| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 761,758 | A→G | 24.4% | N109N (AAT→AAC) | potD ← | polyamine transporter subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 761,758 | 0 | A | G | 24.4% | 114.3 / 32.5 | 94 | N109N (AAT→AAC) | potD | polyamine transporter subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (34/37); new base G (12/11); total (46/48) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.12e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.80e-01 | |||||||||||
Only 100 of 105 total aligned reads displayed.
ATACGGAATGGAGTAGTCGTTATTCGGGTCAAAAGGCTTGTTGAGCATGTCTGGATCGAGATTGCTGAAGTTTGTTAACTTCGACTTGTCGATCTTCTGGATCATCCCTTCTTTACGCATTTTATCAA > minE/761698‑761825 | ataCGGAATGGAGTAGTCGTTATTCGGGTCAAAAGGCTTGTTGAGCATGTCTGGATCGAGATTGCTGaa > 1:2326747/1‑69 (MQ=255) cGGAATGGAGTAGTCGTTATTCGGGTCAAAAGGCTTGTTGAGCATGTCTGGATCGAGATTGc > 1:2105395/1‑62 (MQ=255) cGGAATGGAGTAGTCGTTATTCGGGTCAAAAGGCTTGTTGAGCATGTCTGGATCGAGATTGc > 1:2847574/1‑62 (MQ=255) cGGAATGGAGTAGTCGTTATTCGGGTCAAAAGGCTTGTTGAGCATGTCTGGATCGAGATTGCTGAAGtt > 1:209892/1‑69 (MQ=255) cGGAATGGAGTAGTCGTTATTCGGGTCAAAAGGCTTGTTGAGCATGTCTGGATCGAGATTGCTGAAGtt > 1:2657949/1‑69 (MQ=255) cGGAATGGAGTAGTCGTTATTCGGGTCAAAAGGCTTGTTGAGCATGTCTGGATCGAGATTGCTGAAGtt > 1:2861902/1‑69 (MQ=255) cGGAATGGAGTAGTCGTTATTCGGGTCAAAAGGCTTGTTGAGCATGTCTGGATCGAGATTGCTGAAGtt > 1:165339/1‑69 (MQ=255) cGGAATGGAGTAGTCGTTATTCGGGTCAAAAGGCTTGTTGAGCATGTCTGGATCGAGATTGCTGAAGtt > 1:2303452/1‑69 (MQ=255) cGGAATGGAGTAGTCGTTATTCGGGTCAAAAGGCTTGTTGAGCATGTCTGGATCGAGATTGCTGAAGtt > 1:3119929/1‑69 (MQ=255) 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ATACGGAATGGAGTAGTCGTTATTCGGGTCAAAAGGCTTGTTGAGCATGTCTGGATCGAGATTGCTGAAGTTTGTTAACTTCGACTTGTCGATCTTCTGGATCATCCCTTCTTTACGCATTTTATCAA > minE/761698‑761825 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |