| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 728,790 | T→C | 29.0% | G259G (GGT→GGC) | fabH → | 3‑oxoacyl‑[acyl‑carrier‑protein] synthase III |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 728,790 | 0 | T | C | 29.0% | 82.8 / 38.0 | 86 | G259G (GGT→GGC) | fabH | 3‑oxoacyl‑[acyl‑carrier‑protein] synthase III |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (23/38); new base C (18/7); total (41/45) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.66e-03 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GGACTGGCTGGTTCCGCATCAGGCTAACCTGCGTATTATCAGTGCAACGGCGAAAAAACTCGGTATGTCTATGGATAATGTCGTGGTGACGCTGGATCGCCACGGTAATACCTCTGCGGCCTCT > minE/728727‑728850 | ggactggCTGGTTCCGCATCAGGCTAACCTGCGTATTATCAGTGCAACGGCGAAAAAACTCGGTATGTc < 1:2779132/69‑1 (MQ=255)ggactggCTGGTTCCGCATCAGGCTAACCTGCGTATTATCAGTGCAACGGCGAAAAAACTCGGTATGTc < 1:2941333/69‑1 (MQ=255)ggactggCTGGTTCCGCATCAGGCTAACCTGCGTATTATCAGTGCAACGGCGAAAAAACTCGGTATGTc < 1:3006689/69‑1 (MQ=255) tggTTCCGCATCAGGCTAACCTGCGTATTATCAGTGCAACGGCGAAAAAACTCGGTATGTCTATGGAt < 1:307038/68‑1 (MQ=255) tggTTCCGCATCAGGCTAACCTGCGTATTATCAGTGCAACGGCGAAAAAACTCGGTATGTCTATGGAt < 1:3133094/68‑1 (MQ=255) tggTTCCGCATCAGGCTAACCTGCGTATTATCAGTGCAACGGCGAAAAAACTCGGTATGTCTATGGAt < 1:2730181/68‑1 (MQ=255) cATCAGGCTAACCTGCGTATTATCAGTGCAACGGCGAAAAAACTCGGTATGTCTATGGATAATGTCgt < 1:65188/68‑1 (MQ=255) aaCCTGCGTATTATCAGTGCAACGGCGAAAAAACTCGGTATGTCTATGGATa > 1:133811/1‑52 (MQ=255) aaCCTGCGTATTATCAGTGCAACGGCGAAAAAACTCGGTATGTCTATGGATAATGTCgtggtgcc > 1:1290415/1‑63 (MQ=255) aaCCTGCGTATTATCAGTGCAACGGCGAAAAAACTCGGTATGTCTATGGATAATGTCGTTGTGAc > 1:1219238/1‑65 (MQ=255) aaCCTGCGTATTATCAGTGCAACGGCGAAAAAACTCGGTATGTCTATGGATAATGTCGTGGTGAc > 1:321110/1‑65 (MQ=255) aaCCTGCGTATTATCAGTGCAACGGCGAAAAAACTCGGTATGTCTATGGATAATGTCGTGGTGAc > 1:300978/1‑65 (MQ=255) aaCCTGCGTATTATCAGTGCAACGGCGAAAAAACTCGGTATGTCTATGGATAATGTCGTGGTGAc > 1:3097888/1‑65 (MQ=255) aaCCTGCGTATTATCAGTGCAACGGCGAAAAAACTCGGTATGTCTATGGATAATGTCGTGGTGAc > 1:950128/1‑65 (MQ=255) aaCCTGCGTATTATCAGTGCAACGGCGAAAAAACTCGGTATGTCTATGGATAATGTCGTGGTGAc > 1:902677/1‑65 (MQ=255) aaCCTGCGTATTATCAGTGCAACGGCGAAAAAACTCGGTATGTCTATGGATAATGTCGTGGTGAc > 1:3075857/1‑65 (MQ=255) aaCCTGCGTATTATCAGTGCAACGGCGAAAAAACTCGGTATGTCTATGGATAATGTCGTGGTGAc > 1:1921928/1‑65 (MQ=255) cTGCGTATTATCAGTGCAACGGCGAAAAAACTCGGTATGTCTATGGATAATGTCTTGGTGACGCTgg < 1:1893595/67‑1 (MQ=255) cTGCGTATTATCAGTGCAACGGCGAAAAAACTCGGTATGTCTATGGATAATGTCGTGGTGACGCTgg < 1:466880/67‑1 (MQ=255) cTGCGTATTATCAGTGCAACGGCGAAAAAACTCGGTATGTCTATGGATAATGTCGTGGTGACGCTgg < 1:3082325/67‑1 (MQ=255) cTGCGTATTATCAGTGCAACGGCGAAAAAACTCGGTATGTCTATGGATAATGTCGTGGTGACGCTgg < 1:3086387/67‑1 (MQ=255) cTGCGTATTATCAGTGCAACGGCGAAAAAACTCGGTATGTCTATGGATAATGTCGTGGTGACGCTgg < 1:1435035/67‑1 (MQ=255) cTGCGTATTATCAGTGCAACGGCGAAAAAACTCGGTATGTCTATGGATAATGTCGTGGTGACGCTgg < 1:3302519/67‑1 (MQ=255) cTGCGTATTATCAGTGCAACGGCGAAAAAACTCGGTATGTCTATGGATAATGTCGTGGTGACGCTgg < 1:2931840/67‑1 (MQ=255) cTGCGTATTATCAGTGCAACGGCGAAAAAACTCGGTATGTCTATGGATAATGTCGTGGTGACGCTgg < 1:1053448/67‑1 (MQ=255) cTGCGTATTATCAGTGCAACGGCGAAAAAACTCGGTATGTCTATGGATAATGTCGTGGTGACGCTgg < 1:2768262/67‑1 (MQ=255) cTGCGTATTATCAGTGCAACGGCGAAAAAACTCGGTATGTCTATGGATAATGTCGTGGTGACGCTgg < 1:1240042/67‑1 (MQ=255) cTGCGTATTATCAGTGCAACGGCGAAAAAACTCGGTATGTCTATGGATAATGTCGTGGTGACGCTgg < 1:1154931/67‑1 (MQ=255) cTGCGTATTATCAGTGCAACGGCGAAAAAACTCGGTATGTCTATGGATAATGTCGTGGTGACGCTgg < 1:902953/67‑1 (MQ=255) cTGCGTATTATCAGTGCAACGGCGAAAAAACTCGGTATGTCTATGGATAATGTCGTGGTGACGCTgg < 1:1060854/67‑1 (MQ=255) tGCGTATTATCAGTGCAACGGCGAAAAAACTCGGTATGTCTATGGATAATGTCGTGGTGCCGCTGGATc > 1:2299305/1‑69 (MQ=255) tGCGTATTATCAGTGCAACGGCGAAAAAACTCGGTATGTCTATGGATAATGTCGTGGTGACGCTGGATc > 1:451776/1‑69 (MQ=255) tGCGTATTATCAGTGCAACGGCGAAAAAACTCGGTATGTCTATGGATAATGTCGTGGTGACGCTGGATc > 1:3433075/1‑69 (MQ=255) tGCGTATTATCAGTGCAACGGCGAAAAAACTCGGTATGTCTATGGATAATGTCGTGGTGACGCTGGATc > 1:3252856/1‑69 (MQ=255) tGCGTATTATCAGTGCAACGGCGAAAAAACTCGGTATGTCTATGGATAATGTCGTGGTGACGCTGGATc > 1:1281828/1‑69 (MQ=255) tGCGTATTATCAGTGCAACGGCGAAAAAACTCGGTATGTCTATGGATAATGTCGTGGTGACGCTGGATc > 1:1361382/1‑69 (MQ=255) tGCGTATTATCAGTGCAACGGCGAAAAAACTCGGTATGTCTATGGATAATGTCGTGGTGACGCTGGATc > 1:920628/1‑69 (MQ=255) tGCGTATTATCAGTGCAACGGCGAAAAAACTCGGTATGTCTATGGATAATGTCGTGGTGACGCTGGATc > 1:16297/1‑69 (MQ=255) tGCGTATTATCAGTGCAACGGCGAAAAAACTCGGTATGTCTATGGATAATGTCGTGGTGACGCTGGATc > 1:2291995/1‑69 (MQ=255) tGCGTATTATCAGTGCAACGGCGAAAAAACTCGGTATGTCTATGGATAATGTCGTGGTGACGCTGGATc > 1:2511058/1‑69 (MQ=255) gCGTATTATCAGTGCAACGGCGAAAAATCTCGGCATGTCGATGGACAATGTCGTGGTGAGGCTGGATc > 1:846608/1‑68 (MQ=255) gCGTATTATCAGTGCAACGGCGAAAAAACTCGGCATGTCGATGGACAATGTCgtg > 1:1628762/1‑55 (MQ=255) gCGTATTATCAGTGCAACGGCGAAAAAACTCGGCATGTCGATGGACAATGTCGTGGTGACGCTGGATc > 1:2228802/1‑68 (MQ=255) gCGTATTATCAGTGCAACGGCGAAAAAACTCGGCATGTCGATGGACAATGTCGTGGTGACGCTGGATc > 1:3396259/1‑68 (MQ=255) gCGTATTATCAGTGCAACGGCGAAAAAACTCGGCATGTCGATGGACAATGTCGTGGTGACGCTGGATc > 1:493273/1‑68 (MQ=255) gCGTATTATCAGTGCAACGGCGAAAAAACTCGGCATGTCGATGGACAATGTCGTGGTGACGCTGGATc > 1:154826/1‑68 (MQ=255) gCGTATTATCAGTGCAACGGCGAAAAAACTCGGCATGTCGATGGACAATGTCGTGGTGACGCTGGATc > 1:607447/1‑68 (MQ=255) gCGTATTATCAGTGCAACGGCGAAAAAACTCGGCATGTCGATGGACAATGTCGTGGTGACGCTGGATc > 1:1949864/1‑68 (MQ=255) gCGTATTATCAGTGCAACGGCGAAAAAACTCGGCATGTCGATGGACAATGTCGTGGTGACGCTGGATc > 1:2170620/1‑68 (MQ=255) gCGTATTATCAGTGCAACGGCGAAAAAACTCGGCATGTCGATGGACAATGTCGTGGTGACGCTGGATc > 1:2255778/1‑68 (MQ=255) gCGTATTATCAGTGCAACGGCGAAAAAACTCGGCATGTCGATGGACAATGTCGTGGTGACGCTGGATc > 1:2986424/1‑68 (MQ=255) gCGTATTATCAGTGCAACGGCGAAAAAACTCGGCATGTCGATGGACAATGTCGTGGTGACGCTGGATc > 1:2343562/1‑68 (MQ=255) gCGTATTATCAGTGCAACGGCGAAAAAACTCGGCATGTCGATGGACAATGTCGTGGTGACGCTGGATc > 1:239314/1‑68 (MQ=255) gCGTATTATCAGTGCAACGGCGAAAAAACTCGGCATGTCGATGGACAATGTCGTGGTGACGCTGGATc > 1:2457599/1‑68 (MQ=255) gCGTATTATCAGTGCAACGGCGAAAAAACTCGGCATGTCGATGGACAATGTCGTGGTGACGCTGGATc > 1:2702093/1‑68 (MQ=255) gCGTATTATCAGTGCAACGGCGAAAAAACTCGGCATGTCGATGGACAATGTCGTGGTGACGCTGGATc > 1:2497571/1‑68 (MQ=255) gCGTATTATCAGTGCAACGGCGAAAAAACTCGGCATGTCGATGGACAATGTCGTGGTGACGCTGGATc > 1:403235/1‑68 (MQ=255) gCGTATTATCAGAGCAACGGCGAAAAAACTCGGCATGTCGATGGACAATGTCGTGGTGACGCTGGATc > 1:2267327/1‑68 (MQ=255) tattatCAGTGCAACGGCGAAAAAACTCGGTATGTCTATGGATAATGTCGTGGTGACGCTGGATCGc < 1:739628/67‑1 (MQ=255) tattatCAGTGCAACGGCGAAAAAACTCGGTATGTCTATGGATAATGTCGTGGTGACGCTGGATCGc < 1:1276582/67‑1 (MQ=255) ttatCAGTGCAACGGCGAAAAAACTCGGTATGTCTATGGATAATGTCGTGGTGACGCTGGATCGCCAc > 1:497202/1‑68 (MQ=255) ttatCAGTGCAACGGCGAAAAAACTCGGTATGTCTATGGATAATGTCGTGGTGACGCTGGATCGCCAc > 1:70631/1‑68 (MQ=255) atCAGTGCAACGGCGAAAAAACTCGGTATGTCTATGGATAATGTCgtggt < 1:3040196/50‑1 (MQ=255) atCAGTGCAACGGCGAAAAAACTCGGTATGTCTATGGATAATGTCgtggt < 1:2570853/50‑1 (MQ=255) atCAGTGCAACGGCGAAAAAACTCGGTATGTCTATGGATAATGTCgtggt < 1:1930661/50‑1 (MQ=255) atCAGTGCAACGGCGAAAAAACTCGGTATGTCTATGGATAATGTCgtggt < 1:1724664/50‑1 (MQ=255) atCAGTGCAACGGCGAAAAAACTCGGTATGTCTATGGATAATGTCGTGGTGACGCTGGATCGCCACGGt < 1:3377613/69‑1 (MQ=255) atCAGTGCAACGGCGAAAAAACTCGGTATGTCTATGGATAATGTCGTGGTGACGCTGGATCGCCACGGt < 1:2681054/69‑1 (MQ=255) atCAGTGCAACGGCGAAAAAACTCGGTATGTCTATGGATAATGTCGTGGTGACGCTGGATCGCCACGGt < 1:244095/69‑1 (MQ=255) atCAGTGCAACGGCGAAAAAACTCGGTATGTCTATGGATAATGTCGTGATGACGCTGGATCGCCACGGt < 1:1476030/69‑1 (MQ=255) tGCAACGGCGAAAAAACTCGGTATGTCTATGGATAATGTCGTGGTGACGCTGGATCGCCACGGTAATAc < 1:996354/69‑1 (MQ=255) tGCAACGGCGAAAAAACTCGGTATGTCTATGGATAATGTCGTGGTGACGCTGGATCGCCACGGTAATAc < 1:2721878/69‑1 (MQ=255) cAACGGCGAAAAAACTCGGTATGTCTATGGATAATGTCGTGGTGACCCTGGATCGCCACGGTAATACct > 1:2720754/1‑69 (MQ=255) aaaaCTCTGTATGTCTATGGATAATGTCGTGGTGACGCTGGATCGCCACGGTAATACCTCTGCGGCctc < 1:756828/69‑1 (MQ=255) aaaaCTCGGTATGTCTATGGATAATGTCGTGGTGACGCTGGATCGCCACGGTAATACCTCTGCGGCctc < 1:453270/69‑1 (MQ=255) aaaaCTCGGTATGTCTATGGATAATGTCGTGGTGACGCTGGATCGCCACGGTAATACCTCTGCGGCctc < 1:382120/69‑1 (MQ=255) aaaaCTCGGTATGTCTATGGATAATGTCGTGGTGACGCTGGATCGCCACGGTAATACCTCTGCGGCctc < 1:807278/69‑1 (MQ=255) aaaaCTCGGTATGTCTATGGATAATGTCGTGGTGACGCTGGATCGCCACGGTAATACCTCTGCGGCctc < 1:2886679/69‑1 (MQ=255) aaaaCTCGGTATGTCTATGGATAATGTCGTGGTGACGCTGGATCGCCACGGTAATACCTCTGCGGCctc < 1:2135022/69‑1 (MQ=255) aaaCTCGGCATGTCGATGGACAATGTCGTGGTGACGCTGGATCGCCACGGTAATACCTCTGCGGCctct < 1:644860/69‑1 (MQ=255) aaaCTCGGCATGTCGATGGACAATGTCGTGGTGACGCTGGATCGCCACGGTAATACCTCTGCGGCctct < 1:725559/69‑1 (MQ=255) aaaCTCGGCATGTCGATGGACAATGTCGTGGTGACGCTGGATCGCCACGGTAATACCTCTGCGGCctct < 1:3075654/69‑1 (MQ=255) aaaCTCGGCATGTCGATGGACAATGTCGTGGTGACGCTGGATCGCCACGGTAATACCTCTGCGGCctct < 1:794852/69‑1 (MQ=255) aaaCTCGGCATGTCGATGGACAATGTCGTGGTGACGCTGGATCGCCACGGTAATACCTCTGCGGCctct < 1:235146/69‑1 (MQ=255) aaaCTCGGCATGTCGATGGACAATGTCGTGGTGACGCTGGATCGCCACGGTAATACCTCTGCGGCctct < 1:1272171/69‑1 (MQ=255) cGGCATGTCGATGGACAATGTCGTGGTGACGCTGGATCGCCACGGTAATACCTCTGCGGCctct < 1:3432524/64‑1 (MQ=255) | GGACTGGCTGGTTCCGCATCAGGCTAACCTGCGTATTATCAGTGCAACGGCGAAAAAACTCGGTATGTCTATGGATAATGTCGTGGTGACGCTGGATCGCCACGGTAATACCTCTGCGGCCTCT > minE/728727‑728850 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |