| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 761,771 | G→C | 23.0% | T105R (ACA→AGA) ‡ | potD ← | polyamine transporter subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 761,771 | 0 | G | C | 23.0% | 171.3 / 47.2 | 100 | T105R (ACA→AGA) ‡ | potD | polyamine transporter subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (19/58); new base C (12/11); total (31/69) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.97e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.46e-01 | |||||||||||
TAGTCGTTATTCGGGTCAAAAGGCTTGTTGAGCATGTCTGGATCGAGATTGCTGAAGTTTGTTAACTTCGACTTGTCGATCTTCTGGATCATCCCTTCTTTACGCATTTTATCAACGTAA > minE/761711‑761830 | tagtCGTTATTCGGGTCAAAAGGCTTGTTGAGCATGTCTGGATCGAGATTGCTGAAGTTTGTTAACTTc < 1:3026476/69‑1 (MQ=255)tagtCGTTATTCGGGTCAAAAGGCTTGTTGAGCATGTCTGGATCGAGATTGCTGAAGTTTGTTAACTTc < 1:1317799/69‑1 (MQ=255)tagtCGTTATTCGGGTCAAAAGGCTTGTTGAGCATGTCTGGATCGAGATTGCTGAAGTTTGTTAACTTc < 1:1368355/69‑1 (MQ=255) gtCGTTATTCGGGTCAAAAGGCTTGTTGAGCATGTCTGGATCGAGATTGCTGAAGTTTGTTAACTTCGa > 1:2224168/1‑69 (MQ=255) gtCGTTATTCGGGTCAAAAGGCTTGTTGAGCATGTCTGGATCGAGATTGCTGAAGTTTGTTAACTTCGa < 1:2189237/69‑1 (MQ=255) gtCGTTATTCGGGTCAAAAGGCTTGTTGAGCATGTCTGGATCGAGATTGCTGAAGTTTGTTAACTTCGa < 1:2482938/69‑1 (MQ=255) gtCGTTATTCGGGTCAAAAGGCTTGTTGAGCATGTCTGGATCGAGATTGCTGAAGTTTGTTAACTTCGa > 1:2537871/1‑69 (MQ=255) gtCGTTATTCGGGTCAAAAGGCTTGTTGAGCATGTCTGGATCGAGATTGCTGAAGTTTGTTAACTTCGa > 1:2584461/1‑69 (MQ=255) gtCGTTATTCGGGTCAAAAGGCTTGTTGAGCATGTCTGGATCGAGATTGCTGAAGTTTGTTAACTTCGa > 1:2602920/1‑69 (MQ=255) gtCGTTATTCGGGTCAAAAGGCTTGTTGAGCATGTCTGGATCGAGATTGCTGAAGTTTGTTAACTTCGa > 1:1750513/1‑69 (MQ=255) gtCGTTATTCGGGTCAAAAGGCTTGTTGAGCATGTCTGGATCGAGATTGCTGAAGTTTGTTAACTTCGa > 1:1710143/1‑69 (MQ=255) gtCGTTATTCGGGTCAAAAGGCTTGTTGAGCATGTCTGGATCGAGATTGCTGAAGTTTGTTAACTTCGa < 1:3168255/69‑1 (MQ=255) gtCGTTATTCGGGTCAAAAGGCTTGTTGAGCATGTCTGGATCGAGATTGCTGAAGTTTGTTAACTTCGa < 1:623926/69‑1 (MQ=255) gtCGTTATTCGGGTCAAAAGGCTTGTTGAGCATGTCTGGATCGAGATTGCTGAAGTTTGTTAACTTCGa < 1:2925035/69‑1 (MQ=255) gtCGTTATTCGGGTCAAAAGGCTTGTTGAGCATGTCTGGATCGAGATTGCTGAAGTTTGTTAACTTCGa > 1:1387812/1‑69 (MQ=255) gtCGTTATTCGGGTCAAAAGGCTTGTTGAGCATGTCTGGATCGAGATTGCTGAAGTTTGTTAACTTCGa > 1:1383924/1‑69 (MQ=255) gtCGTTATTCGGGTCAAAAGGCTTGTTGAGCATGTCTGGATCGAGATTGCTGAAGTTTGTTAACTTCGa > 1:825383/1‑69 (MQ=255) gtCGTTATTCGGGTCAAAAGGCTTGTTGAGCATGTCTGGATCGAGATTGCTGAAGTTTGTTAACTTCGa < 1:1102860/69‑1 (MQ=255) gtCGTTATTCGGGTCAAAAGGCTTGTTGAGCATGTCTGGATCGAGATTGCTGAAGTTTGTTAACTTCGa > 1:908845/1‑69 (MQ=255) gtCGTTATTCGGGTCAAAAGGCTTGTTGAGCATGTCTGGATCGAGATTGCTGAAGTTTGTTAACTTCGa < 1:1164297/69‑1 (MQ=255) gtCGTTATTCGGGTCAAAAGGCTTGTTGAGCATGTCTGGATCGAGATTGCTGAAGTTTGTTAACTTCGa > 1:2955516/1‑69 (MQ=255) gtCGTTATTCGGGTCAAAAGGCTTGTTGAGCATGTCTGGATCGAGATTGCTGAAGTTTGTTAACTTCGa > 1:3027859/1‑69 (MQ=255) gtCGTTATTCGGGTCAAAAGGCTTGTTGAGCATGTCTGGATCGAGATTGCTGAAGTTTGTTAACTTCGa < 1:1278815/69‑1 (MQ=255) gtCGTTATTCGGGTCAAAAGGCTTGTTGAGCATGTCTGGATCGAGATTGCTGAAGTTTGTTAACTTCGa > 1:870117/1‑69 (MQ=255) gtCGTTATTCGGGTCAAAAGGCTTGTTGAGCATGTCTGGATCGAGATTGCTGAACTTTGTTAACTTCGa > 1:47423/1‑69 (MQ=255) gtCGTTATTCGGGTCAAAAGGCTTGTTGAGCATGTCT‑GATCGAGATTGCTGAAGTTTGTTAACtt > 1:1233588/1‑65 (MQ=255) gTTATTCGGGTCAAAAGGCTTGTTGAGCATGTCTGGATCGAGATTGCTGAAGTTTGTTAACTTCGACtt > 1:2937574/1‑69 (MQ=255) tATTCGGGTCAAACGGCTTGTTGAGCATGTCTGGATCGAGGTTGCTGAAATTGCTTAACTTCGACTTg > 1:2109199/1‑68 (MQ=255) tATTCGGGTCAAACGGCTTGTTGAGCATGTCTGGATCGAGGTTGCTGAAATTGCTTAACTTCGACTTg > 1:2158540/1‑68 (MQ=255) tATTCGGGTCAAACGGCTTGTTGAGCATGTCTGGATCGAGGTTGCTGAAATTGCTTAACTTCGACTTg > 1:2369511/1‑68 (MQ=255) tATTCGGGTCAAACGGCTTGTTGAGCATGTCTGGATCGAGGTTGCTGAAATTGCTTAACTTCGACTTg > 1:8046/1‑68 (MQ=255) tATTCGGGTCAAACGGCTTGTTGAGCATGTCTGGATCGAGGTTGCTGAAATTGCTTAACTTCGACTTg > 1:3281035/1‑68 (MQ=255) tATTCGGGTCAAACGGCTTGTTGAGCATGTCTGGATCGAGGTTGCTGAAATTGCTTAACTTCGACTTg > 1:2975767/1‑68 (MQ=255) tATTCGGGTCAAACGGCTTGTTGAGCATGTCTGGATCGAGGTTGCTGAAATTGCTTAACTTCGACTTg > 1:3247060/1‑68 (MQ=255) tATTCGGGTCAAACGGCTTGTTGAGCATGTCTGGATCGAGGTTGCTGAAATTGCTTAACTTCGACTTg > 1:1479742/1‑68 (MQ=255) tATTCGGGTCAAACGGCTTGTTGAGCATGTCTGGATCGAGGTTGCTGAAATTGCTTAACTTCGACTTg > 1:1738296/1‑68 (MQ=255) tATTCGGGTCAAACGGCTTGTTGAGCATGTCTGGATCGAGGTTGCTGAAATTGCTTAACTTCGACTTg > 1:2941695/1‑68 (MQ=255) tATTCGGGTCAAACGGCTTGTTGAGCATGTCTGGATCGAGGTTGCTGAAATTGCTTAACTTCGACTTg > 1:1608403/1‑68 (MQ=255) tATTCGGGTCAAACGGCTTGTTGAGCATGTCTGGATCGAGGTTGCTGAAATTGCTTAACTTCGACTTg > 1:1358238/1‑68 (MQ=255) aTTCGGGTCAAACGGCTTGTTGAGCATGTCTGGATCGAGGTTGCTGAAATTGCTTAACTTCGACTTGTc < 1:1020402/69‑1 (MQ=255) aTTCGGGTCAAACGGCTTGTTGAGCATGTCTGGATCGAGGTTGCTGAAATTGCTTAACTTCGACTTGTc < 1:2377084/69‑1 (MQ=255) aTTCGGGTCAAACGGCTTGTTGAGCATGTCTGGATCGAGGTTGCTGAAATTGCTTAACTTCGACTTGTc < 1:3282052/69‑1 (MQ=255) aTTCGGGTCAAACGGCTTGTTGAGCATGTCTGGATCGAGGTTGCTGAAATTGCTTAACTTCGACTTGTc < 1:2802177/69‑1 (MQ=255) aTTCGGGTCAAACGGCTTGTTGAGCATGTCTGGATCGAGGTTGCTGAAATTGCTTAACTTCGACTTGTc < 1:2913467/69‑1 (MQ=255) aTTCGGGTCAAACGGCTTGTTGAGCATGTCTGGATCGAGGTTGCTGAAATTGCTTAACTTCGACTTGTc < 1:1189094/69‑1 (MQ=255) aTTCGGGTCAAACGGCTTGTTGAGCATGTCTGGATCGAGGTTGCTGAAATTGCTTAACTTCGACTTGTc < 1:3424297/69‑1 (MQ=255) aTTCGGGTCAAACGGCTTGTTGAGCATGTCTGGATCGAGGTTGCTGAAATTGCTTAACTTCGACTTGTc < 1:3434855/69‑1 (MQ=255) aTTCGGGTCAAACGGCTTGTTGAGCATGTCTGGATCGAGGTTGCTGAAATTGCTTAACTTCGACTTGTc < 1:1513831/69‑1 (MQ=255) aTTCGGGTCAAACGGCTTGTTGAGCATGTCTGGATCGAGGTTGCTGAAATTGCTTAACTTCGACTTGTc < 1:1597225/69‑1 (MQ=255) aTTCGGGTCAAAAGGCTTGTTGAGCATGTCTGGATCGAGATTGCTGAAGTTTGTTAACTTCGACTTGTc > 1:1262362/1‑69 (MQ=255) aTTCGGGTCAAAAGGCTTGTTGAGCATGTCTGGATCGAGATTGCTGAAGTTTGTTAACTTCGACTTGTc > 1:1837535/1‑69 (MQ=255) aTTCGGGTCAAAAGGCTTGTTGAGCATGTCTGGATCGAGATTGCTGAAGTTTGTTAACTTCGACTTGTc > 1:367988/1‑69 (MQ=255) gCTTGTTGATCATGTCTGGATCGAGATTGCTGAAGTTTGTTAACTTCGACTTGTCGATCTTCTGGatca < 1:2173769/69‑1 (MQ=255) gCTTGTTGAGCATGTCTGGATCGAGATTGCTGAAGTTTGTTAACTTCGACTTGTCGATCTTCTGGatca < 1:2281200/69‑1 (MQ=255) gCTTGTTGAGCATGTCTGGATCGAGATTGCTGAAGTTTGTTAACTTCGACTTGTCGATCTTCTGGatca < 1:2982322/69‑1 (MQ=255) gCTTGTTGAGCATGTCTGGATCGAGATTGCTGAAGTTTGTTAACTTCGACTTGTCGATCTTCTGGatca < 1:1266996/69‑1 (MQ=255) gCTTGTTGAGCATGTCTGGATCGAGATTGCTGAAGTTTGTTAACTTCGACTTGTCGATCTTCTGGatca < 1:1436369/69‑1 (MQ=255) gCTTGTTGAGCATGTCTGGATCGAGATTGCTGAAGTTTGTTAACTTCGACTTGTCGATCTTCTGGatca < 1:1591955/69‑1 (MQ=255) gCTTGTTGAGCATGTCTGGATCGAGATTGCTGAAGTTTGTTAACTTCGACTTGTCGATCTTCTGGatca < 1:3218071/69‑1 (MQ=255) gCTTGTTGAGCATGTCTGGATCGAGATTGCTGAAGTTTGTTAACTTCGACTTGTCGATCTTCTGGatca < 1:1932738/69‑1 (MQ=255) gCTTGTTGAGCATGTCTGGATCGAGATTGCTGAAGTTTGTTAACTTCGACTTGTCGATCTTCTGGatca < 1:2026666/69‑1 (MQ=255) gCTTGTTGAGCATGTCTGGATCGAGATTGCTGAAGTTTGTTAACTTCGACTTGTCGATCTTCTGGatca < 1:339074/69‑1 (MQ=255) gCTTGTTGAGCATGTCTGGATCGAGATTGCTGAAGTTTGTTAACTTCGACTTGTCGATCTTCTGGatca < 1:3290209/69‑1 (MQ=255) gCTTGTTGAGCATGTCTGGATCGAGATTGCTGAAGTTTGTTAACTTCGACTTGTCGATCTTCTGGatca < 1:2197324/69‑1 (MQ=255) tgAGCATGTCTGGATCGAGATTGCTGAAGTTTGTTAACTTCGACTTGTCGATCTTCTGGATCATccc < 1:3233066/67‑1 (MQ=255) tgAGCATGTCTGGATCGAGATTGCTGAAGTTTGTTAACTTCGACTTGTCGATCTTCTGGATCATccc < 1:669537/67‑1 (MQ=255) tgAGCATGTCTGGATCGAGATTGCTGAAGTTTGTTAACTTCGACTTGTCGATCTTCTGGATCATccc < 1:8284/67‑1 (MQ=255) tgAGCATGTCTGGATCGAGATTGCTGAAGTTTGTTAACTTCGACTTGTCGATCTTCTGGATCATccc < 1:1047339/67‑1 (MQ=255) tgAGCATGTCTGGATCGAGATTGCTGAAGTTTGTTAACTTCGACTTGTCGATCTTCTGGATCATccc < 1:2955122/67‑1 (MQ=255) tgAGCATGTCTGGATCGAGATTGCTGAAGTTTGTTAACTTCGACTTGTCGATCTTCTGGATCATccc < 1:2054376/67‑1 (MQ=255) cATGTCTGGATCGAGATTGCTGAAGTTTGTTAACTTCGACTTGTCGATCTTCTGGATCATCCcttctt < 1:2031952/68‑1 (MQ=255) aTGTCTGGATCGAGATTGCTGAAGTTTGTTAACTTCGGCTTGTCGATCTTCTGGATCATCCCTTCTTTa < 1:3367027/69‑1 (MQ=255) aTGTCTGGATCGAGATTGCTGAAGTTTGTTAACTTCGACTTGTCGATCTTCTGGATCATCCCTTCTTTa < 1:3032035/69‑1 (MQ=255) aTGTCTGGATCGAGATTGCTGAAGTTTGTTAACTTCGACTTGTCGATCTTCTGGATCATCCCTTCTTTa < 1:965165/69‑1 (MQ=255) aTGTCTGGATCGAGATTGCTGAAGTTTGTTAACTTCGACTTGTCGATCTTCTGGATCATCCCTTCTTTa < 1:1304521/69‑1 (MQ=255) aTGTCTGGATCGAGATTGCTGAAGTTTGTTAACTTCGACTTGTCGATCTTCTGGATCATCCCTTCTTTa < 1:1774301/69‑1 (MQ=255) aTGTCTGGATCGAGATTGCTGAAGTTTGTTAACTTCGACTTGTCGATCTTCTGGATCATCCCTTCTTTa < 1:3062952/69‑1 (MQ=255) aTGTCTGGATCGAGATTGCTGAAGTTTGTTAACTTCGACTTGTCGATCTTCTGGATCATCCCTTCTTTa < 1:2665351/69‑1 (MQ=255) tGGATCGAGGTTGCTGAAATTGCTTAACTTCGACTTGTc < 1:681038/39‑1 (MQ=25) gaTTGCTGAAGTTTGTTAACTTCGACTTGTCGATCTTCTGGATCATCCCTTCTTTACGCATTTTATCaa < 1:1700187/69‑1 (MQ=255) gaTTGCTGAAGTTTGTTAACTTCGACTTGTCGATCTTCTGGATCATCCCTTCTTTACGCATTTTATCaa < 1:1153701/69‑1 (MQ=255) gaTTGCTGAAGTTTGTTAACTTCGACTTGTCGATCTTCTGGATCATCCCTTCTTTACGCATTTTATCaa < 1:3140345/69‑1 (MQ=255) gaTTGCTGAAGTTTGTTAACTTCGACTTGTCGATCTTCTGGATCATCCCTTCTTTACGCATTTTATCaa < 1:1353980/69‑1 (MQ=255) gaTTGCTGAAGTTTGTTAACTTCGACTTGTCGATCTTCTGGATCATCCCTTCTTTACGCATTTTATCaa < 1:1491151/69‑1 (MQ=255) gaTTGCTGAAGTTTGTTAACTTCGACTTGTCGATCTTCTGGATCATCCCTTCTTTACGCATTTTATCaa < 1:3259014/69‑1 (MQ=255) gaTTGCTGAAGTTTGTTAACTTCGACTTGTCGATCTTCTGGATCATCCCTTCTTTACGCATTTTATCaa < 1:2911851/69‑1 (MQ=255) gaTTGCTGAAGTTTGTTAACTTCGACTTGTCGATCTTCTGGATCATCCCTTCTTTACGCATTTTATCaa < 1:342518/69‑1 (MQ=255) gaTTGCTGAAGTTTGTTAACTTCGACTTGTCGATCTTCTGGATCATCCCTTCTTTACGCATTTTATCaa < 1:1808225/69‑1 (MQ=255) gaTTGCTGAAGTTTGTTAACTTCGACTTGTCGATCTTCTGGATCATCCCTTCTTTACGCATTTTATCaa < 1:3419579/69‑1 (MQ=255) gaTTGCGGAAGTTTGTTAACTTCGACTTGTCGATCTTCTGGATCATCCCTTCTTTACGCATTTTATCaa < 1:1801773/69‑1 (MQ=255) tGCTGAAGTTTGTTAACTTCGACTTGTCGATCTTCTGGATCATCCCTTCTTTACGCATTTTATCAACGt < 1:814886/69‑1 (MQ=255) tGCTGAAGTTTGTTAACTTCGACTTGTCGATCTTCTGGATCATCCCTTCTTTACGCATTTTATCAACGt < 1:2794337/69‑1 (MQ=255) tGCTGAAGTTTGTTAACTTCGACTTGTCGATCTTCTGGATCATCCCTTCTTTACGCATTTTATCAACGt < 1:1284535/69‑1 (MQ=255) tGCTGAAGTTTGTTAACTTCGACTTGTCGATCTTCTGGATCATCCCTTCTTTACGCATTTTATCAACGt < 1:2486991/69‑1 (MQ=255) tGCTGAAGTTTGTTAACTTCGACTTGTCGATCTTCTGGATCATCCCTTCTTTACGCATTTTATCAACGt < 1:254848/69‑1 (MQ=255) tGCTGAAGTTTGTTAACTTCGACTTGTCGATCTTCTGGATCATCCCTTATTTACGCATTTTATCAACGt < 1:817840/69‑1 (MQ=255) tGAAGTTTGTTAACTTCGACTTGTCGATCTTCTGGATCATCCCTTCTTTACGCATTTTATCTACGTaa < 1:1580531/68‑1 (MQ=255) tGAAGTTTGTTAACTTCGACTTGTCGATCTTCTGGATCATCCCTTCTTTACGCATTTTATCAACGTaa < 1:1462758/68‑1 (MQ=255) tGAAGTTTGTTAACTTCGACTTGTCGATCTTCTGGATCATCCCTTCTTTACGCATTTTATCAACGTaa < 1:2703173/68‑1 (MQ=255) gAAGTTTGTTAACTTCGACTTGTCGATCTTCTGGATCATCCCTTCTTTACGCATTTTATCAACGt < 1:364204/65‑1 (MQ=255) | TAGTCGTTATTCGGGTCAAAAGGCTTGTTGAGCATGTCTGGATCGAGATTGCTGAAGTTTGTTAACTTCGACTTGTCGATCTTCTGGATCATCCCTTCTTTACGCATTTTATCAACGTAA > minE/761711‑761830 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |