| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 834,665 | T→C | 43.9% | G1041G (GGT→GGC) | narG → | nitrate reductase 1, alpha subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 834,665 | 0 | T | C | 43.9% | 4.6 / 29.9 | 41 | G1041G (GGT→GGC) | narG | nitrate reductase 1, alpha subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (11/12); new base C (10/8); total (21/20) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.56e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TGAACACGTTTCTTACAACGCCGGTTACACCAACGTTCACGAGCTGATCCCATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGAAAGCCTGCTGG > minE/834596‑834723 | tGAACACGTTTCTT‑‑AACGCCGGTTACACCAACGTTCACGAGCTGATCCCATGGCGTACGCTCTCTGgtc > 1:2811668/1‑69 (MQ=255) cacGTTTCTTACAACGCCGGTTACACCAACGTTCACGAGCTGATCCCATGGCGTACGCTCTCTGgtc > 1:1904641/1‑67 (MQ=255) ccGGTTACACCAACGTTCACGAGCTGATCCCATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAgg < 1:1298452/69‑1 (MQ=255) ggTTACACCAACGTTCACGAGCTGATCCCATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGAt < 1:2019251/69‑1 (MQ=255) ggTTACACCAACGTTCACGAGCTGATCCCATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGAt < 1:1098044/69‑1 (MQ=255) ggTTACACCAACGTTCACGAGCTGATCCCATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGAt < 1:416820/69‑1 (MQ=255) ggTTACACCAACGTTCACGAGCTGATCCCATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGAt < 1:3261795/69‑1 (MQ=255) ggTTACACCAACGTTCACGAGCTGATCCCATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGAt < 1:1891126/69‑1 (MQ=255) ggTTACACCAACGTTCACGAGCTGATCCCATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGAt < 1:3056726/69‑1 (MQ=255) gTTACACCAACGTTCACGAGCTGATCCCATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGAt < 1:2451720/68‑1 (MQ=255) cAACGTTCACGAGCTGATCCCATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTg < 1:1455596/69‑1 (MQ=255) cAACGTTCACGAGCTGATCCCATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTg < 1:150346/69‑1 (MQ=255) cACGAGCTGATCCCATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGt < 1:1704714/69‑1 (MQ=255) cACGAGCTGATCCCATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGt < 1:3211145/69‑1 (MQ=255) cccGTGGCGTACGCTCTCTGGCCGTCAGCAGCTGTATCAGGATCAc > 1:77332/1‑46 (MQ=38) cccGTGGCGTACGCTCTCTGGCCGTCAGCAGCTGTATCAGGATCACCAATGGATGCGTGATTTCgg > 1:2748044/1‑66 (MQ=255) cccGTGGCGTACGCTCTCTGGCCGTCAGCAGCTGTATCAGGATCACCAATGGATGCGTGATTTCGGt > 1:2951117/1‑67 (MQ=255) cccGTGGCGTACGCTCTCTGGCCGTCAGCAGCTGTATCAGGATCACCAATGGATGCGTGATTTCGGt > 1:3234926/1‑67 (MQ=255) cccGTGGCGTACGCTCTCTGGCCGTCAGCAGCTGTATCAGGATCACCAATGGATGCGTGATTTCGGt > 1:2567827/1‑67 (MQ=255) cccGTGGCGTACGCTCTCTGGCCGTCAGCAGCTGTATCAGGATCACCAATGGATGCGTGATTTCGGt > 1:2454476/1‑67 (MQ=255) cccGTGGCGTACGCTCTCTGGCCGTCAGCAGCTGTATCAGGATCACCAATGGATGCGTGATTTCGGt > 1:1069020/1‑67 (MQ=255) cccGTGGCGTACGCTCTCTGGCCGTCAGCAGCTGTATCAGGATCACCAATGGATGCGTGATTTCGGt > 1:2204985/1‑67 (MQ=255) cccGTGGCGTACGCTCTCTGGCCGTCAGCAGCTGTATCAGGATCACCAATGGATGCGTGATTTCGGt > 1:1433619/1‑67 (MQ=255) cccGTGGCGTACGCTCTCTGGCCGTCAGCAGCTGTATCAGGATCACCAATGGATGCGTGATTTCGGt > 1:1353817/1‑67 (MQ=255) cccATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGt > 1:2050459/1‑67 (MQ=255) cccATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGt > 1:2622360/1‑67 (MQ=255) cccATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGt > 1:1504995/1‑67 (MQ=255) cccATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGt > 1:2768016/1‑67 (MQ=255) cccATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGt > 1:1025308/1‑67 (MQ=255) cccATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGt > 1:763298/1‑67 (MQ=255) cccATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGt > 1:1109549/1‑67 (MQ=255) cccATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGt > 1:421434/1‑67 (MQ=255) ggCGTACGCTCTCTGGCCGTCAGCAGCTGTATCAGGATCACCAATGGATGCGTGATTTCGGTGAAAGcc < 1:860637/69‑1 (MQ=255) ggCGTACGCTCTCTGGCCGTCAGCAGCTGTATCAGGATCACCAATGGATGCGTGATTTCGGTGAAAGcc < 1:819558/69‑1 (MQ=255) ggCGTACGCTCTCTGGCCGTCAGCAGCTGTATCAGGATCACCAATGGATGCGTGATTTCGGTGAAAGcc < 1:798643/69‑1 (MQ=255) ggCGTACGCTCTCTGGCCGTCAGCAGCTGTATCAGGATCACCAATGGATGCGTGATTTCGGTGAAAGcc < 1:727599/69‑1 (MQ=255) ggCGTACGCTCTCTGGCCGTCAGCAGCTGTATCAGGATCACCAATGGATGCGTGATTTCGGTGAAAGcc < 1:1218414/69‑1 (MQ=255) ggCGTACGCTCTCTGGCCGTCAGCAGCTGTATCAGGATCACCAATGGATGCGTGATTTCGGTGAAAGcc < 1:1398656/69‑1 (MQ=255) ggCGTACGCTCTCTGGCCGTCAGCAGCTGTATCAGGATCACCAATGGATGCGTGATTTCGGTGAAAGcc < 1:1959281/69‑1 (MQ=255) ggCGTACGCTCTCTGGCCGTCAGCAGCTGTATCAGGATCACCAATGGATGCGTGATTTCGGTGAAAGcc < 1:2553461/69‑1 (MQ=255) gCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCAGCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGAAAGCCTGCTgg > 1:531865/1‑68 (MQ=255) gCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGAAAGCct > 1:1215407/1‑63 (MQ=255) gCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGAAAGCCTGCTgg > 1:1370806/1‑68 (MQ=255) | TGAACACGTTTCTTACAACGCCGGTTACACCAACGTTCACGAGCTGATCCCATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGAAAGCCTGCTGG > minE/834596‑834723 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |