| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 834,692 | G→A | 30.8% | Q1050Q (CAG→CAA) | narG → | nitrate reductase 1, alpha subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 834,692 | 0 | G | A | 30.8% | 50.1 / 23.1 | 55 | Q1050Q (CAG→CAA) | narG | nitrate reductase 1, alpha subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (30/8); new base A (9/8); total (39/16) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.19e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.83e-01 | |||||||||||
CAACGTTCACGAGCTGATCCCATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGAAAGCCTGCTGGTTTATCGTCCGCCGATCGACACC > minE/834626‑834746 | cAACGTTCACGAGCTGATCCCATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTg < 1:150346/69‑1 (MQ=255)cAACGTTCACGAGCTGATCCCATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTg < 1:1455596/69‑1 (MQ=255) cACGAGCTGATCCCATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGt < 1:3211145/69‑1 (MQ=255) cACGAGCTGATCCCATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGt < 1:1704714/69‑1 (MQ=255) cccGTGGCGTACGCTCTCTGGCCGTCAGCAGCTGTATCAGGATCACCAATGGATGCGTGATTTCgg > 1:2748044/1‑66 (MQ=255) cccGTGGCGTACGCTCTCTGGCCGTCAGCAGCTGTATCAGGATCACCAATGGATGCGTGATTTCGGt > 1:1069020/1‑67 (MQ=255) cccGTGGCGTACGCTCTCTGGCCGTCAGCAGCTGTATCAGGATCACCAATGGATGCGTGATTTCGGt > 1:2951117/1‑67 (MQ=255) cccGTGGCGTACGCTCTCTGGCCGTCAGCAGCTGTATCAGGATCACCAATGGATGCGTGATTTCGGt > 1:2567827/1‑67 (MQ=255) cccGTGGCGTACGCTCTCTGGCCGTCAGCAGCTGTATCAGGATCACCAATGGATGCGTGATTTCGGt > 1:3234926/1‑67 (MQ=255) cccGTGGCGTACGCTCTCTGGCCGTCAGCAGCTGTATCAGGATCACCAATGGATGCGTGATTTCGGt > 1:2454476/1‑67 (MQ=255) cccGTGGCGTACGCTCTCTGGCCGTCAGCAGCTGTATCAGGATCACCAATGGATGCGTGATTTCGGt > 1:2204985/1‑67 (MQ=255) cccGTGGCGTACGCTCTCTGGCCGTCAGCAGCTGTATCAGGATCACCAATGGATGCGTGATTTCGGt > 1:1433619/1‑67 (MQ=255) cccGTGGCGTACGCTCTCTGGCCGTCAGCAGCTGTATCAGGATCACCAATGGATGCGTGATTTCGGt > 1:1353817/1‑67 (MQ=255) cccATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGt > 1:1504995/1‑67 (MQ=255) cccATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGt > 1:2768016/1‑67 (MQ=255) cccATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGt > 1:1109549/1‑67 (MQ=255) cccATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGt > 1:1025308/1‑67 (MQ=255) cccATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGt > 1:2622360/1‑67 (MQ=255) cccATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGt > 1:763298/1‑67 (MQ=255) cccATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGt > 1:421434/1‑67 (MQ=255) cccATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGt > 1:2050459/1‑67 (MQ=255) ggCGTACGCTCTCTGGCCGTCAGCAGCTGTATCAGGATCACCAATGGATGCGTGATTTCGGTGAAAGcc < 1:1398656/69‑1 (MQ=255) ggCGTACGCTCTCTGGCCGTCAGCAGCTGTATCAGGATCACCAATGGATGCGTGATTTCGGTGAAAGcc < 1:2553461/69‑1 (MQ=255) ggCGTACGCTCTCTGGCCGTCAGCAGCTGTATCAGGATCACCAATGGATGCGTGATTTCGGTGAAAGcc < 1:1218414/69‑1 (MQ=255) ggCGTACGCTCTCTGGCCGTCAGCAGCTGTATCAGGATCACCAATGGATGCGTGATTTCGGTGAAAGcc < 1:1959281/69‑1 (MQ=255) ggCGTACGCTCTCTGGCCGTCAGCAGCTGTATCAGGATCACCAATGGATGCGTGATTTCGGTGAAAGcc < 1:727599/69‑1 (MQ=255) ggCGTACGCTCTCTGGCCGTCAGCAGCTGTATCAGGATCACCAATGGATGCGTGATTTCGGTGAAAGcc < 1:798643/69‑1 (MQ=255) ggCGTACGCTCTCTGGCCGTCAGCAGCTGTATCAGGATCACCAATGGATGCGTGATTTCGGTGAAAGcc < 1:819558/69‑1 (MQ=255) ggCGTACGCTCTCTGGCCGTCAGCAGCTGTATCAGGATCACCAATGGATGCGTGATTTCGGTGAAAGcc < 1:860637/69‑1 (MQ=255) gCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCAGCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGAAAGCCTGCTgg > 1:531865/1‑68 (MQ=255) gCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGAAAGCct > 1:1215407/1‑63 (MQ=255) gCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGAAAGCCTGCTgg > 1:1370806/1‑68 (MQ=255) cgtcAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGt < 1:2857752/36‑1 (MQ=255) tCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGAAAGCCTGCTGGTTTATCGTCCGCCGATCGACAcc < 1:1367227/67‑1 (MQ=255) tCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGAAAGCCTGCTGGTTTATCGTCCGCCGATCGACAcc < 1:3263614/67‑1 (MQ=255) tCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGAAAGCCTGCTGGTTTATCGTCCGCCGATCGACAcc < 1:2498311/67‑1 (MQ=255) aGGATCATCCGTGGATGCGTGCTTTTGGTGAAAGTCTGGTGGCTTATCGCCCGCCTATCGaca > 1:577434/1‑63 (MQ=255) aGGATCATCCGTGGATGCGTGCTTTTGGTGAAAGTCTGGTGGCTTATCGCCCGCCTATCGaca > 1:3243257/1‑63 (MQ=255) aGGATCATCCGTGGATGCGTGCTTTTGGTGAAAGTCTGGTGGCTTATCGCCCGCCTATCGaca > 1:889222/1‑63 (MQ=255) aGGATCATCCGTGGATGCGTGCTTTTGGTGAAAGTCTGGTGGCTTATCGCCCGCCTATCGaca > 1:974382/1‑63 (MQ=255) aGGATCATCCGTGGATGCGTGCTTTTGGTGAAAGTCTGGTGGCTTATCGCCCGCCTATCGaca > 1:3121799/1‑63 (MQ=255) aGGATCATCCGTGGATGCGTGCTTTTGGTGAAAGTCTGGTGGCTTATCGCCCGCCTATCGaca > 1:2646295/1‑63 (MQ=255) aGGATCATCCGTGGATGCGTGCTTTTGGTGAAAGTCTGGTGGCTTATCGCCCGCCTATCGaca > 1:2522041/1‑63 (MQ=255) aGGATCATCCGTGGATGCGTGCTTTTGGTGAAAGTCTGGTGGCTTATCGCCCGCCTATCGaca > 1:2498446/1‑63 (MQ=255) aGGATCATCCGTGGATGCGTGCTTTTGGTGAAAGTCTGGTGGCTTATCGCCCGCCTATCGaca > 1:2369506/1‑63 (MQ=255) aGGATCATCCGTGGATGCGTGCTTTTGGTGAAAGTCTGGTGGCTTATCGCCCGCCTATCGaca > 1:2166781/1‑63 (MQ=255) aGGATCATCCGTGGATGCGTGCTTTTGGTGAAAGTCTGGTGGCTTATCGCCCGCCTATCGaca > 1:2100367/1‑63 (MQ=255) aGGATCATCCGTGGATGCGTGCTTTTGGTGAAAGTCTGGTGGCTTATCGCCCGCCTATCGaca > 1:198602/1‑63 (MQ=255) aGGATCATCCGTGGATGCGTGCTTTTGGTGAAAGTCTGGTGGCTTATCGCCCGCCTATCGaca > 1:1917451/1‑63 (MQ=255) aGGATCATCCGTGGATGCGTGCTTTTGGTGAAAGTCTGGTGGCTTATCGCCCGCCTATCGaca > 1:1864697/1‑63 (MQ=255) aGGATCATCCGTGGATGCGTGCTTTTGGTGAAAGTCTGGTGGCTTATCGCCCGCCTATCGaca > 1:1801310/1‑63 (MQ=255) aGGATCATCCGTGGATGCGTGCTTTTGGTGAAAGTCTGGTGGCTTATCGCCCGCCTATCGaca > 1:1787577/1‑63 (MQ=255) aGGATCATCCGTGGATGCGTGCTTTTGGTGAAAGTCTGGTGGCTTATCGCCCGCCTATCGaca > 1:1624262/1‑63 (MQ=255) aGGATCATCCGTGGATGCGTGCTTTTGGTGAAAGTCTGGTGGCTTATCGCCCGCCTATCGaca > 1:1508064/1‑63 (MQ=255) aGGATCATCCGTGGATGCGTGCTTTTGGTGAAAGTCTGGTGGCTTATCGCCCGCCTATCGaca > 1:1114164/1‑63 (MQ=255) | CAACGTTCACGAGCTGATCCCATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGAAAGCCTGCTGGTTTATCGTCCGCCGATCGACACC > minE/834626‑834746 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |