| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 80,418 | A→T | 34.1% | A343A (GCA→GCT) | murF → | UDP‑N‑acetylmuramoyl‑tripeptide:D‑alanyl‑D‑ alanine ligase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 80,418 | 0 | A | T | 34.1% | 87.2 / 67.6 | 88 | A343A (GCA→GCT) | murF | UDP‑N‑acetylmuramoyl‑tripeptide:D‑alanyl‑D‑ alanine ligase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (23/35); new base T (24/6); total (47/41) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.34e-04 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 101 total aligned reads displayed.
CAACTGGCAGAAAACCAGTTGCTGCTCGACGACTCCTACAACGCCAATGTCGGTTCAATGACTGCAGCAGTCCAGGTACTGGCTGAAATGCCGGGCTACCGCGTGCTGGTGGTGGGCGATATGGCGGAA > minE/80350‑80478 | cAACTGGCAGAAAACCAGTTGCTGCTCGACGACTCCTACAACGCCAATGTCGGTTCAATGACTgcagca > 1:892109/1‑69 (MQ=255)cAACTGGCAGAAAACCAGTTGCTGCTCGACGACTCCTACAACGCCAATGTCGGTTCAATGACTgcagca > 1:1686104/1‑69 (MQ=255)cAACTGGCAGAAAACCAGTTGCTGCTCGACGACTCCTACAACGCCAATGTCGGTTCAATGACTgcagca > 1:2699872/1‑69 (MQ=255)cAACTGGCAGAAAACCAGTTGCTGCTCGACGACTCCTACAACGCCAATGTCGGTTCAATGACTgcagca > 1:281054/1‑69 (MQ=255)cAACTGGCAGAAAACCAGTTGCTGCTCGACGACTCCTACAACGCCAATGTCGGTTCAATGACTgcagca > 1:1562761/1‑69 (MQ=255)cAACTGGCAGAAAACCAGTTGCTGCTCGACGACTCCTACAACGCCAATGTCGGTTCAATGACTgcagca > 1:556951/1‑69 (MQ=255)cAACTGGCAGAAAACCAGTTGCTGCTCGACGACTCCTACAACGCCAATGTCGGTTCAATGACTgcagca > 1:3105713/1‑69 (MQ=255)cAACTGGCAGAAAACCAGTTGCTGCTCGACGACTCCTACAACGCCAATGTCGGTTCAATGACTgcagca > 1:894599/1‑69 (MQ=255)cAACTGGCAGAAAACCAGTTGCTGCTCGACGACTCCTACAACGCCAATGTCGGTTCAATGACTgcagca > 1:1760218/1‑69 (MQ=255)cAACTGGCAGAAAACCAGTTGCTGCTCGACGACTCCTACAACGCCAATGTCGGTTCAATGACTgcagca > 1:3367848/1‑69 (MQ=255)cAACTGGCAGAAAACCAGTTGCTGCTCGACGACTCCTACAACGCCAATGTCGGTTCAATGACTgcagca > 1:1780297/1‑69 (MQ=255)cAACTGGCAGAAAACCAGTTGCTGCTCGACGACTCCTACAACGCCAATGTCGGTTCAATGACTgcagca > 1:2594542/1‑69 (MQ=255)cAACTGGCAGAAAACCAGTTGCTGCTCGACGACTCCTACAACGCCAATGTCGGTTCAATGACTgcagca > 1:2588527/1‑69 (MQ=255) aCTGGCAGAAAACCAGTTGCTGCTCGACGACTCCTACAACGCCAATGTCGGTTCAATGACTGCAGCAGt < 1:3369955/69‑1 (MQ=255) ggCAGAAAACCAGTTGCTGCTCGACGACTCCTACAACGCCAATGTCGGTTCAATGACCGCCGCTGtt > 1:2050096/1‑66 (MQ=255) ggCAGAAAACCAGTTGCTGCTCGACGACTCCTACAACGCCAATGTCGGTTCAATGACCGCCGCTGtt > 1:2654047/1‑66 (MQ=255) ggCAGAAAACCAGTTGCTGCTCGACGACTCCTACAACGCCAATGTCGGTTCAATGACCGCCGCTGtt > 1:2685856/1‑66 (MQ=255) ggCAGAAAACCAGTTGCTGCTCGACGACTCCTACAACGCCAATGTCGGTTCAATGACCGCCGCTGtt > 1:1702225/1‑66 (MQ=255) ggCAGAAAACCAGTTGCTGCTCGACGACTCCTACAACGCCAATGTCGGTTCAATGACCGCCGCTGtt > 1:1884612/1‑66 (MQ=255) ggCAGAAAACCAGTTGCTGCTCGACGACTCCTACAACGCCAATGTCGGTTCAATGACCGCCGCTGtt > 1:1261780/1‑66 (MQ=255) ggCAGAAAACCAGTTGCTGCTCGACGACTCCTACAACGCCAATGTCGGTTCAATGACCGCCGCTGtt > 1:3410365/1‑66 (MQ=255) ggCAGAAAACCAGTTGCTGCTCGACGACTCCTACAACGCCAATGTCGGTTCAATGACCGCCGCTGtt > 1:909314/1‑66 (MQ=255) ggCAGAAAACCAGTTGCTGCTCGACGACTCCTACAACGCCAATGTCGGTTCAATGACCGCCGCTGt > 1:2828486/1‑66 (MQ=255) ggCAGAAAACCAGTTGCTGCTCGACGACTCCTACAACGCCAATGTCGGTTCAATGACAGCCGCTGt > 1:1410245/1‑66 (MQ=255) gTTGCTGCTCGACGACTCCTACAACGCCAATGTCGGTTCAATGACTGCAGCAGTCCAGGTACTGGCTGa < 1:2858800/69‑1 (MQ=255) gTTGCTGCTCGACGACTCCTACAACGCCAATGTCGGTTCAATGACTGCAGCAGTCCAGGTACTGGCTGa < 1:487930/69‑1 (MQ=255) gTTGCTGCTCGACGACTCCTACAACGCCAATGTCGGTTCAATGACTGCAGCAGTCCAGGTACTGGCTGa < 1:3398328/69‑1 (MQ=255) gTTGCTGCTCGACGACTCCTACAACGCCAATGTCGGTTCAATGACTGCAGCAGTCCAGGTACTGGCTGa < 1:2582166/69‑1 (MQ=255) gTTGCTGCTCGACGACTCCTACAACGCCAATGTCGGTTCAATGACTGCAGCAGTCCAGGTACTGGCTGa < 1:2197117/69‑1 (MQ=255) 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1:1088753/1‑63 (MQ=255) cTACAACGCCAATGTCGGTTCAATGACCGCCGCTGTTCAGGTTCTGGCTGAAATGCCGGGCTa > 1:1281770/1‑63 (MQ=255) cTACAACGCCAATGTCGGTTCAATGACCGCCGCTGTTCAGGTTCTGGCTGAAATGCCGGGCTa > 1:784692/1‑63 (MQ=255) cTACAACGCCAATGTCGGTTCAATGACCGCCGCTGTTCAGGTTCTGGCTGAAATGCCGGGCTa > 1:3253041/1‑63 (MQ=255) cTACAACGCCAATGTCGGTTCAATGACCGCCGCTGTTCAGGTTCTGGCTGAAATGCCGGGCTa > 1:3308314/1‑63 (MQ=255) cTACAACGCCAATGTCGGTTCAATGACCGCCGCTGTTCAGGTTCTGGCTGAAATGCCGGGCTa > 1:3322697/1‑63 (MQ=255) cTACAACGCCAATGTCGGTTCAATGACCGCCGCTGTTCAGGTTCTGGCTGAAATGCCGGGCTa > 1:3357357/1‑63 (MQ=255) cTACAACGCCAATGTCGGTTCAATGACCGCCGCTGTTCAGGTTCTGGCTGAAATGCCGGGCTa > 1:2729736/1‑63 (MQ=255) cTACAACGCCAATGTCGGTTCAATGACCGCCGCTGTTCAGGTTCTGGCTGAAATGCCGGGCTa > 1:1712017/1‑63 (MQ=255) cTACAACGCCAATGTCGGTTCAATGACCGCCGCTGTTCAGGTTCTGGCTGAAATGCCGGGCTa > 1:104270/1‑63 (MQ=255) cTACAACGCCAATGTCGGTTCAATGACCGCCGCTGTTCAGGTTCTGGCTGAAATGCCGGGCTa > 1:652742/1‑63 (MQ=255) cTACAACGCCAATGTCGGTTCAATGACCGCCGCTGTTCAGGTTCTGGCTGAAATGCCGGGCTa > 1:2493874/1‑63 (MQ=255) cTACAACGCCAATGTCGGTTCAATGACCGCCGCAGTTCAGGt > 1:699855/1‑42 (MQ=255) cAATGTCGGTTCAATGACCGCCGCTGTTCAGGTTCTGGCTGa < 1:3411674/42‑1 (MQ=19) cAATGTCGGTTCAATGACCGCCGCTGTTCAGGTTCTGGCTGa < 1:90461/42‑1 (MQ=19) cAATGTCGGTTCAATGACCGCCGCTGTTCAGGTTCTGGCTGa < 1:463480/42‑1 (MQ=19) cAATGTCGGTTCAATGACCGCCGCTGTTCAGGTTCTGGCTGa < 1:1797392/42‑1 (MQ=19) gTCGGTTCAATGACTGCAGCAGTCCAGGTACTGGCTGAAATGCCGGGCTACCGCGTGCTGGTGGTGGGc > 1:1138247/1‑69 (MQ=255) gTCGGTTCAATGACTGCAGCAGTCCAGGTACTGGCTGAAATGCCGGGCTACCGCGTGCTGGTGGTGGGc > 1:1925877/1‑69 (MQ=255) tCGGTTCAATGACTGCAGCAGTCCAGGTACTGGCTGAAATGCCGGGCTACCGCGTGCTGGTGGTGGGc > 1:399255/1‑68 (MQ=255) tCGGTTCAATGACTGCAGCAGTCCAGGTACTGGCTGAAATGCCGGGCTACCGCGTGCTGGTGGTGGGc > 1:3396045/1‑68 (MQ=255) tCGGTTCAATGACTGCAGCAGTCCAGGTACTGGCTGAAATGCCGGGCTACCGCGTGCTGGTGGTGGGc > 1:682051/1‑68 (MQ=255) tCGGTTCAATGACTGCAGCAGTCCAGGTACTGGCTGAAATGCCGGGCTACCGCGTGCTGGTGGTGGGc > 1:1789195/1‑68 (MQ=255) tCGGTTCAATGACTGCAGCAGTCCAGGTACTGGCTGAAATGCCGGGCTACCGCGTGCTGGTGGTGGGc > 1:2999251/1‑68 (MQ=255) tCGGTTCAATGACTGCAGCAGTCCAGGTACTGGCTGAAATGCCGGGCTACCGCGTGCTGGTGGTGGGc > 1:1723438/1‑68 (MQ=255) tCGGTTCAATGACTGCAGCAGTCCAGGTACTGGCTGAAATGCCGGGCTACCGCGTGCTGGTGGTGGGc > 1:630444/1‑68 (MQ=255) tCGGTTCAATGACTGCAGCAGTCCAGGTACTGGCTGAAATGCCGGGCTACCGCGTGCTGGTGGTGGGc > 1:1563029/1‑68 (MQ=255) ggTTCAATGACTGCAGCAGTCCAGGTACTGGCTGAAATGCCTGGCTACCGCGTGCTGGTGGTGGGCGa < 1:1411040/68‑1 (MQ=255) ggTTCAATGACTGCAGCAGTCCAGGTACTGGCTGAAATGCCGGGCTACCGCGTGCTGGTGGTGGGCGa < 1:2611318/68‑1 (MQ=255) ggTTCAATGACTGCAGCAGTCCAGGTACTGGCTGAAATGCCGGGCTACCGCGTGCTGGTGGTGGGCGa < 1:691260/68‑1 (MQ=255) ggTTCAATGACTGCAGCAGTCCAGGTACTGGCTGAAATGCCGGGCTACCGCGTGCTGGTGGTGGGCGa < 1:546939/68‑1 (MQ=255) ggTTCAATGACTGCAGCAGTCCAGGTACTGGCTGAAATGCCGGGCTACCGCGTGCTGGTGGTGGGCGa < 1:3326354/68‑1 (MQ=255) ggTTCAATGACTGCAGCAGTCCAGGTACTGGCTGAAATGCCGGGCTACCGCGTGCTGGTGGTGGGCGa < 1:1050622/68‑1 (MQ=255) ggTTCAATGACTGCAGCAGTCCAGGTACTGGCTGAAATGCCGGGCTACCGCGTGCTGGTGGTGGGCGa < 1:139234/68‑1 (MQ=255) ggTTCAATGACTGCAGCAGTCCAGGTACTGGCTGAAATGCCGGGCTACCGCGTGCTGGTGGTGGGCGa < 1:1397393/68‑1 (MQ=255) ggTTCAATGACTGCAGCAGTCCAGGTACTGGCTGAAATGCCGGGCTACCGCGTGCTGGTGGTGGGCGa < 1:1485985/68‑1 (MQ=255) ggTTCAATGACTGCAGCAGTCCAGGTACTGGCTGAAATGCCGGGCTACCGCGTGCTGGTGGTGGGCGa < 1:2154370/68‑1 (MQ=255) ggTTCAATGACTGCAGCAGTCCAGGTACTGGCTGAAATGCCGGGCTACCGCGTGCTGGTGGTGGGCGa < 1:2594821/68‑1 (MQ=255) ggTTCAATGACTGCAGCAGTCCAGGTACTGGCTGAAATGCCGGGCTACCGCGTGCTGGTGGTGGGCGa < 1:2676025/68‑1 (MQ=255) ggTTCAATGACTGCAGCAGTCCAGGTACTGGCTGAAATGCCGGGCTACCGCGTGCTGGTGGTGGGCGa < 1:2781936/68‑1 (MQ=255) ggTTCAATGACTGCAGCAGTCCAGGTACTGGCTGAAATGCCGGGCTACCGCGTGCTGGTGGTGGGCGa < 1:2985931/68‑1 (MQ=255) ggTTCAATGACTGCAGCAGTCCAGGTACTGGCTGAAATGCCGGGCTACCGCGTGCTGGTGGTGGGCGa < 1:3060494/68‑1 (MQ=255) ttCAATGACTGCAGCAGTCCAGGTACTGGCTGAAATGCCGGGCTACCGCGTGCTGGTGGTGGGCGa < 1:1447622/66‑1 (MQ=255) aCTGCAGCAGTCCAGGTACTGGCTGAAATGCCGGGCTACCGCGTGCTGGTGGTGGGCGATATGGCGGaa > 1:2390350/1‑69 (MQ=255) aCTGCAGCAGTCCAGGTACTGGCTGAAATGCCGGGCTACCGCGTGCTGGTGGTGGGCGATATGGCGGaa > 1:2220739/1‑69 (MQ=255) aCTGCAGCAGTCCAGGTACTGGCTGAAATGCCGGGCTACCGCGTGCTGGTGGTGGGCGATATGGCGGaa > 1:2124275/1‑69 (MQ=255) aCTGCAGCAGTCCAGGTACTGGCTGAAATGCCGGGCTACCGCGTGCTGGTGGTGGGCGATATGGCGGaa > 1:2058569/1‑69 (MQ=255) aCTGCAGCAGTCCAGGTACTGGCTGAAATGCCGGGCTACCGCGTGCTGGTGGTGGGCGATATGGCGGaa > 1:3142655/1‑69 (MQ=255) aCTGCAGCAGTCCAGGTACTGGCTGAAATGCCGGGCTACCGCGTGCTGGTGGTGGGCGATATGGCGGaa > 1:1307577/1‑69 (MQ=255) aCTGCAGCAGTCCAGGTACTGGCTGAAATGCCGGGCTACCGCGTGCTGGTGGTGGGCGATATGGCGGaa > 1:448973/1‑69 (MQ=255) | CAACTGGCAGAAAACCAGTTGCTGCTCGACGACTCCTACAACGCCAATGTCGGTTCAATGACTGCAGCAGTCCAGGTACTGGCTGAAATGCCGGGCTACCGCGTGCTGGTGGTGGGCGATATGGCGGAA > minE/80350‑80478 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |