| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | W3110S.gb | 70,434 | C→T | 61.5% | N16N (AAC→AAT) | araC → | DNA‑binding transcriptional dual regulator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | W3110S.gb | 70,434 | 0 | C | T | 61.5% | 64.8 / 105.5 | 91 | N16N (AAC→AAT) | araC | DNA‑binding transcriptional dual regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (19/16); new base T (22/34); total (41/50) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.96e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.26e-01 | |||||||||||
AATGGTGGGAGTATGAAAAGTATGGCTGAAGCGCAAAATGATCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAACGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTGAGGCCAACGGTTATCTCGATTTTTTTATCGACCGAC > W3110S.gb/70366‑70501 | aaTGGTGGGAGTATGAAAAGTATGGCTGAAGCGCAAAATGATCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAATGc > 1:2996401/1‑71 (MQ=255) aTGGTGGGAGTATGAAAAGTATGGCTGAAGCGCAAAATGATCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAATGcc < 1:2861860/71‑1 (MQ=255) ggtggGAGTATGAAAAGTATGGCTGAAGCGCAAAATGATCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAATGccc < 1:3692975/70‑1 (MQ=255) gtggGAGTATGAAAAGTATGGCTGAAGCGCAAAATGATCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAACGCCCAt > 1:1388554/1‑71 (MQ=255) aGTATGAAAAGTATGGCTGAATCGCAAAATGATCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAATGCCCATCtggt < 1:806439/71‑1 (MQ=255) gTATGAAAAGTATGGCTGAAGCGCAAAATGATCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAATGCCCATCtggt < 1:1545015/70‑1 (MQ=255) tGAAAAGTATGGCTGAAGCGCAAAATGATCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAATGCCCATCTGGTGGCg > 1:2284448/1‑71 (MQ=255) tGAAAAGTATGGCTGAAGCGCAAAATGATCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAACGCCCATCTGGTGGc > 1:2494055/1‑70 (MQ=255) aaaaGTATGGCTGAAGCGCAAAATGATCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAATGCCCATCTGGTGGCggg > 1:2109749/1‑71 (MQ=255) aGTATGGCTGAAGCGCAAAATGATCCCCTGCTGCCGTGATACTCGTTTAATGCCCATCTGGTGGCGGGttt < 1:978133/71‑1 (MQ=255) aGTATGGCTGAAGCGCAAAATGATCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAATGCCCATCTGGTGGCGGGttt < 1:1335265/71‑1 (MQ=255) aGTATGGCTGAAGCGCAAAATGATCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAATGCCCATCTGGTGGCGGGttt < 1:392846/71‑1 (MQ=255) aGTATGGCTGAAGCGCAAAATGATCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAATGCCCATCTGGTGGCGGGttt < 1:3600674/71‑1 (MQ=255) aGTATGGCTGAAGCGCAAAATGATCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAATGCCCATCTGGTGGCGGGttt < 1:3514860/71‑1 (MQ=255) aGTATGGCTGAAGCGCAAAATGATCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAATGCCCATCTGGTGGCGGGttt < 1:1584450/71‑1 (MQ=255) aGTATGGCTGAAGCGCAAAATGATCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAATGCCCATCTGGTGGCGGGttt < 1:2796317/71‑1 (MQ=255) aGTATGGCTGAAGCGCAAAATGATCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAATGCCCATCTGGTGGCGGGttt < 1:1736955/71‑1 (MQ=255) aGTATGGCTGAAGCGCAAAATGATCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAACGCCCATCTGGTGGCGGGttt < 1:240175/71‑1 (MQ=255) tATGGCTGAAGCGCAAAATGATCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAACGCCCAt > 1:1890048/1‑55 (MQ=255) tATGGCTGAAGCGCAAAATGATCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAACGCCCAt > 1:3325723/1‑55 (MQ=255) tATGGCTGAAGCGCAAAATGATCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAACGCCCAt > 1:1731057/1‑55 (MQ=255) tGGCTGAAGCGCAAAATGATCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAATGCCCATCTGGTGGCGGGttt < 1:424621/67‑1 (MQ=255) gCTGAAGCGCAAAATGATCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAATGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGcc > 1:3271565/1‑71 (MQ=255) gCTGAAGCGCAAAATGATCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAATGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGcc > 1:1186879/1‑71 (MQ=255) gCTGAAGCGCAAAATGATCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAATGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGcc > 1:1137342/1‑71 (MQ=255) gCTGAAGCGCAAAATGATCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAACGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGcc < 1:408623/71‑1 (MQ=255) cTGAAGCGCAAAATGATCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAACGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGcc < 1:1894046/70‑1 (MQ=255) gAAGCGCAAAATGATCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAATGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGAt > 1:3172107/1‑71 (MQ=255) gAAGCGCAAAATGATCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAATGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGAt > 1:202101/1‑71 (MQ=255) gcgcAAAATGATCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAATGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTgg > 1:2113153/1‑70 (MQ=255) aaaTGATCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAATGCCCATCt < 1:1022953/42‑1 (MQ=255) aaaTGATCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAATGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTGAGGCCa < 1:3676307/71‑1 (MQ=255) aTGATCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAATGCCCATCt < 1:1032800/40‑1 (MQ=255) aTGATCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAATGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTGAGGCCAAc < 1:2145550/71‑1 (MQ=255) tGATCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAACGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTGAGGCCAACg > 1:2521060/1‑71 (MQ=255) aTCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAATGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTGAGGCCAACgg > 1:2721967/1‑70 (MQ=255) aTCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAATGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTGAGGCCAACGGt < 1:2241893/71‑1 (MQ=255) aTCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAATGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTGAGGCCAACGGt < 1:2534724/71‑1 (MQ=255) aTCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAATGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTGAGGCCAACGGt < 1:803846/71‑1 (MQ=255) tCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAATGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTGAGGCCAACGGt < 1:2862214/70‑1 (MQ=255) ccccTGCTGCCGGGATACTCGTTTAATGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGcc < 1:2134628/53‑1 (MQ=255) ctgctgCCGGGATACTCGTTTAATGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTGAGGCCAACGGTTAtct > 1:2876912/1‑71 (MQ=255) ctgctgCCGGGATACTCGTTTAACGCCCATCtggt < 1:1649547/35‑1 (MQ=255) ctgctgCCGGGATACTCGTTTAACGCCCATCtggt < 1:3020893/35‑1 (MQ=255) ctgctgCCGGGATACTCGTTTAACGCCCATCtggt < 1:1141991/35‑1 (MQ=255) ctgctgCCGGGATACTCGTTTAACGCCCATCtggt < 1:879561/35‑1 (MQ=255) ctgctgCCGGGATACTCGTTTAACGCCCATCtggt < 1:2420127/35‑1 (MQ=255) ctgctgCCGGGATACTCGTTTAACGCCCATCtggt < 1:492431/35‑1 (MQ=255) ctgctgCCGGGATACTCGTTTAACGCCCATCTGGTGGCGGGttt < 1:2163498/44‑1 (MQ=255) ctgctgCCGGGATACTCGTTTAACGCCCATCTGGTGGCGGGttt < 1:1645830/44‑1 (MQ=255) gctgcCGGGATACTCGTTTAATGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTGAGGCCAACGGTTAtct > 1:3663053/1‑69 (MQ=255) gctgcCGGGATACTCGTTAAATGCCCATCTGCTGGCggg > 1:3096574/1‑39 (MQ=25) 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1:1307901/52‑1 (MQ=255) cTCGTTTAATGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTGAGGCCAACGGt < 1:1708513/52‑1 (MQ=255) cTCGTTTAATGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTGAGGCCAACGGTTATCTCGATTTTTTTATc > 1:976166/1‑70 (MQ=255) cTCGTTTAATGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTGAGGCCAACGGTTATCTCGATTTTTTTATc > 1:3325969/1‑70 (MQ=255) cTCGTTTAATGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTGAGGCCAACGGTTATCTCGATTTTTTTATc > 1:1323441/1‑70 (MQ=255) cTCGTTTAATGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTGAGGCCAACGGTTATCTCGATTTTTTTATc > 1:1316464/1‑70 (MQ=255) cTCGTTTAATGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTGAGGCCAACGGTTATCTCGATTTTTTTATc > 1:1172607/1‑70 (MQ=255) cTCGTTTAACGGCCATCTGGTGGCGGGTTTCACGcc > 1:1794184/1‑36 (MQ=37) cTCGTTTAACGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGcc > 1:1836925/1‑36 (MQ=255) cTCGTTTAACGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGcc > 1:1744595/1‑36 (MQ=255) cTCGTTTAACGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTGAGGCCaa > 1:368382/1‑48 (MQ=255) cTCGTTTAACGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTGAGGCCaa > 1:324794/1‑48 (MQ=255) cTCGTTTAACGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTGAGGCCAACGGTTATCTCGATTTTTTTATc > 1:1759214/1‑70 (MQ=255) cTCGTTTAACGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTGAGGCCAACGGTTATCTCGATTTTTTTATc > 1:2343736/1‑70 (MQ=255) cTCGTTTAACGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTGAGGCCAACGGTTATCTCGATTTTTTTATc > 1:181122/1‑70 (MQ=255) tCGTTTAATGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGcc < 1:34281/35‑1 (MQ=255) tCGTTTAATGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGcc < 1:1554826/35‑1 (MQ=255) gTTTAATGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTGAGGCCAACGGTTATCTCGATTTTTTTATcgac > 1:3474125/1‑70 (MQ=255) tttAATGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTGAGGCCAACGGt < 1:1577336/48‑1 (MQ=255) tttAATGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTGAGGCCAACGGt < 1:415530/48‑1 (MQ=255) tttAATGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTGAGGCCAACGGt < 1:3643592/48‑1 (MQ=255) tttAATGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTGAGGCCAACGGt < 1:964864/48‑1 (MQ=255) tttAATGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTGAGGCCAACGGTTATCTCGATTTTTTTATcgaccg < 1:3325809/71‑1 (MQ=255) tttAACGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTGAGGCCAACGGTTATCTCGATTTTTTTATcgacc > 1:2577374/1‑70 (MQ=255) tAACGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTGAGGCCAACGGTTATCTCGATTTTTTTATcgaccgac > 1:709626/1‑71 (MQ=255) tAACGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTGAGGCCAACGGTTATCTCGATTTTTTTATcgaccgac > 1:968387/1‑71 (MQ=255) tAACGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTGAGGCCAACGGTTATCTCGATTTTTTTATcgaccgac > 1:1212195/1‑71 (MQ=255) tAACGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCAGATTGAGGCCAACGGTTATCTCGATTTTTTTATcgaccgac > 1:1582972/1‑71 (MQ=255) | AATGGTGGGAGTATGAAAAGTATGGCTGAAGCGCAAAATGATCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAACGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTGAGGCCAACGGTTATCTCGATTTTTTTATCGACCGAC > W3110S.gb/70366‑70501 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |