| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 775,331 | C→T | 65.8% | G318G (GGC→GGT) | icd → | isocitrate dehydrogenase, specific for NADP+ |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 775,331 | 0 | C | T | 65.8% | 20.1 / 16.5 | 35 | G318G (GGC→GGT) | icd | isocitrate dehydrogenase, specific for NADP+ |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (7/5); new base T (7/16); total (14/21) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.53e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.66e-01 | |||||||||||
ATGTTATCGCCTGTATGAACCTGAACGGTGACTACATTTCTGACGCCCTGGCAGCGCAGGTTGGCGGTATCGGTATCGCCCCTGGTGCAAACATCGGTGACGAATGCGCCCTGTTTGAAGCCA > minE/775267‑775389 | atgTTATCGCCTGTATGAACCTGAACGGTGACTACATTTCTGACGCCCTGGCAGCGCAGGTTGGcggta > 1:922987/1‑69 (MQ=255)atgTTATCGCCTGTATGAACCTGAACGGTGACTACATTTCTGACGCCCTGGCAGCGCAGGTTGGcggta > 1:512675/1‑69 (MQ=255)atgTTATCGCCTGTATGAACCTGAACGGTGACTACATTTCTGACGCCCTGGCAGCGCAGGTTGGcggta > 1:491113/1‑69 (MQ=255)atgTTATCGCCTGTATGAACCTGAACGGTGACTACATTTCTGACGCCCTGGCAGCGCAGGTTGGcggta > 1:3112337/1‑69 (MQ=255)atgTTATCGCCTGTATGAACCTGAACGGTGACTACATTTCTGACGCCCTGGCAGCGCAGGTTGGcggta > 1:1560415/1‑69 (MQ=255)atgTTATCGCCTGTATGAACCTGAACGGTGACTACATTTCTGACGCCCTGGCAGCGCAGGTTGGcggta > 1:1945837/1‑69 (MQ=255)atgTTATCGCCTGTATGAACCTGAACGGTGACTACATTTCTGACGCCCTGGCAGCGCAGGTTGGcggt > 1:3389648/1‑68 (MQ=255) ttATCGCCTGTATGAACCTGAACGGTGACTACATTTCTGACGCCCTGGCAGCGCAGGTTGGcggtatc > 1:113651/1‑68 (MQ=255) ttATCGCCTGTATGAACCTGAACGGTGACTACATTTCTGACGCCCTGGCAGCGCAGGTTGGcggtatc > 1:3392192/1‑68 (MQ=255) ttATCGCCTGTATGAACCTGAACGGTGACTACATTTCTGACGCCCTGGCAGCGCAGGTTGGcggtatc > 1:3095510/1‑68 (MQ=255) ttATCGCCTGTATGAACCTGAACGGTGACTACATTTCTGACGCCCTGGCAGCGCAGGTTGGcggtatc > 1:2931121/1‑68 (MQ=255) ttATCGCCTGTATGAACCTGAACGGTGACTACATTTCTGACGCCCTGGCAGCGCAGGTTGGcggtatc > 1:1975961/1‑68 (MQ=255) ttATCGCCTGTATGAACCTGAACGGTGACTACATTTCTGACGCCCTGGCAGCGCAGGTTGGcggtatc > 1:1974388/1‑68 (MQ=255) aTCGCCTGTATGAACCTGAACGGTGACTACATTTCTGACGCCCTGGCAGCGCAGGTTGGcggtatcggt < 1:3170704/69‑1 (MQ=255) aTCGCCTGTATGAACCTGAACGGTGACTACATTTCTGACGCCCTGGCAGCGCAGGTTGGcggtatcggt < 1:2997003/69‑1 (MQ=255) aTCGCCTGTATGAACCTGAACGGTGACTACATTTCTGACGCCCTGGCAGCGCAGGTTGGcggtatcggt < 1:3016185/69‑1 (MQ=255) aTCGCCTGTATGAACCTGAACGGTGACTACATTTCTGACGCCCTGGCAGCGCAGGTTGGcggtatcggt < 1:2005675/69‑1 (MQ=255) gCCTGTATGAACCTGAACGGTGACTACATTTCTGACGCCCTGGCAGCGCAGGTTGGcggtatctgt < 1:1832796/66‑1 (MQ=255) gCCTGTATGAACCTGAACGGTGACTACATTTCTGACGCCCTGGCAGCGCAGGTTGGcggtatcggtat > 1:323012/1‑68 (MQ=255) gCCTGTATGAACCTGAACGGTGACTACATTTCTGACGCCCTGGCAGCGCAGGTTGGcggtatcggt < 1:1464220/66‑1 (MQ=255) gCCTGTATGAACCTGAACGGTGACTACATTTCTGACGCCCTGGCAGCGCAGGTTGGcggtatcggt < 1:1450391/66‑1 (MQ=255) gCCTGTATGAACCTGAACGGTGACTACATTTCTGACGCCCTGGCAGCGCAGGTTGGcggtatcggt < 1:2303270/66‑1 (MQ=255) gCCTGTATGAACCTGAACGGTGACTACATTTCTGACGCCCTGGCAGCGCAGGTTGGcggtatcggt < 1:2176850/66‑1 (MQ=255) gCCTGTATGAACCTGAACGGTGACTACATTTCTGACGCCCTGGCAGCGCAGGTTGGcggtatcggt < 1:2111568/66‑1 (MQ=255) gCCTGTATGAACCTGAACGGTGACTACATTTCTGACGCCCTGGCAGCGCAGGTTGGcggtatcggt < 1:63891/66‑1 (MQ=255) gCCTGTATGAACCTGAACGGTGACTACATTTCTGACGCCCTGGCAGCGCAGGTTGGcggtatcggt < 1:1514256/66‑1 (MQ=255) gCCTGTATGAACCTGAACGGTGACTACATTTCTGACGCCCTGGCAGCGCAGGTTGGcggtatcggt < 1:2883178/66‑1 (MQ=255) gCCTGTATGAACCTGAACGGTGACTACATTTCTGACGCCCTGGCAGCGCAGGTTGGCggtatcggtatc > 1:3110521/1‑69 (MQ=255) gCCTGAATGAACCTGAACGGTGACTACATTTCTGACGCCCTGGCAGCGCAGGTTGGCggtatcggtatc > 1:2487442/1‑69 (MQ=255) ccTGTATGAACCTGAACGGTGACTACATTTCTGACGCCCTGGCAGCGCAGGTTGGcggtatcggt < 1:554822/65‑1 (MQ=255) gTATGAACCTGAACGGTGACTACATTTCTGACGCCCTGGCAGCGCAGGTTGGCGGTATCGGTATCGccc > 1:330416/1‑69 (MQ=255) tGAACCTGAACGGTGACTACATTTGTGACGCCCTGGCAGCGCAGGTTGGcggtatcggt > 1:2695925/1‑59 (MQ=255) tGAACCTGAACGGTGACTACATTTCTGCCGCCCTGGCAGCGCAGGTTGGcggtatcggt > 1:1356292/1‑59 (MQ=255) tGAACCTGAACGGTGACTACATTTCTGACGCCCTGGCAGCGCAGGTTGGcggtatcggt > 1:2273255/1‑59 (MQ=255) tGAACCTGAACGGTGACTACATTTCTGACGCCCTGGCAGCGCAGGTTGGcggtatcggt > 1:3365540/1‑59 (MQ=255) tGAACCTGAACGGTGACTACATTTCTGACGCCCTGGCAGCGCAGGTTGGcggtatcggt > 1:1347738/1‑59 (MQ=255) tGAACCTGAACGGTGACTACATTTCTGACGCCCTGGCAGCGCAGGTTGGcggtatcggt > 1:343546/1‑59 (MQ=255) tGAACCTGAACGGTGACTACATTTCTGACGCCCTGGCAGCGCAGGTTGGcggtatcggt > 1:1893326/1‑59 (MQ=255) tGAACCTGAACGGTGACTACATTTCTGACGCCCTGGCAGCGCAGCTTGGcggtatcggt > 1:1017251/1‑59 (MQ=255) tGAACCTGAACGGTGACTACAATTCTGACGCCCTGGCAGCGCAGGTTGGcggtatcggt > 1:2769184/1‑59 (MQ=255) cTGAACGGTGACTACATTTCTGACGCCCTGGCAGCGCAGGTTGGCGGTATCGGTATCGCCCCTGGTGCa < 1:1715096/69‑1 (MQ=255) cGGTGACTACATTTCTGACGCCCTGGCAGCGCAGGTTGGTGTTATCGGTATCGCCCCTGGCGCAAACAt < 1:3030795/69‑1 (MQ=255) cGGTGACTACATTTCTGACGCCCTGGCAGCGCAGGTTGGTGGTATCGGTATCGCCCCTGGCGCAAACAt < 1:1529713/69‑1 (MQ=255) cGGTGACTACATTTCTGACGCCCTGGCAGCGCAGGTTGGTGGTATCGGTATCGCCCCTGGCGCAAACAt < 1:2665349/69‑1 (MQ=255) cGGTGACTACATTTCTGACGCCCTGGCAGCGCAGGTTGGTGGTATCGGTATCGCCCCTGGCGCAAACAt < 1:2618193/69‑1 (MQ=255) cGGTGACTACATTTCTGACGCCCTGGCAGCGCAGGTTGGTGGTATCGGTATCGCCCCTGGCGCAAACAt < 1:2555419/69‑1 (MQ=255) cGGTGACTACATTTCTGACGCCCTGGCAGCGCAGGTTGGTGGTATCGGTATCGCCCCTGGCGCAAACAt < 1:2540510/69‑1 (MQ=255) cGGTGACTACATTTCTGACGCCCTGGCAGCGCAGGTTGGTGGTATCGGTATCGCCCCTGGCGCAAACAt < 1:2486650/69‑1 (MQ=255) cGGTGACTACATTTCTGACGCCCTGGCAGCGCAGGTTGGTGGTATCGGTATCGCCCCTGGCGCAAACAt < 1:3134522/69‑1 (MQ=255) cGGTGACTACATTTCTGACGCCCTGGCAGCGCAGGTTGGTGGTATCGGTATCGCCCCTGGCGCAAACAt < 1:2176113/69‑1 (MQ=255) cGGTGACTACATTTCTGACGCCCTGGCAGCGCAGGTTGGTGGTATCGGTATCGCCCCTGGCGCAAACAt < 1:2471326/69‑1 (MQ=255) cGGTGACTACATTTCTGACGCCCTGGCAGCGCAGGTTGGTGGTATCGGTATCGCCCCTGGCGCAAACAt < 1:882427/69‑1 (MQ=255) cGGTGACTACATTTCTGACGCCCTGGCAGCGCAGGTTGGTGGTATCGGTATCGCCCCTGGCGCAAACAt < 1:652842/69‑1 (MQ=255) cGGTGACTACATTTCTGACGCCCTGGCAGCGCAGGTTGGTGGTATCGGTATCGCCCCTGGCGCAAACAt < 1:1637771/69‑1 (MQ=255) ggTGACTACATTTCTGACGCCCTGGCAGCGCAGGTTGGTGGTATCGGTATCGCCCCTGGCGCAAACAt < 1:525659/68‑1 (MQ=255) ggTGACTACATTTCTGACGCCCTGGCAGCGCAGGTTGGTGGTATCGGTATCGCCCCTGGCGCAAACAt < 1:2064830/68‑1 (MQ=255) ggTGACTACATTTCTGACGCCCTGGCAGCGCAGGTTGGTGGTATCGGTATCGCCCCTGGCGCAAACAt < 1:2529456/68‑1 (MQ=255) aCATTTCTGACGCCCTGGCAGCGCAGGTTGGCGGTATCGGTATCGCCCCTGGTGCAAACATCGGTGACg < 1:530581/69‑1 (MQ=255) aCATTTCTGACGCCCTGGCAGCGCAGGTTGGCGGTATCGGTATCGCCCCTGGTGCAAACATCGGTGACg < 1:3161336/69‑1 (MQ=255) aCATTTCTGACGCCCTGGCAGCGCAGGTTGGCGGTATCGGTATCGCCCCTGGTGCAAACATCGGTGACg < 1:288716/69‑1 (MQ=255) aCATTTCTGACGCCCTGGCAGCGCAGGTTGGCGGTATCGGTATCGCCCCTGGTGCAAACATCGGTGACg < 1:1598977/69‑1 (MQ=255) tttCTGACGCCCTGGCAGCGCAGGTTGGCGGTATCGGTATCGCCCCTGGTGCAAACATCGGTGACGAAt > 1:3390580/1‑69 (MQ=255) cccTGGCAGCGCAGGTTGGTGGTATCGGTATCGCCCCTGGCGCAAACATCGGTGACGAATgcgc > 1:1677111/1‑64 (MQ=255) cccTGGCAGCGCAGGTTGGTGGTATCGGTATCGCCCCTGGCGCAAACATCGGTGACGAATGCGCCCTg > 1:2299313/1‑68 (MQ=255) cccTGGCAGCGCAGGTTGGTGGTATCGGTATCGCCCCTGGCGCAAACATCGGTGACGAATGCGCCCTGt > 1:113976/1‑69 (MQ=255) cccTGGCAGCGCAGGTTGGTGGTATCGGTATCGCCCCTGGCGCAAACATCGGTGACGAATGCGCCCTGt > 1:1243583/1‑69 (MQ=255) cccTGGCAGCGCAGGTTGGTGGTATCGGTATCGCCCCTGGCGCAAACATCGGTGACGAATGCGCCCTGt > 1:699279/1‑69 (MQ=255) cccTGGCAGCGCAGGTTGGTGGTATCGGTATCGCCCCTGGCGCAAACATCGGTGACGAATGCGCCCTGt > 1:3176067/1‑69 (MQ=255) cccTGGCAGCGCAGGTTGGTGGTATCGGTATCGCCCCTGGCGCAAACATCGGTGACGAATGCGCCCTGt > 1:2737077/1‑69 (MQ=255) gcAGGTTGGCGGTATCGGTATCGCCCCTGGTGCAAACATCGGTGACGAATGCGCCCTGTTTGAAGcca > 1:3242865/1‑68 (MQ=255) gcAGGTTGGCGGTATCGGTATCGCCCCTGGTGCAAACATCGGTGACGAATGCGCCCTGTTTGAAGcca > 1:2350532/1‑68 (MQ=255) gcAGGTTGGCGGTATCGGTATCGACCCTGGTGCAAACATCGGTGACGAATGCGCCCTGTTTGAAGcca > 1:1941157/1‑68 (MQ=255) | ATGTTATCGCCTGTATGAACCTGAACGGTGACTACATTTCTGACGCCCTGGCAGCGCAGGTTGGCGGTATCGGTATCGCCCCTGGTGCAAACATCGGTGACGAATGCGCCCTGTTTGAAGCCA > minE/775267‑775389 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |