| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 842,947 | G→A | 36.2% | intergenic (+13/‑189) | rssB → / → galU | response regulator of RpoS/glucose‑1‑phosphate uridylyltransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 842,947 | 0 | G | A | 36.2% | 48.2 / 42.7 | 75 | intergenic (+13/‑189) | rssB/galU | response regulator of RpoS/glucose‑1‑phosphate uridylyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (19/28); new base A (11/16); total (31/44) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TGCCAAATATGGGGAACCGGTGGTCGACTGCGCTTGATGTTGTCTGCAGAATGAGCAAACGATAACGCGGGCTAAATTTGCATTACCTGCTAATGTCGGCTGGTGGTACTATCGTCGCCATTCGTATAAGTAATTGT > minE/842881‑843017 | tGCCAAATATGGGGAACCGGTGGTCGACTGCGCTTGATGTTGTCTGCAGAATGAGCAAACGATAAcgcg > 1:2535901/1‑69 (MQ=255)tGCCAAATATGGGGAACCGGTGGTCGACTGCGCTTGATGTTGTCTGCAGAATGAGCAAACGATAAcgcg > 1:3026138/1‑69 (MQ=255)tGCCAAATATGGGGAACCGGTGGTCGACTGCGCTTGATGTTGTCTGCAGAATGAGCAAACGATAAcgcg > 1:701668/1‑69 (MQ=255)tGCCAAATATGGGGAACCGGTGGTCGACTGCGCTTGATGTTGTCTGCAGAATGAGCAAACGATAAcgcg > 1:324051/1‑69 (MQ=255)tGCCAAATATGGGGAACCGGTGGTCGACTGCGCTTGATGTTGTCTGCAGAATGAGCAAACGATAAcgcg > 1:2221675/1‑69 (MQ=255)tGCCAAATATGGGGAACCGGTGGTCGACTGCGCTTGATGTTGTCTGCAGAATGAGCAAACGATAAcgcg > 1:3226561/1‑69 (MQ=255) gCCAAATATGGGGAACCGGTGGTCGACTGCGCTTGATGTTGTCTGCAGAATGAGCAAACGATAACGCgg > 1:442412/1‑69 (MQ=255) gggAACCGGTGGTCGACTGCGCTTGATGTTGTCTGCAGAATGAGCAAACGATAACTCGGGCTAAATTTg > 1:1904527/1‑69 (MQ=255) gggAACCGGTGGTCGACTGCGCTTGATGTTGTCTGCAGAATGAGCAAACGATAACGCGGGc > 1:1549784/1‑61 (MQ=255) gggAACCGGTGGTCGACTGCGCTTGATGTTGTCTGCAGAATGAGCAAACGATAACGCGGGCTAAATTTg > 1:1328547/1‑69 (MQ=255) gggAACCGGTGGTCGACTGCGCTTGATGTTGTCTGCAGAATGAGCAAACGATAACGCGGGCTAAATTTg > 1:867085/1‑69 (MQ=255) gggAACCGGTGGTCGACTGCGCTTGATGTTGTCTGCAGAATGAGCAAACGATAACGCGGGCTAAATTTg > 1:3132876/1‑69 (MQ=255) aCCGGTGGTCGGCTGCGCTTGATGTTGTCTGCAGAATGAGCAAACGATAACACGGGCTAAATTTGc > 1:623016/1‑66 (MQ=255) aCCGGTGGTCGGCTGCGCTTGATGTTGTCTGCAGAATGAGCAAACGATAACACGGGCTAAATTTGCAtt > 1:3102484/1‑69 (MQ=255) aCCGGTGGTCGGCTGCGCTTGATGTTGTCTGCAGAATGAGCAAACGATAACACGGGCTAAATTTGCAtt > 1:1885975/1‑69 (MQ=255) aCCGGTGGTCGGCTGCGCTTGATGTTGTCTGCAGAATGAGCAAACGATAACACGGGCTAAATTTGCAtt > 1:26010/1‑69 (MQ=255) aCCGGTGGTCGGCTGCGCTTGATGTTGTCTGCAGAATGAGCAAACGATAACACGGGCTAAATTTGCAtt > 1:2421218/1‑69 (MQ=255) aCCGGTGGTCGGCTGCGCTTGATGTTGTCTGCAGAATGAGCAAACGATAACACGGGCTAAATTTGCAtt > 1:2691283/1‑69 (MQ=255) aCCGGTGGTCGGCTGCGCTTGATGTTGTCTGCAGAATGAGCAAACGATAACACGGGCTAAATTTGCAtt > 1:2565830/1‑69 (MQ=255) aCCGGTGGTCGGCTGCGCTTGATGTTGTCTGCAGAATGAGCAAACGATAACACGGGCTAAATTTGCAtt > 1:50114/1‑69 (MQ=255) aCCGGTGGTCGGCTGCGCTTGATGTTGTCTGCAGAATGAGCAAACGATAACACGGGCTAAATTTGCAtt > 1:1346392/1‑69 (MQ=255) aCCGGTGGTCGGCTGCGCTTGATGTTGTCTGCAGAATGAGCAAACGATAACACGGGCTAAATTTGCAtt > 1:1572235/1‑69 (MQ=255) aCCGGTGGTCGGCTGCGCTTGATGTTGTCTGCAGAATGAGCAAACGATAACACGGGCTAAATTTGCAtt > 1:1567868/1‑69 (MQ=255) aCCGGTGGTCGACTGCGCTTGATGTTGTCTGCAGAATGAGCAAACGATAACGCGGGCTAAATTTGCAtt < 1:230140/69‑1 (MQ=255) ccGGTGGTCGACTGCGCTTGATGTTGTCTGCAGAATGAGCAAACGATAACGCGGGCTAAATTTGGATTa < 1:393492/69‑1 (MQ=255) ccGGTGGTCGACTGCGCTTGATGTTGTCTGCAGAATGAGCAAACGATAACGCGGGCTAAATTTGCATTa < 1:1250115/69‑1 (MQ=255) ccGGTGGTCGACTGCGCTTGATGTTGTCTGCAGAATGAGCAAACGATAACGCGGGCTAAATTTGCATTa > 1:2004572/1‑69 (MQ=255) ccGGTGGTCGACTGCGCTTGATGTTGTCTGCAGAATGAGCAAACGATAACGCGGGCTAAATTTGCATTa < 1:2161493/69‑1 (MQ=255) ccGGTGGTCGACTGCGCTTGATGTTGTCTGCAGAATGAGCAAACGATAACGCGGGCTAAATTTGCATTa < 1:2170747/69‑1 (MQ=255) ccGGTGGTCGACTGCGCTTGATGTTGTCTGCAGAATGAGCAAACGATAACGCGGGCTAAATTTGCATTa < 1:2174600/69‑1 (MQ=255) ccGGTGGTCGACTGCGCTTGATGTTGTCTGCAGAATGAGCAAACGATAACGCGGGCTAAATTTGCATTa < 1:1528268/69‑1 (MQ=255) ccGGTGGTCGACTGCGCTTGATGTTGTCTGCAGAATGAGCAAACGATAACGCGGGCTAAATTTGCATTa < 1:3054643/69‑1 (MQ=255) cGGTGGTCGACTGCGCTTGATGTTGTCTGCAGAATGAGCAAACGATAACGCGGGCTAAATTTGCATTa < 1:640194/68‑1 (MQ=255) cGGTGGTCGACTGCGCTTGATGTTGTCTGCAGAATGAGCAAACGATAACGCGGGCTAAATTTGCATTa < 1:501375/68‑1 (MQ=255) gtCGACTGCGCTTGATGTTGTCTGCAGAATGAGCAAACGATAACGCGGGCTAAATTTGCATTACCTGCt < 1:673325/69‑1 (MQ=255) gtCGACTGCGCTTGATGTTGTCTGCAGAATGAGCAAACGATAACGCGGGCTAAATTTGCATTACCTGCt < 1:1914614/69‑1 (MQ=255) cGACTGCGCTTGATGTTGTCTGCAGAATGAGCAAACGATAACGCGGGCTAAATTTGCATTa > 1:3042824/1‑61 (MQ=255) cGACTGCGCTTGATGTTGTCTGCAGAATGAGCAAACGATAACGCGGGCTAAATTTGCATTa > 1:2786688/1‑61 (MQ=255) cGACTGCGCTTGATGTTGTCTGCAGAATGAGCAAACGATAACGCGGGCTAAATTTGCATTa > 1:91142/1‑61 (MQ=255) cGACTGCGCTTGATGTTGTCTGCAGAATGAGCAAACGATAACGCGGGCTAAATTTGCATTa > 1:982907/1‑61 (MQ=255) cGACTGCGCTTGATGTTGTCTGCAGAATGAGCAAACGATAACGCGGGCTAAATTTGCATTa > 1:998833/1‑61 (MQ=255) cGACTGCGCTTGATGTTGTCTGCAGAATGAGCAAACGATAACGCGGGCTAAATTTGCATTa > 1:2334205/1‑61 (MQ=255) aCTGCGCTTGATGTTGTCTGCAGAATGAGCAAACGATAACGCGGGCTAAATTTGCATTa < 1:1564531/59‑1 (MQ=255) gttgtCTGCAGAATGAGCAAACGATAACGCGGGCTAAATTTGCATTACCTGCTAATGTCGGCtggtgg < 1:2523052/68‑1 (MQ=255) gttgtCTGCAGAATGAGCAAACGATAACGCGGGCTAAATTTGCATTACCTGCTAATGTCGGCtggtgg < 1:946451/68‑1 (MQ=255) gttgtCTGCAGAATGAGCAAACGATAACGCGGGCTAAATTTGCATTACCTGCTAATGTCGGCtggtgg < 1:689980/68‑1 (MQ=255) gttgtCTGCAGAATGAGCAAACGATAACGCGGGCTAAATTTGCATTACCTGCTAATGTCGGCtggtgg < 1:372698/68‑1 (MQ=255) gttgtCTGCAGAATGAGCAAACGATAACGCGGGCTAAATTTGCATTACCTGCTAATGTCGGCtggtgg < 1:1921871/68‑1 (MQ=255) gtCTGCAGAATGAGCAAACGATAACGCGGGCTAAATTTGCATTACCTGCTAATGTCg > 1:987128/1‑57 (MQ=255) gtCTGCAGAATGAGCAAACGATAACGCGGGCTAAATTTGCATTACCTGCTAATGTCGGCTGGTGGTACt > 1:2349618/1‑69 (MQ=255) gtCTGCAGAATGAGCAAACGATAACGCGGGCTAAATTTGCATTACCTGCTAATGTCGGCTGGTGGTACt > 1:1743501/1‑69 (MQ=255) gtCTGCAGAATGAGCAAACGATAACGCGGGCTAAATTTGCATTACCTGCTAATGTCGGCTGGTGGTACt > 1:3313982/1‑69 (MQ=255) aTGAGCAAACGATAACGCGGGCTAAATTTGCATTACCTGCTAATGTCGGCTGGTGGTACTATCGTCGcc > 1:1006655/1‑69 (MQ=255) aTGAGCAAACGATAACGCGGGCTAAATTTGCATTACCTGCTAATGTCGGCTGGTGGTACTATCGTCGcc > 1:933868/1‑69 (MQ=255) aTGAGCAAACGATAACGCGGGCTAAATTTGCATTACCTGCTAATGTCGGCTGGTGGTACTATCGTCGcc > 1:933300/1‑69 (MQ=255) aaCGATAACGCGGGCTAAATTTGCATTACCTGCTAATGTCGGCTGGTGGTACTATCGTCGCCATTCGta < 1:3206388/69‑1 (MQ=255) aaCGATAACGCGGGCTAAATTTGCATTACCTGCTAATGTCGGCTGGTGGTACTATCGTCGCCATTCGta < 1:1728913/69‑1 (MQ=255) tAACACGGGCTAAATTTGCATTACCTGCTAATGTCGGCTGGTGTTACTATCGTCGCTATTCGt < 1:3312142/63‑1 (MQ=255) tAACACGGGCTAAATTTGCATTACCTGCTAATGTCGGCTGGTGGTACTATCGTCGCTATTCGt < 1:2510172/63‑1 (MQ=255) tAACACGGGCTAAATTTGCATTACCTGCTAATGTCGGCTGGTGGTACTATCGTCGCTATTCGt < 1:3310446/63‑1 (MQ=255) tAACACGGGCTAAATTTGCATTACCTGCTAATGTCGGCTGGTGGTACTATCGTCGCTATTCGt < 1:2810267/63‑1 (MQ=255) tAACACGGGCTAAATTTGCATTACCTGCTAATGTCGGCTGGTGGTACTATCGTCGCTATTCGt < 1:1078922/63‑1 (MQ=255) tAACACGGGCTAAATTTGCATTACCTGCTAATGTCGGCTGGTGGTACTATCGTCGCTATTCGt < 1:2857160/63‑1 (MQ=255) tAACACGGGCTAAATTTGCATTACCTGCTAATGTCGGCTGGTGGTACTATCGTCGCTATTCGt < 1:2455306/63‑1 (MQ=255) tAACACGGGCTAAATTTGCATTACCTGCTAATGTCGGCTGGTGGTACTATCGTCGCTATTCGt < 1:131890/63‑1 (MQ=255) tAACACGGGCTAAATTTGCATTACCTGCTAATGTCGGCTGGTGGTACTATCGTCGCTATTCGt < 1:1331660/63‑1 (MQ=255) tAACACGGGCTAAATTTGCATTACCTGCTAATGTCGGCTGGTGGTACTATCGTCGCTATTCGt < 1:2262845/63‑1 (MQ=255) tAACACGGGCTAAATTTGCATTACCTGCTAATGTCGGCTGGTGGTACTATCGTCGCTATTCGt < 1:1510500/63‑1 (MQ=255) tAACACGGGCTAAATTTGCATTACCTGCTAATGTCGGCTGGTGGTACTATCGTCGCTATTCGt < 1:633639/63‑1 (MQ=255) tAACACGGGCTAAATTTGCATTACCTGCTAATGTCGGCTGGTGGTACTATCGTCGCTATTCGt < 1:2044352/63‑1 (MQ=255) tAACACGGGCTAAATTTGCATTACCTGCTAATGTCGGCTGGTGGTACTATCGTCGCTATTCGt < 1:1991298/63‑1 (MQ=255) tAACACGGGCTAAATTTGCATTACCTGCTAATGTCGGCTGGTGGTACTATCGTCGCTATTCGt < 1:3376593/63‑1 (MQ=255) tAACACGGGCTAAATTTGCATTACATGCTAATGTCGGCTGGTGGTACTATCGTCGCTATTCGt < 1:144224/63‑1 (MQ=255) aaCGCGGGCTAAATTTGCATTACCTGCTAATGTCGGCTGGTGGTACTATCGTCGCCATTCGTATAAGTa < 1:1511552/69‑1 (MQ=255) aaCGCGGGCTAAATTTGCATTACCTGCTAATGTCGGCTGGTGGTACTATCGTCGCCATTCGTATAAGTa < 1:817660/69‑1 (MQ=255) aaCGCGGGCTAAATTTGCATTACCTGCTAATGTCGGCTGGTGGTACTATCGTCGCCATTCGTATAAGTa < 1:926758/69‑1 (MQ=255) aaCGCGGGCTAAATTTGCATTACCTGCTAATGTCGGCTGGTGGTACTATCGTCGCCATTCGTATAAGTa < 1:2872090/69‑1 (MQ=255) aaCGCGGGCTAAATTTGCATTACCTGCTAATGTCGGCTGGTGGTACTATCGTCGCCATTCGTATAAGTa < 1:3397845/69‑1 (MQ=255) aaCGCGGGCTAAATTTGCATTACCTGCTAATGTCGGCTGGTGGTACTATCGTCGCCATTCGTATAAGTa < 1:326501/69‑1 (MQ=255) aCGCGGGCTAAATTTGCATTACCTGCTAATGTCGGCTGGTGGTACTATCGTCGCCATTCGTATAAGTa < 1:1658917/68‑1 (MQ=255) aCGCGGGCTAAATTTGCATTACCTGCTAATGTCGGCTGGTGGTACTATCGTCGCCATTCGTATAAGTa < 1:1805160/68‑1 (MQ=255) gcgGGCTAAATTTGCATTACCTGCTAATGTCG‑‑‑GGTGGTACTATCGTCGCCATTCGTATAAGTAATTGt < 1:3330443/68‑1 (MQ=255) | TGCCAAATATGGGGAACCGGTGGTCGACTGCGCTTGATGTTGTCTGCAGAATGAGCAAACGATAACGCGGGCTAAATTTGCATTACCTGCTAATGTCGGCTGGTGGTACTATCGTCGCCATTCGTATAAGTAATTGT > minE/842881‑843017 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |