| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 759,362 | C→T | 46.6% | G196G (GGC→GGT) | cobB → | deacetylase of acetyl‑CoA synthetase, NAD‑dependent |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 759,362 | 0 | C | T | 46.6% | 9.3 / 62.0 | 75 | G196G (GGC→GGT) | cobB | deacetylase of acetyl‑CoA synthetase, NAD‑dependent |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (21/19); new base T (13/22); total (34/41) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.46e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.92e-01 | |||||||||||
GTTGCCAGTTTCCGGCACCCTTGCGCCCGCACGTAGTGTGGTTTGGCGAAATGCCACTCGGCATGGATGAAATTTATATGGCGTTGTCGATGGCCGATATTTTCATTGCCATTGGCACA > minE/759301‑759419 | gttgCCAGTTTCCGGCACCCTTGCGCCCGCACGTAGTGTGGTTTGGCGAAATGCCACTCGGCATGGa > 1:346107/1‑67 (MQ=255)gttgCCAGTTTCCGGCACCCTTGCGCCCGCACGTAGTGTGGTTTGGCGAAATGCCACTCGGCATGGa > 1:1765887/1‑67 (MQ=255)gttgCCAGTTTCCGGCACCCTTGCGCCCGCACGTAGTGTGGTTTGGCGAAATGCCACTCGGCATGGAt > 1:1871586/1‑68 (MQ=255)gttgCCAGTTTCCGGCACCCTTGCGCCCGCACGTAGTGTGGTTTGGCGAAATGCCACTCGGCATGGAt > 1:2673733/1‑68 (MQ=255)gttgCCAGTTTCCGGCACCCTTGCGCCCGCACGTAGTGTGGTTTGGCGAAATGCCACTCGGCATGGAt > 1:1843153/1‑68 (MQ=255)gttgCCAGTTTCCGGCACCCTTGCGCCCGCACGTAGTGTGGTTTGGCGAAATGCCACTCGGCATGGAt > 1:2420015/1‑68 (MQ=255)gttgCCAGTTTCCGGCACCCTTGCGCCCGCACGTAGTGTGGTTTGGCGAAATGCCACTCGGCATGGAt > 1:227566/1‑68 (MQ=255) gTTTCCGGCACCCTTGCGCCCGCACGTAGTGTGTTTTGGCGAAATGCCACTCGGCATGGATGAAATTta < 1:2681562/69‑1 (MQ=255) gTTTCCGGCACCCTTGCGCCCGCACGTAGTGTGGTTTTGCGAAATGCCACTCGGCATGGATGAAATTta < 1:26351/69‑1 (MQ=255) gTTTCCGGCACCCTTGCGCCCGCACGTAGTGTGGTTTGGCGAAATGCCACTCGGCATGGATTAAATTta < 1:591207/69‑1 (MQ=255) gTTTCCGGCACCCTTGCGCCCGCACGTAGTGTGGTTTGGCGAAATGCCACTCGGCATGGATGAAATTta < 1:608934/69‑1 (MQ=255) gTTTCCGGCACCCTTGCGCCCGCACGTAGTGTGGTTTGGCGAAATGCCACTCGGCATGGATGAAATTta < 1:868747/69‑1 (MQ=255) gTTTCCGGCACCCTTGCGCCCGCACGTAGTGTGGTTTGGCGAAATGCCACTCGGCATGGATGAAATTta < 1:2274144/69‑1 (MQ=255) gTTTCCGGCACCCTTGCGCCCGCACGTAGTGTGGTTTGGCGAAATGCCACTCGGCATGGATGAAATTta < 1:500912/69‑1 (MQ=255) gTTTCCGGCACCCTTGCGCCCGCACGTAGTGTGGTTTGGCGAAATGCCACTCGGCATGGATGAAATTta < 1:2572722/69‑1 (MQ=255) gTTTCCGGCACCCTTGCGCCCGCACGTAGTGTGGTTTGGCGAAATGCCACTCGGCATGGATGAAATTta < 1:2706559/69‑1 (MQ=255) gTTTCCGGCACCCTTGCGCCCGCACGTAGTGTGGTTTGGCGAAATGCCACTCGGCATGGATGAAATTta < 1:2981792/69‑1 (MQ=255) gTTTCCGGCACCCTTGCGCCCGCACGTAGTGTGGTTTGGCGAAATGCCACTCGGCATGGATGAAATTta < 1:3118026/69‑1 (MQ=255) gTTTCCGGCACCCTTGCGCCCGCACGTAGTGTGGTTTGGCGAAATGCCACTCGGCATGGATGAAATTta < 1:812525/69‑1 (MQ=255) gTTTCCGGCACCCTTGCGCCCGCACGTAGTGTGGTTTGGCGAAATGCCACTCGGCATGGATGAAATTta < 1:1650869/69‑1 (MQ=255) gTTTCCGGCACCCTTGCGCCCGCACGTAGTGTGGTTTGGCGAAATGCCACTCGGCATGGATGAAATTta < 1:732820/69‑1 (MQ=255) tttCCGGCACCCTTGCGCCCGCACGTAGTGTGGTTTGGCGAAATGCCACTCGGCATGGATGAAATTta < 1:1687868/68‑1 (MQ=255) gCACCCTTGCGCCCGCACGTAGTGTGGTTTGGCGAAATGCCACTGGGTATGGATGAAATTtat > 1:3308048/1‑63 (MQ=255) gCACCCTTGCGCCCGCACGTAGTGTGGTTTGGCGAAATGCCACTCGGTATGGAt > 1:1700999/1‑54 (MQ=255) gCACCCTTGCGCCCGCACGTAGTGTGGTTTGGCGAAATGCCACTCGGTATGGATGAAATTtat > 1:2144565/1‑63 (MQ=255) gCACCCTTGCGCCCGCACGTAGTGTGGTTTGGCGAAATGCCACTCGGTATGGATGAAATTtat > 1:2993752/1‑63 (MQ=255) gCACCCTTGCGCCCGCACGTAGTGTGGTTTGGCGAAATGCCACTCGGTATGGATGAAATTtat > 1:2612545/1‑63 (MQ=255) gCACCCTTGCGCCCGCACGTAGTGTGGTTTGGCGAAATGCCACTCGGTATGGATGAAATTtat > 1:728093/1‑63 (MQ=255) gCACCCTTGCGCCCGCACGTAGTGTGGTTTGGCGAAATGCCACTCGGTATGGATGAAATTtat > 1:2367341/1‑63 (MQ=255) gCACCCTTGCGCCCGCACGTAGTGTGGTTTGGCGAAATGCCACTCGGTATGGATGAAATTtat > 1:2911067/1‑63 (MQ=255) gCACCCTTGCGCCCGCACGTAGTGTGGTTTGGCGAAATGCCACTCGGTATGGATGAAATTtat > 1:2788525/1‑63 (MQ=255) gCACCCTTGCGCCCGCACGTAGTGTGGTTTGGCGAAATGCCACTCGGTATGGATGAAATTtat > 1:3284237/1‑63 (MQ=255) gCACCCTTGCGCCCGCACGTAGTGTGGTTTGGCGAAATGCCACTCGGTATGGATGAAATTtat > 1:1409958/1‑63 (MQ=255) gCACCCTTGCGCCCGCACGTAGTGTGGTTTGGCGAAATGCCACTCGGTATGGATGAAATTtat > 1:3312810/1‑63 (MQ=255) gtgGTTTGGCGAAATGCCACTCGGCATGGATGTAATTTATATGGCGTTGTCGATGGCCGATATTTTCAt < 1:1479539/69‑1 (MQ=255) gtgGTTTGGCGAAATGCCACTCGGCATGGATGAAATTTATATGGCGTTGTCGATGGCCGATATTTTCAt < 1:1325799/69‑1 (MQ=255) gtgGTTTGGCGAAATGCCACTCGGCATGGATGAAATTTATATGGCGTTGTCGATGGCCGATATTTTCAt < 1:1947948/69‑1 (MQ=255) gtgGTTTGGCGAAATGCCACTCGGCATGGATGAAATTTATATGGCGTTGTCGATGGCCGATATTTTCAt < 1:3167274/69‑1 (MQ=255) gCGAAGTGCCACTCGGTATGGATGAAATTTATATGGCGTTGTCGATGGCCGatat < 1:191298/55‑1 (MQ=255) gCGAAATGCTACTCGGTATGGATGAAATTTATATGGCGTTGTCGATGGCCGatat < 1:2325171/55‑1 (MQ=255) gCGAAATGCCACTCGGTATGGATGAAATTTATATGGCGTTGTCGATGGCCGatat < 1:815718/55‑1 (MQ=255) gCGAAATGCCACTCGGTATGGATGAAATTTATATGGCGTTGTCGATGGCCGatat < 1:3365845/55‑1 (MQ=255) gCGAAATGCCACTCGGTATGGATGAAATTTATATGGCGTTGTCGATGGCCGatat < 1:448118/55‑1 (MQ=255) gCGAAATGCCACTCGGTATGGATGAAATTTATATGGCGTTGTCGATGGCCGatat < 1:486113/55‑1 (MQ=255) gCGAAATGCCACTCGGTATGGATGAAATTTATATGGCGTTGTCGATGGCCGatat < 1:672198/55‑1 (MQ=255) gCGAAATGCCACTCGGTATGGATGAAATTTATATGGCGTTGTCGATGGCCGatat < 1:3301080/55‑1 (MQ=255) gCGAAATGCCACTCGGTATGGATGAAATTTATATGGCGTTGTCGATGGCCGatat < 1:601175/55‑1 (MQ=255) gCGAAATGCCACTCGGTATGGATGAAATTTATATGGCGTTGTCGATGGCCGatat < 1:908561/55‑1 (MQ=255) gCGAAATGCCACTCGGTATGGATGAAATTTATATGGCGTTGTCGATGGCCGatat < 1:605086/55‑1 (MQ=255) gCGAAATGCCACTCGGTATGGATGAAATTTATATGGCGTTGTCGATGGCCGatat < 1:205030/55‑1 (MQ=255) gCGAAATGCCACTCGGTATGGATGAAATTTATATGGCGTTGTCGATGGCCGatat < 1:2943151/55‑1 (MQ=255) gCGAAATGCCACTCGGTATGGATGAAATTTATATGGCGTTGTCGATGGCCGatat < 1:1257408/55‑1 (MQ=255) gCGAAATGCCACTCGGTATGGATGAAATTTATATGGCGTTGTCGATGGCCGatat < 1:2506123/55‑1 (MQ=255) gCGAAATGCCACTCGGTATGGATGAAATTTATATGGCGTTGTCGATGGCCGatat < 1:2074492/55‑1 (MQ=255) gCGAAATGCCACTCGGTATGGATGAAATTTATATGGCGTTGTCGATGGCCGatat < 1:1516753/55‑1 (MQ=255) gCGAAATGCCACTCGGTATGGATGAAATTTATATGGCGTTGTCGATGGCCGatat < 1:2485364/55‑1 (MQ=255) gCGAAATGCCACTCGGTATGGATGAAATTTATATGGCGTTGTCGATGGCCGatat < 1:2087718/55‑1 (MQ=255) gCGAAATGCCACTCGGTATGGATGAAATTTATATGGCGTTGTCGATGGCCGatat < 1:224131/55‑1 (MQ=255) cGATATGCCACTCGGTATGGATGAAATTTATATGGCGTTGTCGATGGCCGatat < 1:630120/54‑1 (MQ=255) gAAATGCCACTCGGCATGGATGAAATTTATATGGCGTTGTCGATGGCCGATATTTTCATTGCCATTgg > 1:2277912/1‑68 (MQ=255) gAAATGACACTCGGTATGGATGAAATTTATATGGCGTTGTCGATGGCCGATATTTTCATTGCCATTgg > 1:435495/1‑68 (MQ=255) aTGCCACTCGGTATGGATGAAATTTATATGGCGTTGTCGATGGCCGatat < 1:3124432/50‑1 (MQ=255) aTGCCACTCGGCATGGATGAAATTTATATGGCGTTGTCGATGGc > 1:3047881/1‑44 (MQ=255) aTGCCACTCGGCATGGATGAAATTTATATGGCGTTGTCGATGGCCGATATTTTCATTGCCATTGGcaca > 1:1823819/1‑69 (MQ=255) aTGCCACTCGGCATGGATGAAATTTATATGGCGTTGTCGATGGCCGATATTTTCATTGCCATTGGcaca > 1:1834622/1‑69 (MQ=255) aTGCCACTCGGCATGGATGAAATTTATATGGCGTTGTCGATGGCCGATATTTTCATTGCCATTGGcaca > 1:1657251/1‑69 (MQ=255) aTGCCACTCGGCATGGATGAAATTTATATGGCGTTGTCGATGGCCGATATTTTCATTGCCATTGGcaca > 1:1019537/1‑69 (MQ=255) aTGCCACTCGGCATGGATGAAATTTATATGGCGTTGTCGATGGCCGATATTTTCATTGCCATTGGcaca > 1:151658/1‑69 (MQ=255) aTGCCACTCGGCATGGATGAAATTTATATGGCGTTGTCGATGGCCGATATTTTCATTGCCATTGGcaca > 1:560260/1‑69 (MQ=255) aTGCCACTCGGCATGGATGAAATTTATATGGCGTTGTCGATGGCCGATATTTTCATTGCCATTGGcaca > 1:2420976/1‑69 (MQ=255) aTGCCACTCGGCATGGATGAAATTTATATGGCGTTGTCGATGGCCGATATTTTCATTGCCATTGGcaca > 1:2459182/1‑69 (MQ=255) aTGCCACTCGGCATGGATGAAATTTATATGGCGTTGTCGATGGCCGATATTTTCATTGCCATTGGcaca > 1:34128/1‑69 (MQ=255) aTGCCACTCGGCATGGATGAAATTTATATGGCGTTGTCGATGGCCGATATTTTCATTGCCATTGGcaca > 1:3390950/1‑69 (MQ=255) aTGCCACTCGGCATGGATGAAATTTATATGGCGTTGTCGATGGCCGATATTTTCATTGCCATTGGcaca > 1:2559062/1‑69 (MQ=255) aTGCCACTCGGCATGGATGAAATTTATATGGCGTTGTCGATGGCCGATATTTTCATTGCCATTGGcaca > 1:3015806/1‑69 (MQ=255) | GTTGCCAGTTTCCGGCACCCTTGCGCCCGCACGTAGTGTGGTTTGGCGAAATGCCACTCGGCATGGATGAAATTTATATGGCGTTGTCGATGGCCGATATTTTCATTGCCATTGGCACA > minE/759301‑759419 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |