| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 761,770 | T→G | 23.0% | T105T (ACA→ACC) ‡ | potD ← | polyamine transporter subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 761,770 | 0 | T | G | 23.0% | 143.1 / 48.7 | 100 | T105T (ACA→ACC) ‡ | potD | polyamine transporter subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (19/58); new base G (12/11); total (31/69) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.97e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.76e-01 | |||||||||||
TAGTCGTTATTCGGGTCAAAAGGCTTGTTGAGCATGTCTGGATCGAGATTGCTGAAGTTTGTTAACTTCGACTTGTCGATCTTCTGGATCATCCCTTCTTTACGCATTTTATCAACGTAA > minE/761711‑761830 | tagtCGTTATTCGGGTCAAAAGGCTTGTTGAGCATGTCTGGATCGAGATTGCTGAAGTTTGTTAACTTc < 1:3026476/69‑1 (MQ=255)tagtCGTTATTCGGGTCAAAAGGCTTGTTGAGCATGTCTGGATCGAGATTGCTGAAGTTTGTTAACTTc < 1:1317799/69‑1 (MQ=255)tagtCGTTATTCGGGTCAAAAGGCTTGTTGAGCATGTCTGGATCGAGATTGCTGAAGTTTGTTAACTTc < 1:1368355/69‑1 (MQ=255) gtCGTTATTCGGGTCAAAAGGCTTGTTGAGCATGTCTGGATCGAGATTGCTGAAGTTTGTTAACTTCGa > 1:2224168/1‑69 (MQ=255) gtCGTTATTCGGGTCAAAAGGCTTGTTGAGCATGTCTGGATCGAGATTGCTGAAGTTTGTTAACTTCGa < 1:2189237/69‑1 (MQ=255) gtCGTTATTCGGGTCAAAAGGCTTGTTGAGCATGTCTGGATCGAGATTGCTGAAGTTTGTTAACTTCGa < 1:2482938/69‑1 (MQ=255) gtCGTTATTCGGGTCAAAAGGCTTGTTGAGCATGTCTGGATCGAGATTGCTGAAGTTTGTTAACTTCGa > 1:2537871/1‑69 (MQ=255) gtCGTTATTCGGGTCAAAAGGCTTGTTGAGCATGTCTGGATCGAGATTGCTGAAGTTTGTTAACTTCGa > 1:2584461/1‑69 (MQ=255) gtCGTTATTCGGGTCAAAAGGCTTGTTGAGCATGTCTGGATCGAGATTGCTGAAGTTTGTTAACTTCGa > 1:2602920/1‑69 (MQ=255) gtCGTTATTCGGGTCAAAAGGCTTGTTGAGCATGTCTGGATCGAGATTGCTGAAGTTTGTTAACTTCGa > 1:1750513/1‑69 (MQ=255) gtCGTTATTCGGGTCAAAAGGCTTGTTGAGCATGTCTGGATCGAGATTGCTGAAGTTTGTTAACTTCGa > 1:1710143/1‑69 (MQ=255) gtCGTTATTCGGGTCAAAAGGCTTGTTGAGCATGTCTGGATCGAGATTGCTGAAGTTTGTTAACTTCGa < 1:3168255/69‑1 (MQ=255) gtCGTTATTCGGGTCAAAAGGCTTGTTGAGCATGTCTGGATCGAGATTGCTGAAGTTTGTTAACTTCGa < 1:623926/69‑1 (MQ=255) gtCGTTATTCGGGTCAAAAGGCTTGTTGAGCATGTCTGGATCGAGATTGCTGAAGTTTGTTAACTTCGa < 1:2925035/69‑1 (MQ=255) gtCGTTATTCGGGTCAAAAGGCTTGTTGAGCATGTCTGGATCGAGATTGCTGAAGTTTGTTAACTTCGa > 1:1387812/1‑69 (MQ=255) gtCGTTATTCGGGTCAAAAGGCTTGTTGAGCATGTCTGGATCGAGATTGCTGAAGTTTGTTAACTTCGa > 1:1383924/1‑69 (MQ=255) gtCGTTATTCGGGTCAAAAGGCTTGTTGAGCATGTCTGGATCGAGATTGCTGAAGTTTGTTAACTTCGa > 1:825383/1‑69 (MQ=255) gtCGTTATTCGGGTCAAAAGGCTTGTTGAGCATGTCTGGATCGAGATTGCTGAAGTTTGTTAACTTCGa < 1:1102860/69‑1 (MQ=255) gtCGTTATTCGGGTCAAAAGGCTTGTTGAGCATGTCTGGATCGAGATTGCTGAAGTTTGTTAACTTCGa > 1:908845/1‑69 (MQ=255) 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TAGTCGTTATTCGGGTCAAAAGGCTTGTTGAGCATGTCTGGATCGAGATTGCTGAAGTTTGTTAACTTCGACTTGTCGATCTTCTGGATCATCCCTTCTTTACGCATTTTATCAACGTAA > minE/761711‑761830 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |