| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 749,189 | T→A | 33.7% | S147S (TCA→TCT) | ycfS ← | conserved hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 749,189 | 0 | T | A | 33.7% | 90.0 / 71.1 | 92 | S147S (TCA→TCT) | ycfS | conserved hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (20/41); new base A (24/7); total (44/48) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.10e-05 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.05e-01 | |||||||||||
TCCCTGTGCTTTATAACGGGCGCGGATGTTTGCCGTTGGCGTCCAGGTTGGGTTTGCACGTTTGTCTGAAACGGTGGTCACCATTGTCGGTGTCAGCGTGTCACCACCTAACTGACCAATACC > minE/749123‑749245 | tCCCTGTGCTTTATAACGGGCGCGGATGTTTGCCGTTGGCGTCCAGGTTGGGTTTGCACGTTTGTCTGa > 1:345786/1‑69 (MQ=255)tCCCTGTGCTTTATAACGGGCGCGGATGTTTGCCGTTGGCGTCCAGGTTGGGTTTGCACGTTTGTCTGa > 1:552075/1‑69 (MQ=255)tCCCTGTGCTTTATAACGGGCGCGGATGTTTGCCGTTGGCGTCCAGGTTGGGTTTGCACGTTTGTCTGa > 1:2692866/1‑69 (MQ=255)tCCCTGTGCCTTATACCGCGCGCGAATGTTTGCCGTTGGCGTCCAGGTTGGGTTTGCACGCTTGTCAGa < 1:2674091/69‑1 (MQ=25)tCCCTGTGCCTTATACCGCGCGCGAATGTTTGCCGTTGGCGTCCAGGTTGGGTTTGCACGCTTGTCAGa < 1:2176335/69‑1 (MQ=25)tCCCTGTGCCTTATACCGCGCGCGAATGTTTGCCGTTGGCGTCCAGGTTGGGTTTGCACGCTTGTCAGa < 1:2942480/69‑1 (MQ=25)tCCCTGTGCCTTATACCGCGCGCGAATGTTTGCCGTTGGCGTCCAGGTTGGGTTTGCACGCTTGTCAGa < 1:2678143/69‑1 (MQ=25)tCCCTGTGCCTTATACCGCGCGCGAATGTTTGCCGTTGGCGTCCAGGTTGGGTTTGCACGCTTGTCAGa < 1:1302466/69‑1 (MQ=25)tCCCTGTGCCTTATACCGCGCGCGAATGTTTGCCGTTGGCGTCCAGGTTGGGTTTGCACGCTTGTCAGa < 1:1205985/69‑1 (MQ=25)tCCCTGTGCCTTATACCGCGCGCGAATGTTTGCCGTTGGCGTACAGGTTGGGTTTGCACGCTTGTCAGa < 1:1173620/69‑1 (MQ=25) cTTTATAACGGGCGCGGATGTTTGCCGTTGGCGTCCAGGTTGGGTTTGCACGTTTGTCTGAAACggtg > 1:3081829/1‑68 (MQ=255) cTTTATAACGGGCGCGGATGTTTGCCGTTGGCGTCCAGGTTGGGTTTGCACGTTTGTCTGAAACggtg > 1:2366282/1‑68 (MQ=255) cgGATGTTTGCCGTTGGCGTCCAGGTTGGGTTTGCACGTTTGTCTGAAACGGTGGTCACCATTGTCGgt < 1:3185877/69‑1 (MQ=255) gATGTTTGCCGTTGGCGTCCAGGTTGGGTTTGCACGTTTGTCTGAAACGGTGGTCACCATTGTCGgt > 1:710605/1‑67 (MQ=255) gATGTTTGCCGTTGGCGTCCAGGTTGGGTTTGCACGTTTGTCTGAAACGGTGGTCACCATTGTCGgt > 1:3292180/1‑67 (MQ=255) cGTTGGCGTCCAGGTTGGGTTTGCACGTTTGTCTGAAACGGTGGTCACCATTGTCGGTGTCAGCgtgt < 1:3346449/68‑1 (MQ=255) cGTTGGCGTCCAGGTTGGGTTTGCACGTTTGTCTGAAACGGTGGTCACCATTGTCGGTGTCAGCgtgt < 1:220712/68‑1 (MQ=255) cGTTGGCGTCCAGGTTGGGTTTGCACGTTTGTCTGAAACGGTGGTCACCATTGTCGGTGTCAGCgtgt < 1:196441/68‑1 (MQ=255) cGTTGGCGTCCAGGTTGGGTTTGCACGTTTGTCTGAAACGGTGGTCACCATTGTCGGTGTCAGCgtgt < 1:3251937/68‑1 (MQ=255) cGTTGGCGTCCAGGTTGGGTTTGCACGTTTGTCTGAAACGGTGGTCACCATTGTCGGTGTCAGCgtgt < 1:996869/68‑1 (MQ=255) cGTTGGCGTCCAGGTTGGGTTTGCACGTTTGTCTGAAACGGTGGTCACCATTGTCGGTGTCAGCgtgt < 1:43/68‑1 (MQ=255) ttGGCGTCCAGGTTGGGTTTGCACGTTTGTCTGAAACGGTGGTCACCATTGTCGGTGTCAGCGTGTcac < 1:1612913/69‑1 (MQ=255) ttGGCGTCCAGGTTGGGTTTGCACGTTTGTCTGAAACGGTGGTCACCATTGTCGGTGTCAGCGTGTcac < 1:2930998/69‑1 (MQ=255) ttGGCGTCCAGGTTGGGTTTGCACGTTTGTCTGAAACGGTGGTCACCATTGTCGGTGTCAGCGTGTcac < 1:173787/69‑1 (MQ=255) ttGGCGTCCAGGTTGGGTTTGCACGTTTGTCTGAAACGGTGGTCACCATTGTCGGTGTCAGCGTGTcac < 1:2649570/69‑1 (MQ=255) gTCCAGGTTGGGTTTGCACGTTTGTCTGAAACGGTGGTCACCATTGTCGGTGTCAGCGTGTCACCACCt < 1:2857212/69‑1 (MQ=255) gTCCAGGTTGGGTTTGCACGTTTGTCTGAAACGGTGGTCACCATTGTCGGTGTCAGCGTGTCACCACCt < 1:759264/69‑1 (MQ=255) gTCCAGGTTGGGTTTGCACGTTTGTCTGAAACGGTGGTCACCATTGTCGGTGTCAGCGTGTCACCACCt < 1:2039040/69‑1 (MQ=255) gTCCAGGTTGGGTTTGCACGTTTGTCTGAAACGGTGGTCACCATTGTCGGTGTCAGCGTGTCACCACCt < 1:1444728/69‑1 (MQ=255) 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tCCAGGTTGGGTTTGCACGTTTGTCTGAAACGGTGGTCACCATTGTCGGTGTCAGCGTGTCACCACCTa < 1:1605395/69‑1 (MQ=255) tCCAGGTTGGGTTTGCACGTTTGTCTGAAACGGTGGTCACCATTGTCGGTGTCAGCGTGTCACCACCTa < 1:14252/69‑1 (MQ=255) tCCAGGTTGGGTTTGCACGTTTGTCTGAAACGGTGGTCACCATTGTCGGTGTCAGCGTGTCACCACCTa < 1:1146038/69‑1 (MQ=255) cAGGTTGGGTTTGCACGTTTGTCTGAAACGGTGGTCACCATTGTCGGTGTCAGc > 1:1048503/1‑54 (MQ=255) cAGGTTGGGTTTGCACGTTTGTCTGAAACGGTGGTCACCATTGTCGGTGTCAGCg > 1:3033925/1‑55 (MQ=255) cAGGTTGGGTTTGCACGTTTGTCTGAAACGGTGGTCACCATTGTCGGTGTCAGCg < 1:3252285/55‑1 (MQ=255) cAGGTTGGGTTTGCACGTTTGTCTGAAACGGTGGTCACCATTGTCGGTGTCAGCg > 1:2521627/1‑55 (MQ=255) cAGGTTGGGTTTGCACGTTTGTCTGAAACGGTGGTCACCATTGTCGGTGTCAGCg < 1:3337798/55‑1 (MQ=255) cAGGTTGGGTTTGCACGTTTGTCTGAAACGGTGGTCACCATTGTCGGTGTCAGCg > 1:3357920/1‑55 (MQ=255) cAGGTTGGGTTTGCACGTTTGTCTGAAACGGTGGTCACCATTGTCGGTGTCAGCg > 1:654937/1‑55 (MQ=255) cAGGTTGGGTTTGCACGTTTGTCTGAAACGGTGGTCACCATTGTCGGTGTCAGCg < 1:2676037/55‑1 (MQ=255) cAGGTTGGGTTTGCACGTTTGTCTGAAACGGTGGTCACCATTGTCGGTGTCAGCg > 1:837180/1‑55 (MQ=255) cAGGTTGGGTTTGCACGTTTGTCTGAAACGGTGGTCACCATTGTCGGTGTCAGCg > 1:2558493/1‑55 (MQ=255) cAGGTTGGGTTTGCACGTTTGTCTGAAACGGTGGTCACCATTGTCGGTGTCAGCg < 1:2579487/55‑1 (MQ=255) cAGGTTGGGTTTGCACGTTTGTCTGAAACGGTGGTCACCATTGTCGGTGTCAGCg > 1:1632688/1‑55 (MQ=255) cAGGTTGGGTTTGCACGTTTGTCTGAAACGGTGGTCACCATTGTCGGTGTCAGCg > 1:1688717/1‑55 (MQ=255) cAGGTTGGGTTTGCACGTTTGTCTGAAACGGTGGTCACCATTGTCGGTGTCAGCg > 1:2422920/1‑55 (MQ=255) cAGGTTGGGTTTGCACGTTTGTCTGAAACGGTGGTCACCATTGTCGGTGTCAGCg < 1:2409645/55‑1 (MQ=255) cAGGTTGGGTTTGCACGTTTGTCTGAAACGGTGGTCACCATTGTCGGTGTCAGCg > 1:2335344/1‑55 (MQ=255) cAGGTTGGGTTTGCACGTTTGTCTGAAACGGTGGTCACCATTGTCGGTGTCAGCg > 1:2077775/1‑55 (MQ=255) cAGGTTGGGTTTGCACGTTTGTCTGAAACGGTGGTCACCATTGTCGGTGTCAGCg > 1:120005/1‑55 (MQ=255) cAGGTTGGGTTTGCACGTTTGTCTGAAACGGTGGTCACCATTGGCGGTGTCAGCg < 1:1275800/55‑1 (MQ=255) tGGGTTTGCACGTTTGTCTGAAACGGTGGTCACCATTGTCGGTGTCAGCGTGTCACCACCTAACTGAcc < 1:3347976/69‑1 (MQ=255) 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1:1623411/1‑68 (MQ=255) tttGCACGCTTGTCAGAAACAGTGGTCACCATTGTCGGTGTCAGCGTGTCACCACCTAACTGACCAAtg > 1:1191642/1‑68 (MQ=255) tttGCACGCTTGTCAGAAACAGTGGTCACCATTGTCGGTGTCAGCGTGTCACCACCTAACTGACCAAtg > 1:1623917/1‑68 (MQ=255) tttGCACGCTTGTCAGAAACAGTGGTCACCATTGTCGGTGTCAGCGTGTCACCACCTAACTGACCAAtg > 1:998062/1‑68 (MQ=255) tttGCACGCTTGTCAGAAACAGTGGTCACCATTGTCGGTGTCAGCGTGTCACCACCTAACTGACCAAtg > 1:1658697/1‑68 (MQ=255) tttGCACGCTTGTCAGAAACAGTGGTCACCATTGTCGGTGTCAGCGTGTCACCACCTAACTGACCAAtg > 1:3284956/1‑68 (MQ=255) tttGCACGCTTGTCAGAAACAGTGGTCACCATTGTCGGTGTCAGCGTGTCACCACCTAACTGACCAAtg > 1:1757277/1‑68 (MQ=255) tttGCACGCTTGTCAGAAACAGTGGTCACCATTGTCGGTGTCAGCGTGTCACCACCTAACTGACCAAtg > 1:3200444/1‑68 (MQ=255) tttGCACGCTTGTCAGAAACAGTGGTCACCATTGTCGGTGTCAGCGTGTCACCACCTAACTGACCAAtg > 1:1951992/1‑68 (MQ=255) tttGCACGCTTGTCAGAAACAGTGGTCACCATTGTCGGTGTCAGCGTGTCACCACCTAACTGACCAAtg > 1:2014453/1‑68 (MQ=255) tttGCACGCTTGTCAGAAACAGTGGTCACCATTGTCGGTGTCAGCGTGTCACCACCTAACTGACCAAtg > 1:3072477/1‑68 (MQ=255) tttGCACGCTTGTCAGAAACAGTGGTCACCATTGTCGGTGTCAGCGTGTCACCACCTAACTGACCAAtg > 1:2974891/1‑68 (MQ=255) tttGCACGCTTGTCAGAAACAGTGGTCACCATTGTCGGTGTCAGCGTGTCACCACCTAACTGACCAAtg > 1:2700531/1‑68 (MQ=255) tttGCACGCTTGTCAGAAACAGTGGTCACCATTGTCGGTGTCAGCGTGTCACCACCTAACTGACCAAtg > 1:2685144/1‑68 (MQ=255) tttGCACGCTTGTCAGAAACAGTGGTCACCATTGTCGGTGTCAGCGTGTCACCACCTAACTGACCAAt > 1:191381/1‑68 (MQ=255) tttGCACGCTTGTCAGAAACAGTGGTCACCATTGTCGGTGTCAGCGTGTCACCACCTAACTGACCAAt > 1:311914/1‑68 (MQ=255) tttGCACGCTTGTCAGAAACAGTGGTCACCATTGTCGGTGTCAGCGTGTCACCACCTAACTGACCAAt > 1:2191323/1‑68 (MQ=255) tGCACGTTTGTCTGAAACGGTGGTCACCATTGTCGGTGTCAGCGTGTCACCACCTAACTGACCAATAcc < 1:1381902/69‑1 (MQ=255) tGCACGTTTGTCTGAAACGGTGGTCACCATTGTCGGTGTCAGCGTGTCACCACCTAACTGACCAATAcc < 1:782459/69‑1 (MQ=255) tGCACGTTTGTCTGAAACGGTGGTCACCATTGACGGTGTCAGCGTGTCACCACCTAACTGACCAATAcc < 1:3091965/69‑1 (MQ=255) | TCCCTGTGCTTTATAACGGGCGCGGATGTTTGCCGTTGGCGTCCAGGTTGGGTTTGCACGTTTGTCTGAAACGGTGGTCACCATTGTCGGTGTCAGCGTGTCACCACCTAACTGACCAATACC > minE/749123‑749245 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |