| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 69,870 | T→C | 23.1% | L255L (TTG→CTG) | leuO → | DNA‑binding transcriptional activator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 69,870 | 0 | T | C | 23.1% | 162.0 / 41.8 | 125 | L255L (TTG→CTG) | leuO | DNA‑binding transcriptional activator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (73/23); new base C (7/22); total (80/45) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 9.14e-07 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.95e-01 | |||||||||||
Only 100 of 126 total aligned reads displayed.
TCGCGTATCAGGGCATGGCAATGATGAGCGTACTTAGCGTGGTGTCGCAAACGCATTTGGTCGCTATTGCGCCGCGTTGGCTGGCTGAAGAGTTCGCTGAATCCTTAGAATTACAGGT > minE/69814‑69931 | tCGCGTATCAGGGCATGGCAATGATGAGCGTACTTAGCGTGGTGTCGCAAACGCATTTGGTCGc > 1:1024123/1‑64 (MQ=255)tCGCGTATCAGGGCATGGCAATGATGAGCGTACTTAGCGTGGTGTCGCAAACGCATTTGGTCGc > 1:1877614/1‑64 (MQ=255)tCGCGTATCAGGGCATGGCAATGATGAGCGTACTTAGCGTGGTGTCGCAAACGCATTTGGTCGc > 1:780606/1‑64 (MQ=255)tCGCGTATCAGGGCATGGCAATGATGAGCGTACTTAGCGTGGTGTCGCAAACGCATTTGGTCGc > 1:1154170/1‑64 (MQ=255)tCGCGTATCAGGGCATGGCAATGATGAGCGTACTTAGCGTGGTGTCGCAAACGCATTTGGTCGc > 1:1593524/1‑64 (MQ=255)tCGCGTATCAGGGCATGGCAATGATGAGCGTACTTAGCGTGGTGTCGCAAACGCATTTGGTCGc > 1:1281472/1‑64 (MQ=255)tCGCGTATCAGGGCATGGCAATGATGAGCGTACTTAGCGTGGTGTCGCAAACGCATTTGGTCGc > 1:1318662/1‑64 (MQ=255)tCGCGTATCAGGGCATGGCAATGATGAGCGTACTTAGCGTGGTGTCGCAAACGCATTTGGTCGc > 1:2719879/1‑64 (MQ=255)tCGCGTATCAGGGCATGGCAATGATGAGCGTACTTAGCGTGGTGTCGCAAACGCATTTGGTCGCTATTg > 1:2079077/1‑69 (MQ=255)tCGCGTATCAGGGCATGGCAATGATGAGCGTACTTAGCGTGGTGTCGCAAACGCATTTGGTCGCTATTg > 1:1549319/1‑69 (MQ=255)tCGCGTATCAGGGCATGGCAATGATGAGCGTACTTAGCGTGGTGTCGCAAACGCATTTGGTCGCTATTg > 1:667484/1‑69 (MQ=255)tCGCGTATCAGGGCATGGCAATGATGAGCGTACTTAGCGTGGTGTCGCAAACGCATTTGGTCGCTATTg > 1:3070644/1‑69 (MQ=255) aGGGCATGGCAATGATGAGCGTACTTAGCGTGGTGTCGCAAACGCATTTGGTCGCTATTGCGCCGCGtt > 1:3156868/1‑69 (MQ=255) aGGGCATGGCAATGATGAGCGTACTTAGCGTGGTGTCGCAAACGCATTTGGTCGCTATTGCGCCGCGtt > 1:3296556/1‑69 (MQ=255) aGGGCATGGCAATGATGAGCGTACTTAGCGTGGTGTCGCAAACGCATTTGGTCGCTATTGCGCCGCGtt > 1:41006/1‑69 (MQ=255) aGGGCATGGCAATGATGAGCGTACTTAGCGTGGTGTCGCAAACGCATTTGGTCGCTATTGCGCCGCGtt > 1:151630/1‑69 (MQ=255) aGGGCATGGCAATGATGAGCGTACTTAGCGTGGTGTCGCAAACGCATTTGGTCGCTATTGCGCCGCGtt > 1:505441/1‑69 (MQ=255) aGGGCATGGCAATGATGAGCGTACTTAGCGTGGTGTCGCAAACGCATTTGGTCGCTATTGCGCCGCGtt > 1:1359492/1‑69 (MQ=255) aGGGCATGGCAATGATGAGCGTACTTAGCGTGGTGTCGCAAACGCATTTGGTCGCTATTGCGCCGCGtt > 1:1259924/1‑69 (MQ=255) aGGGCATGGCAATGATGAGCGTACTTAGCGTGGTGTCGCAAACGCATTTGGTCGCTATTGCGCCGCGtt > 1:2955176/1‑69 (MQ=255) aGGGCATGGCAATGATGAGCGTACTTAGCGTGGTGTCGCAAACGCATTTGGTCGCTATTGCGCCGCGtt > 1:737161/1‑69 (MQ=255) aGGGCATGGCAATGATGAGCGTACTTAGCGTGGTGTCGCAAACGCATTTGGTCGCTATTGCGCCGCGtt > 1:912223/1‑69 (MQ=255) aGGGCATGGCAATGATGAGCGTACTTAGCGTGGTGTCGCAAACGCATTTGGTCGCTATTGCGCCGCGtt > 1:2800399/1‑69 (MQ=255) aGGGCATGGCAATGATGAGCGTACTTAGCGTGGTGTCGCAAACGCATTTGGTCGCTATTGCGCCGCGt > 1:3383019/1‑68 (MQ=255) gCATGGCAATGATGAGCGTACTTAGCGTGGTGTCGCAAACGCATCTGGTCGCTATTGCGCCGCGTtggt > 1:1488496/1‑68 (MQ=255) gCATGGCAATGATGAGCGTACTTAGCGTGGTGTCGCAAACGCATCTGGTCGCTATTGCGCCGCGTtggt > 1:3110800/1‑68 (MQ=255) gCATGGCAATGATGAGCGTACTTAGCGTGGTGTCGCAAACGCATCTGGTCGCTATTGCGCCGCGTtggt > 1:1670075/1‑68 (MQ=255) gCATGGCAATGATGAGCGTACTTAGCGTGGTGTCGCAAACGCATCTGGTCGCTATTGCGCCGCGTtggt > 1:1073970/1‑68 (MQ=255) gCATGGCAATGATGAGCGTACTTAGCGTGGTGTCGCAAACGCATCTGGTCGCTATAGCGCCGCGTtggt > 1:1504742/1‑68 (MQ=255) 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atgaGCGTACTTAGCGTGGTGTCGCAAACGCATTTGGTCGCTATTGCGCCGCGTTGGCTGGCTGAagag > 1:2790292/1‑69 (MQ=255) atgaGCGTACTTAGCGTGGTGTCGCAAACGCATTTGGTCGCTATTGCGCCGCGTTGGCTGGCTGAag > 1:373999/1‑67 (MQ=255) tAGCGTGGTGTCGCAAACGCATTTGGTCGCTATTGCGCCGCGTTGGCTGGCTGAAGAGTTCGCTGAATc < 1:2799578/69‑1 (MQ=255) tAGCGTGGTGTCGCAAACGCATTTGGTCGCTATTGCGCCGCGTTGGCTGGCTGAAGAGTTCGCTGAATc < 1:1427469/69‑1 (MQ=255) tAGCGTGGTGTCGCAAACGCATTTGGTCGCTATTGCGCCGCGTTGGCTGGCTGAAGAGTTCGCTGAATc < 1:650044/69‑1 (MQ=255) tAGCGTGGTGTCGCAAACGCATTTGGTCGCTATTGCGCCGCGTTGGCTGGCTGAAGAGTTCGCTGAATc < 1:2587360/69‑1 (MQ=255) tAGCGTGGTGTCGCAAACGCATTTGGTCGCTATTGCGCCGCGTTGGCTGGCTGAAGAGTTCGCTGAATc < 1:2520164/69‑1 (MQ=255) tAGCGTGGTGTCGCAAACGCATTTGGTCGCTATTGCGCCGCGTTGGCTGGCTGAAGAGTTCGCTGAATc < 1:2694210/69‑1 (MQ=255) tAGCGTGGTGTCGCAAACGCATTTGGTCGCTATTGCGCCGCGTTGGCTGGCTGAAGAGTTCGCTGAATc < 1:1519175/69‑1 (MQ=255) tAGCGTGGTGTCGCAAACGCATTTGGTCGCTATTGCGCCGCGTTGGCTGGCTGAAGAGTTCGCTGAATc < 1:2307011/69‑1 (MQ=255) 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tttGGTCGCTATTGCGCCGCGTTGGCTGGCTGAAGAGTTCGCTGAATCCTTAGAATTACAGGt < 1:2596044/63‑1 (MQ=255) | TCGCGTATCAGGGCATGGCAATGATGAGCGTACTTAGCGTGGTGTCGCAAACGCATTTGGTCGCTATTGCGCCGCGTTGGCTGGCTGAAGAGTTCGCTGAATCCTTAGAATTACAGGT > minE/69814‑69931 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |