| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 839,914 | A→C | 49.5% | R130R (CGT→CGG) | purU ← | formyltetrahydrofolate hydrolase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 839,914 | 0 | A | C | 49.5% | 8.7 / 126.2 | 97 | R130R (CGT→CGG) | purU | formyltetrahydrofolate hydrolase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (11/38); new base C (25/23); total (36/61) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.27e-03 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.72e-01 | |||||||||||
CGTGCTCGTTGCGGGTTAACCCTTCATGGCTTACCAGCTCAAACGGAATATCAAAACGCTCAACCAGAGAACGTAAAGTATCGTGGTTACCAATAACTGCCGCGATTTCGACATCCAGG > minE/839859‑839977 | cGTGCTCGTTGCGGGTTAACCCTTCATGGCTTACCAGCTCAAACGGAATATCAAAACGCTCAACCagag > 1:211030/1‑69 (MQ=255)cGTGCTCGTTGCGGGTTAACCCTTCATGGCTTACCAGCTCAAACGGAATATCAAAACGCTCAACCagag > 1:925753/1‑69 (MQ=255)cGTGCTCGTTGCGGGTTAACCCTTCATGGCTTACCAGCTCAAACGGAATATCAAAACGCTCAACCagag > 1:1139809/1‑69 (MQ=255)cGTGCTCGTTGCGGGTTAACCCTTCATGGCTTACCAGCTCAAACGGAATATCAAAACGCTCAACCagag > 1:1675094/1‑69 (MQ=255)cGTGCTCGTTGCGGGTTAACCCTTCATGGCTTACCAGCTCAAACGGAATATCAAAACGCTCAACCagag > 1:1247828/1‑69 (MQ=255)cGTGCTCGTTGCGGGTTAACCCTTCATGGCTTACCAGCTCAAACGGAATATCAAAACGCTCAACCagag > 1:380801/1‑69 (MQ=255)cGTGCTCGTTGCGGGTTAACCCTTCATGGCTTACCAGCTCAAACGGAATATCAAAACGCTCAACCagag > 1:2255644/1‑69 (MQ=255) cTCGTTGCGGGTTAACCCTTCATGGCTTACCAGCTCAAACGGAATATCAAAACGCTCAACCAGAGAAc > 1:1074095/1‑68 (MQ=255) cTCGTTGCGGGTTAACCCTTCATGGCTTACCAGCTCAAACGGAATATCAAAACGCTCAACCAGAGAAc > 1:922081/1‑68 (MQ=255) cGTTGCGGGTTAACCCTTCATGGCTTACCAGCTCAAACGGAATATCAAAACGCTCAACCAGAGAACGTa < 1:2317270/69‑1 (MQ=255) cGTTGCGGGTTAACCCTTCATGGCTTACCAGCTCAAACGGAATATCAAAACGCTCAACCAGAGAACGTa < 1:3128253/69‑1 (MQ=255) cGTTGCGGGTTAACCCTTCATGGCTTACCAGCTCAAACGGAATATCAAAACGCTCAACCAGAGAACGTa < 1:3423340/69‑1 (MQ=255) tAACCCTTCATGGCTTACCAGCTCAAACGGAATATCAAAACGCTCAACCAGAGAACGTAAAGTATCGTg < 1:300321/69‑1 (MQ=255) tAACCCTTCATGGCTTACCAGCTCAAACGGAATATCAAAACGCTCAACCAGAGAACGTAAAGTATCGTg < 1:1330318/69‑1 (MQ=255) tAACCCTTCATGGCTTACCAGCTCAAACGGAATATCAAAACGCTCAACCAGAGAACGTAAAGTATCGTg < 1:2145798/69‑1 (MQ=255) tAACCCTTCATGGCTTACCAGCTCAAACGGAATATCAAAACGCTCAACCAGAGAACGTAAAGTATCGTg < 1:2834482/69‑1 (MQ=255) tAACCCTTCATGGCTTACCAGCTCAAACGGAATATCAAAACGCTCAACCAGAGAACGTAAAGTATCGTg < 1:1580111/69‑1 (MQ=255) aaCCCTTCATGGCTTACCAGCTCAAACGGAATATCAAAACGCTCAACCAGAGACCGTa < 1:311673/58‑1 (MQ=255) aaCCCTTCATGGCTTACCAGCTCAAACGGAATATCAAAACGCTCAACCAGAGAACGTa < 1:1301511/58‑1 (MQ=255) aaCCCTTCATGGCTTACCAGCTCAAACGGAATATCAAAACGCTCAACCAGAGAACGTa < 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1:3105081/68‑1 (MQ=255) ttACCAGCTCAAACGGAATATCAAACCGCTCAACCAGAGAACGTAAAGTATCGTGGTTACCAATAACt < 1:1593450/68‑1 (MQ=255) ttACCAGCTCAAACGGAATATCAAACCGCTCAACCAGAGAACGTAAAGTATCGTGGTTACCAATAACt < 1:1587248/68‑1 (MQ=255) ttACCAGCTCAAACGGAATATCAAACCGCTCAACCAGAGAACGTAAAGTATCGTGGTTACCAATAACt < 1:3332367/68‑1 (MQ=255) ttACCAGCTCAAACGGAATATCAAACCGCTCAACCAGAGAACGTAAAGTATCGTGGTTACCAATAACt < 1:1408704/68‑1 (MQ=255) ttACCAGCTCAAACGGAATATCAAACCGCTCAACCAGAGAACGTAAAGTATCGTGGTTACCAATAACt < 1:1403406/68‑1 (MQ=255) ttACCAGCTCAAACGGAATATCAAACCGCTCAACCAGAGAACGTAAAGTATCGTGGTTACCAATAACt < 1:576239/68‑1 (MQ=255) ttACCAGCTCAAACGGAATATCAAACCGCTCAACCAGAGAACGTAAAGTATCGTGGTTACCAATAACt < 1:703582/68‑1 (MQ=255) ttACCAGCTCAAACGGAATATCAAACCGCTCAACCAGAGAACGTAAAGTATCGTGGTTACCAATAACt < 1:820190/68‑1 (MQ=255) ttACCAGCTCAAACGGAATATCAAACCGCTCAACCAGAGAACGTAAAGTATCGTGGTTACCAATAACt < 1:1356057/68‑1 (MQ=255) ttACCAGCTCAAACGGAATATCAAACCGCTCAACCAGAGAACGTAAAGTATCGTGGTTACCAATAACt < 1:1314437/68‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |