Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | minE | 80,427 | A→T | 27.0% | V346V (GTA→GTT) | murF → | UDP‑N‑acetylmuramoyl‑tripeptide:D‑alanyl‑D‑ alanine ligase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | minE | 80,427 | 0 | A | T | 27.0% | 107.5 / 40.2 | 74 | V346V (GTA→GTT) | murF | UDP‑N‑acetylmuramoyl‑tripeptide:D‑alanyl‑D‑ alanine ligase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (26/28); new base T (14/6); total (40/34) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.19e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.61e-01 |
GTTGCTGCTCGACGACTCCTACAACGCCAATGTCGGTTCAATGACTGCAGCAGTCCAGGTACTGGCTGAAATGCCGGGCTACCGCGTGCTGGTGGTGGGCGATATGGCGGAACTGGGCGCTGAAAGCGA > minE/80367‑80495 | gTTGCTGCTCGACGACTCCTACAACGCCAATGTCGGTTCAATGACTGCAGCAGTCCAGGTACTGGCTGa < 1:2197117/69‑1 (MQ=255) gTTGCTGCTCGACGACTCCTACAACGCCAATGTCGGTTCAATGACTGCAGCAGTCCAGGTACTGGCTGa < 1:2858800/69‑1 (MQ=255) gTTGCTGCTCGACGACTCCTACAACGCCAATGTCGGTTCAATGACTGCAGCAGTCCAGGTACTGGCTGa < 1:3398328/69‑1 (MQ=255) gTTGCTGCTCGACGACTCCTACAACGCCAATGTCGGTTCAATGACTGCAGCAGTCCAGGTACTGGCTGa < 1:2323862/69‑1 (MQ=255) gTTGCTGCTCGACGACTCCTACAACGCCAATGTCGGTTCAATGACTGCAGCAGTCCAGGTACTGGCTGa < 1:2582166/69‑1 (MQ=255) gTTGCTGCTCGACGACTCCTACAACGCCAATGTCGGTTCAATGACTGCAGCAGTCCAGGTACTGGCTGa < 1:1453859/69‑1 (MQ=255) gTTGCTGCTCGACGACTCCTACAACGCCAATGTCGGTTCAATGACTGCAGCAGTCCAGGTACTGGCTGa < 1:1998766/69‑1 (MQ=255) gTTGCTGCTCGACGACTCCTACAACGCCAATGTCGGTTCAATGACTGCAGCAGTCCAGGTACTGGCTGa < 1:487930/69‑1 (MQ=255) ttGCTGCTCGACGACTCCTACAACGCCAATGTCGGTTCAATGACTGCAGCAGTCCAGGTACTGGCTGa < 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ggTTCAATGACTGCAGCAGTCCAGGTACTGGCTGAAATGCCGGGCTACCGCGTGCTGGTGGTGGGCGa < 1:139234/68‑1 (MQ=255) ggTTCAATGACTGCAGCAGTCCAGGTACTGGCTGAAATGCCGGGCTACCGCGTGCTGGTGGTGGGCGa < 1:3060494/68‑1 (MQ=255) ggTTCAATGACTGCAGCAGTCCAGGTACTGGCTGAAATGCCGGGCTACCGCGTGCTGGTGGTGGGCGa < 1:2154370/68‑1 (MQ=255) ggTTCAATGACTGCAGCAGTCCAGGTACTGGCTGAAATGCCGGGCTACCGCGTGCTGGTGGTGGGCGa < 1:2985931/68‑1 (MQ=255) ggTTCAATGACTGCAGCAGTCCAGGTACTGGCTGAAATGCCGGGCTACCGCGTGCTGGTGGTGGGCGa < 1:2781936/68‑1 (MQ=255) ggTTCAATGACTGCAGCAGTCCAGGTACTGGCTGAAATGCCGGGCTACCGCGTGCTGGTGGTGGGCGa < 1:2594821/68‑1 (MQ=255) ggTTCAATGACTGCAGCAGTCCAGGTACTGGCTGAAATGCCGGGCTACCGCGTGCTGGTGGTGGGCGa < 1:2611318/68‑1 (MQ=255) ggTTCAATGACTGCAGCAGTCCAGGTACTGGCTGAAATGCCGGGCTACCGCGTGCTGGTGGTGGGCGa < 1:2676025/68‑1 (MQ=255) ttCAATGACTGCAGCAGTCCAGGTACTGGCTGAAATGCCGGGCTACCGCGTGCTGGTGGTGGGCGa < 1:1447622/66‑1 (MQ=255) aCTGCAGCAGTCCAGGTACTGGCTGAAATGCCGGGCTACCGCGTGCTGGTGGTGGGCGATATGGCGGaa > 1:2220739/1‑69 (MQ=255) aCTGCAGCAGTCCAGGTACTGGCTGAAATGCCGGGCTACCGCGTGCTGGTGGTGGGCGATATGGCGGaa > 1:1307577/1‑69 (MQ=255) aCTGCAGCAGTCCAGGTACTGGCTGAAATGCCGGGCTACCGCGTGCTGGTGGTGGGCGATATGGCGGaa > 1:2124275/1‑69 (MQ=255) aCTGCAGCAGTCCAGGTACTGGCTGAAATGCCGGGCTACCGCGTGCTGGTGGTGGGCGATATGGCGGaa > 1:2390350/1‑69 (MQ=255) aCTGCAGCAGTCCAGGTACTGGCTGAAATGCCGGGCTACCGCGTGCTGGTGGTGGGCGATATGGCGGaa > 1:2058569/1‑69 (MQ=255) aCTGCAGCAGTCCAGGTACTGGCTGAAATGCCGGGCTACCGCGTGCTGGTGGTGGGCGATATGGCGGaa > 1:448973/1‑69 (MQ=255) aCTGCAGCAGTCCAGGTACTGGCTGAAATGCCGGGCTACCGCGTGCTGGTGGTGGGCGATATGGCGGaa > 1:3142655/1‑69 (MQ=255) cAGGTACTGGCTGAAATGCCGGGCTACCGCGTGCTGGTGGTGGGCGATATGGCGGAACTGGGCGCTGaa > 1:2698780/1‑69 (MQ=255) cAGGTACTGGCTGAAATGCCGGGCTACCGCGTGCTGGTGGTGGGCGATATGGCGGAACTGGGCGCTGaa > 1:1912554/1‑69 (MQ=255) cAGGTACTGGCTGAAATGCCGGGCTACCGCGTGCTGGTGGTGGGCGATATGGCGGAACTGGGCGCTGaa > 1:1786692/1‑69 (MQ=255) cAGGTACTGGCTGAAATGCCGGGCTACCGCGTGCTGGTGGTGGGCGATATGGCGGAACTGGGCGCTGa > 1:3007156/1‑68 (MQ=255) gTACTGGCTGAAATGCCGGGCTACCGCGTGCTGGTGGTGGGCGATATGGCGGAACTGGGCGCTGAAAGc < 1:585610/69‑1 (MQ=255) gTACTGGCTGAAATGCCGGGCTACCGCGTGCTGGTGGTGGGCGATATGGCGGAACTGGGCGCTGAAAGc < 1:1394046/69‑1 (MQ=255) gTACTGGCTGAAATGCCGGGCTACCGCGTGCTGGTGGTGGGCGATATGGCGGAACTGGGCGCTGAAAGc < 1:285361/69‑1 (MQ=255) aCTGGCTGAAATGCCGGGCTACCGCGTGCTGGTGGTGGGCGATATGGCGTAACTGGGCGCTGAAAGCGa > 1:1571159/1‑69 (MQ=255) aCTGGCTGAAATGCCGGGCTACCGCGTGCTGGTGGTGGGCGATATGGCGGAACTGGGCGCTGAAAGCGa > 1:1852181/1‑69 (MQ=255) aCTGGCTGAAATGCCGGGCTACCGCGTGCTGGTGGTGGGCGATATGGCGGAACTGGGCGCTGAAAGCGa > 1:2748122/1‑69 (MQ=255) aCTGGCTGAAATGCCGGGCTACCGCGTGCTGGTGGTGGGCGATATGGCGGAACTGGGCGCTGAAAGCGa > 1:3012808/1‑69 (MQ=255) | GTTGCTGCTCGACGACTCCTACAACGCCAATGTCGGTTCAATGACTGCAGCAGTCCAGGTACTGGCTGAAATGCCGGGCTACCGCGTGCTGGTGGTGGGCGATATGGCGGAACTGGGCGCTGAAAGCGA > minE/80367‑80495 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |