| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 80,421 | C→T | 27.5% | V344V (GTC→GTT) | murF → | UDP‑N‑acetylmuramoyl‑tripeptide:D‑alanyl‑D‑ alanine ligase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 80,421 | 0 | C | T | 27.5% | 85.1 / 29.0 | 76 | V344V (GTC→GTT) | murF | UDP‑N‑acetylmuramoyl‑tripeptide:D‑alanyl‑D‑ alanine ligase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (22/33); new base T (15/6); total (37/39) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.06e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.78e-01 | |||||||||||
GTTGCTGCTCGACGACTCCTACAACGCCAATGTCGGTTCAATGACTGCAGCAGTCCAGGTACTGGCTGAAATGCCGGGCTACCGCGTGCTGGTGGTGGGCGATATGGCGGAA > minE/80367‑80478 | gTTGCTGCTCGACGACTCCTACAACGCCAATGTCGGTTCAATGACTGCAGCAGTCCAGGTACTGGCTGa < 1:487930/69‑1 (MQ=255)gTTGCTGCTCGACGACTCCTACAACGCCAATGTCGGTTCAATGACTGCAGCAGTCCAGGTACTGGCTGa < 1:2197117/69‑1 (MQ=255)gTTGCTGCTCGACGACTCCTACAACGCCAATGTCGGTTCAATGACTGCAGCAGTCCAGGTACTGGCTGa < 1:1998766/69‑1 (MQ=255)gTTGCTGCTCGACGACTCCTACAACGCCAATGTCGGTTCAATGACTGCAGCAGTCCAGGTACTGGCTGa < 1:2858800/69‑1 (MQ=255)gTTGCTGCTCGACGACTCCTACAACGCCAATGTCGGTTCAATGACTGCAGCAGTCCAGGTACTGGCTGa < 1:3398328/69‑1 (MQ=255)gTTGCTGCTCGACGACTCCTACAACGCCAATGTCGGTTCAATGACTGCAGCAGTCCAGGTACTGGCTGa < 1:2323862/69‑1 (MQ=255)gTTGCTGCTCGACGACTCCTACAACGCCAATGTCGGTTCAATGACTGCAGCAGTCCAGGTACTGGCTGa < 1:1453859/69‑1 (MQ=255)gTTGCTGCTCGACGACTCCTACAACGCCAATGTCGGTTCAATGACTGCAGCAGTCCAGGTACTGGCTGa < 1:2582166/69‑1 (MQ=255) ttGCTGCTCGACGACTCCTACAACGCCAATGTCGGTTCAATGACTGCAGCAGTCCAGGTACTGGCTGa < 1:1571471/68‑1 (MQ=255) gctgctCGACGACTCCTACAACGCCAATGTCGGTTCAATGACTGCAGCAGTCCa < 1:3187325/54‑1 (MQ=255) gctgctCGACGACTCCTACAACGCCAATGTCGGTTCAATGACTGCAGCAGTCCa < 1:2807986/54‑1 (MQ=255) gctgctCGACGACTCCTACAACGCCAATGTCGGTTCAATGACTGCAGCAGTCCa < 1:2827199/54‑1 (MQ=255) gctgctCGACGACTCCTACAACGCCAATGTCGGTTCAATGACTGCAGCAGTCCa < 1:193034/54‑1 (MQ=255) gctgctCGACGACTCCTACAACGCCAATGTCGGTTCAATGACTGCAGCAGTCCa < 1:2256708/54‑1 (MQ=255) gctgctCGACGACTCCTACAACGCCAATGTCGGTTCAATGACTGCAGCAGTCCa < 1:3239990/54‑1 (MQ=255) gctgctCGACGACTCCTACAACGCCAATGTCGGTTCAATGACTGCAGCAGTCCa < 1:2371282/54‑1 (MQ=255) gctgctCGACGACTCCTACAACGCCAATGTCGGTTCAATGACTGCAGCAGTCCa < 1:563432/54‑1 (MQ=255) ctCGACGACTCCTACAACGCCAATGTCGGTTCAATGACTGCAGCAGTCCAGGTACTGGCTGAAATGCCg > 1:1301884/1‑69 (MQ=255) ctCGACGACTCCTACAACGCCAATGTCGGTTCAATGACTGCAGCAGTCCAGGTACTGGCTGAAATGCCg > 1:2419485/1‑69 (MQ=255) ctCGACGACTCCTACAACGCCAATGTCGGTTCAATGACTGCAGCAGTCCAGGTACTGGCTGAAATGCCg > 1:822757/1‑69 (MQ=255) ctCGACGACTCCTACAACGCCAATGTCGGTTCAATGACTGCAGCAGTCCAGGTACTGGCTGAAATGCCg > 1:2326975/1‑69 (MQ=255) ctCGACGACTCCTACAACGCCAATGTCGGTTCAATGACTGCAGCAGTCCAGGTACTGGCTGAAATGCCg > 1:658415/1‑69 (MQ=255) acTCCTACAACGCCAATGTCGGTTCAATGACCGCCGCTGTTCAGGTTCTGGCTGAAATGCCGGGCTAcc < 1:219623/69‑1 (MQ=255) acTCCTACAACGCCAATGTCGGTTCAATGACCGCCGCTGTTCAGGTTCTGGCTGAAATGCCGGGCTAcc < 1:2114494/69‑1 (MQ=255) cTACAACGCCAATGTCGGTTCAATGTCCGCCGCTGTTCAGGTTCTGGCTGAAATGCCGGGCTa > 1:223820/1‑63 (MQ=255) cTACAACGCCAATGTCGGTTCAATGACCGCCGCTGTTCAGGTTCTGGCTGAAATGCCGGGCTa > 1:2729736/1‑63 (MQ=255) cTACAACGCCAATGTCGGTTCAATGACCGCCGCTGTTCAGGTTCTGGCTGAAATGCCGGGCTa > 1:104270/1‑63 (MQ=255) cTACAACGCCAATGTCGGTTCAATGACCGCCGCTGTTCAGGTTCTGGCTGAAATGCCGGGCTa > 1:2493874/1‑63 (MQ=255) cTACAACGCCAATGTCGGTTCAATGACCGCCGCTGTTCAGGTTCTGGCTGAAATGCCGGGCTa > 1:652742/1‑63 (MQ=255) cTACAACGCCAATGTCGGTTCAATGACCGCCGCTGTTCAGGTTCTGGCTGAAATGCCGGGCTa > 1:1712017/1‑63 (MQ=255) cTACAACGCCAATGTCGGTTCAATGACCGCCGCTGTTCAGGTTCTGGCTGAAATGCCGGGCTa > 1:3253041/1‑63 (MQ=255) cTACAACGCCAATGTCGGTTCAATGACCGCCGCTGTTCAGGTTCTGGCTGAAATGCCGGGCTa > 1:3308314/1‑63 (MQ=255) cTACAACGCCAATGTCGGTTCAATGACCGCCGCTGTTCAGGTTCTGGCTGAAATGCCGGGCTa > 1:735207/1‑63 (MQ=255) cTACAACGCCAATGTCGGTTCAATGACCGCCGCTGTTCAGGTTCTGGCTGAAATGCCGGGCTa > 1:784692/1‑63 (MQ=255) cTACAACGCCAATGTCGGTTCAATGACCGCCGCTGTTCAGGTTCTGGCTGAAATGCCGGGCTa > 1:1281770/1‑63 (MQ=255) cTACAACGCCAATGTCGGTTCAATGACCGCCGCTGTTCAGGTTCTGGCTGAAATGCCGGGCTa > 1:3322697/1‑63 (MQ=255) cTACAACGCCAATGTCGGTTCAATGACCGCCGCTGTTCAGGTTCTGGCTGAAATGCCGGGCTa > 1:1088753/1‑63 (MQ=255) cTACAACGCCAATGTCGGTTCAATGACCGCCGCTGTTCAGGTTCTGGCTGAAATGCCGGGCTa > 1:3357357/1‑63 (MQ=255) cTACAACGCCAATGTCGGTTCAATGACCGCCGCAGTTCAGGt > 1:699855/1‑42 (MQ=255) cAATGTCGGTTCAATGACCGCCGCTGTTCAGGTTCTGGCTGa < 1:3411674/42‑1 (MQ=19) cAATGTCGGTTCAATGACCGCCGCTGTTCAGGTTCTGGCTGa < 1:463480/42‑1 (MQ=19) cAATGTCGGTTCAATGACCGCCGCTGTTCAGGTTCTGGCTGa < 1:90461/42‑1 (MQ=19) cAATGTCGGTTCAATGACCGCCGCTGTTCAGGTTCTGGCTGa < 1:1797392/42‑1 (MQ=19) gTCGGTTCAATGACTGCAGCAGTCCAGGTACTGGCTGAAATGCCGGGCTACCGCGTGCTGGTGGTGGGc > 1:1925877/1‑69 (MQ=255) gTCGGTTCAATGACTGCAGCAGTCCAGGTACTGGCTGAAATGCCGGGCTACCGCGTGCTGGTGGTGGGc > 1:1138247/1‑69 (MQ=255) tCGGTTCAATGACTGCAGCAGTCCAGGTACTGGCTGAAATGCCGGGCTACCGCGTGCTGGTGGTGGGc > 1:630444/1‑68 (MQ=255) tCGGTTCAATGACTGCAGCAGTCCAGGTACTGGCTGAAATGCCGGGCTACCGCGTGCTGGTGGTGGGc > 1:682051/1‑68 (MQ=255) tCGGTTCAATGACTGCAGCAGTCCAGGTACTGGCTGAAATGCCGGGCTACCGCGTGCTGGTGGTGGGc > 1:399255/1‑68 (MQ=255) tCGGTTCAATGACTGCAGCAGTCCAGGTACTGGCTGAAATGCCGGGCTACCGCGTGCTGGTGGTGGGc > 1:2999251/1‑68 (MQ=255) tCGGTTCAATGACTGCAGCAGTCCAGGTACTGGCTGAAATGCCGGGCTACCGCGTGCTGGTGGTGGGc > 1:1789195/1‑68 (MQ=255) tCGGTTCAATGACTGCAGCAGTCCAGGTACTGGCTGAAATGCCGGGCTACCGCGTGCTGGTGGTGGGc > 1:1723438/1‑68 (MQ=255) tCGGTTCAATGACTGCAGCAGTCCAGGTACTGGCTGAAATGCCGGGCTACCGCGTGCTGGTGGTGGGc > 1:1563029/1‑68 (MQ=255) tCGGTTCAATGACTGCAGCAGTCCAGGTACTGGCTGAAATGCCGGGCTACCGCGTGCTGGTGGTGGGc > 1:3396045/1‑68 (MQ=255) ggTTCAATGACTGCAGCAGTCCAGGTACTGGCTGAAATGCCTGGCTACCGCGTGCTGGTGGTGGGCGa < 1:1411040/68‑1 (MQ=255) ggTTCAATGACTGCAGCAGTCCAGGTACTGGCTGAAATGCCGGGCTACCGCGTGCTGGTGGTGGGCGa < 1:546939/68‑1 (MQ=255) ggTTCAATGACTGCAGCAGTCCAGGTACTGGCTGAAATGCCGGGCTACCGCGTGCTGGTGGTGGGCGa < 1:691260/68‑1 (MQ=255) ggTTCAATGACTGCAGCAGTCCAGGTACTGGCTGAAATGCCGGGCTACCGCGTGCTGGTGGTGGGCGa < 1:2594821/68‑1 (MQ=255) ggTTCAATGACTGCAGCAGTCCAGGTACTGGCTGAAATGCCGGGCTACCGCGTGCTGGTGGTGGGCGa < 1:1050622/68‑1 (MQ=255) ggTTCAATGACTGCAGCAGTCCAGGTACTGGCTGAAATGCCGGGCTACCGCGTGCTGGTGGTGGGCGa < 1:3060494/68‑1 (MQ=255) ggTTCAATGACTGCAGCAGTCCAGGTACTGGCTGAAATGCCGGGCTACCGCGTGCTGGTGGTGGGCGa < 1:2985931/68‑1 (MQ=255) ggTTCAATGACTGCAGCAGTCCAGGTACTGGCTGAAATGCCGGGCTACCGCGTGCTGGTGGTGGGCGa < 1:2781936/68‑1 (MQ=255) ggTTCAATGACTGCAGCAGTCCAGGTACTGGCTGAAATGCCGGGCTACCGCGTGCTGGTGGTGGGCGa < 1:2676025/68‑1 (MQ=255) ggTTCAATGACTGCAGCAGTCCAGGTACTGGCTGAAATGCCGGGCTACCGCGTGCTGGTGGTGGGCGa < 1:2611318/68‑1 (MQ=255) ggTTCAATGACTGCAGCAGTCCAGGTACTGGCTGAAATGCCGGGCTACCGCGTGCTGGTGGTGGGCGa < 1:139234/68‑1 (MQ=255) ggTTCAATGACTGCAGCAGTCCAGGTACTGGCTGAAATGCCGGGCTACCGCGTGCTGGTGGTGGGCGa < 1:3326354/68‑1 (MQ=255) ggTTCAATGACTGCAGCAGTCCAGGTACTGGCTGAAATGCCGGGCTACCGCGTGCTGGTGGTGGGCGa < 1:2154370/68‑1 (MQ=255) ggTTCAATGACTGCAGCAGTCCAGGTACTGGCTGAAATGCCGGGCTACCGCGTGCTGGTGGTGGGCGa < 1:1397393/68‑1 (MQ=255) ggTTCAATGACTGCAGCAGTCCAGGTACTGGCTGAAATGCCGGGCTACCGCGTGCTGGTGGTGGGCGa < 1:1485985/68‑1 (MQ=255) ttCAATGACTGCAGCAGTCCAGGTACTGGCTGAAATGCCGGGCTACCGCGTGCTGGTGGTGGGCGa < 1:1447622/66‑1 (MQ=255) aCTGCAGCAGTCCAGGTACTGGCTGAAATGCCGGGCTACCGCGTGCTGGTGGTGGGCGATATGGCGGaa > 1:2220739/1‑69 (MQ=255) aCTGCAGCAGTCCAGGTACTGGCTGAAATGCCGGGCTACCGCGTGCTGGTGGTGGGCGATATGGCGGaa > 1:1307577/1‑69 (MQ=255) aCTGCAGCAGTCCAGGTACTGGCTGAAATGCCGGGCTACCGCGTGCTGGTGGTGGGCGATATGGCGGaa > 1:2058569/1‑69 (MQ=255) aCTGCAGCAGTCCAGGTACTGGCTGAAATGCCGGGCTACCGCGTGCTGGTGGTGGGCGATATGGCGGaa > 1:2124275/1‑69 (MQ=255) aCTGCAGCAGTCCAGGTACTGGCTGAAATGCCGGGCTACCGCGTGCTGGTGGTGGGCGATATGGCGGaa > 1:2390350/1‑69 (MQ=255) aCTGCAGCAGTCCAGGTACTGGCTGAAATGCCGGGCTACCGCGTGCTGGTGGTGGGCGATATGGCGGaa > 1:448973/1‑69 (MQ=255) aCTGCAGCAGTCCAGGTACTGGCTGAAATGCCGGGCTACCGCGTGCTGGTGGTGGGCGATATGGCGGaa > 1:3142655/1‑69 (MQ=255) | GTTGCTGCTCGACGACTCCTACAACGCCAATGTCGGTTCAATGACTGCAGCAGTCCAGGTACTGGCTGAAATGCCGGGCTACCGCGTGCTGGTGGTGGGCGATATGGCGGAA > minE/80367‑80478 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |