| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 81,158 | C→G | 35.3% | V139V (GTC→GTG) | mraY → | phospho‑N‑acetylmuramoyl‑pentapeptide transferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 81,158 | 0 | C | G | 35.3% | 105.3 / 100.3 | 119 | V139V (GTC→GTG) | mraY | phospho‑N‑acetylmuramoyl‑pentapeptide transferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (32/45); new base G (21/21); total (53/66) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.42e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.21e-01 | |||||||||||
Only 100 of 119 total aligned reads displayed.
CGCAAAGTGGTGCGTAAAGACACCAAAGGGTTGATCGCTCGTTGGAAGTATTTCTGGATGTCGGTCATTGCGCTGGGTGTCGCCTTCGCCCTGTACCTTGCCGGCAAAGACACGCCCGCAACGCAG > minE/81093‑81218 | cGCAAAGTGGTGCGTAAAGACACCAAAGGGTTGATCGCTCGTTGGAAGTATTTCTGGATGTCGGTCAt < 1:2960060/68‑1 (MQ=255)cGCAAAGTGGTGCGTAAAGACACCAAAGGGTTGATCGCTCGTTGGAAGTATTTCTGGATGTCGGTCAt < 1:3031086/68‑1 (MQ=255)cGCAAAGTGGTGCGTAAAGACACCAAAGGGTTGATCGCTCGTTGGAAGTATTTCTGGATGTCGGTCAt < 1:2274737/68‑1 (MQ=255)cGCAAAGTGGTGCGTAAAGACACCAAAGGGTTGATCGCTCGTTGGAAGTATTTCTGGATGTCGGTCAt < 1:760197/68‑1 (MQ=255)cGCAAAGTGGTGCGTAAAGACACCAAAGGGTTGATCGCTCGTTGGAAGTATTTCTGGATGTCGGTCAt < 1:2847743/68‑1 (MQ=255)cGCAAAGTGGTGCGTAAAGACACCAAAGGGTTGATCGCTCGTTGGAAGTATTTATGGATGTCGGTCAt < 1:1828803/68‑1 (MQ=255) gCAAAGTGGTGCGTAAAGACACCAAAGGGTTGATCGCTCGTTGGAAGTATTTCTGGATGTCGGTCAt < 1:1655920/67‑1 (MQ=255) aaGTGGTGCGTAAAGACACCAAAGGGTTGATCGCTCGTTGGAAGTATTTCTGGATGTCGGTCAt < 1:1259760/64‑1 (MQ=255) aaGTGGTGCGTAAAGACACCAAAGGGTTGAT‑‑CTCGTTGGAAGTATTTCTGGATGTCGGTCATTGCGCTg < 1:1827242/69‑1 (MQ=255) aGTGGTGCGTAAAGACACCAAGGGCCTGATTGCCCGTTGGAAGTATTTCTGGATGTCGGTGATTGCGCt > 1:603614/1‑69 (MQ=255) aGTGGTGCGTAAAGACACCAAGGGCCTGATTGCCCGTTGGAAGTATTTCTGGATGTCGGTGATTGCGCt > 1:3107602/1‑69 (MQ=255) aGTGGTGCGTAAAGACACCAAGGGCCTGATTGCCCGTTGGAAGTATTTCTGGATGTCGGTGATTGCGCt > 1:3367305/1‑69 (MQ=255) aGTGGTGCGTAAAGACACCAAGGGCCTGATTGCCCGTTGGAAGTATTTCTGGATGTCGGTGATTGCGCt > 1:2082973/1‑69 (MQ=255) aGTGGTGCGTAAAGACACCAAGGGCCTGATTGCCCGTTGGAAGTATTTCTGGATGTCGGTGATTGCGCt > 1:439039/1‑69 (MQ=255) aGTGGTGCGTAAAGACACCAAGGGCCTGATTGCCCGTTGGAAGTATTTCTGGATGTCGGTGATTGCGCt > 1:551858/1‑69 (MQ=255) aGTGGTGCGTAAAGACACCAAGGGCCTGATTGCCCGTTGGAAGTATTTCTGGATGTCGGTGATTGCGCt > 1:553901/1‑69 (MQ=255) aGTGGTGCGTAAAGACACCAAGGGCCTGATTGCCCGTTGGAAGTATTTCTGGATGTCGGTGATTGCGCt > 1:1503482/1‑69 (MQ=255) aGTGGTGCGTAAAGACACCAAGGGCCTGATTGCCCGTTGGAAGTATTTCTGGATGTCGGTGATTGCGCt > 1:1469246/1‑69 (MQ=255) aGTGGTGCGTAAAGACACCAAGGGCCTGATTGCCCGTTGGAAGTATTTCTGGATGTCGGTGATTGCGCt > 1:2842137/1‑69 (MQ=255) aGTGGTGCGTAAAGACACCAAGGGCCTGATTGCCCGTTGGAAGTATTTCTGGATGTCGGTGATTGCGCt > 1:798023/1‑69 (MQ=255) aGTGGTGCGTAAAGACACCAAGGGCCTGATTGCCCGTTGGAAGTATTTCTGGATGTCGGTGATTGCGCt > 1:2307434/1‑69 (MQ=255) aGTGGTGCGTAAAGACACCAAGGGCCTGATTGCCCGTTGGAAGTATTTCTGGATGTCGGTGATTGCGCt > 1:235697/1‑69 (MQ=255) aGTGGTGCGTAAAGACACCAAGGGCCTGATTGCCCGTTGGAAGTATTTCTGGATGTCGGTGATTGCGCt > 1:2734299/1‑69 (MQ=255) aGTGGTGCGTAAAGACACCAAGGGCCTGATTGCCCGTTGGAAGTATTTCTGGATGTCGGTGATTGCGCt > 1:2480616/1‑69 (MQ=255) aGTGGTGCGTAAAGACACCAAGGGCCTGATTGCCCGTTGGAAGTATTTCTGGATGTCGGTGATTGCGCt > 1:2635675/1‑69 (MQ=255) aGTGGTGCGTAAAGACACCAAGGGCCTGATTGCCCGTTGGAAGTATTTCTGGATGTCGGTGATTGCGCt > 1:1001677/1‑69 (MQ=255) aGTGGTGCGAAAAGACACCAAGGGCCTGATTGCCCGTTGGAAGTATTTCTGGATGTCGGTGATTGCGCt > 1:2532540/1‑69 (MQ=255) gtggtgCGTAAAGCCACCAAAGGGTTGATCGCTCGTTGGAAGTATTTCTGGATGTCGGTCATTGCGCt > 1:3039498/1‑68 (MQ=255) gtggtgCGTAAAGACACCAAAGGGTTGATCGCTCGTTGGAAGTATTTCTGGATGTCGGTCATTGCGCTg > 1:2777353/1‑69 (MQ=255) gtggtgCGTAAAGACACCAAAGGGTTGATCGCTCGTTGGAAGTATTTCTGGATGTCGGTCATTGCGCTg < 1:967059/69‑1 (MQ=255) gtggtgCGTAAAGACACCAAAGGGTTGATCGCTCGTTGGAAGTATTTCTGGATGTCGGTCATTGCGCTg < 1:900814/69‑1 (MQ=255) gtggtgCGTAAAGACACCAAAGGGTTGATCGCTCGTTGGAAGTATTTCTGGATGTCGGTCATTGCGCTg < 1:890477/69‑1 (MQ=255) gtggtgCGTAAAGACACCAAAGGGTTGATCGCTCGTTGGAAGTATTTCTGGATGTCGGTCATTGCGCTg < 1:1112091/69‑1 (MQ=255) gtggtgCGTAAAGACACCAAAGGGTTGATCGCTCGTTGGAAGTATTTCTGGATGTCGGTCATTGCGCTg < 1:1116862/69‑1 (MQ=255) gtggtgCGTAAAGACACCAAAGGGTTGATCGCTCGTTGGAAGTATTTCTGGATGTCGGTCATTGCGCTg < 1:2387360/69‑1 (MQ=255) gtggtgCGTAAAGACACCAAAGGGTTGATCGCTCGTTGGAAGTATTTCTGGATGTCGGTCATTGCGCTg < 1:1212287/69‑1 (MQ=255) gtggtgCGTAAAGACACCAAAGGGTTGATCGCTCGTTGGAAGTATTTCTGGATGTCGGTCATTGCGCTg < 1:868334/69‑1 (MQ=255) gtggtgCGTAAAGACACCAAAGGGTTGATCGCTCGTTGGAAGTATTTCTGGATGTCGGTCATTGCGCTg < 1:2276875/69‑1 (MQ=255) gtggtgCGTAAAGACACCAAAGGGTTGATCGCTCGTTGGAAGTATTTCTGGATGTCGGTCATTGCGCTg > 1:1223411/1‑69 (MQ=255) gtggtgCGTAAAGACACCAAAGGGTTGATCGCTCGTTGGAAGTATTTCTGGATGTCGGTCATTGCGCTg < 1:1790282/69‑1 (MQ=255) gtggtgCGTAAAGACACCAAAGGGTTGATCGCTCGTTGGAAGTATTTCTGGATGTCGGTCATTGCGCTg < 1:1403388/69‑1 (MQ=255) gtggtgCGTAAAGACACCAAAGGGTTGATCGCTCGTTGGAAGTATTTCTGGATGTCGGTCATTGCGCTg < 1:754935/69‑1 (MQ=255) gtggtgCGTAAAGACACCAAAGGGTTGATCGCTCGTTGGAAGTATTTCTGGATGTCGGTCATTGCGCTg > 1:2122716/1‑69 (MQ=255) gtggtgCGTAAAGACACCAAAGGGTTGATCGCTCGTTGGAAGTATTTCTGGATGTCGGTCATTGCGCTg > 1:2117940/1‑69 (MQ=255) gtggtgCGTAAAGACACCAAAGGGTTGATCGCTCGTTGGAAGTATTTCTGGATGTCGGTCATTGCGCTg < 1:2043771/69‑1 (MQ=255) gtggtgCGTAAAGACACCAAAGGGTTGATCGCTCGTTGGAAGTATTTCTGGATGTCGGTCATTGCGCTg < 1:1709961/69‑1 (MQ=255) gtggtgCGTAAAGACACCAAAGGGTTGATCGCTCGTTGGAAGTATTTCTGGATGTCGGTCATTGCGCTg < 1:2895217/69‑1 (MQ=255) cGTAAAGACACCAAAGGGTTGATCGCTCGTTGGAAGTATTTCTGGATGTCGGTCATTGCGCTGGGTGTc < 1:2894684/69‑1 (MQ=255) aaGACACCAAAGGGTTGATCGCTCGTTGGAAGTATTTCTGGATGTCGGTCATTGCGCTGGGTGTCGCCt > 1:382447/1‑69 (MQ=255) acacCAAAGGGTTGATCGCTCGTTGGAAGTATTTCTGGATGTCGGTCATTGCGCTGGGTGTCGCCTTCg < 1:2711244/69‑1 (MQ=255) acacCAAAGGGTTGATCGCTCGTTGGAAGTATTTCTGGATGTCGGTCATTGCGCTGGGTGTCGCCTTCg < 1:2598047/69‑1 (MQ=255) acacCAAAGGGTTGATCGCTCGTTGGAAGTATTTCTGGATGTCGGTCATTGCGCTGGGTGTCGCCTTCg < 1:1029945/69‑1 (MQ=255) acacCAAAGGGTTGATCGCTCGTTGGAAGTATTTCTGGATGTCGGTCATTGCGCTGGGTGTCGCCTTCg < 1:1411750/69‑1 (MQ=255) acacCAAAGGGTTGATCGCTCGTTGGAAGTATTTCTGGATGTCGGTCATTGCGCTGGGTGTCGCCTTCg < 1:1675849/69‑1 (MQ=255) acacCAAAGGGTTGATCGCTCGTTGGAAGTATTTCTGGATGTCGGTCATTGCGCTGGGTGTCGCCTTCg < 1:1721511/69‑1 (MQ=255) acCAAAGGGTTGATCGCTCGTTGGAAGTATTTCTGGATGTCGGTCATTGCGCTGGGTGTCGCCTTCGc > 1:344192/1‑68 (MQ=255) acCAAAGGGTTGATCGCTCGTTGGAAGTATTTCTGGATGTCGGTCATTGCGCTGGGTGTCGCCTTCGc > 1:849655/1‑68 (MQ=255) acCAAAGGGTTGATCGCTCGTTGGAAGTATTTCTGGATGTCGGTCATTGCGCTGGGTGTCGCCTTCGc < 1:653779/68‑1 (MQ=255) acCAAAGGGTTGATCGCTCGTTGGAAGTATTTCTGGATGTCGGTCATTGCGCTGGGTGTCGCCTTCGc > 1:547307/1‑68 (MQ=255) acCAAAGGGTTGATCGCTCGTTGGAAGTATTTCTGGATGTCGGTCATTGCGCTGGGTGTCGCCTTCGc < 1:3284325/68‑1 (MQ=255) acCAAAGGGTTGATCGCTCGTTGGAAGTATTTCTGGATGTCGGTCATTGCGCTGGGTGTCGCCTTCGc > 1:3228958/1‑68 (MQ=255) acCAAAGGGTTGATCGCTCGTTGGAAGTATTTCTGGATGTCGGTCATTGCGCTGGGTGTCGCCTTCGc > 1:3099898/1‑68 (MQ=255) acCAAAGGGTTGATCGCTCGTTGGAAGTATTTCTGGATGTCGGTCATTGCGCTGGGTGTCGCCTTCGc < 1:1755511/68‑1 (MQ=255) acCAAAGGGTTGATCGCTCGTTGGAAGTATTTCTGGATGTCGGTCATTGCGCTGGGTGTCGCCTTCGc > 1:2475569/1‑68 (MQ=255) acCAAAGGGTTGATCGCTCGTTGGAAGTATTTCTGGATGTCGGTCATTGCGCTGGGTGTCGCCTTCGc < 1:2929975/68‑1 (MQ=255) acCAAAGGGTTGATCGCTCGTTGGAAGTATTTCTGGATGTCGGTCATTGCGCTGGGTGTCGCCTTCGc > 1:2257872/1‑68 (MQ=255) acCAAAGGGTTGATCGCTCGTTGGAAGTATTTCTGGATGTCGGTCATTGCGCTGGGTGTCGCCTTCGc > 1:2215271/1‑68 (MQ=255) acCAAAGGGTTGATCGCTCGTTGGAAGTATTTCTGGATGTCGGTCATTGCGCTGGGTGTCGCCTTCGc < 1:1908866/68‑1 (MQ=255) aGGGTTGATCGCTCGTTGGAAGTATTTCTGGATGTCGGTCATTGCGCTGGGTGTCGCCTTCGCCCTGTa < 1:152683/69‑1 (MQ=255) ttGATCGCTCGTTGGAAGTATTTCTGGATGTCGGTCATTGCGCTg < 1:956467/45‑1 (MQ=255) tCGTTGGAAGTATTTCTGGATGTCGGTCATTGCGCTGGGTGTCGCCTTCGCCCTGTACCTTGCCgg > 1:2757588/1‑66 (MQ=255) tCGTTGGAAGTATTTCTGGATGTCGGTCATTGCGCTGGGTGTCGCCTTCGCCCTGTACCTTGCCgg > 1:860443/1‑66 (MQ=255) tCGTTGGAAGTATTTCTGGATGTCGGTCATTGCGCTGGGTGTCGCCTTCGCCCTGTACCTTGCCgg > 1:2775523/1‑66 (MQ=255) tCGTTGGAAGTATTTCTGGATGTCGGTCATTGCGCTGGGTGTCGCCTTCGCCCTGTACCTTGCCgg > 1:2583277/1‑66 (MQ=255) tCGTTGGAAGTATTTCTGGATGTCGGTCATTGCGCTGGGTGTCGCCTTCGCCCTGTACCTTGCCgg > 1:1620531/1‑66 (MQ=255) cGTTGGAAGTATTTCTGGATGTCGGTCATTGCGCTGGGTGTCGCCTTCGCCCTGTACCTTGCCGGCaaa < 1:1823927/69‑1 (MQ=255) cGTTGGAAGTATTTCTGGATGTCGGTCATTGCGCTGGGTGTCGCCTTCGCCCTGTACCTTGCCGGCaaa < 1:1802354/69‑1 (MQ=255) cGTTGGAAGTATTTCTGGATGTCGGTCATTGCGCTGGGTGTCGCCTTCGCCCTGTACCTTGCCGGCaaa < 1:3059386/69‑1 (MQ=255) cGTTGGAAGTATTTCTGGATGTCGGTCATTGCGCTGGGTGTCGCCTTCGCCCTGTACCTTGCCGGCaaa < 1:910384/69‑1 (MQ=255) tttCTGGATGTCGGTGATTGCGCTGGGTGTCGCCTTCGCGCTGTACCTTGTCGGCaa < 1:1086273/57‑1 (MQ=38) tttCTGGATGTCGGTGATTGCGCTGGGTGTCGCCTTCGCGCTGTACCTTGTCGGCaa < 1:1222808/57‑1 (MQ=38) tttCTGGATGTCGGTGATTGCGCTGGGTGTCGCCTTCGCGCTGTACCTTGTCGGCaa < 1:924099/57‑1 (MQ=38) tttCTGGATGTCGGTGATTGCGCTGGGTGTCGCCTTCGCGCTGTACCTTGTCGGCaa < 1:172572/57‑1 (MQ=38) tttCTGGATGTCGGTGATTGCGCTGGGTGTCGCCTTCGCGCTGTACCTTGTCGGCaa < 1:1777917/57‑1 (MQ=38) tttCTGGATGTCGGTGATTGCGCTGGGTGTCGCCTTCGCGCTGTACCTTGTCGGCaa < 1:2731309/57‑1 (MQ=38) tttCTGGATGTCGGTGATTGCGCTGGGTGTCGCCTTCGCGCTGTACCTTGTCGGCaa < 1:1244789/57‑1 (MQ=38) tttCTGGATGTCGGTGATTGCGCTGGGTGTCGCCTTCGCGCTGTACCTTGTCGGCaa < 1:762922/57‑1 (MQ=38) tttCTGGATGTCGGTGATTGCGCTGGGTGTCGCCTTCGCGCTGTACCTTGTCGGCaa < 1:1354292/57‑1 (MQ=38) tttCTGGATGTCGGTGATTGCGCTGGGTGTCGCCTTCGCGCTGTACCTTGTCGGCaa < 1:1428247/57‑1 (MQ=38) tttCTGGATGTCGGTGATTGCGCTGGGTGTCGCCTTCGCGCTGTACCTTGTCGGCaa < 1:1559915/57‑1 (MQ=38) tttCTGGATGTCGGTGATTGCGCTGGGTGTCGCCTTCGCGCTGTACCTTGTCGGCaa < 1:396648/57‑1 (MQ=38) tttCTGGATGTCGGTGATTGCGCTGGGTGTCGCCTTCGCGCTGTACCTTGTCGGCaa < 1:3413439/57‑1 (MQ=38) tttCTGGATGTCGGTGATTGCGCTGGGTGTCGCCTTCGCGCTGTACCTTGTCGGCaa < 1:2231719/57‑1 (MQ=38) tttCTGGATGTCGGTGATTGCGCTGGGTGTCGCCTTCGCGCTGTACCTTGTCGGCaa < 1:3357614/57‑1 (MQ=38) tttCTGGATGTCGGTGATTGCGCTGGGTGTCGCCTTCGCGCTGTACCTTATCGGCaa < 1:744149/57‑1 (MQ=38) tttCTGGATGTCGGTCATTGCGCTGGGTGTCGCCTTCGCCCTGTACCTTGCCGGCAAAGACACGCCCGc > 1:2403004/1‑69 (MQ=255) tttCTGGATGTCGGTCATTGCGCTGGGTGTCGCCTTCGCCCTGTACCTTGCCGGCAAAGACACGCCCGc > 1:753026/1‑69 (MQ=255) tttCTGGATGTCGGTCATTGCGCTGGGTGTCGCCTTCGCCCTGTACCTTGCCGGCAAAGACACGCCCGc > 1:3299153/1‑69 (MQ=255) aTGTCGGTCATTGCGCTGGGTGTCGCCTTCGCCCTGTACCTTGCCGGCAAAGACACGCCCGCAACGCAg > 1:103498/1‑69 (MQ=255) aTGTCGGTCATTGCGCTGGGTGTCGCCTTCGCCCTGTACCTTGCCGGCAAAGACACGCCCGCAACGCAg > 1:905586/1‑69 (MQ=255) | CGCAAAGTGGTGCGTAAAGACACCAAAGGGTTGATCGCTCGTTGGAAGTATTTCTGGATGTCGGTCATTGCGCTGGGTGTCGCCTTCGCCCTGTACCTTGCCGGCAAAGACACGCCCGCAACGCAG > minE/81093‑81218 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |