| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 794,838 | C→T | 40.4% | E153K (GAA→AAA) | ldcA ← | L,D‑carboxypeptidase A |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 794,838 | 0 | C | T | 40.4% | 15.8 / 26.0 | 42 | E153K (GAA→AAA) | ldcA | L,D‑carboxypeptidase A |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (15/10); new base T (11/6); total (26/16) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CACAACGTGCCTTCGGCCCGACATGTCGGGCCTTCCCCTTGCCATTCAATGGTGAAGGTTTCATTGCGTAACGCCAGCCAGAAATGGTGCTCGGTAAAGGCGTTCAGTTCATCCGCGCCAAAGTTTGC > minE/794777‑794904 | cacaACGTGCCTTCGGCCCGACATGTCGGGCCTTCCCCTTGCCATTCAATGGTGAAGGTTTCATTGCGt < 1:2597/69‑1 (MQ=255)cacaACGTGCCTTCGGCCCGACATGTCGGGCCTTCCCCTTGCCATTCAATGGTGAAGGTTTCATTGCGt < 1:1947233/69‑1 (MQ=255)cacaACGGGCCTTCGGCCCGACATGTCGGGCCTTCCCCTTGCCATTCAATGGTGAAGGTTTCATTGCGt < 1:2740739/69‑1 (MQ=255) acaACGTGCCTTCGGCCCGACATGTCGGGCCTTCCCCTTGCCATTCAATGGTGAAGGTTTc < 1:549428/61‑1 (MQ=255) cccGACATGTCGGGCCTTCCCCTTGCCATTCAATGGTGAAGGTTTCATTGCGTAACGCCAGCCAGAAAt < 1:2911194/69‑1 (MQ=255) cccGACATGTCGGGCCTTCCCCTTGCCATTCAATGGTGAAGGTTTCATTGCGTAACGCCAGCCAGAAAt < 1:174688/69‑1 (MQ=255) ccGACATGTCGGGCCTTCCCCTTGCCATTCAATGGTGAAGGTTTCATTGCGTAACGCCAGCCAGAAAt < 1:1148402/68‑1 (MQ=255) ccGACATGTCGGGCCTTCCCCTTGCCATTCAATGGTGAAGGTTTCATTGCGTAACGCCAGCCAGAAAt < 1:2501183/68‑1 (MQ=255) ccGACATGTCGGGCCTTCCCCTTGCCACTCAATGGTGAAGGTTTCATTGCGTAACGCCAGCCAGAAAt < 1:348761/68‑1 (MQ=255) aTGTCGGGCCTTCCCCTTGCCATTCAATGGTGAAGGTTTc < 1:1170029/40‑1 (MQ=255) aTGTCGGGCCTTCCCCTTGCCATTCAATGGTGAAGGTTTc < 1:2408006/40‑1 (MQ=255) aTGTCGGGCCTTCCCCTTGCCATTCAATGGTGAAGGTTTc < 1:3121166/40‑1 (MQ=255) aTGTCGGGCCTTCCCCTTGCCATTCAATGGTGAAGGTTTc < 1:2192795/40‑1 (MQ=255) aTGTCGGGCCTTCCCCTTGCCATTCAATGGTGAAGGTTTc < 1:2146179/40‑1 (MQ=255) aTGTCGGGCCTTCCCCTTGCCATTCAATGGTGAAGGTTTc < 1:851390/40‑1 (MQ=255) aTGTCGGGCCTTCCCCTTGCCATTCAATGGTGAAGGTTTc < 1:828487/40‑1 (MQ=255) aTGTCGGGCCTTCCCCTTGCCATTCAATGGTGAAGGTTTc < 1:610298/40‑1 (MQ=255) cGGGCCTTCCCCTTGCCATTCAATGGTGAACGTTTTAt > 1:270384/1‑38 (MQ=38) cGGGCCTTCCCCTTGCCATTCAATGGTGAACGTTTTAt > 1:1931951/1‑38 (MQ=38) cGGGCCTTCCCCTTGCCATTCAATGGTGAACGTTTTAt > 1:2886645/1‑38 (MQ=38) cGGGCCTTCCCCTTGCCATTCAATGGTGAACGTTTTAt > 1:1265334/1‑38 (MQ=38) cGGGCCTTCCCCTTGCCATTCAATGGTGAACGTTTTAt > 1:2461423/1‑38 (MQ=38) cGGGCCTTCCCCTTGCCATTCAATGGTGAACGTTTTAt > 1:794289/1‑38 (MQ=38) cGGGCCTTCCCCTTGCCATTCAATGGTGAACGTTTTAt > 1:1621516/1‑38 (MQ=38) cGGGCCTTCCCCTTGCCATTCAATGGTGAACGTTTTAt > 1:1637834/1‑38 (MQ=38) cGGGCCTTCCCCTTGCCATTCAATGGTGAACGTTTTAt > 1:1653493/1‑38 (MQ=38) cGGGCCTTCCCCTTGCCATTCAATGGTGAACGTTTTAt > 1:3355773/1‑38 (MQ=38) cGGGCCTTCCCCTTGCCATTCAATGGTGAACGTTTTAt > 1:595895/1‑38 (MQ=38) cTTCCCCTTGCCATTCAATGGTGAAGGTTTCATTGCGTAACGCCTGCCAGAAATGGTGCTCGGTAAAgg > 1:3021604/1‑69 (MQ=255) cTTCCCCTTGCCATTCAATGGTGAAGGTTTCATTGCGTAACGCCAGCCAGAAATGGTGCTCGGTAAAgg > 1:3261807/1‑69 (MQ=255) cTTCCCCTTGCCATTCAATGGTGAAGGTTTCATTGCGTAACGCCAGCCAGAAATGGTGCTCGGTAAAgg > 1:25379/1‑69 (MQ=255) cTTCCCCTTGCCATTCAATGGTGAAGGTTTCATTGCGTAACGCCAGCCAGAAATGGTGCTCGGTAAAgg > 1:1228236/1‑69 (MQ=255) cTTCCCCTTGCCATTCAATGGTGAAGGTTTCATTGCGTAACGCCAGCCAGAAATGGTGCTCGGTAAAgg > 1:1695986/1‑69 (MQ=255) cccTTGCCATTCAATGGTGAAGGTTTCATTGCGTAACGCCAGCCAGAAATGGTGCTCGGTAAAGGCg > 1:996682/1‑67 (MQ=255) cccTTGCCATTCAATGGTGAAGGTTTCATTGCGTAACGCCAGCCAGAAATGGTGCTCGGTAAAGGCg > 1:1708763/1‑67 (MQ=255) ccATTCAATGGTGAAGGTTTCATTGCGTAACGCAAGCCAGAAAt < 1:2989408/44‑1 (MQ=255) aaGGTTTCATTGCGTAACGCCAGCCAGAAATGGTGCTCGGTAAAGGCGTTCAGTTCATCCGCGCCAAAg > 1:2669052/1‑69 (MQ=255) aaGGTTTCATTGCGTAACGCCAGCCAGAAATGGTGCTCGGTAAAGGCGTTCAGTTCATCCGCGCCAAAg > 1:1600958/1‑69 (MQ=255) aaGGTTTCATTGCGTAACGCCAGCCAGAAATGGTGCTCGGTAAAGGCGTTCAGTTCATCCGCGCCAAAg > 1:2887722/1‑69 (MQ=255) ggTTTCATTGCGTAACGCCAGCCAGAAATGGTGCTCGGTAAAGGCGTTCAGTTCATCCGCGCCAAAGtt > 1:2024665/1‑69 (MQ=255) ggTTTCATTGCGTAACGCCAGCCAGAAATGGTGCTCGGTAAAGGCGTTCAGTTCATCCGCGCCAAAGtt > 1:149175/1‑69 (MQ=255) ggTTTCATTGCGTAACGCCAGCCAGAAATGGTGCTCGGTAAAGGCGTTCAGTTCATCCGCGCCAAAGtt > 1:925411/1‑69 (MQ=255) ggTTTCATTGCGTAACGCCAGCCAGAAATGGTGCTCGGTAAAGGCGTTCAGTTCATCCGCGCCAAAGt > 1:144710/1‑68 (MQ=255) cgTTTTATTGCGTAACGCCAGCCAGAAGTGGTGCTCGGTaa < 1:2969806/40‑1 (MQ=37) cgTTTTATTGCGTAACGCCAGCCAGAAGTGGTGCTCGGTaa < 1:2249306/40‑1 (MQ=37) cgTTTTATTGCGTAACGCCAGCCAGAAGTGGTGCTCGGTaa < 1:2249249/40‑1 (MQ=37) cgTTTTATTGCGTAACGCCAGCCAGAAGTGGTGCTCGGTaa < 1:2057109/40‑1 (MQ=37) cgTTTTATTGCGTAACGCCAGCCAGAAGTGGTGCTCGGTaa < 1:2358950/40‑1 (MQ=37) cgTTTTATTGCGTAACGCCAGCCAGAAGTGGTGCTCGGTaa < 1:2808924/40‑1 (MQ=37) ttCATTGCGTAACGCCAGCCAGAAATGGTGCTCGGTAAAGGCGTTCAGTTCATCCGCGCCAAAGTTTGc > 1:166624/1‑69 (MQ=255) ttCATTGCGTAACGCCAGCCAGAAATGGTGCTCGGTAAAGGCGTTCAGTTCATCCGCGCCAAAGTTTGc < 1:2683285/69‑1 (MQ=255) tacATTGCGTAACGCCAGCCAGAAATGGTGCTCGGTAAAGGCGTTCAGTTCATCCGCGCCAAAGTTTGc < 1:2605693/67‑1 (MQ=255) | CACAACGTGCCTTCGGCCCGACATGTCGGGCCTTCCCCTTGCCATTCAATGGTGAAGGTTTCATTGCGTAACGCCAGCCAGAAATGGTGCTCGGTAAAGGCGTTCAGTTCATCCGCGCCAAAGTTTGC > minE/794777‑794904 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |