| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 615,065 | T→C | 39.3% | F238F (TTT→TTC) | serC → | 3‑phosphoserine/phosphohydroxythreonine aminotransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 615,065 | 0 | T | C | 39.3% | 39.5 / 61.3 | 89 | F238F (TTT→TTC) | serC | 3‑phosphoserine/phosphohydroxythreonine aminotransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (26/28); new base C (28/7); total (54/35) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.67e-03 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CAAAGCGAATATCGCGTGTCCGTCGATTCTGGATTATTCCATCCTCAACGATAACGGCTCCATGTTTAACACGCCGCCGACATTTGCCTGGTATCTATCTGGTCTGGTCTTTA > minE/614999‑615111 | cAAAGCGAATATCGCGTGTCCGTCGATTCTGGATTATTCCATCCTCAACGATAACGGCTCCATGttt < 1:2136304/67‑1 (MQ=255)cAAAGCGAATATCGCGTGTCCGTCGATTCTGGATTATTCCATCCTCAACGATAACGGCTCCATGttt < 1:2266509/67‑1 (MQ=255)cAAAGCGAATATCGCGTGTCCGTCGATTCTGGATTATTCCATCCTCAACGATAACGGCTCCATGttt < 1:1662265/67‑1 (MQ=255)cAAAGCGAATATCGCGTGTCCGTCGATTCTGGATTATTCCATCCTCAACGATAACGGCTCCATGttt < 1:3315192/67‑1 (MQ=255)cAAAGCGAATATCGCGTGTCCGTCGATTCTGGATTATTCCATCCTCAACGATAACGGCTCCATGttt < 1:1436857/67‑1 (MQ=255)cAAAGCGAATATCGCGTGTCCGTCGATTCTGGATTATTCCATCCTCAACGATAACGGCTCCATGTTTaa < 1:2008863/69‑1 (MQ=255)cAAAGCGAATATCGCGTGTCCGTCGATTCTGGATTATTCCATCCTCAACGATAACGGCTCCATGTTTaa < 1:2531606/69‑1 (MQ=255)cAAAGCGAATATCGCGTGTCCGTCGATTCTGGATTATTCCATCCTCAACGATAACGGCTCCATGTTTaa < 1:2801997/69‑1 (MQ=255)cAAAGCGAATATCGCGTGTCCGTCGATTCTGGATTATTCCATCCTCAACGATAACGGCTCCATGTTTaa < 1:3074302/69‑1 (MQ=255)cAAAGCGAATATCGCGTGTCCGTCGATTCTGGATTATTCCATCCTCAACGATAACGGCTCCATGTTTaa < 1:3224386/69‑1 (MQ=255)cAAAGCGAATATCGCGTGTCCGTCGATTCTGGATTATTCCATCCTCAACGATAACGGCTCCATGTTTaa < 1:3391691/69‑1 (MQ=255)cAAAGCGAATATCGCGTGTCCGTCGATTCTGGATTATTCCATCCTCAACGATAACGGCTCCATGTTTaa < 1:595993/69‑1 (MQ=255)cAAAGCGAATATCGCGTGTCCGTCGATTCTGGATTATTCCATCCTCAACGATAACGGCTCCATGTTTaa < 1:599385/69‑1 (MQ=255)cAAAGCGAATATCGCGTGTCCGTCGATTCTGGATTATTCCATCCTCAACGATAACGGCTCCATGTTTaa < 1:77056/69‑1 (MQ=255)cAAAGCGAATATCGCGTGTCCGTCGATTCTGGATTATTCCATCCTCAACGATAACGGCTCCATGTTTaa < 1:1128620/69‑1 (MQ=255) aGCGAATATCGCGTGTCCGTCGATTCTGGATTATTCCATCCTCAACGATAACGGCTCCATGTTTAacac < 1:863835/69‑1 (MQ=255) aGCGAATATCGCGTGTCCGTCGATTCTGGATTATTCCATCCTCAACGATAACGGCTCCATGTTTAacac < 1:1185231/69‑1 (MQ=255) aGCGAATATCGCGTGTCCGTCGATTCTGGATTATTCCATCCTCAACGATAACGGCTCCATGTTTAacac < 1:272812/69‑1 (MQ=255) tCGCGTGTCCGTCGATTCTGGATTATTCCATCCTCAACGATAACGGCTCCATGTTTAACACGCCGCCGa > 1:2381103/1‑69 (MQ=255) 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gcgTGTCCGTCGATTCTGGATTATTCCATCCTCAACGATAACGGCTCCATGTTTAACACGCCGCCGACa < 1:1227620/69‑1 (MQ=255) gcgTGTCCGTCGATTCTGGATTATTCCATCCTCAACGATAACGGCTCCATGTTTAACACGCCGCCGACa < 1:153080/69‑1 (MQ=255) gcgTGTCCGTCGATTCTGGATTATTCCATCCTCAACGATAACGGCTCCATGTTTAACACGCCGCCGACa < 1:145142/69‑1 (MQ=255) gcgTGTCCGTCGATTCTGGATTATTCCATCCTCAACGATAACGGCTCCATGTTTAACACGCCGCCGACa < 1:1901405/69‑1 (MQ=255) ccGTCGATTCTGGATTATTCCATCCTCAACGATAACGGCTCCATGTTTAACACGCCGCCGACATTTGcc > 1:1802825/1‑69 (MQ=255) ccGTCGATTCTGGATTATTCCATCCTCAACGATAACGGCTCCATGTTTAACACGCCGCCGACATTTGcc > 1:3077426/1‑69 (MQ=255) ccGTCGATTCTGGATTATTCCATCCTCAACGATAACGGCTCCATGTTTAACACGCCGCCGACATTTGcc > 1:1552367/1‑69 (MQ=255) ccGTCGATTCTGGATTATTCCATCCTCAACGATAACGGCTCCATGTTTAACACGCCGCCGACATTTGcc > 1:3381704/1‑69 (MQ=255) ccGTCGATTCTGGATTATTCCATCCTCAACGATAACGGCTCCATGTTTAACACGCCGCCGACATTTGcc > 1:755896/1‑69 (MQ=255) ccGTCGATTCTGGATTATTCCATCCTCAACGATAACGGCTCCATGTTTAACACGCCGCCGACATTTGcc > 1:2443991/1‑69 (MQ=255) 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gATTCTGGATTACTCCATCCTCAACGATAACGATTCCATGTTCAac > 1:1088381/1‑46 (MQ=255) gATTCTGGATTACTCCATCCTCAACGATAACGATTCCATGTTCAac > 1:3022708/1‑46 (MQ=255) gATTCTGGATTACTCCATCCTCAACGATAACGATTCCATGTTCAac > 1:1776450/1‑46 (MQ=255) gATTCTGGATTACTCCATCCTCAACGATAACGATTCCATGTTCAac > 1:2962818/1‑46 (MQ=255) gATTCTGGATTACTCCATCCTCAACGATAACGATTCCATGTTCAac > 1:2202095/1‑46 (MQ=255) gATTCTGGATTACTCCATCCTCAACGATAACGATTCCATGTTCAac > 1:2483330/1‑46 (MQ=255) gATTCTGGATTACTCCATCCTCAACGATAACGATTCCATGTTCAac > 1:2412733/1‑46 (MQ=255) gATTCTGGATTACTCCATCCTCAACGATAACGATTCCATGTTCAac > 1:2530137/1‑46 (MQ=255) gATTCTGGATTACTCCATCCTCAACGATAACGATTCCATGTTCAac > 1:1890171/1‑46 (MQ=255) gATTCTGGATTACTCCATCCTCAACGATAACGATTCCATGTTCAac > 1:2351231/1‑46 (MQ=255) gATTCTGGATTACTCCATCCTCAACGATAACGATTCCATGTTCAac > 1:217016/1‑46 (MQ=255) gATTCTGGATTACTCCATCCTCAACGATAACGATTCCATGTTCAac > 1:2638824/1‑46 (MQ=255) gATTCTGGATTACTCCATCCTCAACGATAACGATTCCATGTTCAac > 1:2159136/1‑46 (MQ=255) gATTCTGGATTACTCCATCCTCAACGATAACGATTCCATGTTCAac > 1:2082691/1‑46 (MQ=255) gATTCTGGATTACTCCATCCTCAACGATAACGATTCCATGTTCAac > 1:2812168/1‑46 (MQ=255) gATTCTGGATTACTCCATCCTCAACGATAACGATTCCATGTTCAac > 1:2926321/1‑46 (MQ=255) tCTGGATTATTCCATCCTCAACGATAACGGCTCCATGTTTAACACGCCGCCGACATTTGCCTGGtatct < 1:2066864/69‑1 (MQ=255) cTGGATTATTCCATCCTCAACGATAACGGCTCCATGTTTAACACGCCGCCGAc > 1:757916/1‑53 (MQ=255) cTGGATTATTCCATCCTCAACGATAACGGCTCCATGTTTAACACGCCGCCGAc > 1:3064436/1‑53 (MQ=255) cTGGATTATTCCATCCTCAACGATAACGGCTCCATGTTTAACACGCCGCCGAc > 1:1986862/1‑53 (MQ=255) cTGGATTATTCCATCCTCAACGATAACGGCTCCATGTTTAACACGCCGCCGAc > 1:1032027/1‑53 (MQ=255) cTGGATTATTCCATCCTCAACGATAACGGCTCCATGTTTAACACGCCGCCGAc > 1:642930/1‑53 (MQ=255) cTGGATTATTCCATCCTCAACGATAACGGCTCCATGTTTAACACGCCGCCGAc > 1:47696/1‑53 (MQ=255) cTGGATTATTCCATCCTCAACGATAACGGCTCCATGTTTAACACGCCGCCGAc > 1:495457/1‑53 (MQ=255) cTGGATTATTCCATCCTCAACGATAACGGCTCAATGTTTAACACGCCGCCGAc > 1:3284511/1‑53 (MQ=255) ggATTATTCCATCCTCAACGATAACGTCTCCATGttt < 1:2047288/37‑1 (MQ=255) ccATCCTCAACGATAACGGCTCCATGTTTAACACGCCGCCGACATTTGCCTGGTATCTAtctggtctgg > 1:581050/1‑69 (MQ=255) ccATCCTCAACGATAACGGCTCCATGTTTAACACGCCGCCGACATTTGCCTGGTATCTAtctggtctgg > 1:2927475/1‑69 (MQ=255) ccATCCTCAACGATAACGGCTCCATGTTTAACACGCCGCCGACATTTGCCTGGTATCTAtctggtctgg > 1:2079359/1‑69 (MQ=255) ccATCCTCAACGATAACGGCTCCATGTTTAACACGCCGCCGACATTTGCCTGGTATCTAtctggtctgg > 1:1784204/1‑69 (MQ=255) ccATCCTCAACGATAACGGCTCCATGTTTAACACGCCGCCGACATTTGCCTGGTATCTAtctggtctgg > 1:1621876/1‑69 (MQ=255) ccATCCTCAACGATAACGGCTCCATGTTTAACACGCCGCCGACATTTGCCTGGTATCTAtctggtctgg > 1:3232092/1‑69 (MQ=255) ccATCCTCAACGATAACGGCTCCATGTTTAACACGCCGCCGACATTTGCCTGGTATCTAtctggtctgg > 1:3372302/1‑69 (MQ=255) ccATCCTCAACGATAACGGCTCCATGTTTAACACGCCGCCGACATTTGCCTGGTATCTAtctggtctgg > 1:1859209/1‑69 (MQ=255) ccATCCTCAACGATAACGGCTCCATGTTTAACACGCCGCCGACATTTGCCTGGTATCTAtctggtctgg > 1:1470328/1‑69 (MQ=255) tCCTCAACGATAACGATTCCATGTTCAACACGCCGCCGACATTTGCCTGGTACTTATctggcctggt < 1:169106/67‑1 (MQ=255) tCCTCAACGATAACGATTCCATGTTCAACACGCCGCCGACATTTGCCTGGTACTTATctggcctggt < 1:2652213/67‑1 (MQ=255) tCCTCAACGATAACGATTCCATGTTCAACACGCCGCCGACATTTGCCTGGTACTTATctggcctggt < 1:268536/67‑1 (MQ=255) tCCTCAACGATAACGATTCCATGTTCAACACGCCGCCGACATTTGCCTGGTACTTATctggcctggt < 1:272242/67‑1 (MQ=255) tCCTCAACGATAACGATTCCATGTTCAACACGCCGCCGACATTTGCCTGGTACTTATctggcctggt < 1:2080678/67‑1 (MQ=255) tCCTCAACGATAACGATTCCATGTTCAACACGCCGCCGACATTTGCCTGGTACTTATctggcctggt < 1:601711/67‑1 (MQ=255) ccTCAACGATAACGATTCCATGTTCAACACGCCGCCGACATTTGCCTGGTACTTATctggcctggt < 1:2123783/66‑1 (MQ=255) cTCCATGTTTAACACGCCGCCGACATTTGCCTGGTATCTATCTGGTCTGGTCTTTa < 1:2952560/56‑1 (MQ=255) | CAAAGCGAATATCGCGTGTCCGTCGATTCTGGATTATTCCATCCTCAACGATAACGGCTCCATGTTTAACACGCCGCCGACATTTGCCTGGTATCTATCTGGTCTGGTCTTTA > minE/614999‑615111 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |