| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 709,728 | G→C | 36.8% | P49P (CCC→CCG) | yceJ ← | predicted cytochrome b561 |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 709,728 | 0 | G | C | 36.8% | 70.2 / 73.9 | 87 | P49P (CCC→CCG) | yceJ | predicted cytochrome b561 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (32/23); new base C (17/15); total (49/38) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.61e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.41e-01 | |||||||||||
ACAGAACGCGAATAACCAGCCCCATCATTAACAAAATACCGATGCTTTTATGCAGTTCGGGTGCTTTGTGATACCAGCCATCGTAATAACTGAGCGTGACCATCCACAGACCTAAAGCAAACATGC > minE/709670‑709795 | acaGAACGCGAATAACCAGCCCCATCATTAACAAAATACCGATGCTTTTATGCAGTTCGGGTGCTTtgt < 1:2285306/69‑1 (MQ=255)acaGAACGCGAATAACCAGCCCCATCATTAACAAAATACCGATGCTTTTATGCAGTTCGGGTGCTTtgt < 1:1030779/69‑1 (MQ=255)acaGAACGCGAATAACCAGCCCCATCATTAACAAAATACCGATGCTTTTATGCAGTTCGGGTGCTTtgt < 1:816344/69‑1 (MQ=255)acaGAACGCGAATAACCAGCCCCATCATTAACAAAATACCGATGCTTTTATGCAGTTCGGGTGCTTtgt < 1:2378670/69‑1 (MQ=255) caGAACGCGAATAACCAGCCCCATCATTAACAAAATACCGATGCTTTTATGCAGTTCGGGTGCTTtgt < 1:1819313/68‑1 (MQ=255) gCCCCATCATTAACAAAATACCGATGCTTTTATGCAGTTCGGGTGCTTTGTGATACCAGCCATCGtaat < 1:1196304/69‑1 (MQ=255) catTAACAAAATGCCGATGCTTTTATGCAGTTCCGGTGCCTGGTGATACCAGCCATCGTAATAACTGAg > 1:463198/1‑69 (MQ=255) catTAACAAAATGCCGATGCTTTTATGCAGTTCCGGTGCCTGGTGATACCAGCCATCGTAATAACTGAg > 1:2750907/1‑69 (MQ=255) catTAACAAAATGCCGATGCTTTTATGCAGTTCCGGTGCCTGGTGATACCAGCCATCGTAATAACTGAg > 1:3319247/1‑69 (MQ=255) catTAACAAAATGCCGATGCTTTTATGCAGTTCCGGTGCCTGGTGATACCAGCCATCGTAATAACTGAg > 1:2741406/1‑69 (MQ=255) catTAACAAAATGCCGATGCTTTTATGCAGTTCCGGTGCCTGGTGATACCAGCCATCGTAATAACTGAg > 1:1719508/1‑69 (MQ=255) catTAACAAAATGCCGATGCTTTTATGCAGTTCCGGTGCCTGGTGATACCAGCCATCGTAATAACTGAg > 1:1706109/1‑69 (MQ=255) catTAACAAAATGCCGATGCTTTTATGCAGTTCCGGTGCCTGGTGATACCAGCCATCGTAATAACTGAg > 1:1630809/1‑69 (MQ=255) catTAACAAAATGCCGATGCTTTTATGCAGTTCCGGTGCCTGGTGATACCAGCCATCGTAATAACTGAg > 1:1468987/1‑69 (MQ=255) catTAACAAAATGCCGATGCTTTTATGCAGTTCCGGTGCCTGGTGATACCAGCCATCGTAATAACTGAg > 1:773188/1‑69 (MQ=255) catTAACAAAATGCCGATGCTTTTATGCAGTTCCGGTGCCTGGTGATACCAGCCATCGTAATAACTGAg > 1:2746881/1‑69 (MQ=255) catTAACAAAATGCCGATGCTTTTATGCAGTTCCGGTGCCTGGTGATACCAGCCATCGTAATAACTGAg > 1:548756/1‑69 (MQ=255) catTAACAAAATGCCGATGCTTTTATGCAGTTCCGGTGCCTGGTGATACCAGCCATCGTAATAACTGAg > 1:478674/1‑69 (MQ=255) catTAACAAAATGCCGATGCTTTTATGCAGTTCCGGTGCCTGGTGATACCAGCCATCGTAATAACTGAg > 1:3092369/1‑69 (MQ=255) catTAACAAAATGCCGATGCTTTTATGCAGTTCCGGTGCCTGGTGATACCAGCCATCGTAATAACTGAg > 1:2510133/1‑69 (MQ=255) catTAACAAAATGCCGATGCTTTTATGCAGTTCCGGTGCCTGGTGATACCAGCCATCGTAATAACTGAg > 1:3282935/1‑69 (MQ=255) catTAACAAAATGCCGATGCTTTTATGCAGTTCCGGTGCCTGGTGATACCAGCCATCGTAATAACTGAg > 1:2526221/1‑69 (MQ=255) catTAACAAAATGCCGATGCTTTTATGCAGTTCCGGTGCCTGGTGATACCAGCCATCGTAATAACTGAg > 1:1046340/1‑69 (MQ=255) catTAACAAAATACCGATGCTTTTATGCAGTTCGGGTGCTTTGTGATACCAGCCATCGTAATAACTGAg > 1:71006/1‑69 (MQ=255) catTAACAAAATACCGATGCTTTTATGCAGTTCGGGTGCTTTGTGATACCAGCCATCGTAATAACTGAg > 1:664401/1‑69 (MQ=255) atTAAGAAAATACCGATGCTTTTATGCAGTTCGGGTGCTTTGTGAt < 1:2579866/46‑1 (MQ=255) atTAACAAAATACCGATGCTTTTATGCAGTTCGGGTGCTTTGTGAt < 1:701523/46‑1 (MQ=255) atTAACAAAATACCGATGCTTTTATGCAGTTCGGGTGCTTTGTGAt < 1:3054913/46‑1 (MQ=255) atTAACAAAATACCGATGCTTTTATGCAGTTCGGGTGCTTTGTGAt < 1:2041479/46‑1 (MQ=255) atTAACAAAATACCGATGCTTTTATGCAGTTCGGGTGCTTTGTGAt < 1:1091215/46‑1 (MQ=255) atTAACAAAATACCGATGCTTTTATGCAGTTCGGGTGCTTTGTGATACCAGCCATCGTAATAACTGAg > 1:240178/1‑68 (MQ=255) atTAACAAAATACCGATGCTTTTATGCAGTTCGGGTGCTTTGTGATACCAGCCATCGTAATAACTGAGc > 1:2594744/1‑69 (MQ=255) atTAACAAAATACCGATGCTTTTATGCAGTTCGGGTGCTTTGTGATACCAGCCATCGTAATAACTGAGc > 1:3278668/1‑69 (MQ=255) atTAACAAAATACCGATGCTTTTATGCAGTTCGGGTGCTTTGTGATACCAGCCATCGTAATAACTGAGc > 1:3431291/1‑69 (MQ=255) atTAACAAAATACCGATGCTTTTATGCAGTTCGGGTGCTTTGTGATACCAGCCATCGTAATAACTGAGc > 1:2562579/1‑69 (MQ=255) atTAACAAAATACCGATGCTTTTATGCAGTTCGGGTGCTTTGTGATACCAGCCATCGTAATAACTGAGc > 1:2546436/1‑69 (MQ=255) atTAACAAAATACCGATGCTTTTATGCAGTTCGGGTGCTTTGTGATACCAGCCATCGTAATAACTGAGc > 1:3404868/1‑69 (MQ=255) atTAACAAAATACCGATGCTTTTATGCAGTTCGGGTGCTTTGTGATACCAGCCATCGTAATAACTGAGc > 1:2021295/1‑69 (MQ=255) atTAACAAAATACCGATGCTTTTATGCAGTTCGGGTGCTTTGTGATACCAGCCATCGTAATAACTGAGc > 1:3377039/1‑69 (MQ=255) atTAACAAAATACCGATGCTTTTATGCAGTTCGGGTGCTTTGTGATACCAGCCATCGTAATAACTGAGc > 1:84406/1‑69 (MQ=255) atTAACAAAATACCGATGCTTTTATGCAGTTCGGGTGCTTTGTGATACCAGCCATCGTAATAACTGAGc > 1:1408269/1‑69 (MQ=255) atTAACAAAATACCGATGCTTTTATGCAGTTCGGGTGCTTTGTGATACCAGCCATCGTAATAACTGAGc > 1:1403006/1‑69 (MQ=255) atTAACAAAATACCGATGCTTTTATGCAGTTCGGGTGCTTTGTGATACCAGCCATCGTAATAACTGAGc > 1:856877/1‑69 (MQ=255) atTAACAAAATACCGATGCTTTTATGCAGTTCGGGTGCTTTGTGATACCAGCCATCGTAATAACTGAGc > 1:861962/1‑69 (MQ=255) atTAACAAAATACCGATGCTTTTATGCAGTTCGGGTGCTTTGTGATACCAGCCATCGTAATAACTGAGc > 1:1219499/1‑69 (MQ=255) atTAACAAAATACCGATGCTTTTATGCAGTTCGGGTGCTTTGTGATACCAGCCATCGTAATAACTGAGc > 1:1179868/1‑69 (MQ=255) atTAACAAAATACCGATGCTTTTATGCAGTTCGGGTGCTTTGTGATACCAGCCATCGTAATAACTGAGc > 1:1079706/1‑69 (MQ=255) atTAACAAAATACCGATGCTTTTATGCAGTTCGGGTGCTTTGTGATACCAGCCATCGTAATAACTGAGc > 1:895713/1‑69 (MQ=255) atTAACAAAATACCGATGCTTTTATGCAGTTCGGGTGCTTTGTGATACCAGCCATCGTAATAACTGAGc > 1:1038762/1‑69 (MQ=255) atTAACAAAATACCGATGCTTTTATGCAGTTCGGGTGCTTTGTAATACCAGCCATCGTAATAACTGAGc > 1:2639727/1‑69 (MQ=255) atTAACAAAATACCGATGCTTTTATGCAATTCGGGTGCTTTGTGAt < 1:1213689/46‑1 (MQ=255) ttAACAAAATACCGATGCTTTTATGCAGTTCGGGTGCTTTGTGAt < 1:1834062/45‑1 (MQ=255) tAACAAAATACCGATGCTTTTATGCAGTTCGGGTGCTTTGTGATACCAGCCATCGTAATAACTGAGCGt > 1:1967980/1‑69 (MQ=255) aaaaTACCGATGCTTTTATGCAGTTCGGGTGCTTTGTGATACCAGCCATCGTAATAACTGAGCGTGAcc < 1:1240629/69‑1 (MQ=255) aCCGATGCTTTTATGCAGTTCGGGTGCTTTGTGATACCAGCCATCGTAATAACTGAGCGTGACCATc > 1:2309814/1‑67 (MQ=255) aCCGATGCTTTTATGCAGTTCGGGTGCTTTGTGATACCAGCCATCGTAATAACTGAGCGTGACCATc > 1:2059357/1‑67 (MQ=255) aCCGATGCTTTTATGCAGTTCGGGTGCTTTGTGATACCAGCCATCGTAATAACTGAGCGTGACCATc > 1:1805158/1‑67 (MQ=255) aCCGATGCTTTTATGCAGTTCGGGTGCTTTGTGATACCAGCCATCGTAATAACTGAGCGTGACCATc > 1:1632905/1‑67 (MQ=255) aCCGATGCTTTTATGCAGTTCGGGTGCTTTGTGATACCAGCCATCGTAATAACTGAGCGTGACCATc > 1:1218333/1‑67 (MQ=255) gCAGTTCCGGTGCCTGGTGATACCAGCCATCGTAATAACTGAGCGTGACCATCCACAGACCTAAAGCa < 1:642485/68‑1 (MQ=255) gCAGTTCCGGTGCCTGGTGATACCAGCCATCGTAATAACTGAGCGTGACCATCCACAGACCTAAAGCa < 1:903245/68‑1 (MQ=255) gCAGTTCCGGTGCCTGGTGATACCAGCCATCGTAATAACTGAGCGTGACCATCCACAGACCTAAAGCa < 1:3367415/68‑1 (MQ=255) gCAGTTCCGGTGCCTGGTGATACCAGCCATCGTAATAACTGAGCGTGACCATCCACAGACCTAAAGCa < 1:1024086/68‑1 (MQ=255) gCAGTTCCGGTGCCTGGTGATACCAGCCATCGTAATAACTGAGCGTGACCATCCACAGACCTAAAGCa < 1:2059286/68‑1 (MQ=255) gCAGTTCCGGTGCCTGGTGATACCAGCCATCGTAATAACTGAGCGTGACCATCCACAGACCTAAAGCa < 1:145067/68‑1 (MQ=255) gCAGTTCCGGTGCCTGGTGATACCAGCCATCGTAATAACTGAGCGTGACCATCCACAGACCTAAAGCa < 1:1440837/68‑1 (MQ=255) gCAGTTCCGGTGCCTGGTGATACCAGCCATCGTAATAACTGAGCGTGACCATCCACAGACCTAAAGCa < 1:1427791/68‑1 (MQ=255) gCAGTTCCGGTGCCTGGTGATACCAGCCATCGTAATAACTGAGCGTGACCATCCACAGACCTAAAGCa < 1:2022796/68‑1 (MQ=255) gCAGTTCCGGTGCCTGGTGATACCAGCCATCGTAATAACTGAGCGTGACCATCCACAGACCTAAAGCa < 1:2994805/68‑1 (MQ=255) gCAGTTCCGGTGCCTGGTGATACCAGCCATCGTAATAACTGAGCGTGACCATCCACAGACCTAAAGCa < 1:314388/68‑1 (MQ=255) cAGTTCGTGTGCTTTTTGATACCAGCCATCGTAATAACTGAGCGTGACCATCCACAGACCTAAAGCaaa < 1:1861105/69‑1 (MQ=255) cAGTTCGGGTGCTTTGTGATACCAGCCATCGTAATAACTGAGCGTGACCATCCACAGACCTAAAGCaaa < 1:2793084/69‑1 (MQ=255) cAGTTCGGGTGCTTTGTGATACCAGCCATCGTAATAACTGAGCGTGACCATCCACAGACCTAAAGCaaa < 1:2656240/69‑1 (MQ=255) cAGTTCGGGTGCTTTGTGATACCAGCCATCGTAATAACTGAGCGTGACCATCCACAGACCTAAAGCaaa < 1:450826/69‑1 (MQ=255) cAGTTCGGGTGCTTTGTGATACCAGCCATCGTAATAACTGAGCGTGACCATCCACAGACCTAAAGCaaa < 1:3372240/69‑1 (MQ=255) cAGTTCGGGTGCTTTGTGATACCAGCCATCGTAATAACTGAGCGTGACCATCCACAGACCTAAAGCaaa < 1:1330601/69‑1 (MQ=255) cAGTTCGGGTGCTTTGTGATACCAGCCATCGTAATAACTGAGCGTGACCATCCACAGACCTAAAGCaaa < 1:2948068/69‑1 (MQ=255) cAGTTCGGGTGCTTTGTGATACCAGCCATCGTAATAACTGAGCGTGACCATCCACAGACCTAAAGCaaa < 1:162340/69‑1 (MQ=255) cAGTTCCGGTGCCTGGTGATACCAGCCATCGTAATAACTGAGCGTGACCATCCACAGACCTAAAGCa < 1:1058954/67‑1 (MQ=255) cAGTTCCGGTGCCTGGTGATACCAGCCATCGTAATAACTGAGCGTGACCATCCACAGACCTAAAGCa < 1:1028202/67‑1 (MQ=255) cAGTTCCGGTGCCTGGTGATACCAGCCATCGTAATAACTGAGCGTGACCATCCACAGACCTAAAGCa < 1:1229512/67‑1 (MQ=255) cAGTTCCGGTGCCTGGTGATACCAGCCATCGTAATAACTGAGCGTGACCATCCACAGACCTAAAGCa < 1:1528408/67‑1 (MQ=255) aGTTCGGGTGCTTTGTGATACCAGCCATCGTAATAACTGAGCGTGACCATCCACAGACCTAAAGCaaa < 1:1625108/68‑1 (MQ=255) cGGGTGCTTTGTGATACCAGCCATCGTAATAACTGAGCGTGACCATCCACAGACCTAAAGCAAACATGc > 1:1981627/1‑69 (MQ=255) cGGGTGCTTTGTGATACCAGCCATCGTAATAACTGAGCGTGACCATCCACAGACCTAAAGCAAACATGc > 1:482152/1‑69 (MQ=255) cGGGTGCTTTGTGATACCAGCCATCGTAATAACTGAGCGTGACCATCCACAGACCTAAAGCAAACATGc > 1:257251/1‑69 (MQ=255) cGGGTGCTTTGTGATACCAGCCATCGTAATAACTGAGCGTGACCATCCACAGACCTAAAGCAAACATGc > 1:3166045/1‑69 (MQ=255) | ACAGAACGCGAATAACCAGCCCCATCATTAACAAAATACCGATGCTTTTATGCAGTTCGGGTGCTTTGTGATACCAGCCATCGTAATAACTGAGCGTGACCATCCACAGACCTAAAGCAAACATGC > minE/709670‑709795 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |