| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 614,735 | G→T | 50.0% | L128L (CTG→CTT) | serC → | 3‑phosphoserine/phosphohydroxythreonine aminotransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 614,735 | 0 | G | T | 50.0% | 24.7 / 179.6 | 158 | L128L (CTG→CTT) | serC | 3‑phosphoserine/phosphohydroxythreonine aminotransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (60/19); new base T (20/59); total (80/78) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.28e-10 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 174 total aligned reads displayed.
ATTAAAGAAGCGAAAAAATACTGCACGCCTAATGTCTTTGACGCCAAAGTGACTGTTGATGGTCTGCGCGCGGTTAAGCCAATGCGTGAATGGCAACTCTCTGATAATGCTGCTTATATGCATTATTGCCCG > minE/614670‑614801 | atcaaaGAAGCGAAAAAATACTGTACACCAAATGTGTTTGATGCGAAAGTGACCGTTGATGGTCTtcg < 1:1952945/65‑1 (MQ=255)atcaaaGAAGCGAAAAAATACTGCACACCAAATGTGTTTGATGCGAAAGTGACCGTTGATGGTCTtcg < 1:103507/65‑1 (MQ=255)atcaaaGAAGCGAAAAAATACTGCACACCAAATGTGTTTGATGCGAAAGTGACCGTTGATGGTCTtcg < 1:2606901/65‑1 (MQ=255)atcaaaGAAGCGAAAAAATACTGCACACCAAATGTGTTTGATGCGAAAGTGACCGTTGATGGTCTtcg < 1:2416825/65‑1 (MQ=255)atcaaaGAAGCGAAAAAATACTGCACACCAAATGTGTTTGATGCGAAAGTGACCGTTGATGGTCTtcg < 1:2315073/65‑1 (MQ=255)atcaaaGAAGCGAAAAAATACTGCACACCAAATGTGTTTGATGCGAAAGTGACCGTTGATGGTCTtcg < 1:2277790/65‑1 (MQ=255)atcaaaGAAGCGAAAAAATACTGCACACCAAATGTGTTTGATGCGAAAGTGACCGTTGATGGTCTtcg < 1:3388939/65‑1 (MQ=255)atcaaaGAAGCGAAAAAATACTGCACACCAAATGTGTTTGATGCGAAAGTGACCGTTGATGGTCTtcg < 1:342528/65‑1 (MQ=255)atcaaaGAAGCGAAAAAATACTGCACACCAAATGTGTTTGATGCGAAAGTGACCGTTGATGGTCTtcg < 1:522555/65‑1 (MQ=255)atcaaaGAAGCGAAAAAATACTGCACACCAAATGTGTTTGATGCGAAAGTGACCGTTGATGGTCTtcg < 1:542912/65‑1 (MQ=255)atcaaaGAAGCGAAAAAATACTGCACACCAAATGTGTTTGATGCGAAAGTGACCGTTGATGGTCTtcg < 1:890237/65‑1 (MQ=255)atcaaaGAAGCGAAAAAATACTGCACACCAAATGTGTTTGATGCGAAAGTGACCGTTGATGGTCTtcg < 1:803886/65‑1 (MQ=255) tcaaaGAAGCGAAAAAATACTGCACACCAAATGTGTTTGATGCGAAAGTGACCGTTGATGGTCTtcg < 1:2738453/65‑1 (MQ=255) aaaGAAGCGAAAAAATACTGCACGCCTAATGTCTTTGACGCCAAAGTGACTGTTGATGGTCTGcgcgcg > 1:2711647/1‑69 (MQ=255) aaaGAAGCGAAAAAATACTGCACGCCTAATGTCTTTGACGCCAAAGTGACTGTTGATGGTCTGcgcgcg > 1:3243317/1‑69 (MQ=255) aaaGAAGCGAAAAAATACTGCACGCCTAATGTCTTTGACGCCAAAGTGACTGTTGATGGTCTGcgcgcg > 1:556413/1‑69 (MQ=255) aagaagCGAAAAAATACTGCACGCCTAATGTCTTTGACGCCAAAGTGACTGTTGATGGTCTGcgcgcg > 1:712190/1‑68 (MQ=255) aagaagCGAAAAAATACTGCACGCCTAATGTCTTTGACGCCAAAGTGACTGTTGATGGTCTGcgcgcg > 1:1120779/1‑68 (MQ=255) aCTGCACGCCTAATGTCTTTGACGCCAAAGTGACTGTTGATGGTCTGCGCGCGGTTAAGCCAATGCGTg < 1:2576904/69‑1 (MQ=255) aTGTCTTTGACGCCAAAGTGACTGTTGATGGTCTGCGCGCGGTTAAGCCAATGCGTGAATGGCAActct > 1:153209/1‑69 (MQ=255) aTGTCTTTGAAGCCAAAGTGACTGTTGATGGTCTGCGCGCGGTTAAGCCAATGCGTGaa > 1:3029024/1‑59 (MQ=255) tGTCTTTGACGCCAAAGTGACTGTTGATGGTCTGCGCGCGGTTAAGCCAATGCGTGAATGGCAActct > 1:1186358/1‑68 (MQ=255) tCTTTGACGCCAAAGTGACTGTTGATGGTCTGCGCGCGGTTAAGCCAATGCGTg > 1:1210119/1‑54 (MQ=255) tCTTTGACGCCAAAGTGACTGTTGATGGTCTGCGCGCGGTTAAGCCAATGCGTg > 1:3029261/1‑54 (MQ=255) tCTTTGACGCCAAAGTGACTGTTGATGGTCTGCGCGCGGTTAAGCCAATGCGTg > 1:2986355/1‑54 (MQ=255) tCTTTGACGCCAAAGTGACTGTTGATGGTCTGCGCGCGGTTAAGCCAATGCGTg > 1:2627871/1‑54 (MQ=255) tCTTTGACGCCAAAGTGACTGTTGATGGTCTGCGCGCGGTTAAGCCAATGCGTg > 1:544617/1‑54 (MQ=255) tCTTTGACGCCAAAGTGACTGTTGATGGTCTGCGCGCGGTTAAGCCAATGCGTGAATGGCAActctct > 1:757517/1‑68 (MQ=255) tCTTTGACGCCAAAGTGACTGTTGATGGTCTGCGCGCGGTTAAGCCAATGCGTGAATGGCAActctct > 1:2909275/1‑68 (MQ=255) tCTTTGACGCCAAAGTGACTGTTGATGGTCTGCGCGCGGTTAAGCCAATGCGTGAATGGCAActctct > 1:921564/1‑68 (MQ=255) tCTTTGACGCCAAAGTGACTGTTGATGGTCTGCGCGCGGTTAAGCCAATGCGTGAATGGCAActctct > 1:727928/1‑68 (MQ=255) tCTTTGACGCCAAAGTGACTGTTGATGGTCTGCGCGCGGTTAAGCCAATGCGTGAATGGCAActctct > 1:1075391/1‑68 (MQ=255) tCTTTGACGCCAAAGTGACTGTTGATGGTCTGCGCGCGGTTAAGCCAATGCGTGAATGGCAActctct > 1:3131843/1‑68 (MQ=255) tCTTTGACGCCAAAGTGACTGTTGATGGTCTGCGCGCGGTTAAGCCAATGCGTGAATGGCAActctct > 1:3253199/1‑68 (MQ=255) tCTTTGACGCCAAAGTGACTGTTGATGGTCTGCGCGCGGTTAAGCCAATGCGTGAATGGCAActctct > 1:1786584/1‑68 (MQ=255) tCTTTGACGCCAAAGTGACTGTTGATGGTCTGCGCGCGGTTAAGCCAATGCGTGAATGGCAActctct > 1:1432910/1‑68 (MQ=255) tCTTTGACGCCAAAGTGACTGTTGATGGTCTGCGCGCGGTTAAGCCAATGCGTGAATGGCAActctct > 1:529544/1‑68 (MQ=255) tCTTTGACGCCAAAGTGACTGTTGATGGTCTGCGCGCGGTTAAGCCAATGCGTGAATGGCAActctct > 1:196520/1‑68 (MQ=255) tCTTTGACGCCAAAGTGACTGTTGATGGTCTGCGCGCGGTTAAGCCAATGCGTGAATGGCAActctct > 1:482251/1‑68 (MQ=255) tCTTTGACGCCAAAGTGACTGTTGATGGTCTGCGCGCGGTTAAGCCAATGCGTGAATGGCAActctct > 1:842025/1‑68 (MQ=255) tCTTTGACGCCAAAGTGACTGTTGATGGTCTGCGCGCGGTTAAGCCAATGCGTGAATGGCAActctct > 1:136702/1‑68 (MQ=255) tCTTTGACGCCAAAGTGACTGTTGATGGTCTGCGCGCGGTTAAGCCAATGCGTGAATGGCAActctct > 1:3377772/1‑68 (MQ=255) tCTTTGACGCCAAAGTGACTGTTGATGGTCTGCGCGCGGTTAAGCCAATGCGTGAATGGCAActctct > 1:72510/1‑68 (MQ=255) tCTTTGACGCCAAAGTGACTGTTGATGGTCTG‑GCGCGGTTAAGCCAATGCGTGAATGGCAACTCTCTg > 1:1875822/1‑68 (MQ=255) tGACCGTTGATGGTCTTCGCGCAGTTAAGCCAATGAGTGAATGGCAACTCTCTGATAATGCTGCTtata < 1:347897/69‑1 (MQ=255) tGACCGTTGATGGTCTTCGCGCAGTTAAGCCAATGAGTGAATGGCAACTCTCTGATAATGCTGCTtata < 1:3121021/69‑1 (MQ=255) tGACCGTTGATGGTCTTCGCGCAGTTAAGCCAATGAGTGAATGGCAACTCTCTGATAATGCTGCTtata < 1:2819795/69‑1 (MQ=255) tGACCGTTGATGGTCTTCGCGCAGTTAAGCCAATGAGTGAATGGCAACTCTCTGATAATGCTGCTtata < 1:937678/69‑1 (MQ=255) tGACCGTTGATGGTCTTCGCGCAGTTAAGCCAATGAGTGAATGGCAACTCTCTGATAATGCTGCTtata < 1:2799155/69‑1 (MQ=255) tGACCGTTGATGGTCTTCGCGCAGTTAAGCCAATGAGTGAATGGCAACTCTCTGATAATGCTGCTtata < 1:654922/69‑1 (MQ=255) tGACCGTTGATGGTCTTCGCGCAGTTAAGCCAATGAGTGAATGGCAACTCTCTGATAATGCTGCTtata < 1:2183226/69‑1 (MQ=255) tGACCGTTGATGGTCTTCGCGCAGTTAAGCCAATGAGTGAATGGCAACTCTCTGATAATGCTGCTtata < 1:1781588/69‑1 (MQ=255) gACTGGTGATGGTCTGCGCGCGGTTAAGCCAATGCGTGAATGGCAACTCTCTGATAATGCTGCTtat > 1:3210558/1‑67 (MQ=255) gACCGTTGATGGTCTTCGCGCAGTTAAGCCAATGAGTGAATGGCAACTCTCTGATAATGCTGCTtata < 1:635027/68‑1 (MQ=255) gACCGTTGATGGTCTTCGCGCAGTTAAGCCAATGAGTGAATGGCAACTCTCTGATAATGCTGCTTatat < 1:1909021/69‑1 (MQ=255) gACCGTTGATGGTCTTCGCGCAGTTAAGCCAATGAGTGAATGGCAACTCTCTGATAATGCTGCTTatat < 1:877072/69‑1 (MQ=255) gACCGTTGATGGTCTTCGCGCAGTTAAGCCAATGAGTGAATGGCAACTCTCTGATAATGCTGCTTatat < 1:2470835/69‑1 (MQ=255) gACCGTTGATGGTCTTCGCGCAGTTAAGCCAATGAGTGAATGGCAACTCTCTGATAATGCTGCTTatat < 1:3360740/69‑1 (MQ=255) gACCGTTGATGGTCTTCGCGCAGTTAAGCCAATGAGTGAATGGCAACTCTCTGATAATGCTGCTTatat < 1:3068988/69‑1 (MQ=255) gACCGTTGATGGTCTTCGCGCAGTTAAGCCAATGAGTGAATGGCAACTCTCTGATAATGCTGCTTatat < 1:3079289/69‑1 (MQ=255) gACCGTTGATGGTCTTCGCGCAGTTAAGCCAATGAGTGAATGGCAACTCTCTGATAATGCTGCTTatat < 1:3084738/69‑1 (MQ=255) gACCGTTGATGGTCTTCGCGCAGTTAAGCCAATGAGTGAATGGCAACTCTCTGATAATGCTGCTTatat < 1:639110/69‑1 (MQ=255) tGTTGATGGTCTGCGCGCGGTTAAGCCAATGCGTGAATGGc > 1:1046183/1‑41 (MQ=255) tGTTGATGGTCTGCGCGCGGTTAAGCCAATGCGTGAATGGc > 1:1921325/1‑41 (MQ=255) tGTTGATGGTCTGCGCGCGGTTAAGCCAATGCGTGAATGGc > 1:2041426/1‑41 (MQ=255) tGTTGATGGTCTGCGCGCGGTTAAGCCAATGCGTGAATGGc > 1:2167072/1‑41 (MQ=255) tGTTGATGGTCTGCGCGCGGTTAAGCCAATGCGTGAATGGc > 1:621923/1‑41 (MQ=255) tGTTGATGGTCTGCGCGCGGTTAAGCCAATGCGTGAATGGc > 1:1349899/1‑41 (MQ=255) tGTTGATGGTCTGCGCGCGGTTAAGCCAATGCGTGAATGGc > 1:77382/1‑41 (MQ=255) tGTTGATGGTCTGCGCGCGGTTAAGCCAATGCGTGAATGGc > 1:285886/1‑41 (MQ=255) tGTTGATGGTCTGCGCGCGGTTAAGCCAATGCGTGAATGGc > 1:1134808/1‑41 (MQ=255) ttGATGGTCTTCGCGCAGTTAAGCCAATGAGTGAATGGCAACTCTCTGATAATGCTGCTTATATGCatt > 1:1449468/1‑69 (MQ=255) ttGATGGTCTTCGCGCAGTTAAGCCAATGAGTGAATGGCAACTCTCTGATAATGCTGCTTATATGCatt > 1:1288326/1‑69 (MQ=255) ttGATGGTCTTCGCGCAGTTAAGCCAATGAGTGAATGGCAACTCTCTGATAATGCTGCTTATATGCatt > 1:1828297/1‑69 (MQ=255) ttGATGGTCTTCGCGCAGTTAAGCCAATGAGTGAATGGCAACTCTCTGATAATGCTGCTTATATGCatt > 1:1970916/1‑69 (MQ=255) ttGATGGTCTTCGCGCAGTTAAGCCAATGAGTGAATGGCAACTCTCTGATAATGCTGCTTATATGCatt > 1:270460/1‑69 (MQ=255) ttGATGGTCTTCGCGCAGTTAAGCCAATGAGTGAATGGCAACTCTCTGATAATGCTGCTTATATGCatt > 1:424486/1‑69 (MQ=255) ttGATGGTCTTCGCGCAGTTAAGCCAATGAGTGAATGGCAACTCTCTGATAATGCTGCTTATATGCatt > 1:2223371/1‑69 (MQ=255) ttGATGGTCTTCGCGCAGTTAAGCCAATGAGTGAATGGCAACTCTCTGATAATGCTGCTTATATGCatt > 1:2652157/1‑69 (MQ=255) ttGATGGTCTTCGCGCAGTTAAGCCAATGAGTGAATGGCAACTCTCTGATAATGCTGATTATATGAatt > 1:3159315/1‑69 (MQ=255) ttGATGGTCTTCGCGCAGTTAAGCCAATGAGTGAATGGCAACTCTCTGATAATGATGCTTATATGCatt > 1:2095690/1‑69 (MQ=255) ttGATGGTCTTCGCGCAGTTAAGCCAATGAGTGAATGCCAACTCTCTGATAAtgc > 1:2515375/1‑55 (MQ=255) ttGATGATCTTCGCGCAGTTAAGCCAATGAGTGAATGGCAACTCTCTGATAATGCTGCTTATATGCatt > 1:2394/1‑69 (MQ=255) tGATGGTCTGCGCGCGGTTAAGCCAATGCGTGAATGGCAACTCTCTGATaa < 1:423397/51‑1 (MQ=255) tGATGGTCTGCGCGCGGTTAAGCCAATGCGTGAATGGCAACTCTCTGATaa < 1:2768229/51‑1 (MQ=255) gATGGTCTTCGCGCAGTTAAGCCAATGAGTGAATGGCAACTCTCTGATAATGCTGCtt < 1:504958/58‑1 (MQ=255) gATGGTCTTCGCGCAGTTAAGCCAATGAGTGAATGGCAACTCTCTGATAATGCTGCtt < 1:1055090/58‑1 (MQ=255) gATGGTCTTCGCGCAGTTAAGCCAATGAGTGAATGGCAACTCTCTGATAATGCTGCtt < 1:883954/58‑1 (MQ=255) gATGGTCTTCGCGCAGTTAAGCCAATGAGTGAATGGCAACTCTCTGATAATGCTGCtt < 1:1157687/58‑1 (MQ=255) gATGGTCTTCGCGCAGTTAAGCCAATGAGTGAATGGCAACTCTCTGATAATGCTGCtt < 1:1259279/58‑1 (MQ=255) gATGGTCTTCGCGCAGTTAAGCCAATGAGTGAATGGCAACTCTCTGATAATGCTGCtt < 1:788269/58‑1 (MQ=255) gATGGTCTTCGCGCAGTTAAGCCAATGAGTGAATGGCAACTCTCTGATAATGCTGCtt < 1:2359473/58‑1 (MQ=255) gATGGTCTTCGCGCAGTTAAGCCAATGAGTGAATGGCAACTCTCTGATAATGCTGCtt < 1:1510924/58‑1 (MQ=255) gATGGTCTTCGCGCAGTTAAGCCAATGAGTGAATGGCAACTCTCTGATAATGCTGCtt < 1:2233464/58‑1 (MQ=255) gATGGTCTTCGCGCAGTTAAGCCAATGAGTGAATGGCAACTCTCTGATAATGCTGCtt < 1:569435/58‑1 (MQ=255) gATGGTCTTCGCGCAGTTAAGCCAATGAGTGAATGGCAACTCTCTGATAATGCTGCtt < 1:1662351/58‑1 (MQ=255) cTGCGCGCGGTTAAGCCAATGCGTGAATGGCAACTCTCTGATAATGCTGCTTATATGCATTATTGCCCg < 1:2443038/69‑1 (MQ=255) cTGCGCGCGGTTAAGCCAATGCGTGAATGGCAACTCTCTGATAATGCTGCTTATATGCATTATTGCCCg < 1:2342023/69‑1 (MQ=255) cTGCGCGCGGTTAAGCCAATGCGTGAATGGCAACTCTCTGATAATGCTGCTTATATGCATTATTGCCCg < 1:2273394/69‑1 (MQ=255) tGCGCGCGGTTAAGCCAATGCGTGAATGGCAACTCTCTGATAATGCTGCTTATATGCATTATTGCCCg < 1:1340412/68‑1 (MQ=255) | ATTAAAGAAGCGAAAAAATACTGCACGCCTAATGTCTTTGACGCCAAAGTGACTGTTGATGGTCTGCGCGCGGTTAAGCCAATGCGTGAATGGCAACTCTCTGATAATGCTGCTTATATGCATTATTGCCCG > minE/614670‑614801 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |