| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 761,731 | A→C | 21.3% | P118P (CCT→CCG) | potD ← | polyamine transporter subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 761,731 | 0 | A | C | 21.3% | 160.9 / 45.4 | 103 | P118P (CCT→CCG) | potD | polyamine transporter subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (51/30); new base C (12/10); total (63/40) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.73e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.91e-01 | |||||||||||
Only 100 of 103 total aligned reads displayed.
ACCGTTAACACCAATCGCCGTCGCACCCCAGATATACGGAATGGAGTAGTCGTTATTCGGGTCAAAAGGCTTGTTGAGCATGTCTGGATCGAGATTGCTGAAGTTTGTTAACTTCGACTTGTC > minE/761665‑761787 | aCCGTTAACACCAATCGCCGTCGCACCCCAGATATACGGAATGGAGTAGTCGTTATTCGGGTCAAAAgg > 1:1020632/1‑69 (MQ=255)aCCGTTAACACCAATCGCCGTCGCACCCCAGATATACGGAATGGAGTAGTCGTTATTCGGGTCAAAAgg > 1:1824720/1‑69 (MQ=255)aCCGTTAACACCAATCGCCGTCGCACCCCAGATATACGGAATGGAGTAGTCGTTATTCGGGTCAAAAgg < 1:1951475/69‑1 (MQ=255)aCCGTTAACACCAATCGCCGTCGCACCCCAGATATACGGAATGGAGTAGTCGTTATTCGGGTCAAAAgg > 1:2217423/1‑69 (MQ=255)aCCGTTAACACCAATCGCCGTCGCACCCCAGATATACGGAATGGAGTAGTCGTTATTCGGGTCAAAAgg > 1:2693700/1‑69 (MQ=255)aCCGTTAACACCAATCGCCGTCGCACCCCAGATATACGGAATGGAGTAGTCGTTATTCGGGTCAAAAgg > 1:2977421/1‑69 (MQ=255)aCCGTTAACACCAATCGCCGTCGCACCCCAGATATACGGAATGGAGTAGTCGTTATTCGGGTCAAAAgg > 1:3222355/1‑69 (MQ=255)aCCGTTAACACCAATCGCCGTCGCACCCCAGATATACGGAATGGAGTAGTCGTTATTCGGGTCAAAAgg > 1:3363082/1‑69 (MQ=255)aCCGTTAACACCAATCGCCGTCGCACCCCAGATATACGGAATGGAGTAGTCGTTATTCGGGTCAAAAgg > 1:1226171/1‑69 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |