| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 768,228 | G→A | 34.4% | Y268Y (TAC→TAT) | phoQ ← | sensory histidine kinase in two‑compoent regulatory system with PhoP |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 768,228 | 0 | G | A | 34.4% | 40.9 / 31.0 | 58 | Y268Y (TAC→TAT) | phoQ | sensory histidine kinase in two‑compoent regulatory system with PhoP |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (15/23); new base A (3/17); total (18/40) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.56e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.01e-01 | |||||||||||
CGCAGCGTACTTTGCAGCACCGCCAGTGGCGTTTTCAGACTATGGGTCAGGTCGGTGAGCGTCGTACGGTATTTGTCGTAACGTTCGCGTTCACTTTTTAACAATCGGTTCAGGTTTCGTACCAGACTGGTC > minE/768160‑768291 | cGCAGCGTACTTTGCAGCACCGCCAGTGGCGTTTTCAGACTATGGGTCAGGTCGGTGAGCGTCGTACgg < 1:202851/69‑1 (MQ=255) gCAGCGTACTTTGCAGCACCGCCAGTGGCGTTTTCAGACTATGGGTCAGGTCGGTGATCGTCGTACGGt < 1:627239/69‑1 (MQ=255) gCAGCGTACTTTGCAGCACCGCCAGTGGCGTTTTCAGACTATGGGTCAGGTCGGTGAGCGTCGTACgg < 1:2419284/68‑1 (MQ=255) gCAGCGTACTTTGCAGCACCGCCAGTGGCGTTTTCAGACTATGGGTCAGGTCGGTGAGCGTCGTACGGt < 1:2158291/69‑1 (MQ=255) gCAGCGTACTTTGCAGCACCGCCAGTGGCGTTTTCAGACTATGGGTCAGGTCGGTGAGCGTCGTACGGt < 1:2064040/69‑1 (MQ=255) gCAGCGTACTTTGCAGCACCGCCAGTGGCGTTTTCAGACTATGGGTCAGGTCGGTGAGCGTCGTACGGt < 1:1302999/69‑1 (MQ=255) gCAGCGTACTTTGCAGCACCGCCAGTGGCGTTTTCAGACTATGGGTCAGGTCGGTGAGCGTCGTACGGt < 1:3187764/69‑1 (MQ=255) cAGCGTACTTTGCAGCACCGCCAGTGGCGTTTTCAGACTATGGGTCAGGTCGGTGAGCGTCGTACTGTa < 1:1437706/69‑1 (MQ=255) cAGCGTACTTTGCAGCACCGCCAGTGGCGTTTTCAGACTATGGGTCAGGTCGGTGAGCGTCGTACGGTa < 1:1058165/69‑1 (MQ=255) cAGCGTACTTTGCAGCACCGCCAGTGGCGTTTTCAGACTATGGGTCAGGTCGGTGAGCGTCGTACGGTa < 1:2402106/69‑1 (MQ=255) cAGCGTACTTTGCAGCACCGCCAGTGGCGTTTTCAGACTATGGGTCAGGTCGGTGAGCGTCGTACGGTa < 1:180877/69‑1 (MQ=255) cAGCGTACTTTGCAGCACCGCCAGTGGCGTTTTCAGACTATGGGTCAGGTCGGTGAGCGTCGTACGGTa < 1:16408/69‑1 (MQ=255) cAGCGTACTTTGCAGCACCGCCAGTGGCGTTTTCAGACTATGGGTCAGGTCGGTGAGCGTCGTACGGTa < 1:3049396/69‑1 (MQ=255) cAGCGTACTTTGCAGCACCGCCAGTGGCGTTTTCAGACTATGGGTCAGGTCGGTGAGCGTCGTACGGTa < 1:1340447/69‑1 (MQ=255) cAGCGTACTTTGCAGCACCGCCAGTGGCGTTTTCAGACTATGGGTCAGGTCGGTGAGCGTCGTACGGTa < 1:535544/69‑1 (MQ=255) cAGCGTACTTTGCAGCACCGCCAGTGGCGTTTTCAGACTATGGGTCAGGTCGGTGAGCGTCGTACGGTa < 1:662577/69‑1 (MQ=255) cAGCGTACTTTGCAGCACCGCCAGTGGCGTTTTCAGACTATGGGTCAGGTCGGTGAGCGTCGTACGGTa < 1:812323/69‑1 (MQ=255) aGCGTACTTTGCAGCACCGCCAGTGGCGTTTTCAGACTATGGGTCAGGTCGGTGAGCGTCGTACGGTa < 1:3431611/68‑1 (MQ=255) agcaCCGCCAGTGGCGTTTTCAGACTATGGGTCAGGTCGGTGAGCGTCGTACGATATTTGTCGTAACGt > 1:1626321/1‑69 (MQ=255) agcaCCGCCAGTGGCGTTTTCAGACTATGGGTCAGGTCGGTGAGCGTCGTACGATATTTGTCGTAACGt > 1:2514984/1‑69 (MQ=255) agcaCCGCCAGTGGCGTTTTCAGACTATGGGTCAGGTCGGTGAGCGTCGTACGATATTTGTCGTAACGt > 1:216123/1‑69 (MQ=255) gcaCCGCGAGTGGCGTTTTCAGACTATGGGTCAGGTCGGTGAGCGTCGTACGGTa < 1:2314222/55‑1 (MQ=255) ccAGTGGCGTTTTCAGACTATGGGTCAGGTCGGTGAGCGTCGTACGGTa < 1:3397626/49‑1 (MQ=255) gTGGCGTTTTCAGACTATGGGTCAGGTCGGTGAGCGTCGTACGGTATTTGTCGTAACGTTCGCGTTCAc < 1:283298/69‑1 (MQ=255) ttgCGTTTTCAGACTATGGGTCAGGTCGGTGAGCGTCGTACGGTa < 1:662517/43‑1 (MQ=255) gCGTTTTCAGACTATGGGTCAGGTCGGTGAGCGTCGTACGGTa < 1:2318006/43‑1 (MQ=255) gCGTTTTCAGACTATGGGTCAGGTCGGTGAGCGTCGTACGGTATTTGTCGTAACGTTCGCGTTCACtt > 1:933268/1‑68 (MQ=255) ttCAGACTATGGGTCAGGTCGGTGAGCGTCGTACGGTATTTGTCGTAACGTTCGCGTTCACTTTTTAAc < 1:189727/69‑1 (MQ=255) cTATGGGTCAGGTCGGTGAGCGTCGTACGGTATTTGTCGTAACGTTCGCGTTCACTTTTTAACAATCgg < 1:580871/69‑1 (MQ=255) tGGGTCAGGTCGGTGAGCGTCGTACGGTATTTGTCGTAACGTTCGCGTTCACTTTTTAACAATCGGTTc > 1:1113015/1‑69 (MQ=255) tGGGTCAGGTCGGTGAGCGTCGTACGGTATTTGTCGTAACGTTCGCGTTCACTTTTTAACAATCGGTTc > 1:1907952/1‑69 (MQ=255) tGGGTCAGGTCGGTGAGCGTCGTACGGTATTTGTCGTAACGTTCGCGTTCACTTTTTAACAATCGGTTc > 1:1728029/1‑69 (MQ=255) tGGGTCAGGTCGGTGAGCGTCGTACGGTATTTGTCGTAACGTTCGCGTTCACTTTTTAACAATCGGTTc > 1:2791090/1‑69 (MQ=255) tGGGTCAGGTCGGTGAGCGTCGTACGGTATTTGTCGTAACGTTCGCGTTCACTTTTTAACAATCGGTTc > 1:1154012/1‑69 (MQ=255) cGGTGAGCGTCGTACGGTATTTGTCGTAACGTTCGCGTTCACTTTTTAACAATCGGTTCAGGTTTCGt > 1:1280788/1‑68 (MQ=255) cGGTGAGCGTCGTACGGTATTTGTCGTAACGTTCGCGTTCACTTTTTAACAATCGGTTCAGGTTTCGt > 1:418225/1‑68 (MQ=255) cGGTGAGCGTCGTACGGTATTTGTCGTAACGTTCGCGTTCACTTTTTAACAATCGGTTCAGGTTTCGt > 1:388377/1‑68 (MQ=255) cGGTGAGCGTCGTACGGTATTTGTCGTAACGTTCGCGTTCACTTTTTAACAATCGGTTCAGGTTTCGt > 1:1529335/1‑68 (MQ=255) cGGTGAGCGTCGTACGGTATTTGTCGTAACGTTCGCGTTCACTTTTTAACAATCGGTTCAGGTTTCGt > 1:2335636/1‑68 (MQ=255) gtcgtACGATATTTGTCGTAACGTTCGCGTTCACTTTTTAACAGTCGGTTCAGGTTTCGTACCAGACTg < 1:290117/69‑1 (MQ=255) gtcgtACGATATTTGTCGTAACGTTCGCGTTCACTTTTTAACAGTCGGTTCAGGTTTCGTACCAGACTg < 1:1324565/69‑1 (MQ=255) gtcgtACGATATTTGTCGTAACGTTCGCGTTCACTTTTTAACAGTCGGTTCAGGTTTCGTACCAGACTg < 1:440871/69‑1 (MQ=255) gtcgtACGATATTTGTCGTAACGTTCGCGTTCACTTTTTAACAGTCGGTTCAGGTTTCGTACCAGACTg < 1:1741757/69‑1 (MQ=255) gtcgtACGATATTTGTCGTAACGTTCGCGTTCACTTTTTAACAGTCGGTTCAGGTTTCGTACCAGACTg < 1:2780576/69‑1 (MQ=255) gtcgtACGATATTTGTCGTAACGTTCGCGTTCACTTTTTAACAGTCGGTTCAGGTTTCGTACCAGACTg < 1:1377229/69‑1 (MQ=255) gtcgtACGATATTTGTCGTAACGTTCGCGTTCACTTTTTAACAGTCGGTTCAGGTTTCGTACCAGACTg < 1:3400868/69‑1 (MQ=255) gtcgtACGATATTTGTCGTAACGTTCGCGTTCACTTTTTAACAGTCGGTTCAGGTTTCGTACCAGACTg < 1:1398755/69‑1 (MQ=255) gtcgtACGATATTTGTCGTAACGTTCGCGTTCACTTTTTAACAGTCGGTTCAGGTTTCGTACCAGACTg < 1:32631/69‑1 (MQ=255) gtcgtACGATATTTGTCGTAACGTTCGCGTTCACTTTTTAACAGTCGGTTCAGGTTTCGTACCAGACTg < 1:1399689/69‑1 (MQ=255) gtcgtACGATATTTGTCGTAACGTTCGCGTTCACTTTTTAACAGTCGGTTCAGGTTTCGTACCAGACTg < 1:1501092/69‑1 (MQ=255) gtcgtACGATATTTGTCGTAACGTTCGCGTTCACTTTTTAACAGTCGGTTCAGGTTTCGTACCAGACTg < 1:3025811/69‑1 (MQ=255) gtcgtACGATATTTGTCGTAACGTTCGCGTTCACTTTTTAACAGTCGGTTCAGGTTTCGTACCAGACTg < 1:3021683/69‑1 (MQ=255) gtcgtACGATATTTGTCGTAACGTTCGCGTTCACTTTTTAACAGTCGGTTCAGGTTTCGTACCAGACTg < 1:2967579/69‑1 (MQ=255) atcgtACGATATTTGTCGTAACGTTCGCGTTCACTTTTTAACAGTCGGTTCAGGTTTCGTACCAGACTg < 1:3274733/68‑1 (MQ=255) tcgtACGATATTTGTCGTAACGTTCGCGTTCACTTTTTAACAGTCGGTTCAGGTTTCGTACCAGACTg < 1:1015313/68‑1 (MQ=255) gtACGGTATTTGTCGTAACGTTCGCGTTCACTTTTTAACAATCGGTTCAGGTTTCGTACCAGACTGGTc > 1:2840487/1‑69 (MQ=255) gtACGGTATTTGTCGTAACGTTCGCGTTCACTTTTTAACAATCGGTTCAGGTTTCGTACCAGACTGGTc > 1:1931800/1‑69 (MQ=255) gtACGGTATTTGTCGTAACGTTCGCGTTCACTTTTTAACAATCGGTTCAGGTTTCGTACCAGACTGGTc > 1:852748/1‑69 (MQ=255) gtACGGTATTTGTCGTAACGTTCGCGTTCACTTTTTAACAATCGGTTCAGGTTTCGTACCAGACTGGTc > 1:2236270/1‑69 (MQ=255) gtACGATATTTGTCGTAACGTTCGCGTTCACTTTTTAACAGTCGGTTCAGGTTTCGTACCAGACTg < 1:1324081/66‑1 (MQ=255) | CGCAGCGTACTTTGCAGCACCGCCAGTGGCGTTTTCAGACTATGGGTCAGGTCGGTGAGCGTCGTACGGTATTTGTCGTAACGTTCGCGTTCACTTTTTAACAATCGGTTCAGGTTTCGTACCAGACTGGTC > minE/768160‑768291 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |