| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 792,137 | C→T | 56.2% | L349L (CTA→TTA) | dadX → | alanine racemase 2, PLP‑binding |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 792,137 | 0 | C | T | 56.2% | 19.2 / 77.5 | 96 | L349L (CTA→TTA) | dadX | alanine racemase 2, PLP‑binding |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (35/7); new base T (18/36); total (53/43) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.17e-06 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.68e-01 | |||||||||||
Only 100 of 103 total aligned reads displayed.
GTCGCCGCCGCTGCCGGAACGGTGGGCTATGAGTTGATGTGCGCGCTGGCGCTACGCGTCCCGGTTGTGACGGTGTAACTTGTTGTAAGCCGGATCGGAGGCAACGTCTTCTGGGT > minE/792086‑792201 | gTCGCCGCCGCTGCCGGAACGGTGGGCTATGAGTTGATGTGCGCGCTGGCGCTACGCGTCCCGGTtgtg > 1:2363039/1‑69 (MQ=255)gTCGCCGCCGCTGCCGGAACGGTGGGCTATGAGTTGATGTGCGCGCTGGCGCTACGCGTCCCGGTtgtg > 1:3147888/1‑69 (MQ=255) tCGCCGCCGCTGCCGGAACGGTAGGCTATGAGTTGATGTGCGCGCTGGCGTTACGCGTCCCGGTTGTGa < 1:1024565/69‑1 (MQ=255) tCGCCGCCGCTGCCGGAACGGTAGGCTATGAGTTGATGTGCGCGCTGGCGTTACGCGTCCCGGTTGTGa < 1:207572/69‑1 (MQ=255) tCGCCGCCGCTGCCGGAACGGTAGGCTATGAGTTGATGTGCGCGCTGGCGTTACGCGTCCCGGTTGTGa < 1:1674513/69‑1 (MQ=255) tCGCCGCCGCTGCCGGAACGGTAGGCTATGAGTTGATGTGCGCGCTGGCGTTACGCGTCCCGGTTGTGa < 1:2765035/69‑1 (MQ=255) tCGCCGCCGCTGCCGGAACGGTAGGCTATGAGTTGATGTGCGCGCTGGCGTTACGCGTCCCGGTTGTGa < 1:3028609/69‑1 (MQ=255) tCGCCGCCGCTGCCGGAACGGTAGGCTATGAGTTGATGTGCGCGCTGGCGTTACGCGTCCCGGTTGTGa < 1:3250250/69‑1 (MQ=255) tCGCCGCCGCTGCCGGAACGGTAGGCTATGAGTTGATGTGCGCGCTGGCGTTACGCGTCCCGGTTGTGa < 1:1364366/69‑1 (MQ=255) tCGCCGCCGCTGCCGGAACGGTAGGCTATGAGTTGATGTGCGCGCTGGCGTTACGCGTCCCGGTTGTGa < 1:929522/69‑1 (MQ=255) tCGCCGCCGCTGCCGGAACGGGAGGCTATGAGTTGATGTGCGCGCTGGCGTTACGCGTCCCGGTtgtgg < 1:1194496/69‑2 (MQ=255) cgccgccgcTGCCGGAACGGTAGGCTATGAGTTGATGTGCGCGCTGGCGTTACGCGTCCCGGTTGTGa < 1:2905465/68‑1 (MQ=255) cgccgccgcTGCCGGAACGGTAGGCTATGAGTTGATGTGCGCGCTGGCGTTACGCGTCCCGGTTGTGa < 1:710614/68‑1 (MQ=255) ccgcTGCCGGAACGGTAGGCTATGAGTTGATGTGCGCGCTGGCGTTACGCGTCCCGGTTGTGACGgtgt < 1:1949183/69‑1 (MQ=255) ccgcTGCCGGAACGGTAGGCTATGAGTTGATGTGCGCGCTGGCGTTACGCGTCCCGGTTGTGACGgtgt < 1:3294115/69‑1 (MQ=255) ccgcTGCCGGAACGGTAGGCTATGAGTTGATGTGCGCGCTGGCGTTACGCGTCCCGGTTGTGACGgtgt < 1:10692/69‑1 (MQ=255) ccgcTGCCGGAACGGTAGGCTATGAGTTGATGTGCGCGCTGGCGTTACGCGTCCCGGTTGTGACGgtgt < 1:268107/69‑1 (MQ=255) ccgcTGCCGGAACGGTAGGCTATGAGTTGATGTGCGCGCTGGCGTTACGCGTCCCGGTTGTGACGgtgt < 1:764078/69‑1 (MQ=255) ccgcTGCCGGAACGGTAGGCTATGAGTTGATGTGCGCGCTGGCGTTACGCGTCCCGGTTGTGACGgtgt < 1:2711944/69‑1 (MQ=255) ccgcTGCCGGAACGGTAGGCTATGAGTTGATGTGCGCGCTGGCGTTACGCGTCCCGGTTGTGACGgtgt < 1:2750390/69‑1 (MQ=255) ccgcTGCCGGAACGGTAGGCTATGAGTTGATGTGCGCGCTGGCGTTACGCGTCCCGGTTGTGACGgtgt < 1:2757695/69‑1 (MQ=255) ccgcTGCCGGAACGGTAGGCTATGAGTTGATGTGCGCGCTGGCGTTACGCGTCCCGGTTGTGACGgtgt < 1:2837087/69‑1 (MQ=255) ccgcTGCCGGAACGGTAGGCTATGAGTTGATGTGCGCGCTGGCGTTACGCGTCCCGGTTGTGACGgtgt < 1:2911111/69‑1 (MQ=255) ccgcTGCCGGAACGGTAGGCTATGAGTTGATGTGCGCGCTGGCGTTACGCGTCCCGGTTGTGACGgtgt < 1:678759/69‑1 (MQ=255) ccgcTGCCGGAACGGTAGGCTATGAGTTGATGTGCGCGCTGGCGTTACGCGTCCCGGTTGTGACGgtgt < 1:3358379/69‑1 (MQ=255) ccgcTGCCGGAACGGTAGGCTATGAGTTGATGTGCGCGCTGGCGTTACGCGTCCCGGTTGTGACGgtgt < 1:3260221/69‑1 (MQ=255) ccgcTGCCGGAACGGTAGGCTATGAGTTGATGTGCGCGCTGGCGTTACGCGTCCCGGTTGTGACGgtgt < 1:1425666/69‑1 (MQ=255) ccgcTGCCGGAACGGTAGGCTATGAGTTGATGTGCGCGCTGGCGTTACGCGTCCCGGTTGTGACGgtgt < 1:1555975/69‑1 (MQ=255) ccgcTGCCGGAACGGTAGGCTATGAGTTGATGTGCGCGCTGGCGTTACGCGTCCCGGTTGTGACGgtgt < 1:1920504/69‑1 (MQ=255) ccgcTGCCGGAACGGTAGGCTATGAGTTGATGTGCGCGCTGGCGTTACGCGTCCCGGTTGTGACGgtgt < 1:1161657/69‑1 (MQ=255) ccgcTGCCGGAACGGTAGGCTATGAGTTGATGTGCGCGCTGGCGTTACGCGTCCCGGTTGTGACGgtgt < 1:120085/69‑1 (MQ=255) ccgcTGCCGGAACGGTAGGCTATGAGGTGATGTGCGCGCTGGCGTTACGCGTCCCGGTTGTGACGgtgt < 1:1611337/69‑1 (MQ=255) cgcTGCCGGAACGGTAGGCTATGAGTTGATGTGCGCGCTGGCGTTACGCGTCCCGGTTGTGACGgtgt < 1:637048/68‑1 (MQ=255) ggAACGGTAGGCTATGAGTTGATGTGCGCGCTGGCGTTACGCGTCCCGGTTGTGACGgtgt < 1:2662500/61‑1 (MQ=255) aaCGGTAGGCTATGAGTTGATGTGCGCGCTTGCGTTACGCGTCCCGGTTGTGACGGTGTAACttgttat > 1:2581502/1‑67 (MQ=255) aaCGGTAGGCTATGAGTTGATGTGCGCGCTGGCGTTACGCGTc > 1:919938/1‑43 (MQ=38) aaCGGTAGGCTATGAGTTGATGTGCGCGCTGGCGTTACGCGTCCCGGTTGTGACGGTGTAACttgttat > 1:1596759/1‑67 (MQ=255) aaCGGTAGGCTATGAGTTGATGTGCGCGCTGGCGTTACGCGTCCCGGTTGTGACGGTGTAACttgttat > 1:3412885/1‑67 (MQ=255) aaCGGTAGGCTATGAGTTGATGTGCGCGCTGGCGTTACGCGTCCCGGTTGTGACGGTGTAACttgttat > 1:336038/1‑67 (MQ=255) aaCGGTAGGCTATGAGTTGATGTGCGCGCTGGCGTTACGCGTCCCGGTTGTGACGGTGTAACttgttat > 1:1925775/1‑67 (MQ=255) aaCGGTAGGCTATGAGTTGATGTGCGCGCTGGCGTTACGCGTCCCGGTTGTGACGGTGTAACttgttat > 1:2770992/1‑67 (MQ=255) aaCGGTAGGCTATGAGTTGATGTGCGCGCTGGCGTTACGCGTCCCGGTTGTGACGGTGTAACttgttat > 1:3325580/1‑67 (MQ=255) aaCGGTAGGCTATGAGTTGATGTGCGCGCTGGCGTTACGCGTCCCGGTTGTGACGGTGTAACttgttat > 1:1440588/1‑67 (MQ=255) aaCGGTAGGCTATGAGTTGATGTGCGCGCTGGCGTTACGCGTCCCGGTTGTGACGGTGTAACttgttat > 1:3021780/1‑67 (MQ=255) aaCGGTAGGCTATGAGTTGATGTGCGCGCTGGCGTTACGCGTCCCGGTTGTGACGGTGTAACttgttat > 1:2025961/1‑67 (MQ=255) aaCGGTAGGCTATGAGTTGATGTGCGCGCTGGCGTTACGCGTCCCGGTTGTGACGGTGTAACttgttat > 1:529459/1‑67 (MQ=255) aaCGGTAGGCTATGAGTTGATGTGCGCGCTGGCGTTACGCGTCCCGGTTGTGACGGTGTAACttgttat > 1:2546347/1‑67 (MQ=255) aaCGGTAGGCTATGAGTTGATGTGCGCGCTGGCGTTACGCGTCCCGGTTGTGACGGTGTAACttgttat > 1:2458940/1‑67 (MQ=255) aaCGGTAGGCTATGAGTTGATGTGCGCGCTGGCGTTACGCGTCCCGGTTGTGACGGTGTAACttgttat > 1:1930386/1‑67 (MQ=255) aaCGGTAGGCTATGAGTTGATGTGCGCGCTGGCGTTACGCGTCCCGGTTGTGACGGTGTAACttgttat > 1:928005/1‑67 (MQ=255) aaCGGTAGGCTATGAGTTGATGTGCGCGCTGGCGTTACGCGTCCCGGTTGTGACGGTGTAACttgttat > 1:797579/1‑67 (MQ=255) aaCGGTAGGCTATGAGTTGATGTGAGCGCTGGCGTTACGCGTCCCGGTTGTGACGGTGTAACttgttat > 1:2526338/1‑67 (MQ=255) tATGAGTTGATGTGCGCGCTGGCGCTACGCGTCCCGGTTGTGACGGTGTAACTTGTTGTAAGCCTGAt > 1:3416469/1‑68 (MQ=255) tATGAGTTGATGTGCGCGCTGGCGCTACGCGTCCCGGTTGTGACGGTGTAACTTGTTGTAAGCCGGAt > 1:2757404/1‑68 (MQ=255) tATGAGTTGATGTGCGCGCTGGCGCTACGCGTCCCGGTTGTGACGGTGTAACTTGTTGTAAGCCGGAt > 1:2247398/1‑68 (MQ=255) tATGAGTTGATGTGCGCGCTGGCGCTACGCGTCCCGGTTGTGACGGTGTAACTTGTTGTAAGCCGGAt > 1:2182847/1‑68 (MQ=255) tATGAGTTGATGTGCGCGCTGGCGCTACGCGTCCCGGTTGTGACGGTGTAACTTGTTGTAAGCCGGAt > 1:1608306/1‑68 (MQ=255) tATGAGTTGATGTGCGCGCTGGCGCTACGCGTCCCGGTTGTGACGGTGTAACTTGTTGTAAGCCGGAt > 1:2998264/1‑68 (MQ=255) tATGAGTTGATGTGCGCGCTGGCGCTACGCGTCCCGGTTGTGACGGTGTAACTTGTTGTAAGCCGGAt > 1:749781/1‑68 (MQ=255) tGAGTTGATGTGCGCGCTGGCGCTACGCGTCCCGGTTGTGACGGTGTAACTTGTTGTAAGCCGGATCg > 1:259756/1‑68 (MQ=255) gAGTTGATGTGCGCGCTGGCGTTACGCGTCCCGGTTGTGACGgtgt < 1:1447625/46‑1 (MQ=255) aGTTGATGTGCGCGCTGGCGCTACGCGTCCCGGTTGTGACGGTGTAACTTGTTGTAAGCCGGATCGGa > 1:93535/1‑68 (MQ=255) aGTTGATGTGCGCGCTGGCGCTACGCGTCCCGGTTGTGACGGTGTAACTTGTTGTAAGCCGGATCGGa > 1:1333987/1‑68 (MQ=255) aGTTGATGTGCGCGCTGGCGCTACGCGTCCCGGTTGTGACGGTGTAACTTGTTGTAAGCCGGATCGGa > 1:3348687/1‑68 (MQ=255) aGTTGATGTGCGCGCTGGCGCTACGCGTCCCGGTTGTGACGGTGTAACTTGTTGTAAGCCGGATCGGa > 1:1481920/1‑68 (MQ=255) aGTTGATGTGCGCGCTGGCGCTACGCGTCCCGGTTGTGACGGTGTAACTTGTTGTAAGCCGGATCGGa > 1:2315242/1‑68 (MQ=255) aGTTGATGTGCGCGCTGGCGCTACGCGTCCCGGTTGTGACGGTGTAACTTGTTGTAAGCCGGATCGGa > 1:1910317/1‑68 (MQ=255) aGTTGATGTGCGCGCTGGCGCTACGCGTCCCGGTTGTGACGGTGTAACTTGTTGTAAGCCGGATCGGa > 1:2639789/1‑68 (MQ=255) gATGTGCGCGCTGGCGCTACGCGTCCCGGTTGTGACGGTGTAACTTGTTGTAAGCCGGATCGGAGGCaa > 1:2999547/1‑69 (MQ=255) gATGTGCGCGCTGGCGCTACGCGTCCCGGTTGTGACGGTGTAACTTGTTGTAAGCCGGATCGGAGGCaa > 1:2037763/1‑69 (MQ=255) gATGTGCGCGCTGGCGCTACGCGTCCCGGTTGTGACGGTGTAACTTGTTGTAAGCCGGATCGGAGGCaa > 1:595057/1‑69 (MQ=255) gATGTGCGCGCTGGCGCTACGCGTCCCGGTTGTGACGGTGTAACTTGTTGTAAGCCGGATCGGAGGCaa > 1:267732/1‑69 (MQ=255) gATGTGCGCGCTGGCGCTACGCGTCCCGGTTGTGACGGTGTAACTTGTTGTAAGCCGGATCGGAGGCa > 1:2922715/1‑68 (MQ=255) tgCGCGCTGGCGCTACGCGTCCCGGTTGTGACGGTGTAACTTGTTGTAAGCCGGATCGGAGGCAACGtc > 1:3026916/1‑69 (MQ=255) tgCGCGCTGGCGCTACGCGTCCCGGTTGTGACGGTGTAACTTGTTGTAAGCCGGATCGGAGGCAACGtc > 1:2518112/1‑69 (MQ=255) tgCGCGCTGGCGCTACGCGTCCCGGTTGTGACGGTGTAACTTGTTGTAAGCCGGATCGGAGGCAACGtc > 1:33848/1‑69 (MQ=255) tgCGCGCTGGCGCTACGCGTCCCGGTTGTGACGGTGTAACTTGTTGTAAGCCGGATCGGAGGCAACGtc > 1:3249139/1‑69 (MQ=255) tgCGCGCTGGCGCTACGCGTCCCGGTTGTGACGGTGTAACTTGTTGTAAGCCGGATCGGAGGCAACGtc > 1:3177852/1‑69 (MQ=255) tgCGCGCTGGCGCTACGCGTCCCGGTTGTGACGGTGTAACTTGTTGTAAGCCGGATCGGAGGCAACGtc > 1:2875595/1‑69 (MQ=255) tgCGCGCTGGCGCTACGCGTCCCGGTTGTGACGGTGTAACTTGTTGTAAGCCGGATCGGAGGCAACGt > 1:1428994/1‑68 (MQ=255) cgcgcTGGCGCTACGCGTCCCGGTTGTGACGGTGTAACTTGTTGTAAGCCGGATCGGAGGCAACGtctt > 1:2657656/1‑69 (MQ=255) cgcgcTGGCGCTACGCGTCCCGGTTGTGACGGTGTAACTTGTTGTAAGCCGGATCGGAGGCAACGtctt > 1:1137442/1‑69 (MQ=255) cgcgcTGGCGCTACGCGTCCCGGTTGTGACGGTGTAACTTGTTGTAAGCCGGATCGGAGGCAACGtctt > 1:3205890/1‑69 (MQ=255) cgcgcTGGCGCTACGCGTCCCGGTTGTGACGGTGTAACTTGTTGTAAGCCGGATCGGAGGCAACGtctt > 1:666391/1‑69 (MQ=255) cgcgcTGGCGCTACGCGTCCCGGTTGTGACGGTGTAACTTGTTGTAAGCCGGATCGGAGGCAACGtctt > 1:364512/1‑69 (MQ=255) cgcgcTGGCGCTACGCGTCCCGGTTGTGACGGTGTAACTTGTTGTAAGCCGGATCGGAGGCAACGtctt > 1:2812318/1‑69 (MQ=255) cgcgcTGGCGCTACGCGTCCCGGTTGTGACGGTGTAACTTGTTGTAAGCCGGATCGGAGGCAACGtct < 1:2583922/68‑1 (MQ=255) cgcgcTGGCGCTACGCGTCCCGGTTGTGACGGTGTAACTTGTTGTAAGCCGGATCGGAGGCAACGtct < 1:55423/68‑1 (MQ=255) cgcgcTGGCGCTACGCGTCCCGGTTGTGACGGTGTAACTTGTTGTAAGCCGGATCGGAGGCAACGtct < 1:518065/68‑1 (MQ=255) cgcgcTGGCGCTACGCGTCCCGGTTGTGACGGTGTAACTTGTTGTAAGCCGGATCGGAGGCAACGtct < 1:157875/68‑1 (MQ=255) cgcgcTGGCGCTACGCGTCCCGGTTGTGACGGTGTAACTTGTTGTAAGCCGGATCGGAGGCAACGtct < 1:119895/68‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |