| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 622,463 | G→T | 28.5% | G482V (GGA→GTA) | ycaI → | conserved inner membrane protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 622,463 | 0 | G | T | 28.5% | 198.3 / 73.4 | 133 | G482V (GGA→GTA) | ycaI | conserved inner membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (48/47); new base T (16/22); total (64/69) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.44e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 139 total aligned reads displayed.
GTTCTTACTGGTGGTATGGCGATTAAACGCCTGGCGAACGTTGCCAGCAATGTGTGTGGCTGGAGGCTTGCTGATGTGCTGGCCGCTGTGGCAAAAACCTCGACCTGACGAGTGGCAGCTGTACATGCTT > minE/622401‑622530 | gTTCTTACTGGTGGTATGGCGATTAAACGCCTGGCGAACGTTGCCAGCAATGTGTGTGGCTGGAGGCtt > 1:2419745/1‑69 (MQ=255)gTTCTTACTGGTGGTATGGCGATTAAACGCCTGGCGAACGTTGCCAGCAATGTGTGTGGCTGGAGGCtt > 1:1005050/1‑69 (MQ=255)gTTCTTACTGGTGGTATGGCGATTAAACGCCTGGCGAACGTTGCCAGCAATGTGTGTGGCTGGAGGCtt > 1:1410223/1‑69 (MQ=255)gTTCTTACTGGTGGTATGGCGATTAAACGCCTGGCGAACGTTGCCAGCAATGTGTGTGGCTGGAGGCtt > 1:2615576/1‑69 (MQ=255)gTTCTTACTGGTGGTATGGCGATTAAACGCCTGGCGAACGTTGCCAGCAATGTGTGTGGCTGGAGGCtt > 1:498854/1‑69 (MQ=255)gTTCTTACTGGTGGTATGGCGATTAAACGCCTGGCGAACGTTGCCAGCAATGTGTGTGGCTGGAGGCtt > 1:1776972/1‑69 (MQ=255)gTTCTTACTGGTGGTATGGCGATTAAACGCCTGGCGAACGTTGCCAGCAATGTGTGTGGCTGGAGGCtt > 1:3342620/1‑69 (MQ=255) tCTTACTGGTGGTATGGCGATTAAACGCCTGGCGAACGTTGCCAGCAATGTGTGTGGCTGGAGGCTTGc < 1:200367/69‑1 (MQ=255) cTTACTGGTGGTATGGCGATTAAACGCCTGGCGAACGTTGCCAGCAATGTGTGTGGCTGGAGGCTTGCt < 1:3407717/69‑1 (MQ=255) cTTACTGGTGGTATGGCGATTAAACGCCTGGCGAACGTTGCCAGCAATGTGTGTGGCTGGAGGCTTGCt < 1:1655379/69‑1 (MQ=255) cTTACTGGTGGTATGGCGATTAAACGCCTGGCGAACGTTGCCAGCAATGTGTGTGGCTGGAGGCTTGCt < 1:154059/69‑1 (MQ=255) cTTACTGGTGGTATGGCGATTAAACGCCTGGCGAACGTTGCCAGCAATGTGTGTGGCTGGAGGCTTGCt < 1:3365769/69‑1 (MQ=255) cTTACTGGTGGTATGGCGATTAAACGCCTGGCGAACGTTGCCAGCAATGTGTGTGGCTGGAGGCTTGCt < 1:3133832/69‑1 (MQ=255) cTTACTGGTGGTATGGCGATTAAACGCCTGGCGAACGTTGCCAGCAATGTGTGTGGCTGGAGGCTTGCt < 1:2015411/69‑1 (MQ=255) cTTACTGGTGGTATGGCGATTAAACGCCTGGCGAACGTTGCCAGCAATGTGTGTGGCTGGAGGCTTGCt < 1:2133259/69‑1 (MQ=255) cTTACTGGTGGTATGGCGATTAAACGCCTGGCGAACGTTGCCAGCAATGTGTGTGGCTGGAGGCTTGCt < 1:2578157/69‑1 (MQ=255) cTTACTGGTGGTATGGCGATTAAACGCCTGGCGAACGTTGCCAGCAATGTGTGTGGCTGGAGGCTTGCt < 1:2350881/69‑1 (MQ=255) cTTACTGGTGGTATGGCGATTAAACGCCTGGCGAACGTTGCCAGCAATGTGTGTGGCTGGAGGCTTGCt < 1:788905/69‑1 (MQ=255) cTTACTGGTGGTATGGCGATTAAACGCCTGGCGAACGTTGCCAGCAATGTGTGTGGCTGGAGGCTTGCt < 1:1171048/69‑1 (MQ=255) cTTACTGGTGGTATGGCGATTAAACGCCTGGCGAACGTTGCCAGCAATGTGTGTGGCTGGAGGCTTGCt < 1:1050494/69‑1 (MQ=255) cTTACTGGTGGTATGGCGATTAAACGCCTGGCGAACGTTGCCAGCAATGTGTGTGGCTGGAGGCTTGCt < 1:1197725/69‑1 (MQ=255) cTTACTGGTGGTATGGCGATTAAACGCCTGGCGAACGTTGCCAGCAATGTGTGTGGCTGGAGGCTTGCt < 1:1263264/69‑1 (MQ=255) cTTACTGGTGGTATGGCGATTAAACGCCTGGCGAACGTTGCCAGCAATGTGTGTGGCTGGAGGCTAGCt < 1:132796/69‑1 (MQ=255) cTTACTGGTGGTATGGCGATTAAACGCCTGGCGAACGTTGCCAGCAATGTGTGTGGCTGGAGGCTAGCt < 1:128800/69‑1 (MQ=255) cTTACTGGTGGTATGGCGATTAAACGCCTGGCGAACGTTGCCAGCAATGTGTGTGGCTGGAGCCTTGCt < 1:2202/69‑1 (MQ=255) gCGATTAAACGCCTTGCGAACGTTGCCAGCAATGTGTGTGGCTGGAGGCTTGCTGATGTGCTGGCCGCt > 1:2610640/1‑69 (MQ=255) gCGATTAAACGCCTGGCGAACGTTGCCAGCAATGTGTGTGGCTGTAGGCTTGCTGATGTGCTTGCCGCt > 1:3167335/1‑69 (MQ=255) gCGATTAAACGCCTGGCGAACGTTGCCAGCAATGTGTGTGGCTGTAGGCTTGCTGATGTGCTTGCCGCt > 1:2059364/1‑69 (MQ=255) gCGATTAAACGCCTGGCGAACGTTGCCAGCAATGTGTGTGGCTGTAGGCTTGCTGATGTGCTTGCCGCt > 1:720776/1‑69 (MQ=255) gCGATTAAACGCCTGGCGAACGTTGCCAGCAATGTGTGTGGCTGTAGGCTTGCTGATGTGCTTGCCGCt > 1:2226493/1‑69 (MQ=255) gCGATTAAACGCCTGGCGAACGTTGCCAGCAATGTGTGTGGCTGTAGGCTTGCTGATGTGCTTGCCGCt > 1:3188091/1‑69 (MQ=255) gCGATTAAACGCCTGGCGAACGTTGCCAGCAATGTGTGTGGCTGTAGGCTTGCTGATGTGCTTGCCGCt > 1:1800434/1‑69 (MQ=255) gCGATTAAACGCCTGGCGAACGTTGCCAGCAATGTGTGTGGCTGTAGGCTTGCTGATGTGCTTGCCGCt > 1:2526068/1‑69 (MQ=255) gCGATTAAACGCCTGGCGAACGTTGCCAGCAATGTGTGTGGCTGTAGGCTTGCTGATGTGCTTGCCGCt > 1:705602/1‑69 (MQ=255) gCGATTAAACGCCTGGCGAACGTTGCCAGCAATGTGTGTGGCTGTAGGCTTGCTGATGTGCTTGCCGCt > 1:3401510/1‑69 (MQ=255) gCGATTAAACGCCTGGCGAACGTTGCCAGCAATGTGTGTGGCTGTAGGCTTGCTGATGTGCTTGCCGCt > 1:1026004/1‑69 (MQ=255) gCGATTAAACGCCTGGCGAACGTTGCCAGCAATGTGTGTGGCTGGAGGCTTGc > 1:1303056/1‑53 (MQ=255) gCGATTAAACGCCTGGCGAACGTTGCCAGCAATGTGTGTGGCTGGAGGCTTGCt > 1:2562755/1‑54 (MQ=255) gCGATTAAACGCCTGGCGAACGTTGCCAGCAATGTGTGTGGCTGGAGGCTTGCt > 1:2897898/1‑54 (MQ=255) gCGATTAAACGCCTGGCGAACGTTGCCAGCAATGTGTGTGGCTGGAGGCTTGCt > 1:906129/1‑54 (MQ=255) gCGATTAAACGCCTGGCGAACGTTGCCAGCAATGTGTGTGGCTGGAGGCTTGCt > 1:2642133/1‑54 (MQ=255) gCGATTAAACGCCTGGCGAACGTTGCCAGCAATGTGTGTGGCTGGAGGCTTGCt > 1:3424572/1‑54 (MQ=255) gCGATTAAACGCCTGGCGAACGTTGCCAGCAATGTGTGTGGCTGGAGGCTTGCt > 1:2941185/1‑54 (MQ=255) gCGATTAAACGCCTGGCGAACGTTGCCAGCAATGTGTGTGGCTGGAGGCTTGCt > 1:3297770/1‑54 (MQ=255) gCGATTAAACGCCTGGCGAACGTTGCCAGCAATGTGTGTGGCTGGAGGCTTGCt > 1:913665/1‑54 (MQ=255) gCGATTAAACGCCTGGCGAACGTTGCCAGCAATGTGTGTGGCTGGAGGCTTGCt > 1:340407/1‑54 (MQ=255) gCGATTAAACGCCTGGCGAACGTTGCCAGCAATGTGTGTGGCTGGAGGCTTGCt > 1:1843875/1‑54 (MQ=255) gCGATTAAACGCCTGGCGAACGTTGCCAGCAATGTGTGTGGCTGGAGGCTTGCt > 1:2182270/1‑54 (MQ=255) gCGATTAAACGCCTGGCGAACGTTGCCAGCAATGTGTGTGGCTGGAGGCTTGCt > 1:2063330/1‑54 (MQ=255) gCGATTAAACGCCTGGCGAACGTTGCCAGCAATGTGTGTGGCTGGAGGCTTGCTGATGTGCTGGCCGc < 1:36000/68‑1 (MQ=255) gCGATTAAACGCCTGGCGAACGTTGCCAGCAATGTGTGTGGCTGGAGGCTTGCTGATGTGCTGGCCGc < 1:397580/68‑1 (MQ=255) gCGATTAAACGCCTGGCGAACGTTGCCAGCAATGTGTGTGGCTGGAGGCTTGCTGATGTGCTGGCCGc < 1:1481030/68‑1 (MQ=255) gCGATTAAACGCCTGGCGAACGTTGCCAGCAATGTGTGTGGCTGGAGGCTTGCTGATGTGCTGGCCGc < 1:165323/68‑1 (MQ=255) gCGATTAAACGCCTGGCGAACGTTGCCAGCAATGTGTGTGGCTGGAGGCTTGCTGATGTGCTGGCCGc < 1:479510/68‑1 (MQ=255) gCGATTAAACGCCTGGCGAACGTTGCCAGCAATGTGTGTGGCTGGAGGCTTGCTGATGTGCTGGCCGc < 1:589511/68‑1 (MQ=255) gCGATTAAACGCCTGGCGAACGTTGCCAGCAATGTGTGTGGCTGGAGGCTTGCTGATGTGCTGGCCGc < 1:1971478/68‑1 (MQ=255) gCGATTAAACGCCTGGCGAACGTTGCCAGCAATGTGTGTGGCTGGAGGCTTGCTGATGTGCTGGCCGc < 1:1237151/68‑1 (MQ=255) gCGATTAAACGCCTGGCGAACGTTGCCAGCAATGTGTGTGGCTGGAGGCTTGCTGATGTGCTGGCCGc < 1:1148846/68‑1 (MQ=255) gCGATTAAACGCCTGGCGAACGTTGCCAGCAATGTGTGTGGCTGGAGGCTTGCTGATGTGCTGGCCGc < 1:84205/68‑1 (MQ=255) gCGATTAAACGCCTGGCGAACGTTGCCAGCAATGTGTGTGGCTGGAGGCTTGCTGATGTGCTGGCCGc < 1:860983/68‑1 (MQ=255) gCGATTAAACGCCTGGCGAACGTTGCCAGCAATGTGTGTGGCTGGAGGCTTGCTGATGTGCTGGCCGc < 1:1132142/68‑1 (MQ=255) gCGATTAAACGCCTGGCGAACGTTGCCAGCAATGTGTGTGGCTGGAGGCTTGCTGATGTGCTGGCCGc < 1:1111310/68‑1 (MQ=255) gCGATTAAACGCCTGGCGAACGTTGCCAGCAATGTGTGTGGCTGGAGGCTTGCTGATGTGCTGGCCGCt > 1:702286/1‑69 (MQ=255) gCGATTAAACGCCTGGCGAACGTTGCCAGCAATGTGTGTGGCTGGAGGCTTGCTGATGTGCTGGCCGCt > 1:2574187/1‑69 (MQ=255) gCGATTAAACGCCTGGCGAACGTTGCCAGCAATGTGTGTGGCTGGAGGCTTGCTGATGTGCTGGCCGCt > 1:840577/1‑69 (MQ=255) gCGATTAAACGCCTGGCGAACGTTGCCAGCAATGTGTGTGGCTGGAGGCTTGCTGATGTGCTGGCCGCt > 1:3032558/1‑69 (MQ=255) gCGATTAAACGCCTGGCGAACGTTGCCAGCAATGTGTGTGGCTGGAGGCTTGCTGATGTGCTGGCCGCt > 1:466906/1‑69 (MQ=255) gCGATTAAACGCCTGGCGAACGTTGCCAGCAATGTGTGTGGCTGGAGGCTTGCTGATGTGCTGGCCGCt > 1:2269619/1‑69 (MQ=255) tAAACGCCTGGCGAACGTTGCCAGCAATGTGTGTGGCTGGAGGCTTGCTGATGTGCTGGCCGCTGTgg > 1:1564562/1‑68 (MQ=255) tAAACGCCTGGCGAACGTTGCCAGCAATGTGTGTGGCTGGAGGCTTGCTGATGTGCTGGCCGCTGTgg > 1:152484/1‑68 (MQ=255) tAAACGCCTGGCGAACGTTGCCAGCAATGTGTGTGGCTGGAGGCTTGCTGATGTGCTGGCCGCTGTgg > 1:3394513/1‑68 (MQ=255) tAAACGCCTGGCGAACGTTGCCAGCAATGTGTGTGGCTGGAGGCTTGCTGATGTGCTGGCCGCTGTgg > 1:1828281/1‑68 (MQ=255) tAAACGCCTGGCGAACGTTGCCAGCAATGTGTGTGGCTGGAGGCTTGCTGATGTGCTGGCCGCTGTgg > 1:462513/1‑68 (MQ=255) cTGGCGAACGTTGCCAGCAATGTGTGTGGCTGTAGGCTTGCTGAt < 1:1479571/45‑1 (MQ=255) cTGGCGAACGTTGCCAGCAATGTGTGTGGCTGTAGGCTTGCTGAt < 1:3418411/45‑1 (MQ=255) cTGGCGAACGTTGCCAGCAATGTGTGTGGCTGTAGGCTTGCTGAt < 1:1356762/45‑1 (MQ=255) cTGGCGAACGTTGCCAGCAATGTGTGTGGCTGTAGGCTTGCTGAt < 1:1308800/45‑1 (MQ=255) cTGGCGAACGTTGCCAGCAATGTGTGTGGCTGTAGGCTTGCTGAt < 1:3325786/45‑1 (MQ=255) cTGGCGAACGTTGCCAGCAATGTGTGTGGCTGTAGGCTTGCTGAt < 1:2339231/45‑1 (MQ=255) cTGGCGAACGTTGCCAGCAATGTGTGTGGCTGTAGGCTTGCTGAt < 1:2487979/45‑1 (MQ=255) cTGGCGAACGTTGCCAGCAATGTGTGTGGCTGTAGGCTTGCTGAt < 1:2566638/45‑1 (MQ=255) cTGGCGAACGTTGCCAGCAATGTGTGTGGCTGTAGGCTTGCTGAt < 1:3267477/45‑1 (MQ=255) cTGGCGAACGTTGCCAGCAATGTGTGTGGCTGTAGGCTTGCTGAt < 1:3266332/45‑1 (MQ=255) cTGGCGAACGTTGCCAGCAATGTGTGTGGCTGTAGGCTTGCTGAt < 1:3232224/45‑1 (MQ=255) cTGGCGAACGTTGCCAGCAATGTGTGTGGCTGTAGGCTTGCTGAt < 1:2145777/45‑1 (MQ=255) cTGGCGAACGTTGCCAGCAATGTGTGTGGCTGTAGGCTTGCTGAt < 1:3133042/45‑1 (MQ=255) cTGGCGAACGTTGCCAGCAATGTGTGTGGCTGTAGGCTTGCTGAt < 1:2141061/45‑1 (MQ=255) cTGGCGAACGTTGCCAGCAATGTGTGTGGCTGTAGGCTTGCTGAt < 1:2858168/45‑1 (MQ=255) cTGGCGAACGTTGCCAGCAATGTGTGTGGCTGTAGGCTTGCTGAt < 1:3375827/45‑1 (MQ=255) cGAACTTTGCCAGCAATGTGTGTGGCTGTAGGCTTGCTGAt < 1:2910595/41‑1 (MQ=255) aGCAATGTGTGTGGCTGGAGGCTTGCTGATGTGCTGGCCGCTGTGGCAAAAACCTCGACCTGACGAGt < 1:1769648/68‑1 (MQ=255) tgtgtgGCTGGAGGCTTGCTGATGTGCTGGCCGCTGTGGCAAAAACCTCGACCTGACGAGTGGCAGCTg > 1:190689/1‑69 (MQ=255) tgtgtgGCTGGAGGCTTGCTGATGTGCTGGCCGCTGTGGCAAAAACCTCGACCTGACGAGTGGCAGCTg > 1:1608693/1‑69 (MQ=255) tgtgGCTGGAGGCTTGCTGATGTGCTGGCCGCTGTGGCAAAAACCTCGACCTGACGAGTGGCAGCTGTa < 1:3051212/69‑1 (MQ=255) gCTGGAGGCTTGCTGATGTGCTGGCCGCTGTGGCAAAAACCTCGACCTGACGAGTGGCAGCTGTACATg > 1:2635057/1‑69 (MQ=255) ggAGGCTTGCTGATGTGCTGGCCGCTGTGGCAAAAACCTCGACCTGACGAGTGGCAGCTGTACATGCtt < 1:1944651/69‑1 (MQ=255) ggAGGCTTGCTGATGTGCTGGCCGCTGTGGCAAAAACCTCGACCTGACGAGTGGCAGCTGTACATGCtt < 1:764880/69‑1 (MQ=255) ggAGGCTTGCTGATGTGCTGGCCGCTGTGGCAAAAACCTCGACCTGACGAGTGGCAGCTGTACATGCtt < 1:2267402/69‑1 (MQ=255) ggAGGCTTGCTGATGTGCTGGCCGCTGTGGCAAAAACCTCGACCTGACGAGTGGCAGCTGTACATGCtt < 1:2539984/69‑1 (MQ=255) ggAGGCTTGCTGATGTGCTGGCCGCTGTGGCAAAAACCTCGACCTGACGAGTGGCAGCTGTACATGCtt < 1:2378567/69‑1 (MQ=255) | GTTCTTACTGGTGGTATGGCGATTAAACGCCTGGCGAACGTTGCCAGCAATGTGTGTGGCTGGAGGCTTGCTGATGTGCTGGCCGCTGTGGCAAAAACCTCGACCTGACGAGTGGCAGCTGTACATGCTT > minE/622401‑622530 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |