| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 719,312 | C→T | 43.5% | L216L (CTG→TTG) | mviN → | predicted inner membrane protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 719,312 | 0 | C | T | 43.5% | 15.8 / 45.6 | 62 | L216L (CTG→TTG) | mviN | predicted inner membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (22/13); new base T (16/11); total (38/24) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.98e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.99e-01 | |||||||||||
GGCGTCCTGCAGCTGGTGTATCAGCTACCGCACCTGAAGAAGATCGGCATGCTGGTCCTGCCGCGCATTAACTTCCACGATGCCGGAGCAATGCGCGTGGTGAAACAGATGGGACCGGCGATCC > minE/719255‑719378 | ggcaTCCTGCAGCTGGTGTATCAGCTACCTCATCTGAAGAAGATCGGCATGCTGGTTTTGCCACGCAtt < 1:1007321/69‑1 (MQ=255)ggcaTCCTGCAGCTGGTGTATCAGCTACCTCATCTGAAGAAGATCGGCATGCTGGTTTTGCCACGCAtt < 1:2497761/69‑1 (MQ=255)ggcaTCCTGCAGCTGGTGTATCAGCTACCTCATCTGAAGAAGATCGGCATGCTGGTTTTGCCACGCAtt < 1:1809062/69‑1 (MQ=255)ggcaTCCTGCAGCTGGTGTATCAGCTACCTCATCTGAAGAAGATCGGCATGCTGGTTTTGCCACGCAtt < 1:1662171/69‑1 (MQ=255)ggcaTCCTGCAGCTGGTGTATCAGCTACCTCATCTGAAGAAGATCGGCATGCTGGTTTTGCCACGCAtt < 1:305441/69‑1 (MQ=255)ggcaTCCTGCAGCTGGTGTATCAGCTACCTCATCTGAAGAAGATCGGCATGCTGGTTTTGCCACGCAtt < 1:3058580/69‑1 (MQ=255)ggcaTCCTGCAGCTGGTGTATCAGCTACCTCATCTGAAGAAGATCGGCATGCTGGTTTTGCCACGCAtt < 1:519117/69‑1 (MQ=255)ggcaTCCTGCAGCTGGTGTATCAGCTACCTCATCTGAAGAAGATCGGCATGCTGGTTTTGCCACGCAtt < 1:1215704/69‑1 (MQ=255) gcatCCTGCAGCTGGTGTATCAGCTACCTCATCTGAAGAAGATCGGCATGCTGGTTTTGCCACGCAtt < 1:1179744/65‑1 (MQ=255) gcatCCTGCAGCTGGTGTATCAGCTACCTCATCTGAAGAAGATCGGCATGCTGGTTTTGCCACGCAtt < 1:180919/65‑1 (MQ=255) gcatCCTGCAGCTGGTGTATCAGCTACCTCATCTGAAGAAGATCGGCATGCTGGTTTTGCCACGCAtt < 1:1664387/65‑1 (MQ=255) tGCAGCTGGTGTATCAGCTACCTCATCTGAAGAAGATCGGCATGCTGGTTTTGCCACGCATTAACTTcc > 1:676065/1‑69 (MQ=255) tGCAGCTGGTGTATCAGCTACCTCATCTGAAGAAGATCGGCATGCTGGTTTTGCCACGCATTAACTTcc > 1:2451184/1‑69 (MQ=255) tGCAGCTGGTGTATCAGCTACCTCATCTGAAGAAGATCGGCATGCTGGTTTTGCCACGCATTAACTTcc > 1:977630/1‑69 (MQ=255) tGCAGCTGGTGTATCAGCTACCTCATCTGAAGAAGATCGGCATGCTGGTTTTGCCACGCATTAACTTcc > 1:2527898/1‑69 (MQ=255) tGCAGCTGGTGTATCAGCTACCTCATCTGAAGAAGATCGGCATGCTGGTTTTGCCACGCATTAACTTcc > 1:2840630/1‑69 (MQ=255) tGCAGCTGGTGTATCAGCTACCTCATCTGAAGAAGATCGGCATGCTGGTTTTGCCACGCATTAACTTcc > 1:744967/1‑69 (MQ=255) tGCAGCTGGTGTATCAGCTACCTCATCTGAAGAAGATCGGCATGCTGGTTTTGCCACGCATTAACTTcc > 1:2878638/1‑69 (MQ=255) tGCAGCTGGTGTATCAGCTACCTCATCTGAAGAAGATCGGCATGCTGGTTTTGCCACGCATTAACTTcc > 1:2930962/1‑69 (MQ=255) tGCAGCTGGTGTATCAGCTACCTCATCTGAAGAAGATCGGCATGCTGGTTTTGCCACGCATTAACTTcc > 1:3266404/1‑69 (MQ=255) tGCAGCTGGTGTATCAGCTACCTCATCTGAAGAAGATCGGCATGCTGGTTTTGCCACGCATTAACTTcc > 1:3271658/1‑69 (MQ=255) tGCAGCTGGTGTATCAGCTACCTCATCTGAAGAAGATCGGCATGCTGGTTTTGCCACGCATTAACTTcc > 1:3336319/1‑69 (MQ=255) tGCAGCTGGTGTATCAGCTACCTCATCTGAAGAAGATCGGCATGCTGGTTTTGCCACGCATTAACTTcc > 1:3341224/1‑69 (MQ=255) tGCAGCTGGTGTATCAGCTACCTCATCTGAAGAAGATCGGCATGCTGGTTTTGCCACGCATTAACTTcc > 1:1284906/1‑69 (MQ=255) tGCAGCTGGTGTATCAGCTACCTCATCTGAAGAAGATCGGCATGCTGGTTTTGCCACGCATTAACTTcc > 1:1339772/1‑69 (MQ=255) tGCAGCTGGTGTATCAGCTACCTCATCTGAAGAAGATCGGCATGCTGGTTTTGCCACGCATTAACTTcc > 1:1437206/1‑69 (MQ=255) tGCAGCTGGTGTATCAGCTACCTCATCTGAAGAAGATCGGCATGCTGGTTTTGCCACGCATTAACTTcc > 1:1078713/1‑69 (MQ=255) tCAGCTACCGCACCTGAAGAAGATCGGCATGCTGGTCCTGCCGCGCATTAACTTCCACGATGCCGGGGc > 1:3311242/1‑69 (MQ=255) tCAGCTACCGCACCTGAAGAAGATCGGCATGCTGGTCCTGCCGCGCATTAACTTCCACGATGCCGGAGc < 1:1001672/69‑1 (MQ=255) tCAGCTACCGCACCTGAAGAAGATCGGCATGCTGGTCCTGCCGCGCATTAACTTCCACGATGCCGGAGc > 1:423474/1‑69 (MQ=255) tCAGCTACCGCACCTGAAGAAGATCGGCATGCTGGTCCTGCCGCGCATTAACTTCCACGATGCCGGAGc > 1:3189214/1‑69 (MQ=255) tCAGCTACCGCACCTGAAGAAGATCGGCATGCTGGTCCTGCCGCGCATTAACTTCCACGATGCCGGAGc > 1:2989108/1‑69 (MQ=255) cAGCTACCGCACCTGAAGAAGATCGGCATGCTGGTCCTGCCGCGCATTAACTTCCACGATGCCGGa > 1:779448/1‑66 (MQ=255) cAGCTACCGCACCTGAAGAAGATCGGCATGCTGGTCCTGCCGCGCATTAACTTCCACGATGCCGGAGc > 1:530596/1‑68 (MQ=255) cAGCTACCGCACCTGAAGAAGATCGGCATGCTGGTCCTGCCGCGCATTAACTTCCACGATGCCGGAGCa > 1:2045926/1‑69 (MQ=255) cAGCTACCGCACCTGAAGAAGATCGGCATGCTGGTCCTGCCGCGCATTAACTTCCACGATGCCGGAGCa > 1:229805/1‑69 (MQ=255) cAGCTACCGCACCTGAAGAAGATCGGCATGCTGGTCCTGCCGCGCATTAACTTCCACGATGCCGGAGCa > 1:948896/1‑69 (MQ=255) cAGCTACCGCACCTGAAGAAGATCGGCATGCTGGTCCTGCCGCGCATTAACTTCCACGATGCCGGAGCa > 1:3335340/1‑69 (MQ=255) cAGCTACCGCACCTGAAGAAGATCGGCATGCTGGTCCTGCCGCGCATTAACTTCCACGATGCCGGAGCa > 1:1133267/1‑69 (MQ=255) cAGCTACCGCACCTGAAGAAGATCGGCATGCTGGTCCTGCCGCGCATTAACTTCCACGATGCCGGAGCa > 1:939048/1‑69 (MQ=255) cAGCTACCGCACCTGAAGAAGATCGGCATGCTGGTCCTGCCGCGCATTAACTTCCACGATGCCGGAGCa > 1:2138271/1‑69 (MQ=255) cAGCTACCGCACCTGAAGAAGATCGGCATGCTGGTCCTGCCGCGCATTAACTTCCACGATGCCGGAGCa > 1:3179112/1‑69 (MQ=255) cAGCTACCGCACCTGAAGAAGATCGGCATGCTGGTCCTGCCGCGCATTAACTTCCACGATGCCGGAGCa > 1:1111927/1‑69 (MQ=255) cAGCTACCGCACCTGAAGAAGATCGGCATGCTGGTCCTGCCGCGCATTAACTTCCACGATGCCGGAGCa > 1:2553812/1‑69 (MQ=255) cAGCTACCGCACCTGAAGAAGATCGGCATGCTGGTCCTGCCGCGCATTAACTTCCACGATGCCGGAGCa > 1:1609355/1‑69 (MQ=255) cAGCTACCGCACCTGAAGAAGATCGGCATGCTGGTCCTGCCGCGCATTAACTTCCACGATGCCGGAGCa > 1:89494/1‑69 (MQ=255) aCCGCACCTGAAGAAGATCGGCATGCTGGTCCTGCCGCGCATTAACTTc > 1:1445595/1‑49 (MQ=255) aCCGCACCTGAAGAAGATCGGCATGCTGGTCCTGCCGCGCATTAACTTc > 1:2161743/1‑49 (MQ=255) tGAAGAAGATCGGCATGCTGGTCCTGCCGCGCATTAACTTCCATGATGCCGGAGc < 1:2801505/55‑1 (MQ=255) tGAAGAAGATCGGCATGCTGGTCCTGCCGCGCATTAACTTCCACGATGCCGGAGc < 1:791797/55‑1 (MQ=255) tGAAGAAGATCGGCATGCTGGTCCTGCCGCGCATTAACTTCCACGATGCCGGAGc < 1:2204263/55‑1 (MQ=255) tGAAGAAGATCGGCATGCTGGTCCTGCCGCGCATTAACTTCCACGATGCCGGAGc < 1:334645/55‑1 (MQ=255) tGAAGAAGATCGGCATGCTGGTCCTGCCGCGCATTAACTTCCACGATGCCGGAGc < 1:3172925/55‑1 (MQ=255) tGAAGAAGATCGGCATGCTGGTCCTGCCGCGCATTAACTTCCACGATGCCGGAGc < 1:1444867/55‑1 (MQ=255) tGAAGAAGATCGGCATGCTGGTCCTGCCGCGCATTAACTTCCACGATGCCGGAGc < 1:1705785/55‑1 (MQ=255) tGAAGAAGATCGGCATGCTGGTCCTGCCGCGCATTAACTTCCACGATGCCGGAGc < 1:2802416/55‑1 (MQ=255) tGAAGAAGATCGGCATGCTGGTCCTGCCGCGCATTAACTTCCACGATGCCGGAGc < 1:2157990/55‑1 (MQ=255) tGAAGAAGATCGGCATGCTGGTCCTGCCGCGCATTAACTTCCACGATGCCGGAGCAATGCGCGTGGTGa < 1:1423096/69‑1 (MQ=255) gaagaaGATCGGCATGCTGGTCCTGCCGCGCATTAACTTCCACGATGCCGGAGc < 1:2175895/54‑1 (MQ=255) gaagaTCGGCATGCTGGTCCTGCCGCGCATTAACTTCCACGATGCCGGAGCAATGCGCGTGGTGAAACa < 1:3146665/69‑1 (MQ=255) atGGTCCTGCCGCGCATTAACTTCCACGATGCCGGAGCaa > 1:3205655/2‑40 (MQ=255) tCCTGCCGCGCATTAACTTCCACGATGCCGGAGCAATGCGCGTGGTGAAACAGATGGGACCGGCGATcc > 1:811962/1‑69 (MQ=255) ccTGCCGCGCATTAACTTCCACGATGCCGGAGCAATGCGCGTGGTGAAACAGATGGGACCGGCGATc < 1:2435672/67‑1 (MQ=255) | GGCGTCCTGCAGCTGGTGTATCAGCTACCGCACCTGAAGAAGATCGGCATGCTGGTCCTGCCGCGCATTAACTTCCACGATGCCGGAGCAATGCGCGTGGTGAAACAGATGGGACCGGCGATCC > minE/719255‑719378 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |