| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 749,141 | G→C | 44.2% | A163A (GCC→GCG) | ycfS ← | conserved hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 749,141 | 0 | G | C | 44.2% | 10.2 / 44.9 | 43 | A163A (GCC→GCG) | ycfS | conserved hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (17/7); new base C (12/7); total (29/14) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.45e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.55e-01 | |||||||||||
CATTGGGTTATCCAGTCCAGCCGGCACTACCGCAGGCAACTCAATTCCCTGTGCTTTATAACGGGCGCGGATGTTTGCCGTTGGCGTCCAGGTTGGGTTTGCACGTTTGTCTGAAACGGTG > minE/749078‑749198 | cATTGGGTTATCCAGTCCAGCCGGCACTACCGCAGGCAACTCAATTCCCTGTGCTTTATAACGGGcgcg < 1:734711/69‑1 (MQ=255)cATTGGGTTATCCAGTCCAGCCGGCACTACCGCAGGCAACTCAATTCCCTGTGCTTTATAACGGGcgcg < 1:2003491/69‑1 (MQ=255)cATTGGGTTATCCAGTCCAGCCGGCACTACCGCAGGCAACTCAATTCCCTGTGCTTTATAACGGGcgcg < 1:3022119/69‑1 (MQ=255) gggTTATCCAGTCCAGCCGGCACTACCGCAGGCAACTCAATTCCCTGTGCTTTATAACGGGCGCGGATg < 1:1870067/69‑1 (MQ=255) tccagCCGGCACTACCGCAGGCAACTCAATTCCCTGTGCTTTATAACGGGCGCGGATGTTTGCCGTTgg > 1:1003821/1‑69 (MQ=255) cagCCGGCACTACCGCAGGCAACTCAATTCCCTGTGCTTTATAACgg > 1:2432892/1‑47 (MQ=255) cagCCGGCACTACCGCAGGCAACTCAATTCCCTGTGCTTTATAACGGGCGCgg > 1:3099199/1‑53 (MQ=255) cagCCGGCACTACCGCAGGCAACTCAATTCCCTGTGCTTTATAACGGGCGCGGATGTTTGCCGTTGGCg > 1:159926/1‑69 (MQ=255) cagCCGGCACTACCGCAGGCAACTCAATTCCCTGTGCTTTATAACGGGCGCGGATGTTTGCCGTTGGCg > 1:3395005/1‑69 (MQ=255) cagCCGGCACTACCGCAGGCAACTCAATTCCCTGTGCTTTATAACGGGCGCGGATGTTTGCCGTTGGCg > 1:2743052/1‑69 (MQ=255) cagCCGGCACTACCGCAGGCAACTCAATTCCCTGTGCTTTATAACGGGCGCGGATGTTTGCCGTTGGCg > 1:2560773/1‑69 (MQ=255) aCTACCGCAGGCAACTCAATTCCCTGTGCTTTATAACGGGcgcg < 1:1334909/44‑1 (MQ=255) aCCGCAGGCAACTCAATTCCCTGTGCTTTATAACGGGCGCGGATGTTTGCCGTTGGCGTCCAGGTTggg > 1:1705995/1‑69 (MQ=255) ccGCAGGCAACTCAATTCCCTGTGCTTTATAACGGGCGCGGATGTTTGCCGTTGGCGTCCAGGTTGGGt > 1:3185245/1‑69 (MQ=255) gCAGGCAACTCAATTCCCTGTGCCTTATACCGCGCGCGAATGTTTGCCGTTGGCGTCCAGGTTGGGtt > 1:50647/1‑68 (MQ=37) gCAGGCAACTCAATTCCCTGTGCCTTATACCGCGCGCGAATGTTTGCCGTTGGCGTCCAGGTTGGGtt > 1:546996/1‑68 (MQ=37) gCAGGCAACTCAATTCCCTGTGCCTTATACCGCGCGCGAATGTTTGCCGTTGGCGTCCAGGTTGGGtt > 1:2565187/1‑68 (MQ=37) gCAGGCAACTCAATTCCCTGTGCCTTATACCGCGCGCGAATGTTTGCCGTTGGCGTCCAGGTTGGGtt > 1:823050/1‑68 (MQ=37) gCAGGCAACTCAATTCCCTGTGCCTTATACCGCGCGCGAATGTTTGCCGTTGGCGTCCAGGTTGGGtt > 1:1768602/1‑68 (MQ=37) gCAGGCAACTCAATTCCCTGTGCCTTATACCGCGCGCGAATGTTTGCCGTTGGCGTCCAGGTTGGGtt > 1:103321/1‑68 (MQ=37) gCAGGCAACTCAATTCCCTGTGCCTTATACCGCGCGCGAATGTTTGCCGTTGGCGTCCAGGTTGGGtt > 1:1204525/1‑68 (MQ=37) gCAGGCAACTCAATTCCCTGTGCCTTATACCGCGCGCGAATGTTTGCCGTTGGCGTCCAGGTTGGGtt > 1:2330652/1‑68 (MQ=37) gCAGGCAACTCAATTCCCTGTGCCTTATACCGCGCGCGAATGTTTGCCGTTGGCGTCCAGGTTGGGtt > 1:2030685/1‑68 (MQ=37) gCAGGCAACTCAATTCCCTGTGCCTTATACCGCGCGCGAATGTTTGCCGTTGGCGTCCAGGTTGGGtt > 1:2197876/1‑68 (MQ=37) gCAGGCAACTCAATTCCCTGTGCCTTATACCGCGCGCGAATGTTTGCCGTTGGCGTCCAGGTTGGGt > 1:328981/1‑67 (MQ=37) gCAGGCAACTCAATTCCCTGTGCCTTATACCGCGCGCGAATGTTTGCCGTTGGCGTCCAGGTTGGGt > 1:1275993/1‑67 (MQ=37) ggCAACTCAATTCCCTGTGCTTTATAACGGGCGCGGATGTTTGCCGTTGGCGTCCAGGTTGGGTTTGCa < 1:2360847/69‑1 (MQ=255) cAATTCCCTGTGCTTTATAACGGGCGCGGATGTTTGCCGTTGGCGTc > 1:439209/1‑47 (MQ=255) cAATTCCCTGTGCTTTATAACGGGCGCGGATGTTTGCCGTTGGCGTc > 1:1999972/1‑47 (MQ=255) cAATTCCCTGTGCTTTATAACGGGCGCGGATGTTTGCCGTTGGCGTc > 1:3106235/1‑47 (MQ=255) cAATTCCCTGTGCTTTATAACGGGCGCGGATGTTTGCCGTTGGCGTc < 1:2057320/47‑1 (MQ=255) cAATTCCCTGTGCTTTATAACGGGCGCGGATGTTTGCCGTTGGCGTc > 1:3337985/1‑47 (MQ=255) tCCCTGTGCTTTATAACGGGCGCGGATGTTTGCCGTTGGCGTCCAGGTTGGGTTTGCACGTTTGTCTGa > 1:552075/1‑69 (MQ=255) tCCCTGTGCTTTATAACGGGCGCGGATGTTTGCCGTTGGCGTCCAGGTTGGGTTTGCACGTTTGTCTGa > 1:2692866/1‑69 (MQ=255) tCCCTGTGCTTTATAACGGGCGCGGATGTTTGCCGTTGGCGTCCAGGTTGGGTTTGCACGTTTGTCTGa > 1:345786/1‑69 (MQ=255) tCCCTGTGCCTTATACCGCGCGCGAATGTTTGCCGTTGGCGTCCAGGTTGGGTTTGCACGCTTGTCAGa < 1:1302466/69‑1 (MQ=25) tCCCTGTGCCTTATACCGCGCGCGAATGTTTGCCGTTGGCGTCCAGGTTGGGTTTGCACGCTTGTCAGa < 1:1205985/69‑1 (MQ=25) tCCCTGTGCCTTATACCGCGCGCGAATGTTTGCCGTTGGCGTCCAGGTTGGGTTTGCACGCTTGTCAGa < 1:2942480/69‑1 (MQ=25) tCCCTGTGCCTTATACCGCGCGCGAATGTTTGCCGTTGGCGTCCAGGTTGGGTTTGCACGCTTGTCAGa < 1:2176335/69‑1 (MQ=25) tCCCTGTGCCTTATACCGCGCGCGAATGTTTGCCGTTGGCGTCCAGGTTGGGTTTGCACGCTTGTCAGa < 1:2678143/69‑1 (MQ=25) tCCCTGTGCCTTATACCGCGCGCGAATGTTTGCCGTTGGCGTCCAGGTTGGGTTTGCACGCTTGTCAGa < 1:2674091/69‑1 (MQ=25) tCCCTGTGCCTTATACCGCGCGCGAATGTTTGCCGTTGGCGTACAGGTTGGGTTTGCACGCTTGTCAGa < 1:1173620/69‑1 (MQ=25) cTTTATAACGGGCGCGGATGTTTGCCGTTGGCGTCCAGGTTGGGTTTGCACGTTTGTCTGAAACggtg > 1:3081829/1‑68 (MQ=255) cTTTATAACGGGCGCGGATGTTTGCCGTTGGCGTCCAGGTTGGGTTTGCACGTTTGTCTGAAACggtg > 1:2366282/1‑68 (MQ=255) | CATTGGGTTATCCAGTCCAGCCGGCACTACCGCAGGCAACTCAATTCCCTGTGCTTTATAACGGGCGCGGATGTTTGCCGTTGGCGTCCAGGTTGGGTTTGCACGTTTGTCTGAAACGGTG > minE/749078‑749198 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |