| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 614,754 | C→A | 47.3% | R135S (CGT→AGT) | serC → | 3‑phosphoserine/phosphohydroxythreonine aminotransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 614,754 | 0 | C | A | 47.3% | 43.6 / 186.5 | 169 | R135S (CGT→AGT) | serC | 3‑phosphoserine/phosphohydroxythreonine aminotransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (68/21); new base A (20/60); total (88/81) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.53e-11 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.75e-01 | |||||||||||
Only 100 of 169 total aligned reads displayed.
ACTGCACGCCTAATGTCTTTGACGCCAAAGTGACTGTTGATGGTCTGCGCGCGGTTAAGCCAATGCGTGAATGGCAACTCTCTGATAATGCTGCTTATATGCATTATTGCCCGAATGAAACC > minE/614689‑614810 | aCTGCACGCCTAATGTCTTTGACGCCAAAGTGACTGTTGATGGTCTGCGCGCGGTTAAGCCAATGCGTg < 1:2576904/69‑1 (MQ=255)aCTGCACGCCTAATGTCTTTGACGCCAAAGTGACTGTTGATGGTCTGCGCGCGGTTAAGCCAATGCGTg < 1:73318/69‑1 (MQ=255) aTGTCTTTGAAGCCAAAGTGACTGTTGATGGTCTGCGCGCGGTTAAGCCAATGCGTGaa > 1:3029024/1‑59 (MQ=255) tCTTTGACGCCAAAGTGACTGTTGATGGTCTGCGCGCGGTTAAGCCAATGCGTg > 1:3029261/1‑54 (MQ=255) tCTTTGACGCCAAAGTGACTGTTGATGGTCTGCGCGCGGTTAAGCCAATGCGTg > 1:3426773/1‑54 (MQ=255) tCTTTGACGCCAAAGTGACTGTTGATGGTCTGCGCGCGGTTAAGCCAATGCGTg > 1:544617/1‑54 (MQ=255) tCTTTGACGCCAAAGTGACTGTTGATGGTCTGCGCGCGGTTAAGCCAATGCGTg > 1:579829/1‑54 (MQ=255) tCTTTGACGCCAAAGTGACTGTTGATGGTCTGCGCGCGGTTAAGCCAATGCGTg > 1:2986355/1‑54 (MQ=255) tCTTTGACGCCAAAGTGACTGTTGATGGTCTGCGCGCGGTTAAGCCAATGCGTg > 1:1210119/1‑54 (MQ=255) tCTTTGACGCCAAAGTGACTGTTGATGGTCTGCGCGCGGTTAAGCCAATGCGTg > 1:833183/1‑54 (MQ=255) tCTTTGACGCCAAAGTGACTGTTGATGGTCTGCGCGCGGTTAAGCCAATGCGTGAATGGCAActctct > 1:2818832/1‑68 (MQ=255) tCTTTGACGCCAAAGTGACTGTTGATGGTCTGCGCGCGGTTAAGCCAATGCGTGAATGGCAActctct > 1:1075391/1‑68 (MQ=255) tCTTTGACGCCAAAGTGACTGTTGATGGTCTGCGCGCGGTTAAGCCAATGCGTGAATGGCAActctct > 1:3377772/1‑68 (MQ=255) tCTTTGACGCCAAAGTGACTGTTGATGGTCTGCGCGCGGTTAAGCCAATGCGTGAATGGCAActctct > 1:3131843/1‑68 (MQ=255) tCTTTGACGCCAAAGTGACTGTTGATGGTCTGCGCGCGGTTAAGCCAATGCGTGAATGGCAActctct > 1:482251/1‑68 (MQ=255) tCTTTGACGCCAAAGTGACTGTTGATGGTCTGCGCGCGGTTAAGCCAATGCGTGAATGGCAActctct > 1:1786584/1‑68 (MQ=255) tCTTTGACGCCAAAGTGACTGTTGATGGTCTGCGCGCGGTTAAGCCAATGCGTGAATGGCAActctct > 1:2133783/1‑68 (MQ=255) tCTTTGACGCCAAAGTGACTGTTGATGGTCTGCGCGCGGTTAAGCCAATGCGTGAATGGCAActctct > 1:529544/1‑68 (MQ=255) tCTTTGACGCCAAAGTGACTGTTGATGGTCTGCGCGCGGTTAAGCCAATGCGTGAATGGCAActctct > 1:1184896/1‑68 (MQ=255) tCTTTGACGCCAAAGTGACTGTTGATGGTCTGCGCGCGGTTAAGCCAATGCGTGAATGGCAActctct > 1:1446175/1‑68 (MQ=255) tCTTTGACGCCAAAGTGACTGTTGATGGTCTGCGCGCGGTTAAGCCAATGCGTGAATGGCAActctct > 1:1070761/1‑68 (MQ=255) tCTTTGACGCCAAAGTGACTGTTGATGGTCTGCGCGCGGTTAAGCCAATGCGTGAATGGCAActctct > 1:136702/1‑68 (MQ=255) tCTTTGACGCCAAAGTGACTGTTGATGGTCTGCGCGCGGTTAAGCCAATGCGTGAATGGCAActctct > 1:2328773/1‑68 (MQ=255) tCTTTGACGCCAAAGTGACTGTTGATGGTCTGCGCGCGGTTAAGCCAATGCGTGAATGGCAActctct > 1:727928/1‑68 (MQ=255) tCTTTGACGCCAAAGTGACTGTTGATGGTCTGCGCGCGGTTAAGCCAATGCGTGAATGGCAActctct > 1:921564/1‑68 (MQ=255) tCTTTGACGCCAAAGTGACTGTTGATGGTCTGCGCGCGGTTAAGCCAATGCGTGAATGGCAActctct > 1:2909275/1‑68 (MQ=255) tCTTTGACGCCAAAGTGACTGTTGATGGTCTG‑GCGCGGTTAAGCCAATGCGTGAATGGCAACTCTCTg > 1:1875822/1‑68 (MQ=255) tGACCGTTGATGGTCTTCGCGCAGTTAAGCCAATGAGTGAATGGCAACTCTCTGATAATGCTGCTtata < 1:2229021/69‑1 (MQ=255) tGACCGTTGATGGTCTTCGCGCAGTTAAGCCAATGAGTGAATGGCAACTCTCTGATAATGCTGCTtata < 1:2558120/69‑1 (MQ=255) tGACCGTTGATGGTCTTCGCGCAGTTAAGCCAATGAGTGAATGGCAACTCTCTGATAATGCTGCTtata < 1:937678/69‑1 (MQ=255) tGACCGTTGATGGTCTTCGCGCAGTTAAGCCAATGAGTGAATGGCAACTCTCTGATAATGCTGCTtata < 1:3121021/69‑1 (MQ=255) tGACCGTTGATGGTCTTCGCGCAGTTAAGCCAATGAGTGAATGGCAACTCTCTGATAATGCTGCTtata < 1:347897/69‑1 (MQ=255) tGACCGTTGATGGTCTTCGCGCAGTTAAGCCAATGAGTGAATGGCAACTCTCTGATAATGCTGCTtata < 1:461832/69‑1 (MQ=255) tGACCGTTGATGGTCTTCGCGCAGTTAAGCCAATGAGTGAATGGCAACTCTCTGATAATGCTGCTtata < 1:1132404/69‑1 (MQ=255) tGACCGTTGATGGTCTTCGCGCAGTTAAGCCAATGAGTGAATGGCAACTCTCTGATAATGCTGCTtata < 1:716903/69‑1 (MQ=255) tGACCGTTGATGGTCTTCGCGCAGTTAAGCCAATGAGTGAATGGCAACTCTCTGATAATGCTGCTtata < 1:654922/69‑1 (MQ=255) tGACCGTTGATGGTCTTCGCGCAGTTAAGCCAATGAGTGAATGG‑AACTCTCTGATAATGCTGCTTatat < 1:1745184/69‑1 (MQ=255) gACCGTTGATGGTCTTCGCGCAGTTAAGCCAATGAGTGAATGGCAACTCTCTGATAATGCTGCTtata < 1:635027/68‑1 (MQ=255) gACCGTTGATGGTCTTCGCGCAGTTAAGCCAATGAGTGAATGGCAACTCTCTGATAATGCTGCTTatat < 1:3295648/69‑1 (MQ=255) gACCGTTGATGGTCTTCGCGCAGTTAAGCCAATGAGTGAATGGCAACTCTCTGATAATGCTGCTTatat < 1:2470835/69‑1 (MQ=255) gACCGTTGATGGTCTTCGCGCAGTTAAGCCAATGAGTGAATGGCAACTCTCTGATAATGCTGCTTatat < 1:2792464/69‑1 (MQ=255) gACCGTTGATGGTCTTCGCGCAGTTAAGCCAATGAGTGAATGGCAACTCTCTGATAATGCTGCTTatat < 1:843740/69‑1 (MQ=255) gACCGTTGATGGTCTTCGCGCAGTTAAGCCAATGAGTGAATGGCAACTCTCTGATAATGCTGCTTatat < 1:1404641/69‑1 (MQ=255) gACCGTTGATGGTCTTCGCGCAGTTAAGCCAATGAGTGAATGGCAACTCTCTGATAATGCTGCTTatat < 1:3068988/69‑1 (MQ=255) gACCGTTGATGGTCTTCGCGCAGTTAAGCCAATGAGTGAATGGCAACTCTCTGATAATGCTGCTTatat < 1:3079289/69‑1 (MQ=255) gACCGTTGATGGTCTTCGCGCAGTTAAGCCAATGAGTGAATGGCAACTCTCTGATAATGCTGCTTatat < 1:1826648/69‑1 (MQ=255) accgTTGATGGTCTTCGCGCAGTTAAGCCAATGAGTGAATGGCAACTCTCTGATAATGCTGCTTatat < 1:2421793/65‑1 (MQ=255) tGTTGATGGTCTGCGCGCGGTTAAGCCAATGCGTGAATGGc > 1:77382/1‑41 (MQ=255) tGTTGATGGTCTGCGCGCGGTTAAGCCAATGCGTGAATGGc > 1:621923/1‑41 (MQ=255) tGTTGATGGTCTGCGCGCGGTTAAGCCAATGCGTGAATGGc > 1:2621193/1‑41 (MQ=255) tGTTGATGGTCTGCGCGCGGTTAAGCCAATGCGTGAATGGc > 1:1046183/1‑41 (MQ=255) tGTTGATGGTCTGCGCGCGGTTAAGCCAATGCGTGAATGGc > 1:114361/1‑41 (MQ=255) tGTTGATGGTCTGCGCGCGGTTAAGCCAATGCGTGAATGGc > 1:1349899/1‑41 (MQ=255) tGTTGATGGTCTGCGCGCGGTTAAGCCAATGCGTGAATGGc > 1:1921325/1‑41 (MQ=255) tGTTGATGGTCTGCGCGCGGTTAAGCCAATGCGTGAATGGc > 1:2041426/1‑41 (MQ=255) tGTTGATGGTCTGCGCGCGGTTAAGCCAATGCGTGAATGGc > 1:2167072/1‑41 (MQ=255) tGTTGATGGTCTGCGCGCGGTTAAGCCAATGCGTGAATGGc > 1:2209784/1‑41 (MQ=255) ttGATGGTCTTCGCGCTGTTAAGCCAATGAGTGAATGGCAACTCTCTGATAATGCTGCTTATATGCatt > 1:1889091/1‑69 (MQ=255) ttGATGGTCTTCGCGCAGTTAAGCCAATGAGTGAATgg > 1:537198/1‑38 (MQ=37) ttGATGGTCTTCGCGCAGTTAAGCCAATGAGTGAATGGCAACTCTCTGATAATGCTGCTTATATGCatt > 1:2652157/1‑69 (MQ=255) ttGATGGTCTTCGCGCAGTTAAGCCAATGAGTGAATGGCAACTCTCTGATAATGCTGCTTATATGCatt > 1:1288326/1‑69 (MQ=255) ttGATGGTCTTCGCGCAGTTAAGCCAATGAGTGAATGGCAACTCTCTGATAATGCTGCTTATATGCatt > 1:1828297/1‑69 (MQ=255) ttGATGGTCTTCGCGCAGTTAAGCCAATGAGTGAATGGCAACTCTCTGATAATGCTGCTTATATGCatt > 1:1970916/1‑69 (MQ=255) ttGATGGTCTTCGCGCAGTTAAGCCAATGAGTGAATGGCAACTCTCTGATAATGCTGCTTATATGCatt > 1:2709024/1‑69 (MQ=255) ttGATGATCTTCGCGCAGTTAAGCCAATGAGTGAATGGCAACTCTCTGATAATGCTGCTTATATGCatt > 1:2394/1‑69 (MQ=255) tGATGGTCTGCGCGCGGTTAAGCCAATGCGTGAATGGCAACTCTCTGATaa < 1:423397/51‑1 (MQ=255) tGATGGTCTGCGCGCGGTTAAGCCAATGCGTGAATGGCAACTCTCTGATaa < 1:2768229/51‑1 (MQ=255) tGATGGTCTGCGCGCGGTTAAGCCAATGCGTGAATGGCAACTCTCTGATaa < 1:1227169/51‑1 (MQ=255) tGATGGTCTGCGCGCGGTTAAGCCAATGCGTGAATGGCAACTCTCTGATaa < 1:2872521/51‑1 (MQ=255) tGATGGTCTGCGCGCGGTTAAGCCAATGCGTGAATGGCAACTCTCTGATaa < 1:203005/51‑1 (MQ=255) tGATGGTCTGCGCGCGGTTAAGCCAATGCGTGAATGGCAACTCTCTGATaa < 1:104678/51‑1 (MQ=255) gATGGTCTTCGCGCAGTTAAGCCAATGAGTGAATGGCAACTCTCTGATAATGCTGCtt < 1:504958/58‑1 (MQ=255) gATGGTCTTCGCGCAGTTAAGCCAATGAGTGAATGGCAACTCTCTGATAATGCTGCtt < 1:650113/58‑1 (MQ=255) gATGGTCTTCGCGCAGTTAAGCCAATGAGTGAATGGCAACTCTCTGATAATGCTGCtt < 1:308188/58‑1 (MQ=255) gATGGTCTTCGCGCAGTTAAGCCAATGAGTGAATGGCAACTCTCTGATAATGCTGCtt < 1:1510924/58‑1 (MQ=255) gATGGTCTTCGCGCAGTTAAGCCAATGAGTGAATGGCAACTCTCTGATAATGCTGCtt < 1:1525529/58‑1 (MQ=255) gATGGTCTTCGCGCAGTTAAGCCAATGAGTGAATGGCAACTCTCTGATAATGCTGCtt < 1:569435/58‑1 (MQ=255) gATGGTCTTCGCGCAGTTAAGCCAATGAGTGAATGGCAACTCTCTGATAATGCTGCtt < 1:1259279/58‑1 (MQ=255) gATGGTCTTCGCGCAGTTAAGCCAATGAGTGAATGGCAACTCTCTGATAATGCTGCtt < 1:2233464/58‑1 (MQ=255) gATGGTCTTCGCGCAGTTAAGCCAATGAGTGAATGGCAACTCTCTGATAATGCTGCtt < 1:1662351/58‑1 (MQ=255) gATGGTCTTCGCGCAGTTAAGCCAATGAGTGAATGGCAACTCTCTGATAATGCTGCtt < 1:3248767/58‑1 (MQ=255) gATGGTCTTCGCGCAGTTAAGCCAATGAGTGAATGGCAACTCTCTGATAATGCTGCtt < 1:883954/58‑1 (MQ=255) gATGGTCTTCGCGCAGTTAAGCCAATGAGTGAATGGCAACTCTCTGATAATGCTGCtt < 1:2359473/58‑1 (MQ=255) gATGGTCTTCGCGCAGTTAAGCCAATGAGTGAATGGCAACTCTCTGATAATGCTGCtt < 1:319447/58‑1 (MQ=255) gATGGTCTTCGCGCAGTTAAGCCAATGAGTGAATGGCAACTCTCTGATAATGCTGCtt < 1:788269/58‑1 (MQ=255) aTGGTCTTCGCGCAGTTAAGCCAATGAGTGAATGGCAACTCTCTGATAATGCTGCtt < 1:1938426/57‑1 (MQ=255) cTGCGCGCGGTTAAGCCAATGCGTGAATGGCAACTCTCTGATAATGCTGCTTATATGCATTATTGCCCg < 1:87773/69‑1 (MQ=255) cTGCGCGCGGTTAAGCCAATGCGTGAATGGCAACTCTCTGATAATGCTGCTTATATGCATTATTGCCCg < 1:2443038/69‑1 (MQ=255) cTGCGCGCGGTTAAGCCAATGCGTGAATGGCAACTCTCTGATAATGCTGCTTATATGCATTATTGCCCg < 1:2700968/69‑1 (MQ=255) cTGCGCGCGGTTAAGCCAATGCGTGAATGGCAACTCTCTGATAATGCTGCTTATATGCATTATTGCCCg < 1:2342023/69‑1 (MQ=255) cTGCGCGCGGTTAAGCCAATGCGTGAATGGCAACTCTCTGATAATGCTGCTTATATGCATTATTGCCCg < 1:2273394/69‑1 (MQ=255) tGCGCGCGGTTAAGCCAATGCGTGAATGGCAACTCTCTGATAATGCTGCTTATATGCATTATTGCCCg < 1:1340412/68‑1 (MQ=255) cgcgcgGTTAAGCCAATGCGTTAATGGCAACTCTCTGATaa < 1:1261149/41‑1 (MQ=255) cgcgcgGTTAAGCCAATGCGTGAATGGCAACTCTCTGATAATGCTGCTTATATGCATTATTGCCCGaa > 1:1580422/1‑68 (MQ=255) cgcgcgGTTAAGCCAATGCGTGAATGGCAACTCTCTGATAATGCTGCTTATATGCATTATTGCCCGaa > 1:1138217/1‑68 (MQ=255) gTTAAGCCAATGCGTGAATGGCAACTCTCTGATAATGCTGCTTATATGCATTATTGCCCGAATGAAAcc < 1:1051715/69‑1 (MQ=255) aaGCCAATGCGTGAATGGCAACTCTCTGATAATGCTGCTTATATGCATTATTGCCCGAATGaa > 1:2841529/1‑63 (MQ=255) aaGCCAATGCGTGAATGGCAACTCTCTGATAATGCTGCTTATATGCATTATTGCCCGAATGaa > 1:325084/1‑63 (MQ=255) aaGCCAATGCGTGAATGGCAACTCTCTGATAATGCTGCTTATATGCATTATTGCCCGAATGaa > 1:3136559/1‑63 (MQ=255) aaGCCAATGCGTGAATGGCAACTCTCTGATAATGCTGCTTATATGCATTATTGCCCGAATGaa > 1:2083607/1‑63 (MQ=255) | ACTGCACGCCTAATGTCTTTGACGCCAAAGTGACTGTTGATGGTCTGCGCGCGGTTAAGCCAATGCGTGAATGGCAACTCTCTGATAATGCTGCTTATATGCATTATTGCCCGAATGAAACC > minE/614689‑614810 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |