| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 80,412 | T→C | 29.7% | T341T (ACT→ACC) | murF → | UDP‑N‑acetylmuramoyl‑tripeptide:D‑alanyl‑D‑ alanine ligase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 80,412 | 0 | T | C | 29.7% | 96.7 / 46.9 | 102 | T341T (ACT→ACC) | murF | UDP‑N‑acetylmuramoyl‑tripeptide:D‑alanyl‑D‑ alanine ligase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (36/35); new base C (24/6); total (61/41) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.61e-03 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 102 total aligned reads displayed.
CAACTGGCAGAAAACCAGTTGCTGCTCGACGACTCCTACAACGCCAATGTCGGTTCAATGACTGCAGCAGTCCAGGTACTGGCTGAAATGCCGGGCTACCGCGTGCTGGTGGTGGGCGATATGGCGGAA > minE/80350‑80478 | cAACTGGCAGAAAACCAGTTGCTGCTCGACGACTCCTACAACGCCAATGTCGGTTCAATGACTgcagca > 1:1760218/1‑69 (MQ=255)cAACTGGCAGAAAACCAGTTGCTGCTCGACGACTCCTACAACGCCAATGTCGGTTCAATGACTgcagca > 1:894599/1‑69 (MQ=255)cAACTGGCAGAAAACCAGTTGCTGCTCGACGACTCCTACAACGCCAATGTCGGTTCAATGACTgcagca > 1:892109/1‑69 (MQ=255)cAACTGGCAGAAAACCAGTTGCTGCTCGACGACTCCTACAACGCCAATGTCGGTTCAATGACTgcagca > 1:556951/1‑69 (MQ=255)cAACTGGCAGAAAACCAGTTGCTGCTCGACGACTCCTACAACGCCAATGTCGGTTCAATGACTgcagca > 1:1780297/1‑69 (MQ=255)cAACTGGCAGAAAACCAGTTGCTGCTCGACGACTCCTACAACGCCAATGTCGGTTCAATGACTgcagca > 1:1686104/1‑69 (MQ=255)cAACTGGCAGAAAACCAGTTGCTGCTCGACGACTCCTACAACGCCAATGTCGGTTCAATGACTgcagca > 1:3367848/1‑69 (MQ=255)cAACTGGCAGAAAACCAGTTGCTGCTCGACGACTCCTACAACGCCAATGTCGGTTCAATGACTgcagca > 1:3105713/1‑69 (MQ=255)cAACTGGCAGAAAACCAGTTGCTGCTCGACGACTCCTACAACGCCAATGTCGGTTCAATGACTgcagca > 1:281054/1‑69 (MQ=255)cAACTGGCAGAAAACCAGTTGCTGCTCGACGACTCCTACAACGCCAATGTCGGTTCAATGACTgcagca > 1:1562761/1‑69 (MQ=255)cAACTGGCAGAAAACCAGTTGCTGCTCGACGACTCCTACAACGCCAATGTCGGTTCAATGACTgcagca > 1:2699872/1‑69 (MQ=255)cAACTGGCAGAAAACCAGTTGCTGCTCGACGACTCCTACAACGCCAATGTCGGTTCAATGACTgcagca > 1:2588527/1‑69 (MQ=255)cAACTGGCAGAAAACCAGTTGCTGCTCGACGACTCCTACAACGCCAATGTCGGTTCAATGACTgcagca > 1:2594542/1‑69 (MQ=255)cAACTGGCAGAAAACCAGTTGCTGCTCGACGACTCCTACAACGCCAATGTCGGTTCAATGACTgcagc > 1:276540/1‑68 (MQ=255) aCTGGCAGAAAACCAGTTGCTGCTCGACGACTCCTACAACGCCAATGTCGGTTCAATGACTGCAGCAGt < 1:3369955/69‑1 (MQ=255) ggCAGAAAACCAGTTGCTGCTCGACGACTCCTACAACGCCAATGTCGGTTCAATGACCGCCGCTGtt > 1:2685856/1‑66 (MQ=255) ggCAGAAAACCAGTTGCTGCTCGACGACTCCTACAACGCCAATGTCGGTTCAATGACCGCCGCTGtt > 1:2654047/1‑66 (MQ=255) ggCAGAAAACCAGTTGCTGCTCGACGACTCCTACAACGCCAATGTCGGTTCAATGACCGCCGCTGtt > 1:2050096/1‑66 (MQ=255) ggCAGAAAACCAGTTGCTGCTCGACGACTCCTACAACGCCAATGTCGGTTCAATGACCGCCGCTGtt > 1:1884612/1‑66 (MQ=255) 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(MQ=255) cTACAACGCCAATGTCGGTTCAATGACCGCCGCTGTTCAGGTTCTGGCTGAAATGCCGGGCTa > 1:1088753/1‑63 (MQ=255) cTACAACGCCAATGTCGGTTCAATGACCGCCGCTGTTCAGGTTCTGGCTGAAATGCCGGGCTa > 1:784692/1‑63 (MQ=255) cTACAACGCCAATGTCGGTTCAATGACCGCCGCTGTTCAGGTTCTGGCTGAAATGCCGGGCTa > 1:735207/1‑63 (MQ=255) cTACAACGCCAATGTCGGTTCAATGACCGCCGCTGTTCAGGTTCTGGCTGAAATGCCGGGCTa > 1:3253041/1‑63 (MQ=255) cTACAACGCCAATGTCGGTTCAATGACCGCCGCTGTTCAGGTTCTGGCTGAAATGCCGGGCTa > 1:3308314/1‑63 (MQ=255) cTACAACGCCAATGTCGGTTCAATGACCGCCGCTGTTCAGGTTCTGGCTGAAATGCCGGGCTa > 1:3322697/1‑63 (MQ=255) cTACAACGCCAATGTCGGTTCAATGACCGCCGCTGTTCAGGTTCTGGCTGAAATGCCGGGCTa > 1:3357357/1‑63 (MQ=255) cTACAACGCCAATGTCGGTTCAATGACCGCCGCTGTTCAGGTTCTGGCTGAAATGCCGGGCTa > 1:652742/1‑63 (MQ=255) cTACAACGCCAATGTCGGTTCAATGACCGCCGCTGTTCAGGTTCTGGCTGAAATGCCGGGCTa > 1:1281770/1‑63 (MQ=255) cTACAACGCCAATGTCGGTTCAATGACCGCCGCTGTTCAGGTTCTGGCTGAAATGCCGGGCTa > 1:2493874/1‑63 (MQ=255) cTACAACGCCAATGTCGGTTCAATGACCGCCGCTGTTCAGGTTCTGGCTGAAATGCCGGGCTa > 1:2729736/1‑63 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |