| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 689,507 | C→T | 54.0% | L224L (CTG→TTG) | hyaA → | hydrogenase 1, small subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 689,507 | 0 | C | T | 54.0% | 5.1 / 51.6 | 63 | L224L (CTG→TTG) | hyaA | hydrogenase 1, small subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (23/6); new base T (17/17); total (40/23) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.98e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.94e-01 | |||||||||||
AGCGCCATCATTACTTACATGGTGACCTTTGATCGCTTGCCAGATGTCGACAGAATGGGCCGTCCGCTGATGTTCTATGGTCAGCGAATCCACGATAAATGCTATCGCCGCGCCCACTTCGACGCCGGAGAGT > minE/689441‑689573 | aGCGCCATCATTACTTACATGGTGACCTTTGATCGCTTGCCAGATGTCGACAGAATGGGCCGTCCGCTg > 1:2022045/1‑69 (MQ=255) cgcCATCATTACTTACATGGTGACCTTTGATCGCTTGCCAGATGTCGACAGAATGGGCCGTCCGCTGa < 1:292598/68‑1 (MQ=255) cgcCATCATTACTTACATGGTGACCTTTGATCGCTTGCCAGATGTCGACAGAATGGGCCGTCCGCTGa < 1:1603169/68‑1 (MQ=255) atTACTTACATGGTGACCTTTGATCGCTTGCCAGATGTCGACAGAATGGGCCGTCCGCTGATGTTCTa > 1:2186192/1‑68 (MQ=255) atTACTTACATGGTGACCTTTGATCGCTTGCCAGATGTCGACAGAATGGGCCGTCCGCTGATGTTCTa > 1:1207803/1‑68 (MQ=255) acttacATGGTGACCTTTGATCGCTTGCCAGATGTCGACAGAATGGGCCGTCCGCTGATGTTCTATg > 1:152911/1‑67 (MQ=255) acttacATGGTGACCTTTGATCGCTTGCCAGATGTCGACAGAATGGGCCGTCCGCTGATGTTCTATg > 1:2077286/1‑67 (MQ=255) acttacATGGTGACCTTTGATCGCTTGCCAGATGTCGACAGAATGGGCCGTCCGCTGATGTTCTATg > 1:2630790/1‑67 (MQ=255) acttacATGGTGACCTTTGATCGCTTGCCAGATGTCGACAGAATGGGCCGTCCGCTGATGTTCTATg > 1:1139489/1‑67 (MQ=255) acttacATGGTGACCTTTGATCGCTTGCCAGATGTCGACAGAATGGGCCGTCCGCTGATGTTCTATg > 1:676724/1‑67 (MQ=255) gTGACCTTTGATCGCTTGCCAGATGTCGACAGAATGGGCCGTCCGCTGATGTTCTATGGTCAGCGAATc > 1:357213/1‑69 (MQ=255) gTGACCTTTGATCGCTTGCCAGATGTCGACAGAATGGGCCGTCCGCTGATGTTCTATGGTCAGCGAATc > 1:2573224/1‑69 (MQ=255) gTGACCTTTGATCGCTTGCCAGATGTCGACAGAATGGGCCGTCCGCTGATGTTCTATGGTCAGCGAATc > 1:1802107/1‑69 (MQ=255) gTGACCTTTGATCGCTTGCCAGATGTCGACAGAATGGGCCGTCCGCTGATGTTCTATGGTCAGCGAATc > 1:3206778/1‑69 (MQ=255) gTGACCTTTGATCGCTTGCCAGATGTCGACAGAATGGGCCGTCCGCTGATGTTCTATGGTCAGCGAATc > 1:642785/1‑69 (MQ=255) gACCTTTGATCGCTTGCCAGATGTCGACAGGATGGGCCGTCCGTTGATGTTCTATgg > 1:2637326/1‑57 (MQ=255) gACCTTTGATCGCTTGCCAGATGTCGACAGGATGGGCCGTCCGTTGATGTTCTATgg > 1:2606145/1‑57 (MQ=255) gACCTTTGATCGCTTGCCAGATGTCGACAGGATGGGCCGTCCGTTGATGTTCTATgg > 1:2261805/1‑57 (MQ=255) gACCTTTGATCGCTTGCCAGATGTCGACAGGATGGGCCGTCCGTTGATGTTCTATgg > 1:2045371/1‑57 (MQ=255) gACCTTTGATCGCTTGCCAGATGTCGACAGGATGGGCCGTCCGTTGATGTTCTATgg > 1:2846611/1‑57 (MQ=255) gACCTTTGATCGCTTGCCAGATGTCGACAGGATGGGCCGTCCGTTGATGTTCTATgg > 1:2847376/1‑57 (MQ=255) gACCTTTGATCGCTTGCCAGATGTCGACAGGATGGGCCGTCCGTTGATGTTCTATgg > 1:1863278/1‑57 (MQ=255) gACCTTTGATCGCTTGCCAGATGTCGACAGGATGGGCCGTCCGTTGATGTTCTATgg > 1:1691862/1‑57 (MQ=255) gACCTTTGATCGCTTGCCAGATGTCGACAGGATGGGCCGTCCGTTGATGTTCTATgg > 1:1548406/1‑57 (MQ=255) gACCTTTGATCGCTTGCCAGATGTCGACAGGATGGGCCGTCCGTTGATGTTCTATgg > 1:485279/1‑57 (MQ=255) gACCTTTGATCGCTTGCCAGATGTCGACAGGATGGGCCGTCCGTTGATGTTCTATgg > 1:1219588/1‑57 (MQ=255) gACCTTTGATCGCTTGCCAGATGTCGACAGGATGGGCCGTCCGTTGATGTTCTATgg > 1:60439/1‑57 (MQ=255) gACCTTTGATCGCTTGCCAGATGTCGACAGGATGGGCCGTCCGTTGATGTTCTATg > 1:2448818/1‑56 (MQ=255) gACCTTTGATCGCTTGACAGATGTCGACAGGATGGGCCGTCCGTTGATGTTCTATgg > 1:2791267/1‑57 (MQ=255) tGATCGCTTGCCAGATGTCGACAGGATGGGCCGTCCGTTGATGTTCTATGGTCAGCGTATCCACGATaa > 1:2028701/1‑69 (MQ=255) tGATCGCTTGCCAGATGTCGACAGGATGGGCCGTCCGTTGATGTTCTATGGTCAGCGTATCCACGATaa > 1:2170546/1‑69 (MQ=255) tGATCGCTTGCCAGATGTCGAAAGGATGGGCCGTCCGTTGATGTTCTATGGTCAGCGTATCCACGATaa > 1:2854472/1‑69 (MQ=255) cGCTTGCCAGATGTCTACAGGATGGGCCGTCCGTTGATGTTCTATGGTc < 1:2683096/49‑1 (MQ=255) cGCTTGCCAGATGTCGACATGATGGGCCGTCCGTTGAAGTTCTATGGTc < 1:884567/49‑1 (MQ=255) cGCTTGCCAGATGTCGACAGGATGGGCCGTCCGTTGATGTTCTATGGTc < 1:2584337/49‑1 (MQ=255) cGCTTGCCAGATGTCGACAGGATGGGCCGTCCGTTGATGTTCTATGGTc < 1:859724/49‑1 (MQ=255) cGCTTGCCAGATGTCGACAGGATGGGCCGTCCGTTGATGTTCTATGGTc < 1:782567/49‑1 (MQ=255) cGCTTGCCAGATGTCGACAGGATGGGCCGTCCGTTGATGTTCTATGGTc < 1:750192/49‑1 (MQ=255) cGCTTGCCAGATGTCGACAGGATGGGCCGTCCGTTGATGTTCTATGGTc < 1:692346/49‑1 (MQ=255) cGCTTGCCAGATGTCGACAGGATGGGCCGTCCGTTGATGTTCTATGGTc < 1:1151243/49‑1 (MQ=255) cGCTTGCCAGATGTCGACAGGATGGGCCGTCCGTTGATGTTCTATGGTc < 1:424833/49‑1 (MQ=255) cGCTTGCCAGATGTCGACAGGATGGGCCGTCCGTTGATGTTCTATGGTc < 1:134788/49‑1 (MQ=255) cGCTTGCCAGATGTCGACAGGATGGGCCGTCCGTTGATGTTCTATGGTc < 1:3229588/49‑1 (MQ=255) cGCTTGCCAGATGTCGACAGGATGGGCCGTCCGTTGATGTTCTATGGTc < 1:1826086/49‑1 (MQ=255) cGCTTGCCAGATGTCGACAGGATGGGCCGTCCGTTGATGTTCTATGGTc < 1:3079152/49‑1 (MQ=255) cGCTTGCCAGATGTCGACAGGATGGGCCGTCCGTTGATGTTCTATGGTc < 1:2932648/49‑1 (MQ=255) cGCTTGCCAGATGTCGACAGGATGGGCCGTCCGTTGATGTTCTATGGTc < 1:1928109/49‑1 (MQ=255) cGCTTGCCAGATGTCGACAGGATGGGCCGTCCGTTGATGTTCTATGGTc < 1:2747229/49‑1 (MQ=255) cGCTTGCCAGATGTCGACAGGATGGGCCGTCCGTTGATGTTCTATGGTc < 1:2455186/49‑1 (MQ=255) cGCTTGCCAGATGTCGACAGAATGGGCCGTCCGCTGATGTTCTATGGTCAGCGAATCCACGATAAATGc < 1:2221077/69‑1 (MQ=255) tGTCGACAGAATGGGCCGTCCGCTGATGTTCTATGGTCAGCGAATCCACGATa > 1:1908905/1‑53 (MQ=255) tGTCGACAGAATGGGCCGTCCGCTGATGTTCTATGGTCAGCGAATCCACGATa > 1:1921809/1‑53 (MQ=255) tGTCGACAGAATGGGCCGTCCGCTGATGTTCTATGGTCAGCGAATCCACGATa > 1:3292657/1‑53 (MQ=255) tGTCGACAGAATGGGCCGTCCGCTGATGTTCTATGGTCAGCGAATCCACGATa > 1:3018739/1‑53 (MQ=255) tGTCGACAGAATGGGCCGTCCGCTGATGTTCTATGGTCAGCGAATCCACGATa < 1:1993650/53‑1 (MQ=255) tGTCGACAGAATGGGCCGTCCGCTGATGTTCTATGGTCAGCGAATCCACGATa > 1:1137175/1‑53 (MQ=255) tGTCGACAGAATGGGCCGTCCGCTGATGTTCTATGGTCAGCGAATCCACGATa < 1:2508271/53‑1 (MQ=255) tGTCGACAGAATGGGCCGTCCGCTGATCTTCTATGGTCAGCGAATCCACGATa > 1:1303614/1‑53 (MQ=255) gTCGACAGAATGGGCCGTCCGCTGATGTTCTATGGTCAGCGAATCCACGATa < 1:2629862/52‑1 (MQ=255) cGCTGATGTTCTATGGTCAGCGAATCCACGATAAATGCTATCGCCGCGCCCACTTCGACGCCGGAGAGt > 1:1016377/1‑69 (MQ=255) cGCTGATGTTCTATGGTCAGCGAATCCACGATAAATGCTATCGCCGCGCCCACTTCGACGCCGGAGAGt > 1:1085555/1‑69 (MQ=255) cGCTGATGTTCTATGGTCAGCGAATCCACGATAAATGCTATCGCCGCGCCCACTTCGACGCCGGAGAGt > 1:542263/1‑69 (MQ=255) cGCTGATGTTCTATGGTCAGCGAATCCACGATAAATGCTATCGCCGCGCCCACTTCGACGCCGGAGAGt > 1:3403261/1‑69 (MQ=255) | AGCGCCATCATTACTTACATGGTGACCTTTGATCGCTTGCCAGATGTCGACAGAATGGGCCGTCCGCTGATGTTCTATGGTCAGCGAATCCACGATAAATGCTATCGCCGCGCCCACTTCGACGCCGGAGAGT > minE/689441‑689573 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |