| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 719,287 | C→T | 56.2% | H207H (CAC→CAT) | mviN → | predicted inner membrane protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 719,287 | 0 | C | T | 56.2% | 14.6 / 57.3 | 73 | H207H (CAC→CAT) | mviN | predicted inner membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (26/6); new base T (30/11); total (56/17) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.78e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.44e-01 | |||||||||||
GGCGCTGGCGTGGGCTGTTACGGTCGGCGGCGTCCTGCAGCTGGTGTATCAGCTACCGCACCTGAAGAAGATCGGCATGCTGGTCCTGCCGCGCATTAACTTCCACGATGCCGGAGCA > minE/719227‑719344 | ggcgctggcgTGGGCTGTTACGGTCGGCGGCGTCCTGCAGCTGGTGTATCAGCTACCGCACCTga > 1:2528804/1‑65 (MQ=255)ggcgctggcgTGGGCTGTTACGGTCGGCGGCGTCCTGCAGCTGGTGTATCAGCTACCGCACCTga > 1:118279/1‑65 (MQ=255)ggcgctggcgTGGGCTGTTACGGTCGGCGGCGTCCTGCAGCTGGTGTATCAGCTACCGCACCTga > 1:2872099/1‑65 (MQ=255)ggcgctggcgTGGGCTGTTACGGTCGGCGGCGTCCTGCAGCTGGTGTATCAGCTACCGCACCTga > 1:3096314/1‑65 (MQ=255)ggcgctggcgTGGGCTGTTACGGTCGGCGGCGTCCTGCAGCTGGTGTATCAGCTACCGCACCTga > 1:3432219/1‑65 (MQ=255)ggcgctggcgTGGGCTGTTACGGTCGGCGGCGTCCTGCAGCTGGTGTATCAGCTACCGCACCTga > 1:1397301/1‑65 (MQ=255) ggcgTGGGCTGTTACGGTCGGCGGCGTCCTGCAGCTGGTGTATCAGCTACCGCACCTGAAGAAGATCgg < 1:851874/69‑1 (MQ=255) ggcgTGGGCTGTTACGGTCGGCGGCGTCCTGCAGCTGGTGTATCAGCTACCGCACCTGAAGAAGATCgg < 1:832870/69‑1 (MQ=255) ggcgTGGGCTGTTACGGTCGGCGGCGTCCTGCAGCTGGTGTATCAGCTACCGCACCTGAAGAAGATCgg < 1:2535090/69‑1 (MQ=255) ggcgTGGGCTGTTACGGGCGGCGGCGTCCTGCAGCTGGTGTATCAGCTACCGCACCTGAAGAAGATCgg < 1:2675323/69‑1 (MQ=255) gcgTGGGCTGTTACGGTCGGCGGCGTCCTGCAGCTGGTGTATCAGCTACCGCACCTGAAGAAGATCgg < 1:2177459/68‑1 (MQ=255) gTTACGGTCGGCGGCATCCTGCAGCTGGTGTATCAGCTACCTCATCTGAAGAAGATCgg > 1:1524893/1‑59 (MQ=255) gTTACGGTCGGCGGCATCCTGCAGCTGGTGTATCAGCTACCTCATCTGAAGAAGATCGGCATggtggt > 1:2508376/1‑68 (MQ=255) gTTACGGTCGGCGGCATCCTGCAGCTGGTGTATCAGCTACCTCATCTGAAGAAGATCGGCATGCTGGtt > 1:1416243/1‑68 (MQ=255) gTTACGGTCGGCGGCATCCTGCAGCTGGTGTATCAGCTACCTCATCTGAAGAAGATCGGCATGCTGGtt > 1:3116902/1‑68 (MQ=255) gTTACGGTCGGCGGCATCCTGCAGCTGGTGTATCAGCTACCTCATCTGAAGAAGATCGGCATGCTGGtt > 1:465756/1‑68 (MQ=255) gTTACGGTCGGCGGCATCCTGCAGCTGGTGTATCAGCTACCTCATCTGAAGAAGATCGGCATGCTGGtt > 1:1255876/1‑68 (MQ=255) gTTACGGTCGGCGGCATCCTGCAGCTGGTGTATCAGCTACCTCATCTGAAGAAGATCGGCATGCTGGtt > 1:1602219/1‑68 (MQ=255) gTTACGGTCGGCGGCATCCTGCAGCTGGTGTATCAGCTACCTCATCTGAAGAAGATCGGCATGCTGGtt > 1:2688805/1‑68 (MQ=255) gTTACGGTCGGCGGCATCCTGCAGCTGGTGTATCAGCTACCTCATCTGAAGAAGATCGGCATGCTGGtt > 1:2594761/1‑68 (MQ=255) gTTACGGTCGGCGGCATCCTGCAGCTGGTGTATCAGCTACCTCATCTGAAGAAGATCGGCATGCTGGtt > 1:101683/1‑68 (MQ=255) gTTACGGTCGGCGGCATCCTGCAGCTGGTGTATCAGCTACCTCATCTGAAGAAGATCGGCATGCTGGt > 1:2760667/1‑68 (MQ=255) gTTACGGTCGGCGGCATCCTGCAGCTGGTGTATCAGCTACCTCATCTGAAGAAGATCGGCATGCTGGt > 1:69782/1‑68 (MQ=255) gTTACGGTCGGCGGCATCCTGCAGCTGGTGTATCAGCTACCTCATCTGAAGAAGATCGGCATGCTGGt > 1:762400/1‑68 (MQ=255) gTTACGGTCGGCGGCATCCTGCAGCTGGTGTATCAGCTACCTCATCTGAAGAAGATCGGCATGCTGGt > 1:833012/1‑68 (MQ=255) ggcaTCCTGCAGCTGGTGTATCAGCTACCTCATCTGAAGAAGATCGGCATGCTGGTTTTGCCACGCAtt < 1:3058580/69‑1 (MQ=255) ggcaTCCTGCAGCTGGTGTATCAGCTACCTCATCTGAAGAAGATCGGCATGCTGGTTTTGCCACGCAtt < 1:305441/69‑1 (MQ=255) ggcaTCCTGCAGCTGGTGTATCAGCTACCTCATCTGAAGAAGATCGGCATGCTGGTTTTGCCACGCAtt < 1:519117/69‑1 (MQ=255) ggcaTCCTGCAGCTGGTGTATCAGCTACCTCATCTGAAGAAGATCGGCATGCTGGTTTTGCCACGCAtt < 1:1007321/69‑1 (MQ=255) ggcaTCCTGCAGCTGGTGTATCAGCTACCTCATCTGAAGAAGATCGGCATGCTGGTTTTGCCACGCAtt < 1:1662171/69‑1 (MQ=255) ggcaTCCTGCAGCTGGTGTATCAGCTACCTCATCTGAAGAAGATCGGCATGCTGGTTTTGCCACGCAtt < 1:2497761/69‑1 (MQ=255) ggcaTCCTGCAGCTGGTGTATCAGCTACCTCATCTGAAGAAGATCGGCATGCTGGTTTTGCCACGCAtt < 1:1215704/69‑1 (MQ=255) ggcaTCCTGCAGCTGGTGTATCAGCTACCTCATCTGAAGAAGATCGGCATGCTGGTTTTGCCACGCAtt < 1:1809062/69‑1 (MQ=255) gcatCCTGCAGCTGGTGTATCAGCTACCTCATCTGAAGAAGATCGGCATGCTGGTTTTGCCACGCAtt < 1:1179744/65‑1 (MQ=255) gcatCCTGCAGCTGGTGTATCAGCTACCTCATCTGAAGAAGATCGGCATGCTGGTTTTGCCACGCAtt < 1:180919/65‑1 (MQ=255) gcatCCTGCAGCTGGTGTATCAGCTACCTCATCTGAAGAAGATCGGCATGCTGGTTTTGCCACGCAtt < 1:1664387/65‑1 (MQ=255) tGCAGCTGGTGTATCAGCTACCTCATCTGAAGAAGATCGGCATGCTGGTTTTGCCACGCATTAACTTcc > 1:1437206/1‑69 (MQ=255) tGCAGCTGGTGTATCAGCTACCTCATCTGAAGAAGATCGGCATGCTGGTTTTGCCACGCATTAACTTcc > 1:3271658/1‑69 (MQ=255) tGCAGCTGGTGTATCAGCTACCTCATCTGAAGAAGATCGGCATGCTGGTTTTGCCACGCATTAACTTcc > 1:3266404/1‑69 (MQ=255) tGCAGCTGGTGTATCAGCTACCTCATCTGAAGAAGATCGGCATGCTGGTTTTGCCACGCATTAACTTcc > 1:3336319/1‑69 (MQ=255) tGCAGCTGGTGTATCAGCTACCTCATCTGAAGAAGATCGGCATGCTGGTTTTGCCACGCATTAACTTcc > 1:3341224/1‑69 (MQ=255) tGCAGCTGGTGTATCAGCTACCTCATCTGAAGAAGATCGGCATGCTGGTTTTGCCACGCATTAACTTcc > 1:1339772/1‑69 (MQ=255) tGCAGCTGGTGTATCAGCTACCTCATCTGAAGAAGATCGGCATGCTGGTTTTGCCACGCATTAACTTcc > 1:1284906/1‑69 (MQ=255) tGCAGCTGGTGTATCAGCTACCTCATCTGAAGAAGATCGGCATGCTGGTTTTGCCACGCATTAACTTcc > 1:676065/1‑69 (MQ=255) tGCAGCTGGTGTATCAGCTACCTCATCTGAAGAAGATCGGCATGCTGGTTTTGCCACGCATTAACTTcc > 1:744967/1‑69 (MQ=255) tGCAGCTGGTGTATCAGCTACCTCATCTGAAGAAGATCGGCATGCTGGTTTTGCCACGCATTAACTTcc > 1:1078713/1‑69 (MQ=255) tGCAGCTGGTGTATCAGCTACCTCATCTGAAGAAGATCGGCATGCTGGTTTTGCCACGCATTAACTTcc > 1:977630/1‑69 (MQ=255) tGCAGCTGGTGTATCAGCTACCTCATCTGAAGAAGATCGGCATGCTGGTTTTGCCACGCATTAACTTcc > 1:2451184/1‑69 (MQ=255) tGCAGCTGGTGTATCAGCTACCTCATCTGAAGAAGATCGGCATGCTGGTTTTGCCACGCATTAACTTcc > 1:2527898/1‑69 (MQ=255) 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cAGCTACCGCACCTGAAGAAGATCGGCATGCTGGTCCTGCCGCGCATTAACTTCCACGATGCCGGAGCa > 1:2138271/1‑69 (MQ=255) cAGCTACCGCACCTGAAGAAGATCGGCATGCTGGTCCTGCCGCGCATTAACTTCCACGATGCCGGAGCa > 1:2553812/1‑69 (MQ=255) cAGCTACCGCACCTGAAGAAGATCGGCATGCTGGTCCTGCCGCGCATTAACTTCCACGATGCCGGAGCa > 1:229805/1‑69 (MQ=255) cAGCTACCGCACCTGAAGAAGATCGGCATGCTGGTCCTGCCGCGCATTAACTTCCACGATGCCGGAGCa > 1:1133267/1‑69 (MQ=255) cAGCTACCGCACCTGAAGAAGATCGGCATGCTGGTCCTGCCGCGCATTAACTTCCACGATGCCGGAGCa > 1:2045926/1‑69 (MQ=255) cAGCTACCGCACCTGAAGAAGATCGGCATGCTGGTCCTGCCGCGCATTAACTTCCACGATGCCGGAGCa > 1:1111927/1‑69 (MQ=255) cAGCTACCGCACCTGAAGAAGATCGGCATGCTGGTCCTGCCGCGCATTAACTTCCACGATGCCGGAGCa > 1:3335340/1‑69 (MQ=255) cAGCTACCGCACCTGAAGAAGATCGGCATGCTGGTCCTGCCGCGCATTAACTTCCACGATGCCGGAGCa > 1:1609355/1‑69 (MQ=255) cAGCTACCGCACCTGAAGAAGATCGGCATGCTGGTCCTGCCGCGCATTAACTTCCACGATGCCGGAGCa > 1:89494/1‑69 (MQ=255) cAGCTACCGCACCTGAAGAAGATCGGCATGCTGGTCCTGCCGCGCATTAACTTCCACGATGCCGGAGCa > 1:939048/1‑69 (MQ=255) cAGCTACCGCACCTGAAGAAGATCGGCATGCTGGTCCTGCCGCGCATTAACTTCCACGATGCCGGAGCa > 1:948896/1‑69 (MQ=255) cAGCTACCGCACCTGAAGAAGATCGGCATGCTGGTCCTGCCGCGCATTAACTTCCACGATGCCGGAGCa > 1:3179112/1‑69 (MQ=255) aCCGCACCTGAAGAAGATCGGCATGCTGGTCCTGCCGCGCATTAACTTc > 1:1445595/1‑49 (MQ=255) aCCGCACCTGAAGAAGATCGGCATGCTGGTCCTGCCGCGCATTAACTTc > 1:2161743/1‑49 (MQ=255) | GGCGCTGGCGTGGGCTGTTACGGTCGGCGGCGTCCTGCAGCTGGTGTATCAGCTACCGCACCTGAAGAAGATCGGCATGCTGGTCCTGCCGCGCATTAACTTCCACGATGCCGGAGCA > minE/719227‑719344 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |