| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 775,352 | T→C | 51.2% | G325G (GGT→GGC) | icd → | isocitrate dehydrogenase, specific for NADP+ |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 775,352 | 0 | T | C | 51.2% | ‑1.9 / 37.2 | 45 | G325G (GGT→GGC) | icd | isocitrate dehydrogenase, specific for NADP+ |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (15/7); new base C (7/16); total (22/23) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.74e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CTGAACGGTGACTACATTTCTGACGCCCTGGCAGCGCAGGTTGGCGGTATCGGTATCGCCCCTGGTGCAAACATCGGTGACGAATGCGCCCTGTTTGAAGCCACCCACGGTACTGCGCCGAAATATGCCG > minE/775287‑775416 | cTGAACGGTGACTACATTTCTGACGCCCTGGCAGCGCAGGTTGGCGGTATCGGTATCGCCCCTGGTGCa < 1:1715096/69‑1 (MQ=255) cGGTGACTACATTTCTGACGCCCTGGCAGCGCAGGTTGGTGTTATCGGTATCGCCCCTGGCGCAAACAt < 1:3030795/69‑1 (MQ=255) cGGTGACTACATTTCTGACGCCCTGGCAGCGCAGGTTGGTGGTATCGGTATCGCCCCTGGCGCAAACAt < 1:882427/69‑1 (MQ=255) cGGTGACTACATTTCTGACGCCCTGGCAGCGCAGGTTGGTGGTATCGGTATCGCCCCTGGCGCAAACAt < 1:652842/69‑1 (MQ=255) cGGTGACTACATTTCTGACGCCCTGGCAGCGCAGGTTGGTGGTATCGGTATCGCCCCTGGCGCAAACAt < 1:3134522/69‑1 (MQ=255) cGGTGACTACATTTCTGACGCCCTGGCAGCGCAGGTTGGTGGTATCGGTATCGCCCCTGGCGCAAACAt < 1:1529713/69‑1 (MQ=255) cGGTGACTACATTTCTGACGCCCTGGCAGCGCAGGTTGGTGGTATCGGTATCGCCCCTGGCGCAAACAt < 1:2665349/69‑1 (MQ=255) cGGTGACTACATTTCTGACGCCCTGGCAGCGCAGGTTGGTGGTATCGGTATCGCCCCTGGCGCAAACAt < 1:2618193/69‑1 (MQ=255) cGGTGACTACATTTCTGACGCCCTGGCAGCGCAGGTTGGTGGTATCGGTATCGCCCCTGGCGCAAACAt < 1:1637771/69‑1 (MQ=255) cGGTGACTACATTTCTGACGCCCTGGCAGCGCAGGTTGGTGGTATCGGTATCGCCCCTGGCGCAAACAt < 1:2555419/69‑1 (MQ=255) cGGTGACTACATTTCTGACGCCCTGGCAGCGCAGGTTGGTGGTATCGGTATCGCCCCTGGCGCAAACAt < 1:2540510/69‑1 (MQ=255) cGGTGACTACATTTCTGACGCCCTGGCAGCGCAGGTTGGTGGTATCGGTATCGCCCCTGGCGCAAACAt < 1:2486650/69‑1 (MQ=255) cGGTGACTACATTTCTGACGCCCTGGCAGCGCAGGTTGGTGGTATCGGTATCGCCCCTGGCGCAAACAt < 1:2471326/69‑1 (MQ=255) cGGTGACTACATTTCTGACGCCCTGGCAGCGCAGGTTGGTGGTATCGGTATCGCCCCTGGCGCAAACAt < 1:2176113/69‑1 (MQ=255) ggTGACTACATTTCTGACGCCCTGGCAGCGCAGGTTGGTGGTATCGGTATCGCCCCTGGCGCAAACAt < 1:2529456/68‑1 (MQ=255) ggTGACTACATTTCTGACGCCCTGGCAGCGCAGGTTGGTGGTATCGGTATCGCCCCTGGCGCAAACAt < 1:525659/68‑1 (MQ=255) ggTGACTACATTTCTGACGCCCTGGCAGCGCAGGTTGGTGGTATCGGTATCGCCCCTGGCGCAAACAt < 1:2064830/68‑1 (MQ=255) aCATTTCTGACGCCCTGGCAGCGCAGGTTGGCGGTATCGGTATCGCCCCTGGTGCAAACATCGGTGACg < 1:3161336/69‑1 (MQ=255) aCATTTCTGACGCCCTGGCAGCGCAGGTTGGCGGTATCGGTATCGCCCCTGGTGCAAACATCGGTGACg < 1:288716/69‑1 (MQ=255) aCATTTCTGACGCCCTGGCAGCGCAGGTTGGCGGTATCGGTATCGCCCCTGGTGCAAACATCGGTGACg < 1:530581/69‑1 (MQ=255) aCATTTCTGACGCCCTGGCAGCGCAGGTTGGCGGTATCGGTATCGCCCCTGGTGCAAACATCGGTGACg < 1:1598977/69‑1 (MQ=255) tttCTGACGCCCTGGCAGCGCAGGTTGGCGGTATCGGTATCGCCCCTGGTGCAAACATCGGTGACGAAt > 1:3390580/1‑69 (MQ=255) cccTGGCAGCGCAGGTTGGTGGTATCGGTATCGCCCCTGGCGCAAACATCGGTGACGAATgcgc > 1:1677111/1‑64 (MQ=255) cccTGGCAGCGCAGGTTGGTGGTATCGGTATCGCCCCTGGCGCAAACATCGGTGACGAATGCGCCCTg > 1:2299313/1‑68 (MQ=255) cccTGGCAGCGCAGGTTGGTGGTATCGGTATCGCCCCTGGCGCAAACATCGGTGACGAATGCGCCCTGt > 1:113976/1‑69 (MQ=255) cccTGGCAGCGCAGGTTGGTGGTATCGGTATCGCCCCTGGCGCAAACATCGGTGACGAATGCGCCCTGt > 1:2737077/1‑69 (MQ=255) cccTGGCAGCGCAGGTTGGTGGTATCGGTATCGCCCCTGGCGCAAACATCGGTGACGAATGCGCCCTGt > 1:1243583/1‑69 (MQ=255) cccTGGCAGCGCAGGTTGGTGGTATCGGTATCGCCCCTGGCGCAAACATCGGTGACGAATGCGCCCTGt > 1:699279/1‑69 (MQ=255) cccTGGCAGCGCAGGTTGGTGGTATCGGTATCGCCCCTGGCGCAAACATCGGTGACGAATGCGCCCTGt > 1:3176067/1‑69 (MQ=255) gcAGGTTGGCGGTATCGGTATCGCCCCTGGTGCAAACATCGGTGACGAATGCGCCCTGTTTGAAGcca > 1:2350532/1‑68 (MQ=255) gcAGGTTGGCGGTATCGGTATCGCCCCTGGTGCAAACATCGGTGACGAATGCGCCCTGTTTGAAGcca > 1:3242865/1‑68 (MQ=255) gcAGGTTGGCGGTATCGGTATCGACCCTGGTGCAAACATCGGTGACGAATGCGCCCTGTTTGAAGcca > 1:1941157/1‑68 (MQ=255) ggtatcgCCCCTGGTGCAAACATCGGTGACGAATGCGCCCTGTTTGAAGCCACCCACGGt > 1:1031347/1‑60 (MQ=255) ggtatcgCCCCTGGTGCAAACATCGGTGACGAATGCGCCCTGTTTGAAGCCACCCACGGTACTgcgc > 1:2590413/1‑67 (MQ=255) ggtatcgCCCCTGGTGCAAACATCGGTGACGAATGCGCCCTGTTTGAAGCCACCCACGGTACTgcgc > 1:1285713/1‑67 (MQ=255) ggtatcgCCCCTGGTGCAAACATCGGTGACGAATGCGCCCTGTTTGAAGCCACCCACGGTACTGCGcc > 1:2767583/1‑68 (MQ=255) ggtatcgCCCCTGGTGCAAACATCGGTGACGAATGCGCCCTGTTTGAAGCCACCCACGGTACTGCGcc > 1:2081850/1‑68 (MQ=255) atcgCCCCTGGTGCAAACATCGGTGACGAATGCGCCCTGTTTGAAGCCACCCACGGTACTGCGCCGaaa < 1:2163458/69‑1 (MQ=255) atcgCCCCTGGTGCAAACATCGGTGACGAATGCGCCCTGTTTGAAGCCACCCACGGTACTGCGCCGaaa < 1:461561/69‑1 (MQ=255) ggTGCAAACATCGGTGACGAATGCGCCCTGTTTGAAGCCACCCACGGTACt > 1:153557/1‑51 (MQ=255) ggTGCAAACATCGGTGACGAATGCGCCCTGTTTGAAGCCACCCACGGTACTGCGCCGAAATATGCCg > 1:2767522/1‑67 (MQ=255) ggTGCAAACATCGGTGACGAATGCGCCCTGTTTGAAGCCACCCACGGTACTGCGCCGAAATATGCCg > 1:155454/1‑67 (MQ=255) ggTGCAAACATCGGTGACGAATGCGCCCTGTTTGAAGCCACCCACGGTACTGCGCCGAAATATGCCg > 1:2412396/1‑67 (MQ=255) ggTGCAAACATCGGTGACGAATGCGCCCTGTTTGAAGCCACCCACGGTACTGCGCCGAAATATGCCg > 1:711982/1‑67 (MQ=255) ggTGCAAACATCGGTGACGAATGCGCCCTGTTTGAAGCCACCCACGGTACTGCGCCGAAATATGCCg > 1:1040734/1‑67 (MQ=255) | CTGAACGGTGACTACATTTCTGACGCCCTGGCAGCGCAGGTTGGCGGTATCGGTATCGCCCCTGGTGCAAACATCGGTGACGAATGCGCCCTGTTTGAAGCCACCCACGGTACTGCGCCGAAATATGCCG > minE/775287‑775416 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |