| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 693,657 | G→A | 49.2% | V70V (GTG→GTA) | hyaF → | protein involved in nickel incorporation into hydrogenase‑1 proteins |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 693,657 | 0 | G | A | 49.2% | ‑2.4 / 53.8 | 61 | V70V (GTG→GTA) | hyaF | protein involved in nickel incorporation into hydrogenase‑1 proteins |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (28/3); new base A (15/15); total (43/18) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.92e-04 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GATTGCGCTGTTAAACGAGTTACAACATCAACTAAGCGAACGCCAACCGCCGTTGGGCGAGGTGCTGGCAGTCGATCTGTTAAATCTCAACGCCGACGATCGTCACTTTATCAATACGCTTCTCGG > minE/693594‑693719 | gATTGCGCTGTTAAACGAGTTACAACATCAACTAAGCGAACGCCAACCGCCGTTGGGCGAGGTGCTGGc > 1:2229398/1‑69 (MQ=255) tAAACGAGTTACAACATCAACTAAGCGAACGCCAACCGCCGTTGGGCGAGGTGCTGGCAGTCGATCt > 1:1623601/1‑67 (MQ=255) tAAACGAGTTACAACATCAACTAAGCGAACGCCAACCGCCGTTGGGCGAGGTGCTGGCAGTCGATCt > 1:1072317/1‑67 (MQ=255) tAAACGAGTTACAACATCAACTAAGCGAACGCCAACCGCCGTTGGGCGAGGTGCTGGCAGTCGATCTg > 1:2142467/1‑68 (MQ=255) tAAACGAGTTACAACATCAACTAAGCGAACGCCAACCGCCGTTGGGCGAGGTGCTGGCAGTCGATCTg > 1:646116/1‑68 (MQ=255) tAAACGAGTTACAACATCAACTAAGCGAACGCCAACCGCCGTTGGGCGAGGTGCTGGCAGTCGATCTg > 1:1543876/1‑68 (MQ=255) tAAACGAGTTACAACATCAACTAAGCGAACGCCAACCGCCGTTGGGCGAGGTGCTGGCAGTCGATCTg > 1:233264/1‑68 (MQ=255) tAAACGAGTTACAACATCAACTAAGCGAACGCCAACCGCCGTTGGGCGAGGTGCTGGCAGTCGATCTg > 1:141301/1‑68 (MQ=255) gTTACAACATCAACTAAGCGAACGCCAACGGCCGTTGGGCGAGGTGCTGGCAGTCGATCTGTTAAAtc > 1:584525/1‑68 (MQ=255) gTTACAACATCAACTAAGCGAACGCCAACCGCCGTTGGGCGAGGTGCTGGCAGTCGATCTGTTAAAtc > 1:272596/1‑68 (MQ=255) gTTACAACATCAACTAAGCGAACGCCAACCGCCGTTGGGCGAGGTGCTGGCAGTCGATCTGTTAAAtc > 1:887590/1‑68 (MQ=255) gTTACAACATCAACTAAGCGAACGCCAACCGCCGTTGGGCGAGGTGCTGGCAGTCGATCTGTTAAAtc > 1:832982/1‑68 (MQ=255) gTTACAACATCAACTAAGCGAACGCCAACCGCCGTTGGGCGAGGTGCTGGCAGTCGATCTGTTAAAtc > 1:3327545/1‑68 (MQ=255) gTTACAACATCAACTAAGCGAACGCCAACCGCCGTTGGGCGAGGTGCTGGCAGTCGATCTGTTAAAtc > 1:1687840/1‑68 (MQ=255) gTTACAACATCAACTAAGCGAACGCCAACCGCCGTTGGGCGAGGTGCTGGCAGTCGATCTGTTAAAtc > 1:633939/1‑68 (MQ=255) acaacaTCAACTAAGCGAACGCCAACCGCCTTTGGGCGAGGTGCTGGCAGTCGa < 1:1200666/54‑1 (MQ=255) caacaTCAACTAAGCGAACGCCAACTGCCGTTGGGCGAGGTGCTGGCAGTCGa < 1:1726861/53‑1 (MQ=255) acaTCAACTAAGCGAACGCCAACCGCCGTTGGGCGAGGTg > 1:1290441/1‑40 (MQ=255) acaTCAACTAAGCGAACGCCAACCGCCGTTGGGCGAGGTGCTGGCAGTCGATCTGTTAAATCTCAACg > 1:427667/1‑68 (MQ=255) acaTCAACTAAGCGAACGCCAACCGCCGTTGGGCGAGGTGCTGGCAGTCGATCTGTTAAATCTCAACg > 1:452751/1‑68 (MQ=255) acaTCAACTAAGCGAACGCCAACCGCCGTTGGGCGAGGTGCTGGCAGTCGATCTGTTAAATCTCAACg > 1:373078/1‑68 (MQ=255) acaTCAACTAAGCGAACGCCAACCGCCGTTGGGCGAGGTGCTGGCAGTCGATCTGTTAAATCTCAACg > 1:458949/1‑68 (MQ=255) acaTCAACTAAGCGAACGCCAACCGCCGTTGGGCGAGGTGCTGGCAGTCGATCTGTTAAATCTCAACg > 1:1567423/1‑68 (MQ=255) acaTCAACTAAGCGAACGCCAACCGCCGTTGGGCGAGGTGCTGGCAGTCGATCTGTTAAATCTCAACg > 1:1722943/1‑68 (MQ=255) acaTCAACTAAGCGAACGCCAACCGCCGTTGGGCGAGGTGCTGGCAGTCGATCTGTTAAATCTCAACg > 1:1481182/1‑68 (MQ=255) acaTCAACTAAGCGAACGCCAACCGCCGTTGGGCGAGGTGCTGGCAGTCGATCTGTTAAATCTCAACg > 1:2427610/1‑68 (MQ=255) acaTCAACTAAGCGAACGCCAACCGCCGTTGGGCGAGGTGCTGGCAGTCGATCTGTTAAATCTCAACg > 1:107120/1‑68 (MQ=255) acaTCAACTAAGCGAACGCCAACCGCCGTTGGGCGAGGTGCTGGCAGTCGATCTGTTAAATCTCAACg > 1:1050904/1‑68 (MQ=255) aTCAACTAAGCGAACGCCAGCCGCCGCTGGGTGAGGTACTGGCAGTCGATCTGTTAAATCTCAACGCcg < 1:1057264/69‑1 (MQ=255) aTCAACTAAGCGAACGCCAGCCGCCGCTGGGTGAGGTACTGGCAGTCGATCTGTTAAATCTCAACGCcg < 1:2912973/69‑1 (MQ=255) aTCAACTAAGCGAACGCCAGCCGCCGCTGGGTGAGGTACTGGCAGTCGATCTGTTAAATCTCAACGCcg < 1:2669520/69‑1 (MQ=255) aTCAACTAAGCGAACGCCAGCCGCCGCTGGGTGAGGTACTGGCAGTCGATCTGTTAAATCTCAACGCcg < 1:1809317/69‑1 (MQ=255) aTCAACTAAGCGAACGCCAGCCGCCGCTGGGTGAGGTACTGGCAGGCGATCTGTTAAATCTCAACGCcg < 1:2558820/69‑1 (MQ=255) aaCTAAGCGAACGCCAACCGCCGTTGGGCGAGGTGCTGGCAGTCGATCt > 1:1258317/1‑49 (MQ=255) aaCTAAGCGAACGCCAACCGCCGTTGGGCGAGGTGCTGGCAGTCGATCTGTTAAATCTCAACGCcgacg > 1:2805516/1‑69 (MQ=255) aaCTAAGCGAACGCCAACCGCCGTTGGGCGAGGTGCTGGCAGTCGATCTGTTAAATCTCAACGCcgacg > 1:919163/1‑69 (MQ=255) gCCAGCCGCCGCTGGGTGAGGTACTGGCAGTCGATCTGTTAAATCTCAACGCCGACGATCGTCACTTTa < 1:2971070/69‑1 (MQ=255) gCCAGCCGCCGCTGGGTGAGGTACTGGCAGTCGATCTGTTAAATCTCAACGCCGACGATCGTCACTTTa < 1:935322/69‑1 (MQ=255) gCCAGCCGCCGCTGGGTGAGGTACTGGCAGTCGATCTGTTAAATCTCAACGCCGACGATCGTCACTTTa < 1:961046/69‑1 (MQ=255) gCCAGCCGCCGCTGGGTGAGGTACTGGCAGTCGATCTGTTAAATCTCAACGCCGACGATCGTCACTTTa < 1:2308836/69‑1 (MQ=255) gCCAGCCGCCGCTGGGTGAGGTACTGGCAGTCGATCTGTTAAATCTCAACGCCGACGATCGTCACTTTa < 1:1203056/69‑1 (MQ=255) gCCAGCCGCCGCTGGGTGAGGTACTGGCAGTCGATCTGTTAAATCTCAACGCCGACGATCGTCACTTTa < 1:2155876/69‑1 (MQ=255) gCCAGCCGCCGCTGGGTGAGGTACTGGCAGTCGATCTGTTAAATCTCAACGCCGACGATCGTCACTTTa < 1:2571749/69‑1 (MQ=255) gCCAGCCGCCGCTGGGTGAGGTACTGGCAGTCGATCTGTTAAATCTCAACGCCGACGATCGTCACTTTa < 1:1793671/69‑1 (MQ=255) ccAGCCGCCGCTGGGTGAGGTACTGGCAGTCGATCTGTTAAATCTCAACGCCGACGATCGTCACTTTa < 1:3427674/68‑1 (MQ=255) agccgccgCTGGGTGAGGTACTGGCAGTCGATCTGTTAAATCTCAACGCCGACGATCGTCACTTTa < 1:1442835/64‑1 (MQ=255) gggCGAGGTGCTGGCAGTCGATCTGTTAAATCTCAACGCCGACGATCGTCACTTTATCAATACGCTtc < 1:1480789/68‑1 (MQ=255) aGGTACTGGCAGTCGATCTGTTAAATCTCAACGTCGACGATCGTCACTTTATCAATACGCTTCTCgg > 1:2176510/1‑67 (MQ=255) aGGTACTGGCAGTCGATCTGTTAAATCTCAACGCCGACGATCGTCACTTTATCAATACGCTTCTCgg > 1:1934618/1‑67 (MQ=255) aGGTACTGGCAGTCGATCTGTTAAATCTCAACGCCGACGATCGTCACTTTATCAATACGCTTCTCgg > 1:1060084/1‑67 (MQ=255) aGGTACTGGCAGTCGATCTGTTAAATCTCAACGCCGACGATCGTCACTTTATCAATACGCTTCTCgg > 1:1563482/1‑67 (MQ=255) aGGTACTGGCAGTCGATCTGTTAAATCTCAACGCCGACGATCGTCACTTTATCAATACGCTTCTCgg > 1:1567612/1‑67 (MQ=255) aGGTACTGGCAGTCGATCTGTTAAATCTCAACGCCGACGATCGTCACTTTATCAATACGCTTCTCgg > 1:1756697/1‑67 (MQ=255) aGGTACTGGCAGTCGATCTGTTAAATCTCAACGCCGACGATCGTCACTTTATCAATACGCTTCTCgg > 1:1775428/1‑67 (MQ=255) aGGTACTGGCAGTCGATCTGTTAAATCTCAACGCCGACGATCGTCACTTTATCAATACGCTTCTCgg > 1:1785104/1‑67 (MQ=255) aGGTACTGGCAGTCGATCTGTTAAATCTCAACGCCGACGATCGTCACTTTATCAATACGCTTCTCgg > 1:186534/1‑67 (MQ=255) aGGTACTGGCAGTCGATCTGTTAAATCTCAACGCCGACGATCGTCACTTTATCAATACGCTTCTCgg > 1:3369760/1‑67 (MQ=255) aGGTACTGGCAGTCGATCTGTTAAATCTCAACGCCGACGATCGTCACTTTATCAATACGCTTCTCgg > 1:1965112/1‑67 (MQ=255) aGGTACTGGCAGTCGATCTGTTAAATCTCAACGCCGACGATCGTCACTTTATCAATACGCTTCTCgg > 1:212894/1‑67 (MQ=255) aGGTACTGGCAGTCGATCTGTTAAATCTCAACGCCGACGATCGTCACTTTATCAATACGCTTCTCgg > 1:2906248/1‑67 (MQ=255) aGGTACTGGCAGTCGATCTGTTAAATCTCAACGCCGACGATCGTCACTTTATCAATACGCTTCTCgg > 1:2868070/1‑67 (MQ=255) aGGTACTGGCAGTCGATCTGTTAAATCTCAACGCCGACGATCGTCACTTTATCAATACGCTTCTCgg > 1:2503582/1‑67 (MQ=255) | GATTGCGCTGTTAAACGAGTTACAACATCAACTAAGCGAACGCCAACCGCCGTTGGGCGAGGTGCTGGCAGTCGATCTGTTAAATCTCAACGCCGACGATCGTCACTTTATCAATACGCTTCTCGG > minE/693594‑693719 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |