| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 677,935 | G→A | 48.7% | L33L (CTG→CTA) | yccR → | conserved hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 677,935 | 0 | G | A | 48.7% | 10.3 / 146.2 | 160 | L33L (CTG→CTA) | yccR | conserved hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (47/35); new base A (17/61); total (64/96) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.19e-06 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.50e-01 | |||||||||||
Only 100 of 162 total aligned reads displayed.
AATCACAAGAATACCTGGCAACGTTGGGCACAATTGAATACCGATCATTGTTTGGCAGTTACAGCCTGACCGTTGACGACACGGTGTTTGCGATGGTTTCTGATGGTGAGTTGTATCTTCGGGCTTGTGAGCAA > minE/677868‑678001 | aaTCACAAGAATACCTGGCAACGTTGGGCACAATTGAATACCGATCATTGTTTGGCAGTTACAGCCTg < 1:3150081/68‑1 (MQ=255)aaTCACAAGAATACCTGGCAACGTTGGGCACAATTGAATACCGATCATTGTTTGGCAGTTACAGCCTg < 1:3171062/68‑1 (MQ=255) tCACAAGAATACCTGGCAACGTTGGGCACAATTGAATACCGATCATTGTTTGGCAGTTACAGCCTGAcc < 1:118037/69‑1 (MQ=255) tCACAAGAATACCTGGCAACGTTGGGCACAATTGAATACCGATCATTGTTTGGCAGTTACAGCCTGAcc < 1:3289989/69‑1 (MQ=255) acaAGAATACCTGGCAACGTTGGGCACAATTGAATACCGATCATTGTTTGGCAGTTACAGCCTGACCg > 1:1047887/1‑68 (MQ=255) aaTACCTGGCAACGTTGGGCACAATTGAATACCGATCATTGTTTGGCAGTTACAGCCTGACCGtt < 1:2357204/65‑1 (MQ=255) tACCTGGCAACGTTGGGCACAATTGAATACCGATCATTGTTTGGCAGTTACAGCCTGACCGTTgacgac < 1:2580633/69‑1 (MQ=255) ccTGGCAACGTTGGGCACAATTGAATACCGATCATTGTTTGGCAGTTACAGCCTGACCGTTGACGacac > 1:2209405/1‑69 (MQ=255) ccTGGCAACGTTGGGCACAATTGAATACCGATCATTGTTTGGCAGTTACAGCCTGACCGTTGACGacac > 1:1235563/1‑69 (MQ=255) catGGCAACGTTGGGCACAATTGAATACCGATCATTGTTTGGCAGTTACAGCCTGACCGTTGACGacac > 1:2826625/3‑69 (MQ=255) gCAACGTTGGTCACAATTGAATACCGATCATTGTTTGGTAGTTACAGCCTAACCGTTGACGACACGgtg > 1:937566/1‑69 (MQ=255) gCAACGTTGGGCACAATTGAATACCGATCATTGTTTGGTAGTTACAGCCTAACCGTTGACGACACGgtg > 1:484241/1‑69 (MQ=255) gCAACGTTGGGCACAATTGAATACCGATCATTGTTTGGTAGTTACAGCCTAACCGTTGACGACACGgtg > 1:43917/1‑69 (MQ=255) gCAACGTTGGGCACAATTGAATACCGATCATTGTTTGGTAGTTACAGCCTAACCGTTGACGACACGgtg > 1:1351293/1‑69 (MQ=255) gCAACGTTGGGCACAATTGAATACCGATCATTGTTTGGTAGTTACAGCCTAACCGTTGACGACACGgtg > 1:2139204/1‑69 (MQ=255) gCAACGTTGGGCACAATTGAATACCGATCATTGTTTGGTAGTTACAGCCTAACCGTTGACGACACGgtg > 1:2341856/1‑69 (MQ=255) gCAACGTTGGGCACAATTGAATACCGATCATTGTTTGGTAGTTACAGCCTAACCGTTGACGACACGgtg > 1:243331/1‑69 (MQ=255) gCAACGTTGGGCACAATTGAATACCGATCATTGTTTGGTAGTTACAGCCTAACCGTTGACGACACGgtg > 1:3224569/1‑69 (MQ=255) gCAACGTTGGGCACAATTGAATACCGATCATTGTTTGGTAGTTACAGCCTAACCGTTGACGACACGgtg > 1:1173402/1‑69 (MQ=255) gCAACGTTGGGCACAATTGAATACCGATCATTGTTTGGTAGTTACAGCCTAACCGTTGACGACACGgtg > 1:2467437/1‑69 (MQ=255) gCAACGTTGGGCACAATTGAATACCGATCATTGTTTGGTAGTTACAGCCTAACCGTTGACGACACGgtg > 1:1060332/1‑69 (MQ=255) gCAACGTTGGGCACAATTGAATACCGATCATTGTTTGGTAGTTACAGCCTAACCGTTGACGACACGgtg > 1:289027/1‑69 (MQ=255) gCAACGTTGGGCACAATTGAATACCGATCATTGTTTGGTAGTTACAGCCTAACCGTTGACGACACGgtg > 1:767130/1‑69 (MQ=255) gggCACAATTGAATACCGATCATTGTTTGGCAGTTACAGCCTGACCGTTGACGACACGGTGTTTGCGAt < 1:1247838/69‑1 (MQ=255) gggCACAATTGAATACCGATCATTGTTTGGCAGTTACAGCCTGACCGTTGACGACACGGTGTTTGCGAt > 1:2021383/1‑69 (MQ=255) gggCACAATTGAATACCGATCATTGTTTGGCAGTTACAGCCTGACCGTTGACGACACGGTGTTTGCGAt < 1:2207475/69‑1 (MQ=255) gggCACAATTGAATACCGATCATTGTTTGGCAGTTACAGCCTGACCGTTGACGACACGGTGTTTGCGAt > 1:641243/1‑69 (MQ=255) gggAACAATTGAATACCGATCATTGTTTGGCAGTTACAGCCTGACCGTTGACGACACGGTGTTTGCGAt > 1:3135723/1‑69 (MQ=255) gAATACCGATCATTGTTTGGTAGTTACAGCCTAACCGTTg < 1:2613474/40‑1 (MQ=255) gAATACCGATCATTGTTTGGTAGTTACAGCCTAACCGTTg < 1:2496590/40‑1 (MQ=255) gAATACCGATCATTGTTTGGTAGTTACAGCCTAACCGTTg < 1:751498/40‑1 (MQ=255) gAATACCGATCATTGTTTGGTAGTTACAGCCTAACCGTTg < 1:92382/40‑1 (MQ=255) gAATACCGATCATTGTTTGGTAGTTACAGCCTAACCGTTg < 1:3376391/40‑1 (MQ=255) gAATACCGATCATTGTTTGGTAGTTACAGCCTAACCGTTg < 1:1017327/40‑1 (MQ=255) gAATACCGATCATTGTTTGGTAGTTACAGCCTAACCGTTg < 1:3425544/40‑1 (MQ=255) gAATACCGATCATTGTTTGGTAGTTACAGCCTAACCGTTg < 1:373572/40‑1 (MQ=255) gAATACCGATCATTGTTTGGTAGTTACAGCCTAACCGTTg < 1:552852/40‑1 (MQ=255) gAATACCGATCATTGTTTGGTAGTTACAGCCTAACCGTTg < 1:2104386/40‑1 (MQ=255) gAATACCGATCATTGTTTGGTAGTTACAGCCTAACCGTTg < 1:1617559/40‑1 (MQ=255) gAATACCGATCATTGTTTGGTAGTTACAGCCTAACCGTTg < 1:2042723/40‑1 (MQ=255) gAATACCGATCATTGTTTGGTAGTTACAGCCTAACCGTTg < 1:1357395/40‑1 (MQ=255) gAATACCGATCATTGTTTGGTAGTTACAGCCTAACCGTTg < 1:1191369/40‑1 (MQ=255) gAATACCGATCATTGTTTGGTAGTTACAGCCTAACCGTTg < 1:1051599/40‑1 (MQ=255) gAATACCGATCATTGTTTGGTAGTTACAGCCTAACCGTTg < 1:1088962/40‑1 (MQ=255) gAATACCGATCATTGTTTGGCAGTTACAGCCTGACCGTTGACGACACGGTGTTTGCGATGGTTTCTGa > 1:836989/1‑68 (MQ=255) gAATACCGATCATTGTTTGGCAGTTACAGCCTGACCGTTGACGACACGGTGTTTGCGATGGTTTCTGa > 1:1650798/1‑68 (MQ=255) gAATACCGATCATTGTTTGGCAGTTACAGCCTGACCGTTGACGACACGGTGTTTGCGATGGTTTCTGAt > 1:2412156/1‑69 (MQ=255) gAATACCGATCATTGTTTGGCAGTTACAGCCTGACCGTTGACGACACGGTGTTTGCGATGGTTTCTGAt > 1:1855575/1‑69 (MQ=255) cATTGTTTGGTAGTTACAGCCTAACCGTTGACGACACGGTGTTTGCGATGGTTTCTGATGGTGAGTTGt < 1:3334038/69‑1 (MQ=255) cATTGTTTGGTAGTTACAGCCTAACCGTTGACGACACGGTGTTTGCGATGGTTTCTGATGGTGAGTTGt < 1:2618209/69‑1 (MQ=255) cATTGTTTGGTAGTTACAGCCTAACCGTTGACGACACGGTGTTTGCGATGGTTTCTGATGGTGAGTTGt < 1:804239/69‑1 (MQ=255) cATTGTTTGGTAGTTACAGCCTAACCGTTGACGACACGATGTTTGCGATGGTTTCTGATGGTGAGTTGt < 1:3123514/69‑1 (MQ=255) cATTGTTTGGCAGTTACAGCCTGACCGTTGACGACACGGTGTTTGCGATGGTTTCTGATGGTGAGTTGt < 1:1979010/69‑1 (MQ=255) cATTGTTTGGCAGTTACAGCCTGACCGTTGACGACACGGTGTTTGCGATGGTTTCTGATGGTGAGTTGt < 1:2623667/69‑1 (MQ=255) aTTGTTTGGTAGTTACAGCCTAACCGTTGACGACACGGTGTTTGCGATGGTTTCTGATGGTGAGTTGt < 1:3017154/68‑1 (MQ=255) aTTGTTTGGTAGTTACAGCCTAACCGTTGACGACACGGTGTTTGCGATGGTTTCTGATGGTGAGTTGt < 1:1000490/68‑1 (MQ=255) ttGGTAGTTACAGCCTAACCGTTGACGACACGGTGTTTGCGATgg < 1:3063862/45‑1 (MQ=255) ttGGTAGTTACAGCCTAACCGTTGACGACACGGTGTTTGCGATgg < 1:2981321/45‑1 (MQ=255) ttGGTAGTTACAGCCTAACCGTTGACGACACGGTGTTTGCGATgg < 1:2932008/45‑1 (MQ=255) ttGGTAGTTACAGCCTAACCGTTGACGACACGGTGTTTGCGATgg < 1:1389736/45‑1 (MQ=255) ttGGTAGTTACAGCCTAACCGTTGACGACACGGTGTTTGCGATgg < 1:1385604/45‑1 (MQ=255) ttGGTAGTTACAGCCTAACCGTTGACGACACGGTGTTTGCGATgg < 1:1075867/45‑1 (MQ=255) ttGGTAGTTACAGCCTAACCGTTGACGACACGGTGTTTGCGATgg < 1:1815232/45‑1 (MQ=255) ttGGTAGTTACAGCCTAACCGTTGACGACACGGTGTTTGCGATgg < 1:910043/45‑1 (MQ=255) ttGGTAGTTACAGCCTAACCGTTGACGACACGGTGTTTGCGATgg < 1:226217/45‑1 (MQ=255) ttGGTAGTTACAGCCTAACCGTTGACGACACGGTGTTTGCGATgg < 1:2136856/45‑1 (MQ=255) tGGTAGTTACAGCCTAACCGTTGACGACACGGTGTTTGCGATgg < 1:96072/44‑1 (MQ=38) gTTACAGCCTGACCGTTGACGACACGGTGTTTGCGATGGTTTCTGATGGTGAGTTGTATCTTCGGGCtt > 1:3048008/1‑69 (MQ=255) gTTACAGCCTGACCGTTGACGACACGGTGTTTGCGATGGTTTCTGATGGTGAGTTGTATCTTCGGGCtt > 1:275828/1‑69 (MQ=255) gTTACAGCCTGACCGTTGACGACACGGTGTTTGCGATGGTTTCTGATGGTGAGTTGTATCTTCGGGCtt > 1:2591976/1‑69 (MQ=255) gTTACAGCCTGACCGTTGACGACACCGTGTTTGCGATGCTTTCTGATGGTGAGTTGTATCTTCGAGc > 1:1731941/1‑67 (MQ=255) tACAGCCTGACCGTTGACGCCACGGTGTTTGCGATGGTTTCTGATGGTGAGTTGTATCTTCGGGCtt > 1:1543216/1‑67 (MQ=255) tACAGCCTGACCGTTGACGACACGGTGTTTGCGATGGTTTCTGATGGTGAGTTGTATCTTCGGGCtt > 1:2013975/1‑67 (MQ=255) tACAGCCTGACCGTTGACGACACGGTGTTTGCGATGGTTTCTGATGGTGAGTTGTATCTTCGGGCtt > 1:1513421/1‑67 (MQ=255) tACAGCCTGACCGTTGACGACACGGTGTTTGCGATGGTTTCTGATGGTGAGTTGTATCTTCGGGCtt > 1:2515466/1‑67 (MQ=255) tACAGCCTGACCGTTGACGACACGGTGTTTGCGATGGTTTCTGATGGTGAGTTGTATCTTCGGGCtt > 1:2667089/1‑67 (MQ=255) aCAGCCTGACCGTTGACGACACGGTGTTTGCGATGGTTTCTGATGGTGAGTTGTa < 1:1620084/55‑1 (MQ=255) aCAGCCTGACCGTTGACGACACGGTGTTTGCGATGGTTTCTGATGGTGAGTTGTa > 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ccTGACCGTTGACGACACGGTGTTTGCGATGGTTTCTGATGGTGAGTTGTATCTTCGGGCTTGTGAGCa < 1:2925469/69‑1 (MQ=255) ccTGACCGTTGACGACACGGTGTTTGCGATGGTTTCTGATGGTGAGTTGTATCTTCGGGCTTGTGAGCa < 1:2805884/69‑1 (MQ=255) ccTGACCGTTGACGACACGGTGTTTGCGATGGTTTCTGATGGTGAGTTGTATCTTCGGGCTTGTGAGCa < 1:1552405/69‑1 (MQ=255) ccTGACCGTTGACGACACGGTGTTTGCGATGGTTTCTGATGGTGAGTTGTATCTTCGGGCTTGTGAGCa < 1:343416/69‑1 (MQ=255) ccTGACCGTTGACGACACGGTGTTTGCGATGGTTTCTGATGGTGAGTTGTATCTTCGGGCTTGTGAGCa < 1:492426/69‑1 (MQ=255) ccTGACCGTTGACGACACGGTGTTTGCGATGGTTTCTGATGGTGAGTTGTATCTTCGGGCTTGTGAGCa < 1:264672/69‑1 (MQ=255) cTGACCGTTGACGACACGGTGTTTGCGATGGTTTCTGATGGTGAGTTGTATCTTCGGGCTTGTGAGCaa > 1:3250783/1‑69 (MQ=255) cTGACCGTTGACGACACGGTGTTTGCGATGGTTTCTGATGGTGAGTTGTATCTTCGGGCTTGTGAGCaa > 1:1846533/1‑69 (MQ=255) cTGACCGTTGACGACACGGTGTTTGCGATGGTTTCTGATGGTGAGTTGTATCTTCGGGCTTGTGAGCaa > 1:1944900/1‑69 (MQ=255) cTGACCGTTGACGACACGGTGTTTGCGATGGTTTCTGATGGTGAGTTGTATCTTCGGGCTTGTGAGCa < 1:1215396/68‑1 (MQ=255) tGACCGTTGACGACACGGTGTTTGCGATGGTTTCTGATGGTGAGTTGTATCTTCGGGCTTGTGAGCaa < 1:1292139/68‑1 (MQ=255) | AATCACAAGAATACCTGGCAACGTTGGGCACAATTGAATACCGATCATTGTTTGGCAGTTACAGCCTGACCGTTGACGACACGGTGTTTGCGATGGTTTCTGATGGTGAGTTGTATCTTCGGGCTTGTGAGCAA > minE/677868‑678001 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |