| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 728,565 | T→C | 31.8% | S184S (AGT→AGC) | fabH → | 3‑oxoacyl‑[acyl‑carrier‑protein] synthase III |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 728,565 | 0 | T | C | 31.8% | 35.8 / 21.6 | 47 | S184S (AGT→AGC) | fabH | 3‑oxoacyl‑[acyl‑carrier‑protein] synthase III |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (25/7); new base C (5/10); total (30/17) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.67e-03 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GGCGCTGCGGTGCTGGCTGCCTCTGAAGAGCCGGGAATCATTTCCACCCATCTGCATGCCGACGGTAGTTATGGTGAATTGCTGACGCTGCCAAACGCCGACCGCGTGAATCCAGAGAATTCAATTC > minE/728497‑728623 | ggCGCTGCGGTGCTGGCTGCCTCTGAAGAGCCGGGAATCATTTCCACCCATCTGCATGCCGACGGTAGt < 1:1845060/69‑1 (MQ=255)ggCGCTGCGGTGCTGGCTGCCTCTGAAGAGCCGGGAATCATTTCCACCCATCTGCATGCCGACGGTAGt > 1:1947116/1‑69 (MQ=255)ggCGCTGCGGTGCTGGCTGCCTCTGAAGAGCCGGGAATCATTTCCACCCATCTGCATGCCGACGGTAGt < 1:854847/69‑1 (MQ=255)ggCGCTGCGGTGCTGGCTGCCTCTGAAGAGCCGGGAATCATTTCCACCCATCTGCATGCCGACGGTAGt > 1:719249/1‑69 (MQ=255)ggCGCTGCGGTGCTGGCTGCCTCTGAAGAGCCGGGAATCATTTCCACCCATCTGCATGCCGACGGTAGt > 1:2782660/1‑69 (MQ=255)ggCGCTGCGGTGCTGGCTGCCTCTGAAGAGCCGGGAATCATTTCCACCCATCTGCATGCCGACGGTAGt > 1:1358730/1‑69 (MQ=255)ggCGCTGCGGTGCTGGCTGCCTCTGAAGAGCCGGGAATCATTTCCACCCATCTGCATGCCGACGGTAGt > 1:3074882/1‑69 (MQ=255)ggCGCTGCGGTGCTGGCTGCCTCTGAAGAGCCGGGAATCATTTCCACCCATCTGCATGCCGACGGTAGt > 1:3237160/1‑69 (MQ=255)ggCGCTGCGGTGCTGGCTGCCTCTGAAGAGCCGGGAATCATTTCCACCCATCTGCATGCCGACGGTAGt > 1:409819/1‑69 (MQ=255) gTGCTGGCTGCCTCTGAAGAGCCGGGAATCATCTCCACCCATCTGCATGCCGACGGTAGCTATGGTGa < 1:972348/68‑1 (MQ=255) gTGCTGGCTGCCTCTGAAGAGCCGGGAATCATCTCCACCCATCTGCATGCCGACGGTAGCTATGGTGa < 1:2464329/68‑1 (MQ=255) gTGCTGGCTGCCTCTGAAGAGCCGGGAATCATCTCCACCCATCTGCATGCCGACGGTAGCTATGGTGa < 1:3037171/68‑1 (MQ=255) gTGCTGGCTGCCTCTGAAGAGCCGGGAATCATCTCCACCCATCTGCATGCCGACGGTAGCTATGGTGa < 1:1395079/68‑1 (MQ=255) gTGCTGGCTGCCTCTGAAGAGCCGGGAATCATCTCCACCCATCTGCATGCCGACGGTAGCTATGGTGa < 1:636226/68‑1 (MQ=255) gTGCTGGCTGCCTCTGAAGAGCCGGGAATCATCTCCACCCATCTGCATGCCGACGGTAGCTATGGTGa < 1:681261/68‑1 (MQ=255) gTGCTGGCTGCCTCTGAAGAGCCGGGAATCATCTCCACCCATCTGCATGCCGACGGTAGCTATGGTGa < 1:69192/68‑1 (MQ=255) gTGCTGGCTGCCTCTGAAGAGCCGGGAATCATCTCCACCCATCTGCATGCCGACGGTAGCTATGGTGa < 1:831251/68‑1 (MQ=255) gTGCTGGCTGCCTCTGAAGAGCCGGGAATCATCTCCACCCATCTGCATGCCGACGGTAGCTATGGTGa < 1:1083011/68‑1 (MQ=255) gctggctgCCTCTGAAGAGCCGGGAATCATTTCCACCCATCTGCATGCCGACGGTAGTTATGGTg < 1:106420/65‑1 (MQ=255) gctggctgCCTCTGAAGAGCCGGGAATCATTTCCACCCATCTGCATGCCGACGGTAGTTATGGTg < 1:1937794/65‑1 (MQ=255) gctggctgCCTCTGAAGAGCCGGGAATCATTTCCACCCATCTGCATGCCGACGGTAGTTATGGTg < 1:1933741/65‑1 (MQ=255) gAAGAGCCGGGAATCATTTCCACCCATCTGCATGCCGACGGTAGTTATGGTGAATTGCt > 1:2958788/1‑59 (MQ=255) gAAGAGCCGGGAATCATTTCCACCCATCTGCATGCCGACGGTAGTTATGGTGAATTGCt > 1:423717/1‑59 (MQ=255) gAAGAGCCGGGAATCATTTCCACCCATCTGCATGCCGACGGTAGTTATGGTGAATTGCt > 1:2668413/1‑59 (MQ=255) gAAGAGCCGGGAATCATTTCCACCCATCTGCATGCCGACGGTAGTTATGGTGAATTGCt > 1:1687263/1‑59 (MQ=255) gCCGGGAATCATTTCCACCCATCTGCATGCCGACGGTAGTTATGGTGAATTGCTGACGCTGCCAAACg > 1:2931415/1‑68 (MQ=255) atcatcTCCACCCATCTGCATGCCGACGGTAGCTATGGTGa < 1:9380/41‑1 (MQ=255) aTCATTTCCACCCATCTGCATGCCGACGGTAGTTATGGTGAATTGCTGACGCTGCCAAACGCCGACcgc > 1:1601462/1‑69 (MQ=255) aTCATTTCCACCCATCTGCATGCCGACGGTAGTTATGGTGAATTGCTGACGCTGCCAAACGCCGACcgc > 1:201752/1‑69 (MQ=255) aTCATTTCCACCCATCTGCATGCCGACGGTAGTTATGGTGAATTGCTGACGCTGCCAAACGCCGACcgc > 1:1708350/1‑69 (MQ=255) aTCATTTCCACCCATCTGCATGCCGACGGTAGTTATGGTGAATTGCTGACGCTGCCAAACGCCGACcgc > 1:1022597/1‑69 (MQ=255) atctCCACCCATCTGCATGCCGACGGTAGCTATGGTGAATTGCTGACGCTGCCTAATGCTGACCGtgtg > 1:61721/4‑69 (MQ=255) atctCCACCCATCTGCATGCCGACGGTAGCTATGGTGAATTGCTGACGCTGCCTAATGCTGACCGtgtg > 1:1278145/4‑69 (MQ=255) atctCCACCCATCTGCATGCCGACGGTAGCTATGGTGAATTGCTGACGCTGCCTAATGCTGACCGtgtg > 1:2914189/4‑69 (MQ=255) atctCCACCCATCTGCATGCCGACGGTAGCTATGGTGAATTGCTGACGCTGCCTAATGCTGACCGtgtg > 1:1847532/4‑69 (MQ=255) atctCCACCCATCTGCATGCCGACGGTAGCTATGGTGAATTGCTGACGCTGCCTAATGCTGACCGtgtg > 1:143009/4‑69 (MQ=255) tCCACCCATCTGCATGCCGACGGTAGTTATGGTGAATTGCTGACGCTGCCAAACGCCGACCGCGTGaa > 1:536474/1‑68 (MQ=255) tCCACCCATCTGCATGCCGACGGTAGTTATGGTGAATTGCTGACGCTGCCAAACGCCGACCGCGTGaa > 1:1893345/1‑68 (MQ=255) tCCACCCATCTGCATGCCGACGGTAGTTATGGTGAATTGCTGACGCTGCCAAACGCCGACCGCGTGaa > 1:1908513/1‑68 (MQ=255) tGCATGCCGACGGTAGTTATGGTGAATTGCTGACGCTGCCAAACGCCGACCGCGTGAATCCag > 1:1550161/1‑63 (MQ=255) tGCATGCCGACGGTAGTTATGGTGAATTGCTGACGCTGCCAAACGCCGACCGCGTGAATCCag > 1:2212840/1‑63 (MQ=255) tGCATGCCGACGGTAGTTATGGTGAATTGCTGACGCTGCCAAACGCCGACCGCGTGAATCCag > 1:671546/1‑63 (MQ=255) tGCATGCCGACGGTAGTTATGGTGAATTGCTGACGCTGCCAAACGCCGACCGCGTGAATCCag > 1:271910/1‑63 (MQ=255) tGCATGCCGACGGTAGTTATGGTGAATTGCTGACGCTGCCAAACGCCGACCGCGTGAATCCag > 1:1635547/1‑63 (MQ=255) tGCATGCCGACGGTAGTTATGGTGAATTGCTGACGCTGCCAAACGCCGACCGCGTGAATCCag > 1:3184523/1‑63 (MQ=255) tGCATGCCGACGGTAGTTATGGTGAATTGCTGACGCTGCCAAACGCCGACCGCGTGAATCCAGAGaat > 1:1343775/1‑68 (MQ=255) tGCATGCCGACGGTAGTTATGGTGAATTGCTGACGCTGCCAAACGCCGACCGCGTGAATCCAGAGaat > 1:835676/1‑68 (MQ=255) tGCATGACGACGGTAGTTATGGTGAATTGCTGACGCTGCCAAACGCCGACCGCGTGAATCCAGAGaat > 1:76763/1‑68 (MQ=255) ccGACGGTAGTTATTGTGAATTGCTGACGCTGCCAAACGCCGACCGCGTGAATCCAGAGaattc < 1:392473/64‑1 (MQ=255) ccGACGGTAGTTATGGTGAATTGCTGACGCTGCCAAACGCCGACCGCGTGAATCCAGAGaattcaattc > 1:1662787/1‑69 (MQ=255) ccGACGGTAGTTATGGTGAATTGCTGACGCTGCCAAACGCCGACCGCGTGAATCCAGAGaattcaattc > 1:1352956/1‑69 (MQ=255) ccGACGGTAGTTATGGTGAATTGCTGACGCTGCCAAACGCCGACCGCGTGAATCCAGAGaattcaattc > 1:1310020/1‑69 (MQ=255) ccGACGGTAGTTATGGTGAATTGCTGACGCTGCCAAACGCCGACCGCGTGAATCCAGAGaattcaattc > 1:232535/1‑69 (MQ=255) ccGACGGTAGTTATGGTGAATTGCTGACGCTGCCAAACGCCGACCGCGTGAATCCAGAGaattc < 1:2395893/64‑1 (MQ=255) ccGACGGTAGTTATGGTGAATTGCTGACGCTGCCAAACGCCGACCGCGTGAATCCAGAGaattc < 1:1365482/64‑1 (MQ=255) ccGACGGTAGTTATGGTGAATTGCTGACGCTGCCAAACGCCGACCGCGTGAATCCAGAGaattc < 1:1321103/64‑1 (MQ=255) | GGCGCTGCGGTGCTGGCTGCCTCTGAAGAGCCGGGAATCATTTCCACCCATCTGCATGCCGACGGTAGTTATGGTGAATTGCTGACGCTGCCAAACGCCGACCGCGTGAATCCAGAGAATTCAATTC > minE/728497‑728623 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |