| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 815,460 | G→C | 68.8% | L85L (CTC→CTG) | lolB ← | chaperone for lipoproteins |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 815,460 | 0 | G | C | 68.8% | 52.1 / 30.8 | 48 | L85L (CTC→CTG) | lolB | chaperone for lipoproteins |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (13/2); new base C (13/20); total (26/22) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.09e-03 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.06e-01 | |||||||||||
GCACGTTACCCGGTTGAGCATTCAGCTCCAGTTCCGTGCTGCCCAATGGGTTAGTGAGCAGCAGACGGTAGCGATCCTGGCCGGTTTGCTGCCAGAAAAAGCGGGCGTACACTTTTTGTT > minE/815405‑815524 | gCACGTTACCCGGTTGAGCATTCAGCTCCAGTTCCGTGCTGCCCAATGGGTTAGTGAGCAGCAGACGGt > 1:1265410/1‑69 (MQ=255)gCACGTTACCCGGTTGAGCATTCAGCTCCAGTTCCGTGCTGCCCAATGGGTTAGTGAGCAGCAGACGGt > 1:1016237/1‑69 (MQ=255)gCACGTTACCCGGTTGAGCATTCAGCTCCAGTTCCGTGCTGCCCAATGGGTTAGTGAGCAGCAGACGGt > 1:1803770/1‑69 (MQ=255) ttACCCGGTTGAGCATTCAGCTCCAGTTCCGTGCTGCCCAATGGGTTAGTGAGCAGCAGACGGTAGCGa < 1:2289519/69‑1 (MQ=255) cGGTTGAGCATTCAGCTCCAGTTCCGTGCTGCCCAATGGGTTAGTCAGCGGCAGACGGt < 1:1715640/59‑1 (MQ=255) cGGTTGAGCATTCAGCTCCAGTTCCGTGCTGCCCAATGGGTTAGTCAGCAGCAGACgtt < 1:1416633/59‑3 (MQ=255) cGGTTGAGCATTCAGCTCCAGTTCCGTGCTGCCCAATGGGTTAGTCAGCAGCAGACGGt < 1:3390457/59‑1 (MQ=255) cGGTTGAGCATTCAGCTCCAGTTCCGTGCTGCCCAATGGGTTAGTCAGCAGCAGACGGt < 1:338517/59‑1 (MQ=255) cGGTTGAGCATTCAGCTCCAGTTCCGTGCTGCCCAATGGGTTAGTCAGCAGCAGACGGt < 1:3318612/59‑1 (MQ=255) cGGTTGAGCATTCAGCTCCAGTTCCGTGCTGCCCAATGGGTTAGTCAGCAGCAGACGGt < 1:889591/59‑1 (MQ=255) cGGTTGAGCATTCAGCTCCAGTTCCGTGCTGCCCAATGGGTTAGTCAGCAGCAGACGGt < 1:319090/59‑1 (MQ=255) cGGTTGAGCATTCAGCTCCAGTTCCGTGCTGCCCAATGGGTTAGTCAGCAGCAGACGGt < 1:3019269/59‑1 (MQ=255) cGGTTGAGCATTCAGCTCCAGTTCCGTGCTGCCCAATGGGTTAGTCAGCAGCAGACGGt < 1:3007592/59‑1 (MQ=255) cGGTTGAGCATTCAGCTCCAGTTCCGTGCTGCCCAATGGGTTAGTCAGCAGCAGACGGt < 1:2979524/59‑1 (MQ=255) cGGTTGAGCATTCAGCTCCAGTTCCGTGCTGCCCAATGGGTTAGTCAGCAGCAGACGGt < 1:2831615/59‑1 (MQ=255) cGGTTGAGCATTCAGCTCCAGTTCCGTGCTGCCCAATGGGTTAGTCAGCAGCAGACGGt < 1:2689561/59‑1 (MQ=255) cGGTTGAGCATTCAGCTCCAGTTCCGTGCTGCCCAATGGGTTAGTCAGCAGCAGACGGt < 1:2245080/59‑1 (MQ=255) cGGTTGAGCATTCAGCTCCAGTTCCGTGCTGCCCAATGGGTTAGTCAGCAGCAGACGGt < 1:2176474/59‑1 (MQ=255) cGGTTGAGCATTCAGCTCCAGTTCCGTGCTGCCCAATGGGTTAGTCAGCAGCAGACGGt < 1:1700571/59‑1 (MQ=255) cGGTTGAGCATTCAGCTCCAGTTCCGTGCTGCCCAATGGGTTAGTCAGCAGCAGACGGt < 1:1739841/59‑1 (MQ=255) cGGTTGAGCATTCAGCTCCAGTTCCGTGCTGCCCAATGGGTTAGTCAGCAGCAGACGGt < 1:2236271/59‑1 (MQ=255) cGGTTGAGCATTCAGCTCCAGTTCCGTGCTGCCCAATGGGTTAGTCAGCAGCAGACGGt < 1:2109841/59‑1 (MQ=255) cGGTTGAGCATTCAGCTCCAGTCCCGTGCTGCCCAATGGGTTAGTCAGCAGCAGACGGt < 1:1674755/59‑1 (MQ=255) cGGTTGAGCATTAAGCTCCAGTTCCGTGCTGCCCAATGGGTTAGTCAGCAGCAGACGGt < 1:3270408/59‑1 (MQ=255) gAGCATTCAGCTCCAGTTCCGTGCTGCCCAATGGGTTAGTGAGCAGCAGACGGTAGCGAt > 1:1812197/1‑60 (MQ=255) gAGCATTCAGCTCCAGTTCCGTGCTGCCCAATGGGTTAGTGAGCAGCAGACGGTAGCGAt > 1:2941799/1‑60 (MQ=255) gAGCATTCAGCTCCAGTTCCGTGCTGCCCAATGGGTTAGTGAGCAGCAGACGATAGCGAt > 1:825712/1‑60 (MQ=255) cAGCTCAAGTTCCGTGCTGCCCAATGGGTTAGTGAGCAGCAGACGGTAGCGATCCTGGCCGGTTtgct > 1:3041605/1‑68 (MQ=255) ccAGTTCCGTGCTGCCCAATGGGTTAGTGAGCAGCAGACGGTAGCGATCCTGGCCGGTTTGCTGCCAg > 1:818682/1‑68 (MQ=255) ccAGTTCCGTGCTGCCCAATGGGTTAGTGAGCAGCAGACGGTAGCGATCCTGGCCGGTTTGCTGCCAg > 1:2773564/1‑68 (MQ=255) ccAGTTCCGTGCTGCCCAATGGGTTAGTGAGCAGCAGACGGTAGCGATCCTGGCCGGTTTGCTGCCAg > 1:692747/1‑68 (MQ=255) ccAGTTCCGTGCTGCCCAATGGGTTAGTGAGCAGCAGACGGTAGCGATCCTGGCCGGTTTGCTGCCAg > 1:3420893/1‑68 (MQ=255) gTTCCGTGCTGCCCAATGGGTTAGTGAGCAGCAGACGGTAGCGATCCTGGCCGGTTTGCTGCCAGaaaa < 1:2688819/69‑1 (MQ=255) ctgcCCAATGGGTTAGTGAGCAGCAGACGGTAGCGATCCTGGCCGGTTTGCTGCCAGAAAAAGCGGGCg > 1:1315182/1‑69 (MQ=255) gggTTAGTGAGCAGCAGACGGTAGCGATCCTGGCCGGTTTGCTGCCAGAAAAAGCGGGCGTACACtttt > 1:2112430/1‑69 (MQ=255) tAGTCAGCAGCAGACGGTAGCGATCCTGGCCAGTTTGCTGCCAGAAGAAACGGGCGTACACTTTttgtt > 1:2347956/1‑69 (MQ=255) tAGTCAGCAGCAGACGGTAGCGATCCTGGCCAGTTTGCTGCCAGAAGAAACGGGCGTACACTTTttgtt > 1:954651/1‑69 (MQ=255) tAGTCAGCAGCAGACGGTAGCGATCCTGGCCAGTTTGCTGCCAGAAGAAACGGGCGTACACTTTttgtt > 1:919106/1‑69 (MQ=255) tAGTCAGCAGCAGACGGTAGCGATCCTGGCCAGTTTGCTGCCAGAAGAAACGGGCGTACACTTTttgtt > 1:2310204/1‑69 (MQ=255) tAGTCAGCAGCAGACGGTAGCGATCCTGGCCAGTTTGCTGCCAGAAGAAACGGGCGTACACTTTttgtt > 1:456991/1‑69 (MQ=255) tAGTCAGCAGCAGACGGTAGCGATCCTGGCCAGTTTGCTGCCAGAAGAAACGGGCGTACACTTTttgtt > 1:3391411/1‑69 (MQ=255) tAGTCAGCAGCAGACGGTAGCGATCCTGGCCAGTTTGCTGCCAGAAGAAACGGGCGTACACTTTttgtt > 1:292410/1‑69 (MQ=255) tAGTCAGCAGCAGACGGTAGCGATCCTGGCCAGTTTGCTGCCAGAAGAAACGGGCGTACACTTTttgtt > 1:2134872/1‑69 (MQ=255) tAGTCAGCAGCAGACGGTAGCGATCCTGGCCAGTTTGCTGCCAGAAGAAACGGGCGTACACTTTttgtt > 1:3120113/1‑69 (MQ=255) tAGTCAGCAGCAGACGGTAGCGATCCTGGCCAGTTTGCTGCCAGAAGAAACGGGCGTACACTTTttgtt > 1:2859625/1‑69 (MQ=255) tAGTCAGCAGCAGACGGTAGCGATCCTGGCCAGTTTGCTGCCAGAAGAAACGGGCGTACACTTTttgtt > 1:1925989/1‑69 (MQ=255) tAGTCAGCAGCAGACGGTAGCGATCCTGGCCAGTTTGCTGCCAGAAGAAACGGGCGTACACTTTttgtt > 1:2910288/1‑69 (MQ=255) tAGTCAGCAGCAGACGGTAGCGATCCTGGCCAGTTTGCTGCCAGAAGAAACGGGCGTACACTTTttgt > 1:1926437/1‑68 (MQ=255) | GCACGTTACCCGGTTGAGCATTCAGCTCCAGTTCCGTGCTGCCCAATGGGTTAGTGAGCAGCAGACGGTAGCGATCCTGGCCGGTTTGCTGCCAGAAAAAGCGGGCGTACACTTTTTGTT > minE/815405‑815524 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |