| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 650,405 | T→C | 69.0% | A113A (GCA→GCG) | ssuB ← | alkanesulfonate transporter subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 650,405 | 0 | T | C | 69.0% | 54.9 / 27.3 | 61 | A113A (GCA→GCG) | ssuB | alkanesulfonate transporter subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (5/14); new base C (22/20); total (27/34) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 9.40e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CGGCAGGCCATTCCCCTGCGCGATTCTCCAGTCCTACCGCAGCCAACGCTCGACGTGCGGCATCGCGCCACTGGCCTTTAAGGCCTAACCCAACGTTATCAATCACCGATTTCCACGGTAGCA > minE/650350‑650472 | cGGCAGGCCATTCCCCTGCGCGATTCTCCAGTCCTACCGCAGCCAACGCTCGACGTGCGGCATCGCGcc < 1:3051459/69‑1 (MQ=255)cGGCAGGCCATTCCCCTGCGCGATTCTCCAGTCCTACCGCAGCCAACGCTCGACGTGCGGCATCGCGcc < 1:1513975/69‑1 (MQ=255)cGGCAGGCCATTCCCCTGCGCGATTCTCCAGTCCTACCGCAGCCAACGCTCGACGTGCGGCATCGCGcc < 1:1515325/69‑1 (MQ=255) ccATTCGCCTTCGCGATTCTCGAGTCCTACCGCAGCCAACGCTCGACGTGCGGc < 1:207254/54‑1 (MQ=255) ccATTCCCCTGCGCGATTCTCCAGTCCTACCGCAGCCAACGCTCGACGTGCGGc < 1:983895/54‑1 (MQ=255) ccATTCCCCTGCGCGATTCTCCAGTCCTACCGCAGCCAACGCTCGACGTGCGGc < 1:1990683/54‑1 (MQ=255) ccATTCCCCTGCGCGATTCTCCAGTCCTACCGCAGCCAACGCTCGACGTGCGGc < 1:1284225/54‑1 (MQ=255) ccATTCCCCTGCGCGATTCTCCAGTCCTACCGCAGCCAACGCTCGACGTGCGGc < 1:2295562/54‑1 (MQ=255) ccATTCCCCTGCGCGATTCTCCAGTCCTACCGCAGCCAACGCTCGACGTGCGGc < 1:1504513/54‑1 (MQ=255) ccATTCCCCTGCGCGATTCTCCAGTCCTACCGCAGCCAACGCTCGACGTGCGGc < 1:660782/54‑1 (MQ=255) ccATTCCCCTGCGCGATTCTCCAGTCCTACCGCAGCCAACGCTCGACGTGCGGc < 1:3077118/54‑1 (MQ=255) cATTCCCCTGCGCGATTCTCCAGTCCTACCGCAGCCAACGCTCGACGTGCGGc < 1:821864/53‑1 (MQ=255) ccccTGCTCGATTCTCCAGTCCTACCGCAGCCAACGCTCGACGTGCGGCATCGCGCCACTGGCCTTTaa > 1:482636/1‑69 (MQ=255) ccccTGCTCGATTCTCCAGTCCTACCGCAGCCAACGCTCGACGTGCGGCATCGCGCCACTGGCCTTTaa > 1:1831013/1‑69 (MQ=255) ctcCAGTCCTACCGCAGCCAACGCTCGACGTGCGGc < 1:1584320/36‑1 (MQ=255) ccTACCGCAGCCAACGCTCGACGTGCGGCATCGCGCCACTGGCCTTTAAGGCCTAACCCAACGTTatc > 1:2884813/1‑68 (MQ=255) cTACCGCAGCCAGAGCCTGACGCGCCGCATCGCGCCACTGGCCTTTAAGGCCTAACCCAACGTTatcaa < 1:1162193/69‑1 (MQ=255) cTACCGCAGCCAGAGCCTGACGCGCCGCATCGCGCCACTGGCCTTTAAGGCCTAACCCAACGTTatcaa < 1:3333525/69‑1 (MQ=255) cTACCGCAGCCAGAGCCTGACGCGCCGCATCGCGCCACTGGCCTTTAAGGCCTAACCCAACGTTatcaa < 1:3266075/69‑1 (MQ=255) cTACCGCAGCCAGAGCCTGACGCGCCGCATCGCGCCACTGGCCTTTAAGGCCTAACCCAACGTTatcaa < 1:3142306/69‑1 (MQ=255) cTACCGCAGCCAGAGCCTGACGCGCCGCATCGCGCCACTGGCCTTTAAGGCCTAACCCAACGTTatcaa < 1:705267/69‑1 (MQ=255) cTACCGCAGCCAGAGCCTGACGCGCCGCATCGCGCCACTGGCCTTTAAGGCCTAACCCAACGTTatcaa < 1:72031/69‑1 (MQ=255) cTACCGCAGCCAGAGCCTGACGCGCCGCATCGCGCCACTGGCCTTTAAGGCCTAACCCAACGTTatcaa < 1:2865228/69‑1 (MQ=255) cTACCGCAGCCAGAGCCTGACGCGCCGCATCGCGCCACTGGCCTTTAAGGCCTAACCCAACGTTatcaa < 1:2612380/69‑1 (MQ=255) cTACCGCAGCCAGAGCCTGACGCGCCGCATCGCGCCACTGGCCTTTAAGGCCTAACCCAACGTTatcaa < 1:918314/69‑1 (MQ=255) cTACCGCAGCCAGAGCCTGACGCGCCGCATCGCGCCACTGGCCTTTAAGGCCTAACCCAACGTTatcaa < 1:942503/69‑1 (MQ=255) cTACCGCAGCCAGAGCCTGACGCGCCGCATCGCGCCACTGGCCTTTAAGGCCTAACCCAACGTTatcaa < 1:2195471/69‑1 (MQ=255) cTACCGCAGCCAGAGCCTGACGCGCCGCATCGCGCCACTGGCCTTTAAGGCCTAACCCAACGTTatcaa < 1:995788/69‑1 (MQ=255) cTACCGCAGCCAGAGCCTGACGCGCCGCATCGCGCCACTGGCCTTTAAGGCCTAACCCAACGTTatcaa < 1:1788200/69‑1 (MQ=255) cTACCGCAGCCAGAGCCTGACGCGCCGCATCGCGCCACTGGCCTTTAAGGCCTAACCCAACGTTatcaa < 1:1788389/69‑1 (MQ=255) cTACCGCAGCCAGAGCCTGACGCGCCGCATCGCGCCACTGGCCTTTAAGGCCTAACCCAACGTTatcaa < 1:203983/69‑1 (MQ=255) cTACCGCAGCCAGAGCCTGACGCGCCGCATCGCGCCACTGGCCTTTAAGGCCTAACCCAACGTTatcaa < 1:1744859/69‑1 (MQ=255) cTACCGCAGCCAGAGCCTGACGCGCCGCATCGCGCCACTGGCCTTTAAGGCCTAACCCAACGTTatcaa < 1:1197551/69‑1 (MQ=255) cTACCGCAGCCAGAGCCTGACGCGCCGCATCGCGCCACTGGCCTTTAAGGCCTAACCCAACGTTatcaa < 1:128780/69‑1 (MQ=255) cTACCGCAGCCAGAGCCTGACGCGCCGCATCGCGCCACTGGCCTTTAAGGCCTAACCCAACGTTatcaa < 1:1820514/69‑1 (MQ=255) cTACCGCAGCCAGAGCCTGACGCGCCGCATCGCGCCACTGGCCTTTAAGGCCTAACCCAACGTTatcaa < 1:1842351/69‑1 (MQ=255) gCCAACGCTCGACGTGCGGCATCGCGCCACTGGCCTTTAAGGCCTAACCCAACGTTATCAATCACCGAt > 1:2096832/1‑69 (MQ=255) tgACGCGCCGCATCGCGCCACTGGCCTTTAAGGCCTa > 1:168294/2‑37 (MQ=37) tgACGCGCCGCATCGCGCCACTGGCCTTTAAGGCCTAACCCAACGTTATCAATCCCCGATTTCCa > 1:1195628/2‑65 (MQ=255) tgACGCGCCGCATCGCGCCACTGGCCTTTAAGGCCTAACCCAACGTTATCAATCACCGATTTCCa > 1:1510873/2‑65 (MQ=255) tgACGCGCCGCATCGCGCCACTGGCCTTTAAGGCCTAACCCAACGTTATCAATCACCGATTTCCa > 1:1568600/2‑65 (MQ=255) tgACGCGCCGCATCGCGCCACTGGCCTTTAAGGCCTAACCCAACGTTATCAATCACCGATTTCCa > 1:1613790/2‑65 (MQ=255) tgACGCGCCGCATCGCGCCACTGGCCTTTAAGGCCTAACCCAACGTTATCAATCACCGATTTCCa > 1:1633810/2‑65 (MQ=255) tgACGCGCCGCATCGCGCCACTGGCCTTTAAGGCCTAACCCAACGTTATCAATCACCGATTTCCa > 1:142985/2‑65 (MQ=255) tgACGCGCCGCATCGCGCCACTGGCCTTTAAGGCCTAACCCAACGTTATCAATCACCGATTTCCa > 1:1327516/2‑65 (MQ=255) tgACGCGCCGCATCGCGCCACTGGCCTTTAAGGCCTAACCCAACGTTATCAATCACCGATTTCCa > 1:2050066/2‑65 (MQ=255) tgACGCGCCGCATCGCGCCACTGGCCTTTAAGGCCTAACCCAACGTTATCAATCACCGATTTCCa > 1:100491/2‑65 (MQ=255) tgACGCGCCGCATCGCGCCACTGGCCTTTAAGGCCTAACCCAACGTTATCAATCACCGATTTCCa > 1:3119442/2‑65 (MQ=255) tgACGCGCCGCATCGCGCCACTGGCCTTTAAGGCCTAACCCAACGTTATCAATCACCGATTTCCa > 1:2944554/2‑65 (MQ=255) tgACGCGCCGCATCGCGCCACTGGCCTTTAAGGCCTAACCCAACGTTATCAATCACCGATTTCCa > 1:2796355/2‑65 (MQ=255) tgACGCGCCGCATCGCGCCACTGGCCTTTAAGGCCTAACCCAACGTTATCAATCACCGATTTCCa > 1:2708118/2‑65 (MQ=255) tgACGCGCCGCATCGCGCCACTGGCCTTTAAGGCCTAACCCAACGTTATCAATCACCGATTTCCa > 1:1881247/2‑65 (MQ=255) tgACGCGCCGCATCGCGCCACTGGCCTTTAAGGCCTAACCCAACGTTATCAATCACCGATTTCCa > 1:2538750/2‑65 (MQ=255) tgACGCGCCGCATCGCGCCACTGGCCTTTAAGGCCTAACCCAACGTTATCAATCACCGATTTCCa > 1:2363821/2‑65 (MQ=255) tgACGCGCCGCATCGCGCCACTGGCCTTTAAGGCCTAACCCAACGTTATCAATCACCGATTTCCa > 1:2345429/2‑65 (MQ=255) tgACGCGCCGCATCGCGCCACTGGCCTTTAAGGCCTAACCCAACGTTATCAATCACCGATTTCCa > 1:1921231/2‑65 (MQ=255) tgACGCGCCGCATCGCGCCACTGGCCTTTAAGGCCTAACCCAACGTTATCAATCACCGATTTCCa > 1:2292069/2‑65 (MQ=255) tgACGCGCCGCATCGCGCCACTGGCCTTTAAGGCCTAACCCAACGTTATCAATCACCGATTTCCa > 1:2235378/2‑65 (MQ=255) tgACGCGCCGCATCGCGCCACTGGCCTTTAAGGCCTAACCCAACGTTATCAATCACCGATTTCCa > 1:2165137/2‑65 (MQ=255) cGACGTGCGGCATCGCGCCACTGGCCTTTAAGGCCTAACCCAACGTTATCAATCACCGATTTCCACGGt > 1:2794582/1‑69 (MQ=255) gTGCGGCATCGCGCCACTGGCCTTTAAGGCCTAACCCAACGTTATCAATCACCGATTTCCACGGTAGCa < 1:610501/69‑1 (MQ=255) | CGGCAGGCCATTCCCCTGCGCGATTCTCCAGTCCTACCGCAGCCAACGCTCGACGTGCGGCATCGCGCCACTGGCCTTTAAGGCCTAACCCAACGTTATCAATCACCGATTTCCACGGTAGCA > minE/650350‑650472 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |