| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 676,082 | T→G | 74.5% | N224T (AAC→ACC) | ompA ← | outer membrane protein A (3a;II*;G;d) |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 676,082 | 0 | T | G | 74.5% | 128.4 / 34.0 | 78 | N224T (AAC→ACC) | ompA | outer membrane protein A (3a;II*;G;d) |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (10/10); new base G (30/28); total (40/38) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CTGGCTGTACAGCTGATCCAGAGCAGCCTGACCTTCCGGTTTCAGGGTTGCTTTGTTGAAGTTGAACAGAACGTCAGACTTCAGAGTGAAGTGCTTGGTCTGTACTTCCGGTGCCGGA > minE/676021‑676138 | ctggctgTACAGCTGATCCAGAGCAGCCTGACCTTCCGGTTTCAGGGTTGCTTTGTTGAAGTTGAACAg < 1:1103847/69‑1 (MQ=255)ctggctgTACAGCTGATCCAGAGCAGCCTGACCTTCCGGTTTCAGGGTTGCTTTGTTGAAGTTGAACAg < 1:254043/69‑1 (MQ=255) cAGCTGATCCAGAGCAGCCTGACCTTCCGGTTTCAGGGTTGCTTTGTTGAAGTTGAACAGAACGTCAGa > 1:377978/1‑69 (MQ=255) cAGCTGATCCAGAGCAGCCTGACCTTCCGGTTTCAGGGTTGCTTTGTTGAAGTTGAACAGAACGTCAGa > 1:2557473/1‑69 (MQ=255) cAGCTGATCCAGAGCAGCCTGACCTTCCGGTTTCAGGGTTGCTTTGTTGAAGTTGAACAGAACGTCAGa > 1:2445006/1‑69 (MQ=255) cAGAGCAGCCTGACCTTCCGGTTTCAGGGTTGCTTTGTTGAAGTTGAACAGAACGTCAg > 1:656435/1‑59 (MQ=255) cTGACCTTCCGGTTTCAGGGTTGCTTTGTTGAAGTTGAACAGAACGTCAGACTTCAGAGTGAATTGCtt > 1:1021412/1‑69 (MQ=255) cTGACCTTCCGGTTTCAGGGTTGCTTTGTTGAAGTTGAACAGAACGTCAGACTTCAGAGTGAAGTGCtt > 1:1211732/1‑69 (MQ=255) cTGACCTTCCGGTTTCAGGGTTGCTTTGTTGAAGTTGAACAGAACGTCAGACTTCAGAGTGAAGTGCtt > 1:3187514/1‑69 (MQ=255) tGACCTTCCGGTTTCAGGGTTGCTTTGTTGAAGTTGAACAGAACGTCAGACTTCAGAGTGAAGTGCTTg < 1:1390454/69‑1 (MQ=255) tGACCTTCCGGTTTCAGGGTTGCTTTGTTGAAGTTGAACAGAACGTCAGACTTCAGAGTGAAGTGCTTg < 1:1142404/69‑1 (MQ=255) tGACCTTCCGGTTTCAGGGTTGCTTTGTTGAAGTTGAACAGAACGTCAGACTTCAGAGTGAAGTGCTTg < 1:1535522/69‑1 (MQ=255) tGACCTTCCGGTTTCAGGGTTGCTTTGTTGAAGTTGAACAGAACGTCAGACTTCAGAGTGAAGTGCTTg < 1:3386018/69‑1 (MQ=255) tGACCTTCCGGTTTCAGGGTTGCTTTGTTGAAGTTGAACAGAACGTCAGACTTCAGAGTGAAGTGCTTg < 1:2983264/69‑1 (MQ=255) tGACCTTCCGGTTTCAGGGTTGCTTTGTTGAAGTTGAACAGAACGTCAGACTTCAGAGTGAAGTGCTTg < 1:2499745/69‑1 (MQ=255) ttCCGGTTTCAGGGTTGCTTTGTTGAAGTTGAACAGAACGTCAGACTTCAGAGTGAAGTGCTTGGTCTg < 1:2114664/69‑1 (MQ=255) ttCCGGTTTCAGGGTTGCTTTGTTGAAGTTGAACAGAACGTCAGACTTCAGAGTGAAGTGCTTGGTCTg < 1:686227/69‑1 (MQ=255) cGGTTTCAGGGTTGCTTTGTTGAAGGTGAACAGAACGTCAGACTTCAGAGTGAAGTGCTTGGTCTGTa > 1:868915/1‑68 (MQ=255) cGGTTTCAGGGTTGCTTTGTTGAAGGTGAACAGAACGTCAGACTTCAGAGTGAAGTGCTTGGTCTGTAc > 1:2077816/1‑69 (MQ=255) cGGTTTCAGGGTTGCTTTGTTGAAGGTGAACAGAACGTCAGACTTCAGAGTGAAGTGCTTGGTCTGTAc > 1:2454947/1‑69 (MQ=255) cGGTTTCAGGGTTGCTTTGTTGAAGGTGAACAGAACGTCAGACTTCAGAGTGAAGTGCTTGGTCTGTAc > 1:1039521/1‑69 (MQ=255) cGGTTTCAGGGTTGCTTTGTTGAAGGTGAACAGAACGTCAGACTTCAGAGTGAAGTGCTTGGTCTGTAc > 1:1799329/1‑69 (MQ=255) cGGTTTCAGGGTTGCTTTGTTGAAGGTGAACAGAACGTCAGACTTCAGAGTGAAGTGCTTGGTCTGTAc > 1:2635399/1‑69 (MQ=255) cGGTTTCAGGGTTGCTTTGTTGAAGGTGAACAGAACGTCAGACTTCAGAGTGAAGTGCTTGGTCTGTAc > 1:3400029/1‑69 (MQ=255) cGGTTTCAGGGTTGCTATGTTGAAGGTGAACAGAACGTCAGACTTCAGAGTGAAGTGCTTGGTCTGTAc > 1:803343/1‑69 (MQ=255) gCTTTGTTGAAGTTGAACAGAACGTCAGACTTCAGAGTGAAGTGCTTGGTCTGTACTTCCGGTGCCGGa > 1:999741/1‑69 (MQ=255) gCTTTGTTGAAGTTGAACAGAACGTCAGACTTCAGAGTGAAGTGCTTGGTCTGTACTTCCGGTGCCGGa > 1:704063/1‑69 (MQ=255) gCTTTGTTGAAGTTGAACAGAACGTCAGACTTCAGAGTGAAGTGCTTGGTCTGTACTTCCGGTGCCGGa > 1:2071287/1‑69 (MQ=255) tttGTTGAAGGTGAACAGAACGTCAGACTTCAGAGTg < 1:1776331/37‑1 (MQ=255) tttGTTGAAGGTGAACAGAACGTCAGACTTCAGAGTg < 1:580109/37‑1 (MQ=255) tttGTTGAAGGTGAACAGAACGTCAGACTTCAGAGTg < 1:3221929/37‑1 (MQ=255) tttGTTGAAGGTGAACAGAACGTCAGACTTCAGAGTg < 1:1017081/37‑1 (MQ=255) tttGTTGAAGGTGAACAGAACGTCAGACTTCAGAGTg < 1:68245/37‑1 (MQ=255) tttGTTGAAGGTGAACAGAACGTCAGACTTCAGAGTg < 1:3293745/37‑1 (MQ=255) tttGTTGAAGGTGAACAGAACGTCAGACTTCAGAGTg < 1:1775853/37‑1 (MQ=255) tttGTTGAAGGTGAACAGAACGTCAGACTTCAGAGTg < 1:2954702/37‑1 (MQ=255) tttGTTGAAGGTGAACAGAACGTCAGACTTCAGAGTg < 1:1454113/37‑1 (MQ=255) tttGTTGAAGGTGAACAGAACGTCAGACTTCAGAGTg < 1:2949193/37‑1 (MQ=255) tttGTTGAAGGTGAACAGAACGTCAGACTTCAGAGTg < 1:2865641/37‑1 (MQ=255) tttGTTGAAGGTGAACAGAACGTCAGACTTCAGAGTg < 1:2806612/37‑1 (MQ=255) tttGTTGAAGGTGAACAGAACGTCAGACTTCAGAGTg < 1:3370401/37‑1 (MQ=255) tttGTTGAAGGTGAACAGAACGTCAGACTTCAGAGTg < 1:2673954/37‑1 (MQ=255) tttGTTGAAGGTGAACAGAACGTCAGACTTCAGAGTg < 1:712216/37‑1 (MQ=255) tttGTTGAAGGTGAACAGAACGTCAGACTTCAGAGTg < 1:1896137/37‑1 (MQ=255) tttGTTGAAGGTGAACAGAACGTCAGACTTCAGAGTg < 1:1309190/37‑1 (MQ=255) tttGTTGAAGGTGAACAGAACGTCAGACTTCAGAGTg < 1:1930844/37‑1 (MQ=255) tttGTTGAAGGTGAACAGAACGTCAGACTTCAGAGTg < 1:2479399/37‑1 (MQ=255) tttGTTGAAGGTGAACAGAACGTCAGACTTCAGAGTg < 1:193165/37‑1 (MQ=255) tttGTTGAAGGTGAACAGAACGTCAGACTTCAGAGTg < 1:464133/37‑1 (MQ=255) tttGTTGAAGGTGAACAGAACGTCAGACTTCAGAGTg < 1:1933181/37‑1 (MQ=255) tttGTTGAAGGTGAACAGAACGTCAGACTTCAGAGTg < 1:2439428/37‑1 (MQ=255) tttGTTGAAGGTGAACAGAACGTCAGACTTCAGAGTg < 1:878147/37‑1 (MQ=255) tttGTTGAAGGTGAACAGAACGTCAGACTTCAGAGTg < 1:1514366/37‑1 (MQ=255) tttGTTGAAGGTGAACAGAACGTCAGACTTCAGAGTg < 1:2097421/37‑1 (MQ=255) tttGTTGAAGGTGAAAAGAACGTCAGACTTCAGAGTg < 1:209698/37‑1 (MQ=37) tttGTT‑AAGGTGAACAGAACGTCAGACTTCAGAGTg < 1:3139757/36‑1 (MQ=255) ttgttgAAGGTGAACAGAACGTCAGACTTCAGAGTGAAGTGCTTGGTCTg > 1:389709/1‑50 (MQ=255) ttgttgAAGGTGAACAGAACGTCAGACTTCAGAGTGAAGTGCTTGGTCTg > 1:3108406/1‑50 (MQ=255) ttgttgAAGGTGAACAGAACGTCAGACTTCAGAGTGAAGTGCTTGGTCTg > 1:686195/1‑50 (MQ=255) ttgttgAAGGTGAACAGAACGTCAGACTTCAGAGTGAAGTGCTTGGTCTg > 1:1373332/1‑50 (MQ=255) ttgttgAAGGTGAACAGAACGTCAGACTTCAGAGTGAAGTGCTTGGTCTg > 1:130899/1‑50 (MQ=255) ttgttgAAGGTGAACAGAACGTCAGACTTCAGAGTGAAGTGCTTGGTCTg > 1:98968/1‑50 (MQ=255) ttgttgAAGGTGAACAGAACGTCAGACTTCAGAGTGAAGTGCTTGGTCTg > 1:1264662/1‑50 (MQ=255) ttgttgAAGGTGAACAGAACGTCAGACTTCAGAGTGAAGTGCTTGGTCTg > 1:1039085/1‑50 (MQ=255) ttgttgAAGGTGAACAGAACGTCAGACTTCAGAGTGAAGTGCTTGGTCTg > 1:3422791/1‑50 (MQ=255) ttgttgAAGGTGAACAGAACGTCAGACTTCAGAGTGAAGTGCTTGGTCTg > 1:1610516/1‑50 (MQ=255) ttgttgAAGGTGAACAGAACGTCAGACTTCAGAGTGAAGTGCTTGGTCTg > 1:3251816/1‑50 (MQ=255) ttgttgAAGGTGAACAGAACGTCAGACTTCAGAGTGAAGTGCTTGGTCTg > 1:1696394/1‑50 (MQ=255) ttgttgAAGGTGAACAGAACGTCAGACTTCAGAGTGAAGTGCTTGGTCTg > 1:3065532/1‑50 (MQ=255) ttgttgAAGGTGAACAGAACGTCAGACTTCAGAGTGAAGTGCTTGGTCTg > 1:2953743/1‑50 (MQ=255) ttgttgAAGGTGAACAGAACGTCAGACTTCAGAGTGAAGTGCTTGGTCTg > 1:27940/1‑50 (MQ=255) ttgttgAAGGTGAACAGAACGTCAGACTTCAGAGTGAAGTGCTTGGTCTg > 1:2619394/1‑50 (MQ=255) ttgttgAAGGTGAACAGAACGTCAGACTTCAGAGTGAAGTGCTTGGTCTg > 1:1119103/1‑50 (MQ=255) ttgttgAAGGTGAACAGAACGTCAGACTTCAGAGTGAAGTGCTTGGTCTg > 1:2452876/1‑50 (MQ=255) ttgttgAAGGTGAACAGAACGTCAGACTTCAGAGTGAAGTGCTTGGTCTg > 1:2271890/1‑50 (MQ=255) ttgttgAAGGTGAACAGAACGTCAGACTTCAGAGTGAAGTGCTTGGTCTg > 1:1990786/1‑50 (MQ=255) ttgttgAAGGTGAACAGAACGTCAGACTTCAGAGTGAAGTGCTTGGTCTg > 1:2056494/1‑50 (MQ=255) ttgttgAAGGAGAACAGAACGTCAGACTTCAGAGTGAAGTGCTTGGTCTg > 1:3185152/1‑50 (MQ=255) | CTGGCTGTACAGCTGATCCAGAGCAGCCTGACCTTCCGGTTTCAGGGTTGCTTTGTTGAAGTTGAACAGAACGTCAGACTTCAGAGTGAAGTGCTTGGTCTGTACTTCCGGTGCCGGA > minE/676021‑676138 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |