| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 761,767 | G→A | 20.6% | N106N (AAC→AAT) | potD ← | polyamine transporter subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 761,767 | 0 | G | A | 20.6% | 164.8 / 29.0 | 112 | N106N (AAC→AAT) | potD | polyamine transporter subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (30/58); new base A (12/11); total (43/69) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.48e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.94e-01 | |||||||||||
Only 100 of 112 total aligned reads displayed.
CGGAATGGAGTAGTCGTTATTCGGGTCAAAAGGCTTGTTGAGCATGTCTGGATCGAGATTGCTGAAGTTTGTTAACTTCGACTTGTCGATCTTCTGGATCATCCCTTCTTTACGCATTTTATCAACGTAA > minE/761701‑761830 | cGGAATGGAGTAGTCGTTATTCGGGTCAAAAGGCTTGTTGAGCATGTCTGGATCGAGATTGCTGAAGtt > 1:3119929/1‑69 (MQ=255)cGGAATGGAGTAGTCGTTATTCGGGTCAAAAGGCTTGTTGAGCATGTCTGGATCGAGATTGCTGAAGtt > 1:3299474/1‑69 (MQ=255)cGGAATGGAGTAGTCGTTATTCGGGTCAAAAGGCTTGTTGAGCATGTCTGGATCGAGATTGCTGAAGtt > 1:2303452/1‑69 (MQ=255)cGGAATGGAGTAGTCGTTATTCGGGTCAAAAGGCTTGTTGAGCATGTCTGGATCGAGATTGCTGAAGtt > 1:1494955/1‑69 (MQ=255)cGGAATGGAGTAGTCGTTATTCGGGTCAAAAGGCTTGTTGAGCATGTCTGGATCGAGATTGCTGAAGtt > 1:165339/1‑69 (MQ=255)cGGAATGGAGTAGTCGTTATTCGGGTCAAAAGGCTTGTTGAGCATGTCTGGATCGAGATTGCTGAAGtt > 1:2657949/1‑69 (MQ=255)cGGAATGGAGTAGTCGTTATTCGGGTCAAAAGGCTTGTTGAGCATGTCTGGATCGAGATTGCTGAAGtt > 1:209892/1‑69 (MQ=255)cGGAATGGAGTAGTCGTTATTCGGGTCAAAAGGCTTGTTGAGCATGTCTGGATCGAGATTGCTGAAGtt > 1:2861902/1‑69 (MQ=255)cGGAATGGAGTAGTCGTTATTCGGGTCAAAAGGCTTGTTGAGCATGTCTGGATCGAGATTGCTGAAGtt > 1:1732132/1‑69 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aTTCGGGTCAAACGGCTTGTTGAGCATGTCTGGATCGAGGTTGCTGAAATTGCTTAACTTCGACTTGTc < 1:2377084/69‑1 (MQ=255) aTTCGGGTCAAACGGCTTGTTGAGCATGTCTGGATCGAGGTTGCTGAAATTGCTTAACTTCGACTTGTc < 1:1189094/69‑1 (MQ=255) aTTCGGGTCAAACGGCTTGTTGAGCATGTCTGGATCGAGGTTGCTGAAATTGCTTAACTTCGACTTGTc < 1:1513831/69‑1 (MQ=255) aTTCGGGTCAAACGGCTTGTTGAGCATGTCTGGATCGAGGTTGCTGAAATTGCTTAACTTCGACTTGTc < 1:3434855/69‑1 (MQ=255) aTTCGGGTCAAACGGCTTGTTGAGCATGTCTGGATCGAGGTTGCTGAAATTGCTTAACTTCGACTTGTc < 1:1597225/69‑1 (MQ=255) aTTCGGGTCAAAAGGCTTGTTGAGCATGTCTGGATCGAGATTGCTGAAGTTTGTTAACTTCGACTTGTc > 1:1262362/1‑69 (MQ=255) aTTCGGGTCAAAAGGCTTGTTGAGCATGTCTGGATCGAGATTGCTGAAGTTTGTTAACTTCGACTTGTc > 1:367988/1‑69 (MQ=255) gCTTGTTGATCATGTCTGGATCGAGATTGCTGAAGTTTGTTAACTTCGACTTGTCGATCTTCTGGatca < 1:2173769/69‑1 (MQ=255) gCTTGTTGAGCATGTCTGGATCGAGATTGCTGAAGTTTGTTAACTTCGACTTGTCGATCTTCTGGatca < 1:3290209/69‑1 (MQ=255) gCTTGTTGAGCATGTCTGGATCGAGATTGCTGAAGTTTGTTAACTTCGACTTGTCGATCTTCTGGatca < 1:2982322/69‑1 (MQ=255) 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CGGAATGGAGTAGTCGTTATTCGGGTCAAAAGGCTTGTTGAGCATGTCTGGATCGAGATTGCTGAAGTTTGTTAACTTCGACTTGTCGATCTTCTGGATCATCCCTTCTTTACGCATTTTATCAACGTAA > minE/761701‑761830 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |