| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 783,256 | C→T | 51.5% | G92G (GGC→GGT) | umuD → | DNA polymerase V, subunit D |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 783,256 | 0 | C | T | 51.5% | ‑3.0 / 119.7 | 128 | G92G (GGC→GGT) | umuD | DNA polymerase V, subunit D |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (56/6); new base T (24/42); total (80/48) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.29e-10 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.14e-01 | |||||||||||
Only 100 of 129 total aligned reads displayed.
TTACTGATTGTCGATAGCGCTATTACCGCCAGCCATGGTGATATTGTCATCGCTGCTGTTGACGGCGAGTTTACGGTGAAAAAATTGCAACTACGCCCGACGGTACAGCTTATTCCCATGAACAGCGCGTA > minE/783191‑783321 | ttACTGATTGTCGATAGCGCTATTGCCGCCAGCCATGGTGATATTGTCATCGCTGCTGTTGACGGCGAg > 1:2550544/1‑69 (MQ=255)ttACTGATTGTCGATAGCGCTATTACCGCCAGCCATGGTGATATTGTCATCGCTGCTGTTGACGGCGAg > 1:345587/1‑69 (MQ=255)ttACTGATTGTCGATAGCGCTATTACCGCCAGCCATGGTGATATTGTCATCGCTGCTGTTGACGGCGAg > 1:3136351/1‑69 (MQ=255)ttACTGATTGTCGATAGCGCTATTACCGCCAGCCATGGTGATATTGTCATCGCTGCTGTTGACGGCGAg > 1:1593336/1‑69 (MQ=255)ttACTGATTGTCGATAGCGCTATTACCGCCAGCCATGGTGATATTGTCATCGCTGCTGTTGACGGCGAg > 1:2678064/1‑69 (MQ=255)ttACTGATTGTCGATAGCGCTATTACCGCCAGCCATGGTGATATTGTCATCGCTGCTGTTGACGGCGAg > 1:2556477/1‑69 (MQ=255)ttACTGATTGTCGATAGCGCTATTACCGCCAGCCATGGTGATATTGTCATCGCTGCTGTTGACGGCGAg > 1:1683913/1‑69 (MQ=255)ttACTGATTGTCGATAGCGCTATTACCGCCAGCCATGGTGATATTGTCATCGCTGCTGTTGACGGCGAg > 1:1852473/1‑69 (MQ=255) tGTCGATAGCGCTATTACCGCCAGCCATGGTGATATTGTCATCGCTGCTTTTGACGGTGAGTTTACg < 1:64699/67‑1 (MQ=255) tGTCGATAGCGCTATTACCGCCAGCCATGGTGATATTGTCATCGCTGCTGTTGACGGTGAGTTTACg < 1:2432772/67‑1 (MQ=255) tGTCGATAGCGCTATTACCGCCAGCCATGGTGATATTGTCATCGCTGCTGTTGACGGTGAGTTTACg < 1:1433487/67‑1 (MQ=255) tGTCGATAGCGCTATTACCGCCAGCCATGGTGATATTGTCATCGCTGCTGTTGACGGTGAGTTTACg < 1:1843100/67‑1 (MQ=255) tGTCGATAGCGCTATTACCGCCAGCCATGGTGATATTGTCATCGCTGCTGTTGACGGTGAGTTTACg < 1:2182606/67‑1 (MQ=255) tGTCGATAGCGCTATTACCGCCAGCCATGGTGATATTGTCATCGCTGCTGTTGACGGTGAGTTTACg < 1:2188408/67‑1 (MQ=255) tGTCGATAGCGCTATTACCGCCAGCCATGGTGATATTGTCATCGCTGCTGTTGACGGTGAGTTTACg < 1:2415617/67‑1 (MQ=255) tGTCGATAGCGCTATTACCGCCAGCCATGGTGATATTGTCATCGCTGCTGTTGACGGTGAGTTTACg < 1:1025438/67‑1 (MQ=255) tGTCGATAGCGCTATTACCGCCAGCCATGGTGATATTGTCATCGCTGCTGTTGACGGTGAGTTTACg < 1:3034246/67‑1 (MQ=255) tGTCGATAGCGCTATTACCGCCAGCCATGGTGATATTGTCATCGCTGCTGTTGACGGTGAGTTTACg < 1:677842/67‑1 (MQ=255) aGCGCTATTACCGCCAGCCATGGTGATATTGTCATCGCTGCTGTTGACGGCGAGTTTACGGTGaaaa > 1:874939/1‑67 (MQ=255) aGCGCTATTACCGCCAGCCATGGTGATATTGTCATCGCTGCTGTTGACGGCGAGTTTACGGTGaaaa > 1:1124945/1‑67 (MQ=255) aGCGCTATTACCGCCAGCCATGGTGATATTGTCATCGCTGCTGTTGACGGCGAGTTTACGGTGaaaa < 1:1565137/67‑1 (MQ=255) aGCGCTATTACCGCCAGCCATGGTGATATTGTCATCGCTGCTGTTGACGGCGAGTTTACGGTGaaaa < 1:1202215/67‑1 (MQ=255) aGCGCTATTACCGCCAGCCATGGTGATATTGTCATCGCTGCTGTTGACGGCGAGTTTACGGTGaaaa > 1:3185032/1‑67 (MQ=255) aGCGCTATTACCGCCAGCCATGGTGATATTGTCATCGCTGCTGTTGACGGCGAGTTTACGGTGaaaa > 1:1690221/1‑67 (MQ=255) aGCGCTATTACCGCCAGCCATGGTGATATTGTCATCGCTGCTGTTGACGGCGAGTTTACGGTGaaaa > 1:376077/1‑67 (MQ=255) aTTACCGCCAGCCATGGTGATATTGTCATCGCTGCTGTTGACGGCGAGTTTACGGTGAAAAAATTGCa > 1:1128669/1‑68 (MQ=255) aTTACCGCCAGCCATGGTGATATTGTCATCGCTGCTGTTGACGGCGAGTTTACGGTGAAAAAATTGCa > 1:2061008/1‑68 (MQ=255) aCCGCCAGCCATGGTGATATTGTCATCGCTGCTGTTGACGGCGAGTTTACGGTGAAAAAATTGCAACt > 1:2614328/1‑68 (MQ=255) aCCGCCAGCCATGGTGATATTGTCATCGCTGCTGTTGACGGCGAGTTTACGGTGAAAAAATTGCAACTa > 1:914426/1‑69 (MQ=255) aCCGCCAGCCATGGTGATATTGTCATCGCTGCTGTTGACGGCGAGTTTACGGTGAAAAAATTGCAACTa > 1:2651528/1‑69 (MQ=255) aCCGCCAGCCATGGTGATATTGTCATCGCTGCTGTTGACGGCGAGTTTACGGTGAAAAAATTGCAACTa > 1:251195/1‑69 (MQ=255) aCCGCCAGCCATGGTGATATTGTCATCGCTGCTGTTGACGGCGAGTTTACGGTGAAAAAATTGCAACTa > 1:1978876/1‑69 (MQ=255) cGCCAGCCATGGTGATATTGTCATCGCTGCTGTTGACGGTGAGTTTACgg > 1:1030024/1‑50 (MQ=255) cGCCAGCCATGGTGATATTGTCATCGCTGCTGTTGACGGTGAGTTTACGGTGAAAAAATTGCAACTa > 1:1819438/1‑67 (MQ=255) cGCCAGCCATGGTGATATTGTCATCGCTGCTGTTGACGGTGAGTTTACGGTGAAAAAATTGCAACTACg > 1:1101095/1‑69 (MQ=255) cGCCAGCCATGGTGATATTGTCATCGCTGCTGTTGACGGTGAGTTTACGGTGAAAAAATTGCAACTACg > 1:1802668/1‑69 (MQ=255) cGCCAGCCATGGTGATATTGTCATCGCTGCTGTTGACGGTGAGTTTACGGTGAAAAAATTGCAACTACg > 1:2637132/1‑69 (MQ=255) cGCCAGCCATGGTGATATTGTCATCGCTGCTGTTGACGGTGAGTTTACGGTGAAAAAATTGCAACTACg > 1:768725/1‑69 (MQ=255) cGCCAGCCATGGTGATATTGTCATCGCTGCTGTTGACGGTGAGTTTACGGTGAAAAAATTGCAACTACg > 1:2684585/1‑69 (MQ=255) cGCCAGCCATGGTGATATTGTCATCGCTGCTGTTGACGGTGAGTTTACGGTGAAAAAATTGCAACTACg > 1:1586759/1‑69 (MQ=255) cGCCAGCCATGGTGATATTGTCATCGCTGCTGTTGACGGTGAGTTTACGGTGAAAAAATTGCAACTACg > 1:1196811/1‑69 (MQ=255) cGCCAGCCATGGTGATATTGTCATCGCTGCTGTTGACGGTGAGTTTACGGTGAAAAAATTGCAACTACg > 1:2816955/1‑69 (MQ=255) cGCCAGCCATGGTGATATTGTCATCGCTGCTGTTGACGGTGAGTTTACGGTGAAAAAATTGCAACTACg > 1:2246841/1‑69 (MQ=255) cGCCAGCCATGGTGATATTGTCATCGCTGCTGTTGACGGTGAGTTTACGGTGAAAAAATTGCAACTACg > 1:2242786/1‑69 (MQ=255) cGCCAGCCATGGTGATATTGTCATCGCTGCTGTTGACGGTGAGTTTACGGTGAAAAAATTGCAACTACg > 1:2140607/1‑69 (MQ=255) cGCCAGCCATGGTGATATTGTCATCGCTGCTGTTGACGGTGAGTTTACGGTGAAAAAATTGCAACTACg > 1:1823162/1‑69 (MQ=255) cGCCAGCCATGGTGATATTGTCATCGCTGCTGTTGACGGTGAGTTTACGGTGAAAAAATTGCAACTACg > 1:457810/1‑69 (MQ=255) cGCCAGCCATGGTGATATTGTCATCGCTGCTGTTGACGGTGAGTTTACGGTGAAAAAATTGCAACTACg > 1:1954413/1‑69 (MQ=255) cGCCAGCCATGGTGATATTGTCATCGCTGCTGTTGACGGTGAGTTTACGGTGAAAAAATTGCAACTACg > 1:1971645/1‑69 (MQ=255) cGCCAGCCATGGTGATATTGTCATCGCTGCTGTTGACGGTGAGTTTACGGTGAAAAAATTGCAACTACg > 1:1265192/1‑69 (MQ=255) cGCCAGCCATGGTGATATTGTCATCGCTGCTGTTGACGGTGAGTTTACGGTGAAAAAATAGCAACTACg > 1:1226056/1‑69 (MQ=255) cGCCAGCCATGGTGAT‑TTGTCATCGCTGCTGTTGACGGTGAGTTTACGGTGAAAAAATTGCAACTACGc > 1:2107157/1‑69 (MQ=255) ccaTGGTGATATTGTCATCGCTGCTTTTGACGGTGAGTTTACg < 1:2091119/43‑1 (MQ=38) ggTGATATTGTCATCGCTGCTGTTGACGGCGAGTTTACGGTGAAAAAATTGCAACTACGCCCGACgg > 1:1020767/1‑67 (MQ=255) gTGATATTGTCATCGCTGCTGTTGACGGCGAGTTTACGGTGAAAAAATTGCAACTACGCCGGACGGt > 1:2887942/1‑67 (MQ=255) gTGATATTGTCATCGCTGCTGTTGACGGCGAGTTTACGGTGAAAAAATTGCAACTACGCCCGACGGt > 1:2977915/1‑67 (MQ=255) gTGATATTGTCATCGCTGCTGTTGACGGCGAGTTTACGGTGAAAAAATTGCAACTACGCCCGACGGt > 1:491939/1‑67 (MQ=255) gTGATATTGTCATCGCTGCTGTTGACGGCGAGTTTACGGTGAAAAAATTGCAACTACGCCCGACGGt > 1:2444709/1‑67 (MQ=255) gTGATATTGTCATCGCTGCTGTTGACGGCGAGTTTACGGTGAAAAAATTGCAACTACGCCCGACGGt > 1:1496599/1‑67 (MQ=255) gTGATATTGTCATCGCTGCTGTTGACGGCGAGTTTACGGTGAAAAAATTGCAACTACGCCCGACGGt > 1:1648416/1‑67 (MQ=255) gTGATATTGTCATCGCTGCTGTTGACGGCGAGTTTACGGTGAAAAAATTGCAACTACGCCCGACGGt > 1:796995/1‑67 (MQ=255) gTGATATTGTCATCGCTGCTGTTGACGGCGAGTTTACGGTGAAAAAATTGCAACTACGCCCGACGGt > 1:458464/1‑67 (MQ=255) gTGATATTGTCATCGCTGCTGTTGACGGCGAGTTTACGGTGAAAAAATTGCAACTACGCCCGACGGt > 1:335933/1‑67 (MQ=255) gTGATATTGTCATCGCTGCTGTTGACGGCGAGTTTACGGTGAAAAAATTGCAACTACGCCCGACGGTa > 1:2015510/1‑68 (MQ=255) gTGATATTGTCATCGCTGCTGTTGACGGCGAGTTTACGGTGAAAAAATTGCAACTACGCCCGACGGTAc > 1:2744391/1‑69 (MQ=255) gTGATATTGTCATCGCTGCTGTTGACGGCGAGTTTACGGTGAAAAAATTGCAACTACGCCCGACGGTAc > 1:1898365/1‑69 (MQ=255) tGTCATCGCTGCTGTTGACGGCGTGTTTACGGTGAAAAAATTGCAACTACGCCCGACGGt < 1:968540/60‑1 (MQ=255) tGTCATCGCTGCTGTTGACGGCGAGTTTAGGGTGAAAAAATTGCAACTACGCCCGACGGt < 1:3368257/60‑1 (MQ=255) gTCATCGCTGCTGTTGACGGCGAGTTTACGGTGAAAAAATTGCAACTACGCCCGACGGTACAGCTTAtt > 1:51732/1‑69 (MQ=255) gTCATCGCTGCTGTTGACGGCGAGTTTACGGTGAAAAAATTGCAACTACGCCCGACGGTACAGCTTAtt > 1:1261939/1‑69 (MQ=255) gTCATCGCTGCTGTTGACGGCGAGTTTACGGTGAAAAAATTGCAACTACGCCCGACGGTACAGCTTAtt > 1:2225894/1‑69 (MQ=255) gTCATCGCTGCTGTTGACGGCGAGTTTACGGTGAAAAAATTGCAACTACGCCCGACGGTACAGCTTAtt > 1:2967067/1‑69 (MQ=255) gTCATCGCTGCTGTTGACGGCGAGTTTACGGTGAAAAAATTGCAACTACGCCCGACGGTACAGCTTAtt > 1:147507/1‑69 (MQ=255) gTCATCGCTGCTGTTGACCGCGAGTTTACCGTGAAAAAATTGc > 1:1678957/1‑43 (MQ=38) cGCTGCTGTTGACGGCGAGTTTACGGTGAAAAAATTGCAACTACg > 1:528991/1‑45 (MQ=255) cGCTGCTGTTGACGGCGAGTTTACGGTGAAAAAATTGCAACTACGCCCGACGGTACAGCTTATTccc > 1:1080002/1‑67 (MQ=255) cGCTGCTGTTGACGGCGAGTTTACGGTGAAAAAATTGCAACTACGCCCGACGGTACAGCTTATTCCCa > 1:3154183/1‑68 (MQ=255) cGCTGCTGTTGACGGCGAGTTTACGGTGAAAAAATTGCAACTACGCCCGACGGTACAGCTTATTCCCa > 1:446071/1‑68 (MQ=255) cGCTGCTGTTGACGGCGAGTTTACGGTGAAAAAATTGCAACTACGCCCGACGGTACAGCTTATTCCCa > 1:647699/1‑68 (MQ=255) cGCTGCTGTTGACGGCGAGTTTACGGTGAAAAAATTGCAACTACGCCCGACGGTACAGCTTATTCCCa > 1:3303389/1‑68 (MQ=255) cGCTGCTGTTGACGGCGAGTTTACGGTGAAAAAATTGCAACTACGCCCGACGGTACAGCTTATTCCCa > 1:2266191/1‑68 (MQ=255) cGCTGCTGTTGACGGCGAGTTTACGGTGAAAAAATTGCAACTACGCCCGACGGTACAGCTTATTCCCa > 1:940232/1‑68 (MQ=255) cGCTGCTGTTGACGGCGAGTTTACGGTGAAAAAATTGCAACTACGCCCGACGGTACAGCTTATTCCCa > 1:1391602/1‑68 (MQ=255) gctgctGTTGACGGTGAGTTTACGGTGAAAAAATTGCAACTACGCCCGa < 1:1317172/49‑1 (MQ=255) gctgctGTTGACGGTGAGTTTACGGTGAAAAAATTGCAACTACGCCCGa < 1:1953415/49‑1 (MQ=255) gctgctGTTGACGGTGAGTTTACGGTGAAAAAATTGCAACTACGCCCGa < 1:1444750/49‑1 (MQ=255) gctgctGTTGACGGTGAGTTTACGGTGAAAAAATTGCAACTACGCCCGa < 1:1438148/49‑1 (MQ=255) gctgctGTTGACGGTGAGTTTACGGTGAAAAAATTGCAACTACGCCCGa < 1:1318019/49‑1 (MQ=255) gctgctGTTGACGGTGAGTTTACGGTGAAAAAATTGCAACTACGCCCGa < 1:1760222/49‑1 (MQ=255) gctgctGTTGACGGTGAGTTTACGGTGAAAAAATTGCAACTACGCCCGa < 1:1927196/49‑1 (MQ=255) gctgctGTTGACGGTGAGTTTACGGTGAAAAAATTGCAACTACGCCCGa < 1:2550342/49‑1 (MQ=255) gctgctGTTGACGGTGAGTTTACGGTGAAAAAATTGCAACTACGCCCGa < 1:1031745/49‑1 (MQ=255) gctgctGTTGACGGTGAGTTTACGGTGAAAAAATTGCAACTACGCCCGa < 1:2075069/49‑1 (MQ=255) gctgctGTTGACGGTGAGTTTACGGTGAAAAAATTGCAACTACGCCCGa < 1:20997/49‑1 (MQ=255) gctgctGTTGACGGTGAGTTTACGGTGAAAAAATTGCAACTACGCCCGa < 1:1052884/49‑1 (MQ=255) gctgctGTTGACGGTGAGTTTACGGTGAAAAAATTGCAACTACGCCCGa < 1:3038074/49‑1 (MQ=255) gctgctGTTGACGGTGAGTTTACGGTGAAAAAATTGCAACTACGCCCGa < 1:1214669/49‑1 (MQ=255) gctgctGTTGACGGTGAGTTTACGGTGAAAAAATTGCAACTACGCCCGa < 1:1194095/49‑1 (MQ=255) gctgctGTTGACGGTGAGTTTACGGTGAAAAAATTGCAACTACGCCCGa < 1:2714741/49‑1 (MQ=255) cGAGTTTACGGTGAAAAAATTGCAACTACGCCCGACGGTACAGCTTATTCCCATGAACAGCGCGTa < 1:578929/66‑1 (MQ=255) | TTACTGATTGTCGATAGCGCTATTACCGCCAGCCATGGTGATATTGTCATCGCTGCTGTTGACGGCGAGTTTACGGTGAAAAAATTGCAACTACGCCCGACGGTACAGCTTATTCCCATGAACAGCGCGTA > minE/783191‑783321 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |