Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | minE | 80,421 | C→T | 27.5% | V344V (GTC→GTT) | murF → | UDP‑N‑acetylmuramoyl‑tripeptide:D‑alanyl‑D‑ alanine ligase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | minE | 80,421 | 0 | C | T | 27.5% | 85.1 / 29.0 | 76 | V344V (GTC→GTT) | murF | UDP‑N‑acetylmuramoyl‑tripeptide:D‑alanyl‑D‑ alanine ligase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (22/33); new base T (15/6); total (37/39) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.06e-02 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.78e-01 |
GTTGCTGCTCGACGACTCCTACAACGCCAATGTCGGTTCAATGACTGCAGCAGTCCAGGTACTGGCTGAAATGCCGGGCTACCGCGTGCTGGTGGTGGGCGATATGGCGGAA > minE/80367‑80478 | gTTGCTGCTCGACGACTCCTACAACGCCAATGTCGGTTCAATGACTGCAGCAGTCCAGGTACTGGCTGa < 1:487930/69‑1 (MQ=255) gTTGCTGCTCGACGACTCCTACAACGCCAATGTCGGTTCAATGACTGCAGCAGTCCAGGTACTGGCTGa < 1:2197117/69‑1 (MQ=255) gTTGCTGCTCGACGACTCCTACAACGCCAATGTCGGTTCAATGACTGCAGCAGTCCAGGTACTGGCTGa < 1:1998766/69‑1 (MQ=255) gTTGCTGCTCGACGACTCCTACAACGCCAATGTCGGTTCAATGACTGCAGCAGTCCAGGTACTGGCTGa < 1:2858800/69‑1 (MQ=255) gTTGCTGCTCGACGACTCCTACAACGCCAATGTCGGTTCAATGACTGCAGCAGTCCAGGTACTGGCTGa < 1:3398328/69‑1 (MQ=255) gTTGCTGCTCGACGACTCCTACAACGCCAATGTCGGTTCAATGACTGCAGCAGTCCAGGTACTGGCTGa < 1:2323862/69‑1 (MQ=255) gTTGCTGCTCGACGACTCCTACAACGCCAATGTCGGTTCAATGACTGCAGCAGTCCAGGTACTGGCTGa < 1:1453859/69‑1 (MQ=255) gTTGCTGCTCGACGACTCCTACAACGCCAATGTCGGTTCAATGACTGCAGCAGTCCAGGTACTGGCTGa < 1:2582166/69‑1 (MQ=255) ttGCTGCTCGACGACTCCTACAACGCCAATGTCGGTTCAATGACTGCAGCAGTCCAGGTACTGGCTGa < 1:1571471/68‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) cTACAACGCCAATGTCGGTTCAATGACCGCCGCTGTTCAGGTTCTGGCTGAAATGCCGGGCTa > 1:3308314/1‑63 (MQ=255) cTACAACGCCAATGTCGGTTCAATGACCGCCGCTGTTCAGGTTCTGGCTGAAATGCCGGGCTa > 1:735207/1‑63 (MQ=255) cTACAACGCCAATGTCGGTTCAATGACCGCCGCTGTTCAGGTTCTGGCTGAAATGCCGGGCTa > 1:784692/1‑63 (MQ=255) cTACAACGCCAATGTCGGTTCAATGACCGCCGCTGTTCAGGTTCTGGCTGAAATGCCGGGCTa > 1:1281770/1‑63 (MQ=255) cTACAACGCCAATGTCGGTTCAATGACCGCCGCTGTTCAGGTTCTGGCTGAAATGCCGGGCTa > 1:3322697/1‑63 (MQ=255) cTACAACGCCAATGTCGGTTCAATGACCGCCGCTGTTCAGGTTCTGGCTGAAATGCCGGGCTa > 1:1088753/1‑63 (MQ=255) cTACAACGCCAATGTCGGTTCAATGACCGCCGCTGTTCAGGTTCTGGCTGAAATGCCGGGCTa > 1:3357357/1‑63 (MQ=255) cTACAACGCCAATGTCGGTTCAATGACCGCCGCAGTTCAGGt > 1:699855/1‑42 (MQ=255) cAATGTCGGTTCAATGACCGCCGCTGTTCAGGTTCTGGCTGa < 1:3411674/42‑1 (MQ=19) cAATGTCGGTTCAATGACCGCCGCTGTTCAGGTTCTGGCTGa < 1:463480/42‑1 (MQ=19) cAATGTCGGTTCAATGACCGCCGCTGTTCAGGTTCTGGCTGa < 1:90461/42‑1 (MQ=19) cAATGTCGGTTCAATGACCGCCGCTGTTCAGGTTCTGGCTGa < 1:1797392/42‑1 (MQ=19) 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ggTTCAATGACTGCAGCAGTCCAGGTACTGGCTGAAATGCCTGGCTACCGCGTGCTGGTGGTGGGCGa < 1:1411040/68‑1 (MQ=255) ggTTCAATGACTGCAGCAGTCCAGGTACTGGCTGAAATGCCGGGCTACCGCGTGCTGGTGGTGGGCGa < 1:546939/68‑1 (MQ=255) ggTTCAATGACTGCAGCAGTCCAGGTACTGGCTGAAATGCCGGGCTACCGCGTGCTGGTGGTGGGCGa < 1:691260/68‑1 (MQ=255) ggTTCAATGACTGCAGCAGTCCAGGTACTGGCTGAAATGCCGGGCTACCGCGTGCTGGTGGTGGGCGa < 1:2594821/68‑1 (MQ=255) ggTTCAATGACTGCAGCAGTCCAGGTACTGGCTGAAATGCCGGGCTACCGCGTGCTGGTGGTGGGCGa < 1:1050622/68‑1 (MQ=255) ggTTCAATGACTGCAGCAGTCCAGGTACTGGCTGAAATGCCGGGCTACCGCGTGCTGGTGGTGGGCGa < 1:3060494/68‑1 (MQ=255) ggTTCAATGACTGCAGCAGTCCAGGTACTGGCTGAAATGCCGGGCTACCGCGTGCTGGTGGTGGGCGa < 1:2985931/68‑1 (MQ=255) ggTTCAATGACTGCAGCAGTCCAGGTACTGGCTGAAATGCCGGGCTACCGCGTGCTGGTGGTGGGCGa < 1:2781936/68‑1 (MQ=255) ggTTCAATGACTGCAGCAGTCCAGGTACTGGCTGAAATGCCGGGCTACCGCGTGCTGGTGGTGGGCGa < 1:2676025/68‑1 (MQ=255) ggTTCAATGACTGCAGCAGTCCAGGTACTGGCTGAAATGCCGGGCTACCGCGTGCTGGTGGTGGGCGa < 1:2611318/68‑1 (MQ=255) ggTTCAATGACTGCAGCAGTCCAGGTACTGGCTGAAATGCCGGGCTACCGCGTGCTGGTGGTGGGCGa < 1:139234/68‑1 (MQ=255) ggTTCAATGACTGCAGCAGTCCAGGTACTGGCTGAAATGCCGGGCTACCGCGTGCTGGTGGTGGGCGa < 1:3326354/68‑1 (MQ=255) ggTTCAATGACTGCAGCAGTCCAGGTACTGGCTGAAATGCCGGGCTACCGCGTGCTGGTGGTGGGCGa < 1:2154370/68‑1 (MQ=255) ggTTCAATGACTGCAGCAGTCCAGGTACTGGCTGAAATGCCGGGCTACCGCGTGCTGGTGGTGGGCGa < 1:1397393/68‑1 (MQ=255) ggTTCAATGACTGCAGCAGTCCAGGTACTGGCTGAAATGCCGGGCTACCGCGTGCTGGTGGTGGGCGa < 1:1485985/68‑1 (MQ=255) ttCAATGACTGCAGCAGTCCAGGTACTGGCTGAAATGCCGGGCTACCGCGTGCTGGTGGTGGGCGa < 1:1447622/66‑1 (MQ=255) aCTGCAGCAGTCCAGGTACTGGCTGAAATGCCGGGCTACCGCGTGCTGGTGGTGGGCGATATGGCGGaa > 1:2220739/1‑69 (MQ=255) aCTGCAGCAGTCCAGGTACTGGCTGAAATGCCGGGCTACCGCGTGCTGGTGGTGGGCGATATGGCGGaa > 1:1307577/1‑69 (MQ=255) aCTGCAGCAGTCCAGGTACTGGCTGAAATGCCGGGCTACCGCGTGCTGGTGGTGGGCGATATGGCGGaa > 1:2058569/1‑69 (MQ=255) aCTGCAGCAGTCCAGGTACTGGCTGAAATGCCGGGCTACCGCGTGCTGGTGGTGGGCGATATGGCGGaa > 1:2124275/1‑69 (MQ=255) aCTGCAGCAGTCCAGGTACTGGCTGAAATGCCGGGCTACCGCGTGCTGGTGGTGGGCGATATGGCGGaa > 1:2390350/1‑69 (MQ=255) aCTGCAGCAGTCCAGGTACTGGCTGAAATGCCGGGCTACCGCGTGCTGGTGGTGGGCGATATGGCGGaa > 1:448973/1‑69 (MQ=255) aCTGCAGCAGTCCAGGTACTGGCTGAAATGCCGGGCTACCGCGTGCTGGTGGTGGGCGATATGGCGGaa > 1:3142655/1‑69 (MQ=255) | GTTGCTGCTCGACGACTCCTACAACGCCAATGTCGGTTCAATGACTGCAGCAGTCCAGGTACTGGCTGAAATGCCGGGCTACCGCGTGCTGGTGGTGGGCGATATGGCGGAA > minE/80367‑80478 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |