 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |